9df3

EGFR Exon20 insertion mutant SVD bound with (S)-3-((3-chloro-2-methoxyphenyl)amino)-2-(3-((tetrahydrofuran-2-yl)methoxy)pyridin-4-yl)-1,5,6,7-tetrahydro-4H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-4-one

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Epidermal growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P00533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 696–1022 突变:V951R A1IMS 3-[(3-chloranyl-2-methoxy-phenyl)amino]-2-[3-[[(2S)-oxolan-2-yl]methoxy]pyridin-4-yl]-1,5,6,7-tetrahydropyrrolo[3,2-c]pyridin-4-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;291 K;0.8 microliters 7.7 mg/mL protein mixed 1:1 with 100mM MES pH 6.2, 600 mM NaCl, 14% w/v PEG 4000. 0.2 microliters of 100 mM spermidine added to drop 分辨率 1.68 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、565 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGFR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–333; UniProt 696–1022

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9df3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9df3
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9df3
沉积日期 deposition_date2024-08-29
结构标题 titleEGFR Exon20 insertion mutant SVD bound with (S)-3-((3-chloro-2-methoxyphenyl)amino)-2-(3-((tetrahydrofuran-2-yl)methoxy)pyridin-4-yl)-1,5,6,7-tetrahydro-4H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-4-one
关键词 keywordsKinase, Inhibitor, ONCOPROTEIN, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; ONCOPROTEIN,TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.73
零角强度 I(0) i042699300.00
分子量 molecular_weight34145.0 kDa
排除体积 excluded_volume33180 ų
包络体积 envelope_volume54087 ų
水化壳体积 shell_volume22414 ų
包络直径 envelope_diameter66.3
壳层 Rg shell_rg26.71
包络 Rg envelope_rg20.16
形状 Rg shape_rg19.72
总 Rg total_rg20.44
总原子数 total_atoms2582
残基数 n_residues311
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.6
Rg (实空间) rg_real20.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real4.2700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal42700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8199
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.7
偏度 Skewness skewness0.225
峰度 Kurtosis kurtosis-0.421
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11260000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)