8wlp

Cryo-EM structure of the distal rod-hook within the flagellar motor-hook complex in the CCW state.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 247.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar basal-body rod protein FlgG

物种未注明

UniProt P0A1J3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 53 PDB 声明:53-meric(53) 与蛋白拷贝数一致 链 0; UniProt 1–260 链 1; UniProt 1–260 链 2; UniProt 1–260 链 3; UniProt 1–260 链 4; UniProt 1–260 链 5; UniProt 1–260 链 6; UniProt 1–260 链 7; UniProt 1–260 链 8; UniProt 1–260 链 9; UniProt 1–260 链 ZA; UniProt 1–260 链 ZB; UniProt 1–260 链 ZC; UniProt 1–260 链 ZD; UniProt 1–260 链 ZE; UniProt 1–260 链 r; UniProt 1–260 链 s; UniProt 1–260 链 t; UniProt 1–260 链 u; UniProt 1–260 链 v; UniProt 1–260 链 w; UniProt 1–260 链 x; UniProt 1–260 链 y; UniProt 1–260 链 z; UniProt 1–260 未记录 Flagellar hook protein FlgE × 29 (P0A1J1) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time: 2 Blot force: -15 Wait time: 60 Blot total: 1 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLGG_SALTY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 0; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 1; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 2; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 3; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 4; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 5; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 6; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 7; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 8; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 9; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 ZA; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 ZB; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 ZC; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 ZD; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 ZE; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 r; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 s; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 t; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 u; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 v; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 w; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 x; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 y; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 z; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260

Flagellar hook protein FlgE

物种未注明

UniProt P0A1J1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 53 PDB 声明:53-meric(53) 与蛋白拷贝数一致 链 ZF; UniProt 1–403 链 ZG; UniProt 1–403 链 ZH; UniProt 1–403 链 ZI; UniProt 1–403 链 ZJ; UniProt 1–403 链 ZK; UniProt 1–403 链 ZL; UniProt 1–403 链 ZM; UniProt 1–403 链 ZN; UniProt 1–403 链 ZO; UniProt 1–403 链 ZP; UniProt 1–403 链 ZQ; UniProt 1–403 链 ZR; UniProt 1–403 链 ZS; UniProt 1–403 链 ZT; UniProt 1–403 链 ZU; UniProt 1–403 链 ZV; UniProt 1–403 链 ZW; UniProt 1–403 链 ZX; UniProt 1–403 链 ZY; UniProt 1–403 链 ZZ; UniProt 1–403 链 Za; UniProt 1–403 链 Zb; UniProt 1–403 链 Zc; UniProt 1–403 链 Zd; UniProt 1–403 链 Ze; UniProt 1–403 链 Zf; UniProt 1–403 链 Zg; UniProt 1–403 链 Zh; UniProt 1–403 未记录 Flagellar basal-body rod protein FlgG × 24 (P0A1J3) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time: 2 Blot force: -15 Wait time: 60 Blot total: 1 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLGE_SALTY
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 ZF; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZG; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZH; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZI; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZJ; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZK; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZL; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZM; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZN; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZO; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZP; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZQ; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZR; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZS; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZT; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZU; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZV; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZW; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZX; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZY; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 ZZ; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 Za; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 Zb; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 Zc; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 Zd; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 Ze; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 Zf; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 Zg; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 Zh; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8wlp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8wlp
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8wlp
沉积日期 deposition_date2023-09-30
结构标题 titleCryo-EM structure of the distal rod-hook within the flagellar motor-hook complex in the CCW state.
关键词 keywordsFlagellum, Flagellar motor, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier90.13
回转半径 Rg (电子) rg_electron90.53
零角强度 I(0) i052371800000.00
分子量 molecular_weight1870700.0 kDa
排除体积 excluded_volume2307400 ų
包络体积 envelope_volume3490200 ų
水化壳体积 shell_volume310560 ų
包络直径 envelope_diameter343.0
壳层 Rg shell_rg92.06
包络 Rg envelope_rg92.16
形状 Rg shape_rg90.52
总 Rg total_rg90.58
总原子数 total_atoms131528
残基数 n_residues17770
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax247.9
Rg (实空间) rg_real86.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.78
I(0) (实空间) i0_real5.0230e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2080e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal88.63
I(0) (倒空间) i0_reciprocal52120000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9154
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary102.1
偏度 Skewness skewness0.350
峰度 Kurtosis kurtosis-0.432
角度范围 angular_range— – 0.0850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.5407
最高正则化参数 α highest_alpha10070000000.0000
实空间数据点数 n_real_points18
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.981; Stabil: 0.988; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.004

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)