8z10

Human beta-catenin crystal structure

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 117.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catenin beta-1

Homo sapiens

UniProt P35222

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 138–686 未记录 PRO PROLINE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;Apo crystals of beta-Catenin were grown from 14% PEG3350, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M L-proline. Crystal was transferred into a soaking solution and incubated at RT for 4 days. Crystals were transferred into cryoprotectant (14% PEG3350, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M L-proline, 20% glycerol), and then flash frozen in liquid nitrogen. 分辨率 2.35 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTNB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–549; UniProt 138–686

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8z10

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8z10
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8z10
沉积日期 deposition_date2024-04-10
最后修订 last_revision2024-05-22
结构标题 titleHuman beta-catenin crystal structure
关键词 keywordsBeta-catenin, BCL9, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.84
零角强度 I(0) i046571100.00
分子量 molecular_weight53829.0 kDa
排除体积 excluded_volume67497 ų
包络体积 envelope_volume87481 ų
水化壳体积 shell_volume24909 ų
包络直径 envelope_diameter124.2
壳层 Rg shell_rg35.26
包络 Rg envelope_rg33.23
形状 Rg shape_rg32.89
总 Rg total_rg32.89
总原子数 total_atoms3772
残基数 n_residues507
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax117.1
Rg (实空间) rg_real33.20
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.50
I(0) (实空间) i0_real4.6570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal46560000.0000
解质量估计 total_estimate0.7277
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.9
偏度 Skewness skewness0.639
峰度 Kurtosis kurtosis-0.323
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8294000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.463; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.263; Smooth: 0.807

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)