8xpm

Mature virion portal of phage lambda with DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 374.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein B

物种未注明

UniProt P03710

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 66 DNA 2 PDB 声明:68-meric(68) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–533 链 B1; UniProt 1–533 链 B2; UniProt 1–533 链 B3; UniProt 1–533 链 B4; UniProt 1–533 链 B5; UniProt 1–533 链 b; UniProt 1–533 链 b1; UniProt 1–533 链 b2; UniProt 1–533 链 b3; UniProt 1–533 链 b4; UniProt 1–533 链 b5; UniProt 1–533 未记录 Tail tube protein × 30 (P03733) Tail tube terminator protein × 6 (P03732) Head completion protein × 12 (P68660) DNA (104-MER) × 1 DNA (92-MER) × 1 Head-tail connector protein FII × 6 (P03714) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 NITROGEN 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PORTL_LAMBD
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–533; UniProt 1–533 作者链 B1; PDB构建体 1–533; UniProt 1–533 作者链 B2; PDB构建体 1–533; UniProt 1–533 作者链 B3; PDB构建体 1–533; UniProt 1–533 作者链 B4; PDB构建体 1–533; UniProt 1–533 作者链 B5; PDB构建体 1–533; UniProt 1–533 作者链 b; PDB构建体 1–533; UniProt 1–533 作者链 b1; PDB构建体 1–533; UniProt 1–533 作者链 b2; PDB构建体 1–533; UniProt 1–533 作者链 b3; PDB构建体 1–533; UniProt 1–533 作者链 b4; PDB构建体 1–533; UniProt 1–533 作者链 b5; PDB构建体 1–533; UniProt 1–533

Tail tube protein

物种未注明

UniProt P03733

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 66 DNA 2 PDB 声明:68-meric(68) 与全部聚合物数一致 链 O; UniProt 1–246 链 O1; UniProt 1–246 链 O2; UniProt 1–246 链 P; UniProt 1–246 链 P1; UniProt 1–246 链 P2; UniProt 1–246 链 Q; UniProt 1–246 链 Q1; UniProt 1–246 链 Q2; UniProt 1–246 链 R; UniProt 1–246 链 R1; UniProt 1–246 链 R2; UniProt 1–246 链 V; UniProt 1–246 链 V1; UniProt 1–246 链 V2; UniProt 1–246 链 o; UniProt 1–246 链 o1; UniProt 1–246 链 o2; UniProt 1–246 链 p; UniProt 1–246 链 p1; UniProt 1–246 链 p2; UniProt 1–246 链 q; UniProt 1–246 链 q1; UniProt 1–246 链 q2; UniProt 1–246 链 r; UniProt 1–246 链 r1; UniProt 1–246 链 r2; UniProt 1–246 链 v; UniProt 1–246 链 v1; UniProt 1–246 链 v2; UniProt 1–246 未记录 Portal protein B × 12 (P03710) Tail tube terminator protein × 6 (P03732) Head completion protein × 12 (P68660) DNA (104-MER) × 1 DNA (92-MER) × 1 Head-tail connector protein FII × 6 (P03714) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 NITROGEN 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TUBE_LAMBD
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 O1; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 O2; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 P; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 P1; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 P2; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 Q; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 Q1; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 Q2; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 R; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 R1; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 R2; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 V; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 V1; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 V2; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 o; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 o1; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 o2; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 p; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 p1; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 p2; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 q; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 q1; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 q2; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 r; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 r1; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 r2; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 v; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 v1; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 v2; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246

Tail tube terminator protein

物种未注明

UniProt P03732

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 66 DNA 2 PDB 声明:68-meric(68) 与全部聚合物数一致 链 U; UniProt 1–131 链 U1; UniProt 1–131 链 U2; UniProt 1–131 链 U3; UniProt 1–131 链 U4; UniProt 1–131 链 U5; UniProt 1–131 未记录 Portal protein B × 12 (P03710) Tail tube protein × 30 (P03733) Head completion protein × 12 (P68660) DNA (104-MER) × 1 DNA (92-MER) × 1 Head-tail connector protein FII × 6 (P03714) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 NITROGEN 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TTTP_LAMBD
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 U; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131 作者链 U1; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131 作者链 U2; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131 作者链 U3; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131 作者链 U4; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131 作者链 U5; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131

Head completion protein

物种未注明

UniProt P68660

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 66 DNA 2 PDB 声明:68-meric(68) 与全部聚合物数一致 链 W; UniProt 1–68 链 W1; UniProt 1–68 链 W2; UniProt 1–68 链 W3; UniProt 1–68 链 W4; UniProt 1–68 链 W5; UniProt 1–68 链 w; UniProt 1–68 链 w1; UniProt 1–68 链 w2; UniProt 1–68 链 w3; UniProt 1–68 链 w4; UniProt 1–68 链 w5; UniProt 1–68 未记录 Portal protein B × 12 (P03710) Tail tube protein × 30 (P03733) Tail tube terminator protein × 6 (P03732) DNA (104-MER) × 1 DNA (92-MER) × 1 Head-tail connector protein FII × 6 (P03714) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 NITROGEN 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HCP_LAMBD
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 W; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 W1; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 W2; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 W3; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 W4; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 W5; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 w; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 w1; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 w2; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 w3; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 w4; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 w5; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68

Head-tail connector protein FII

物种未注明

UniProt P03714

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 66 DNA 2 PDB 声明:68-meric(68) 与全部聚合物数一致 链 f; UniProt 1–117 链 f1; UniProt 1–117 链 f2; UniProt 1–117 链 f3; UniProt 1–117 链 f4; UniProt 1–117 链 f5; UniProt 1–117 未记录 Portal protein B × 12 (P03710) Tail tube protein × 30 (P03733) Tail tube terminator protein × 6 (P03732) Head completion protein × 12 (P68660) DNA (104-MER) × 1 DNA (92-MER) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 NITROGEN 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FII_LAMBD
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 f; PDB构建体 1–117; UniProt 1–117 作者链 f1; PDB构建体 1–117; UniProt 1–117 作者链 f2; PDB构建体 1–117; UniProt 1–117 作者链 f3; PDB构建体 1–117; UniProt 1–117 作者链 f4; PDB构建体 1–117; UniProt 1–117 作者链 f5; PDB构建体 1–117; UniProt 1–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xpm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xpm
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8xpm
沉积日期 deposition_date2024-01-04
结构标题 titleMature virion portal of phage lambda with DNA
关键词 keywords;Bacteriophage, caudovirales, siphoviridae, portal vertex, portal, capsid, connector/neck, tail, delivery device, B-DNA, VIRAL PROTEIN-DNA COMPLEX ;; VIRAL PROTEIN/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron131.60
零角强度 I(0) i044631900000.00
分子量 molecular_weight1710600.0 kDa
排除体积 excluded_volume2101700 ų
包络体积 envelope_volume3607900 ų
水化壳体积 shell_volume253390 ų
包络直径 envelope_diameter423.0
壳层 Rg shell_rg82.90
包络 Rg envelope_rg130.40
形状 Rg shape_rg131.70
总 Rg total_rg131.10
总原子数 total_atoms120109
残基数 n_residues15448
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax374.2
Rg (实空间) rg_real123.90
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.02
I(0) (实空间) i0_real4.3240e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0130e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal102.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal40860000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8311
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary93.5
偏度 Skewness skewness0.499
峰度 Kurtosis kurtosis-0.780
角度范围 angular_range— – 0.0600 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.1430
最高正则化参数 α highest_alpha1239000000.0000
实空间数据点数 n_real_points13
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.643; Stabil: 0.945; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.042

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)