8xpm

Mature virion portal of phage lambda with DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein B

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 66 DNA 2	Tail tube protein × 30 （P03733） Tail tube terminator protein × 6 （P03732） Head completion protein × 12 （P68660） DNA (104-MER) × 1 DNA (92-MER) × 1 Head-tail connector protein FII × 6 （P03714）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PORTL_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B1； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B2； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B3； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B4； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B5； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b1； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b2； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b3； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b4； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b5； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533

Tail tube protein

物种未注明

UniProt P03733

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 66 DNA 2	Portal protein B × 12 （P03710） Tail tube terminator protein × 6 （P03732） Head completion protein × 12 （P68660） DNA (104-MER) × 1 DNA (92-MER) × 1 Head-tail connector protein FII × 6 （P03714）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TUBE_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 O1； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 O2； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 P； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 P1； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 P2； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 Q； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 Q1； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 Q2； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 R； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 R1； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 R2； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 V； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 V1； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 V2； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 o； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 o1； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 o2； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 p； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 p1； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 p2； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 q； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 q1； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 q2； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 r； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 r1； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 r2； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 v； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 v1； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 v2； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246

Tail tube terminator protein

物种未注明

UniProt P03732

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 66 DNA 2	Portal protein B × 12 （P03710） Tail tube protein × 30 （P03733） Head completion protein × 12 （P68660） DNA (104-MER) × 1 DNA (92-MER) × 1 Head-tail connector protein FII × 6 （P03714）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TTTP_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U1； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U2； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U3； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U4； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U5； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

Head completion protein

物种未注明

UniProt P68660

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 66 DNA 2	Portal protein B × 12 （P03710） Tail tube protein × 30 （P03733） Tail tube terminator protein × 6 （P03732） DNA (104-MER) × 1 DNA (92-MER) × 1 Head-tail connector protein FII × 6 （P03714）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HCP_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 W； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W1； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W2； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W3； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W4； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W5； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w1； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w2； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w3； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w4； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w5； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68

Head-tail connector protein FII

物种未注明

UniProt P03714

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 66 DNA 2	Portal protein B × 12 （P03710） Tail tube protein × 30 （P03733） Tail tube terminator protein × 6 （P03732） Head completion protein × 12 （P68660） DNA (104-MER) × 1 DNA (92-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FII_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 f； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f1； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f2； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f3； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f4； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f5； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xpm
沉积日期 deposition_date	2024-01-04
结构标题 title	Mature virion portal of phage lambda with DNA
关键词 keywords	;Bacteriophage, caudovirales, siphoviridae, portal vertex, portal, capsid, connector/neck, tail, delivery device, B-DNA, VIRAL PROTEIN-DNA COMPLEX ;; VIRAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8xpm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8xpm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8xpm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	131.60 Å
总 Rg	131.10 Å
原子数	120109
残基数	15448
排除体积	2101700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8xpm__assembly_1__model_1`	68-meric （68）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Portal protein B
分子量 formula_weight	59529.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b,B1,b1,B2,b2,B3,b3,B4,b4,B5,b5
原子数 atom_count	120109

MKTPTIPTLLGPDGMTSLREYAGYHGGGSGFGGQLRSWNPPSESVDAALLPNFTRGNARADDLVRNNGYAANAIQLHQDHIVGSFFRLSHRPSWRYLGIGEEEARAFSREVEAAWKEFAEDDCCCIDVERKRTFTMMIREGVAMHAFNGELFVQATWDTSSSRLFRTQFRMVSPKRISNPNNTGDSRNCRAGVQINDSGAALGYYVSEDGYPGWMPQKWTWIPRELPGGRASFIHVFEPVEDGQTRGANVFYSVMEQMKMLDTLQNTQLQSAIVKAMYAATIESELDTQSAMDFILGANSQEQRERLTGWIGEIAAYYAAAPVRLGGAKVPHLMPGDSLNLQTAQDTDNGYSVFEQSLLRYIAAGLGVSYEQLSRNYAQMSYSTARASANESWAYFMGRRKFVASRQASQMFLCWLEEAIVRRVVTLPSKARFSFQEARSAWGNCDWIGSGRMAIDGLKEVQEAVMLIEAGLSTYEKECAKRGDDYQEIFAQQVRETMERRAAGLKPPAWAAAAFESGLRQSTEEEKSDSRAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tail tube protein
分子量 formula_weight	25831.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	30

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,P,Q,R,V,v,V1,v1,V2,v2,o,O1,o1,O2,o2,p,P1,p1,P2,p2,q,Q1,q1,Q2,q2,r,R1,r1,R2,r2

MPVPNPTMPVKGAGTTLWVYKGSGDPYANPLSDVDWSRLAKVKDLTPGELTAESYDDSYLDDEDADWTATGQGQKSAGDTSFTLAWMPGEQGQQALLAWFNEGDTRAYKIRFPNGTVDVFRGWVSSIGKAVTAKEVITRTVKVTNVGRPSMAEDRSTVTAATGMTVTPASTSVVKGQSTTLTVAFQPEGVTDKSFRAVSADKTKATVSVSGMTITVNGVAAGKVNIPVVSGNGEFAAVAEITVTAS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Tail tube terminator protein
分子量 formula_weight	14659.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,U1,U2,U3,U4,U5

MKHTELRAAVLDALEKHDTGATFFDGRPAVFDEADFPAVAVYLTGAEYTGEELDSDTWQAELHIEVFLPAQVPDSELDAWMESRIYPVMSDIPALSDLITSMVASGYDYRRDDDAGLWSSADLTYVITYEM

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Head completion protein
分子量 formula_weight	7625.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,w,W1,w1,W2,w2,W3,w3,W4,w4,W5,w5

MTRQEELAAARAALHDLMTGKRVATVQKDGRRVEFTATSVSDLKKYIAELEVQTGMTQRRRGPAGFYV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (104-MER)
分子量 formula_weight	32011.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	DA

CTGCACCAAACTACCGGAGGTGCGTGCAACACTATACATCTACTATTAGTAATAGTGAAATGCCCAGGAAAGGCCACTAGGCTGTCCAATGCCCCGCCGCTGGA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (92-MER)
分子量 formula_weight	28412.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	DB

GCATTGGACAGCCTAGTGGCCTTTCCTGGGCATTTCACTATTACTAATAGTAGATGTATAGTGTTGCACGCACCTCCGGTAGTTTGGTGCAG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Head-tail connector protein FII
分子量 formula_weight	12775.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f,f1,f2,f3,f4,f5

MADFDNLFDAAIARADETIRGYMGTSATITSGEQSGAVIRGVFDDPENISYAGQGVRVEGSSPSLFVRTDEVRQLRRGDTLTIGEENFWVDRVSPDDGGSCHLWLGRGVPPAVNRRR

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	19060

Mature virion portal of phage lambda with DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tail tube protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tail tube terminator protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Head completion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Head-tail connector protein FII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8xpm__assembly_1__model_1

8xpm__assembly_1__model_1 | I(q)

8xpm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)