8zjc

Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae bc1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 180.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zjc
沉积日期 deposition_date	2024-05-14
结构标题 title	Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae bc1 complex
关键词 keywords	Complex, mitochondria, ELECTRON TRANSPORT, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.44 Å
零角强度 I(0) i0	2713990000.00
分子量 molecular_weight	457820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	580980 Å³
包络体积 envelope_volume	869560 Å³
水化壳体积 shell_volume	128810 Å³
包络直径 envelope_diameter	175.3 Å
壳层 Rg shell_rg	60.32 Å
包络 Rg envelope_rg	53.50 Å
形状 Rg shape_rg	54.46 Å
总 Rg total_rg	54.57 Å
总原子数 total_atoms	32311
残基数 n_residues	3992
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	180.4 Å
Rg (实空间) rg_real	55.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7140e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2715000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8761
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.244
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.523
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	384200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.727

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (18)

Entity 1 polymer

描述 description	COR1 isoform 1
分子量 formula_weight	47459.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,L
原子数 atom_count	32311

AEVTQLSNGIVVATEHNPSAHTASVGVVFGSGAANENPYNNGVSNLWKNIFLSKENSAVAAKEGLALSSNISRDFQSYIVSSLPGSTDKSLDFLNQSFIQQKANLLSSSNFEATKKSVLKQVQDFEENDHPNRVLEHLHSTAFQNTPLSLPTRGTLESLENLVVADLESFANNHFLNSNAVVVGTGNIKHEDLVNSIESKNLSLQTGTKPVLKKKAAFLGSEVRLRDDTLPKAWISLAVEGEPVNSPNYFVAKLAAQIFGSYNAFEPASRLQGIKLLDNIQEYQLCDNFNHFSLSYKDSGLWGFSTATRNVTMIDDLIHFTLKQWNRLTISVTDTEVERAKSLLKLQLGQLYESGNPVNDANLLGAEVLIKGSKLSLGEAFKKIDAITVKDVKAWAGKRLWDQDIAIAGTGQIEGLLDYMRIRSDMSMMRW

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	38751.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,M

LTVSARDAPTKISTLAVKVHGGSRYATKDGVAHLLNRFNFQNTNTRSALKLVRESELLGGTFKSTLDREYITLKATFLKDDLPYYVNALADVLYKTAFKPHELTESVLPAARYDYAVAEQCPVKSAEDQLYAITFRKGLGNPLLYDGVERVSLQDIKDFADKVYTKENLEVSGENVVEADLKRFVDESLLSTLPAGKSLVSKSEPKFFLGEENRVRFIGDSVAAIGIPVNKASLAQYEVLANYLTSALSELSGLISSAKLDKFTDGGLFTLFVRDQDSAVVSSNIKKIVADLKKGKDLSPAINYTKLKNAVQNESVSSPIELNFDAVKDFKLGKFNYVAVGDVSNLPYLDEL

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	43686.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,N

MAFRKSNVYLSLVNSYIIDSPQPSSINYWWNMGSLLGLCLVIQIVTGIFMAMHYSSNIELAFSSVEHIMRDVHNGYILRYLHANGASFFFMVMFMHMAKGLYYGSYRSPRVTLWNVGVIIFILTIATAFLGYCCVYGQMSHWGATVITNLFSAIPFVGNDIVSWLWGGFSVSNPTIQRFFALHYLVPFIIAAMVIMHLMALHIHGSSNPLGITGNLDRIPMHSYFIFKDLVTVFLFMLILALFVFYSPNTLGHPDNYIPGNPLVTPASIVPEWYLLPFYAILRSIPDKLLGVITMFAAILVLLVLPFTDRSVVRGNTFKVLSKFFFFIFVFNFVLLGQIGACHVEVPYVLMGQIATFIYFAYFLIIVPVISTIENVLFYIGRVNK

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	27807.4 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,O

MTAAEHGLHAPAYAWSHNGPFETFDHASIRRGYQVYREVCAACHSLDRVAWRTLVGVSHTNEEVRNMAEEFEYDDEPDEQGNPKKRPGKLSDYIPGPYPNEQAARAANQGALPPDLSLIVKARHGGCDYIFSLLTGYPDEPPAGVALPPGSNYNPYFPGGSIAMARVLFDDMVEYEDGTPATTSQMAKDVTTFLNWCAEPEHDERKRLGLKTVIILSSLYLLSIWVKKFKWAGIKTRKFVFNPPKPRK

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
分子量 formula_weight	20123.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,P

KSTYRTPNFDDVLKENNDADKGRSYAYFMVGAMGLLSSAGAKSTVETFISSMTATADVLAMAKVEVNLAAIPLGKNVVVKWQGKPVFIRHRTPHEIQEANSVDMSALKDPQTDADRVKDPQWLIMLGICTHLGCVPIGEAGDFGGWFCPCHGSHYDISGRIRKGPAPLNLEIPAYEFDGDKVIVG

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
分子量 formula_weight	8983.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,Q

EVTDQLEDLREHFKNTEEGKALVHHYEECAERVKIQQQQPGYADLEHKEDCVEEFFHLQHYLDTATAPRLFDKLK

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 7
分子量 formula_weight	14452.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,R

PQSFTSIARIGDYILKSPVLSKLCVPVANQFINLAGYKKLGLKFDDLIAEENPIMQTALRRLPEDESYARAYRIIRAHQTELTHHLLPRNEWIKAQEDVPYLLPYILEAEAAAKEKDELDNIEVSK

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 8
分子量 formula_weight	10856.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,S

GPPSGKTYMGWWGHMGGPKQKGITSYAVSPYAQKPLQGIFHNAVFNSFRRFKSQFLYVLIPAGIYWYWWKNGNEYNEFLYSKAGREELERVNV

Entity 9 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
分子量 formula_weight	6301.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,T

SSLYKTFFKRNAVFVGTIFAGAFVFQTVFDTAITSWYENHNKGKLWKDVKARIAA

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
分子量 formula_weight	5880.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,V

KTGLHFGRLSLRSLTAYAPNLMLWGGASMLGLFVFTEGWPKFQDTLYKKIPL

Entity 11 non-polymer

描述 description	5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
分子量 formula_weight	592.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	(2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate
分子量 formula_weight	692.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 13 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate
分子量 formula_weight	593.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 15 non-polymer

描述 description	(5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate
分子量 formula_weight	634.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 16 non-polymer

描述 description	;(2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate ;
分子量 formula_weight	834.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 17 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 18 non-polymer

描述 description	(1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate
分子量 formula_weight	592.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	451636

fit	/app/data/saxs_computation/zj/8zjc/8zjc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zj/8zjc/8zjc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zj/8zjc/8zjc.dat

Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae bc1 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (18)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)