9j5k

Pathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 203.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–309 链 F; UniProt 1–309 未记录 RxLR effector protein PSR2 × 2 (E0W4V5) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A beta isoform × 2 (Q38950) random substrate × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–309; UniProt 1–309 作者链 F; PDB构建体 1–309; UniProt 1–309

RxLR effector protein PSR2

Phytophthora sojae

UniProt E0W4V5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–670 链 E; UniProt 1–670 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 2 (P67775) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A beta isoform × 2 (Q38950) random substrate × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSR2_PHYSO
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–670; UniProt 1–670 作者链 E; PDB构建体 1–670; UniProt 1–670

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A beta isoform

Arabidopsis thaliana

UniProt Q38950

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–587 链 D; UniProt 1–587 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 2 (P67775) RxLR effector protein PSR2 × 2 (E0W4V5) random substrate × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2AAB_ARATH
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–587; UniProt 1–587 作者链 D; PDB构建体 1–587; UniProt 1–587

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9j5k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9j5k
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9j5k
沉积日期 deposition_date2024-08-12
结构标题 titlePathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease
关键词 keywordspathogen; PP2A core enzyme; virulent function; susceptibility, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier69.60
回转半径 Rg (电子) rg_electron69.67
零角强度 I(0) i01050900000.00
分子量 molecular_weight270080.0 kDa
排除体积 excluded_volume336320 ų
包络体积 envelope_volume555320 ų
水化壳体积 shell_volume69487 ų
包络直径 envelope_diameter216.5
壳层 Rg shell_rg62.05
包络 Rg envelope_rg68.35
形状 Rg shape_rg69.68
总 Rg total_rg69.46
总原子数 total_atoms19056
残基数 n_residues2698
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax203.8
Rg (实空间) rg_real69.95
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.59
I(0) (实空间) i0_real1.0510e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1720e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal68.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1047000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8190
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary55.6
偏度 Skewness skewness0.365
峰度 Kurtosis kurtosis-0.832
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0011
最高正则化参数 α highest_alpha33890000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.829; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)