9q33

Cereblon Ternary Complex with Blimp1 and compound 5

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 103.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PR domain zinc finger protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 38–223	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Q33	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3DAL Methyltransferase domain of human PR domain-containing protein 1 提交 2008-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–187（186 aa）链 B 2–187（186 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Purified PRDM1 was crystallized using hanging drop vapor diffusion method at 20 C by mixing 1.5 l of the protein solution with 1.5 l of the reservoir solution containing 2.0 M Na Formide, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.217
9Q1G Blimp-1 with compound 5 提交 2025-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 38–223（186 aa）链 B 38–223（186 aa）链 C 38–223（186 aa）链 D 38–223（186 aa）链 E 38–223（186 aa）链 F 38–223（186 aa）链 G 38–223（186 aa）链 H 38–223（186 aa）	突变：37-222 突变：37-222 突变：37-222 突变：37-222 突变：37-222 突变：37-222 突变：37-222 突变：37-222	A1CNQ (2S)-2-(4-bromophenyl)-2-(5,8-dihydropyrido[3,4-d]pyrimidin-7(6H)-yl)acetamide × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium Cacodylate pH 5.5, 15% w/v PEG 6k, 0.15M Potassium Thiocyanate	分辨率 3.70 Å R-free 0.253

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRDM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–188； UniProt 38–223

Protein cereblon

Homo sapiens

UniProt Q96SW2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–442	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1CN1 N-({(4R)-7-[(1S)-2-amino-1-(4-bromo-2-methylphenyl)-2-oxoethyl]-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,2-a]pyrazin-3-yl}methyl)-13-{4-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]anilino}tridecanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9Q33	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10AY Cryo-EM structure of CRBN-DDB1 in complex with HBS1L and TNG961 提交 2026-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 40–442（403 aa）链 E 40–442（403 aa）	未记录	A1C4S N-{6-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]naphthalen-1-yl}-N'-{2-[6-(trifluoromethyl)-1-benzothiophen-2-yl]propan-2-yl}urea × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.24 M sodium chloride, 3 mM TCEP, 0.2 % n-octylglucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
11MR Cryo-EM structure of CRBN in complex with HBS1L and TNG-4857 (focused refinement) 提交 2026-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 40–442（403 aa）链 D 40–442（403 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 A1C9W N-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-2-fluoro-3-[(2-{4-[1-(trifluoromethyl)cyclopropyl]phenyl}propan-2-yl)carbamamido]benzamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES (pH 7.5), 240 mM NaCl, 3 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
4M91 crystal structure of hN33/Tusc3-peptide 1 提交 2013-08-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 229–240（12 aa）片段：unp residues 229-240	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；0.2 M KSCN, 10.5% PEG 8K, 10% PEG 1K in 100 mM cacodylic acid-NaOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.10 Å R-free 0.160
4TZ4 Crystal Structure of Human Cereblon in Complex with DDB1 and Lenalidomide 提交 2014-07-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 47–427（381 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100mM HEPES pH 7.5, 18% PEG 10K	分辨率 3.01 Å R-free 0.271
5FQD Structural basis of Lenalidomide induced CK1a degradation by the crl4crbn ubiquitin ligase 提交 2015-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 41–442（402 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 70 MM TRIS PH 7.0 140 MM MGCL2 7% W/V PEG 8000	分辨率 2.45 Å R-free 0.210
5FQD Structural basis of Lenalidomide induced CK1a degradation by the crl4crbn ubiquitin ligase 提交 2015-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 41–442（402 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 70 MM TRIS PH 7.0 140 MM MGCL2 7% W/V PEG 8000	分辨率 2.45 Å R-free 0.210
5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Z 39–441（403 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350	分辨率 3.60 Å R-free 0.273
5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 39–441（403 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350	分辨率 3.60 Å R-free 0.273
5V3O Cereblon in complex with DDB1 and CC-220 提交 2017-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 40–442（403 aa）片段：residues 40-442	未记录	8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200mM NaCl, 20% PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.267
6BN7 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET23 PROTAC. 提交 2017-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–441（441 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 RN3 methyl {(6S)-4-(4-chlorophenyl)-2-[(8-{[({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)acetyl]amino}octyl)carbamoyl]-3,9-dimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl}acetate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% (w/v) PEG20K, 18% (v/v) PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% Silver bullet B5 (0.33% w/v 2,7-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 0.33% w/v Azelaic acid, 0.33% w/v trans-Cinnamic acid, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)	分辨率 3.50 Å R-free 0.256
6BN8 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET55 PROTAC. 提交 2017-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–441（441 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% PEG20K, 18% PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% Silver bullet G4 (0.16% w/v 3-Indolebutyric acid, 0.16% w/v Hexadecanedioic acid, 0.16% w/v Oxamic acid, 0.16% w/v Pyromellitic acid, 0.16% w/v Sebacic acid, 0.16% w/v Suberic acid, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)	分辨率 3.99 Å R-free 0.333
6BN9 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET70 PROTAC 提交 2017-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–441（441 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10% (w/v) PEG20K, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1M BICINE pH8.5, Silver Bullet F2 (0.2% w/v D-Fructose 1,6-bisphosphate trisodium salt hydrate, 0.2% w/v Glycerol phosphate disodium salt hydrate, 0.2% w/v L-O-Phosphoserine, 0.2% w/v O-Phospho-L-tyrosine, 0.2% w/v Phytic acid sodium salt hydrate, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)	分辨率 4.38 Å R-free 0.301
6BNB Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET57 PROTAC 提交 2017-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–441（441 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.34M NaH2PO4, 0.33M K2HPO4	分辨率 6.34 Å R-free 0.381
6BOY Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET6 PROTAC. 提交 2017-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–441（441 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 RN6 2-[(6S)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl]-N-(8-{[({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)acetyl]amino}octyl)acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% (w/v) PEG20K, 18% (v/v) PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% (v/v) Silver bullet D11 (0.25% w/v 2,6-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 0.25% w/v 4-Aminobenzoic acid, 0.25% w/v 5-Sulfosalicylic acid dihydrate, 0.25% w/v Naphthalene-1,3,6-trisulfonic acid trisodium salt hydrate, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)	分辨率 3.33 Å R-free 0.234
6H0F Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2) 提交 2018-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 36–442（407 aa）	突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted)	ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein solution: 350 uM IKZF1-ZF2, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: (Morpheus HT condition) 100 mM Morpheus buffer system 1 pH 6.5, 10% (v/v) Morpheus NPS solution, 15% (v/v) ethylene glycol and 9.5% (w/v) poly(ethylene glycol) 5000 monomethyl ether.	分辨率 3.25 Å R-free 0.234
6H0F Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2) 提交 2018-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 36–442（407 aa）	突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted)	ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein solution: 350 uM IKZF1-ZF2, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: (Morpheus HT condition) 100 mM Morpheus buffer system 1 pH 6.5, 10% (v/v) Morpheus NPS solution, 15% (v/v) ethylene glycol and 9.5% (w/v) poly(ethylene glycol) 5000 monomethyl ether.	分辨率 3.25 Å R-free 0.234
6H0F Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2) 提交 2018-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 36–442（407 aa）	突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted)	ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein solution: 350 uM IKZF1-ZF2, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: (Morpheus HT condition) 100 mM Morpheus buffer system 1 pH 6.5, 10% (v/v) Morpheus NPS solution, 15% (v/v) ethylene glycol and 9.5% (w/v) poly(ethylene glycol) 5000 monomethyl ether.	分辨率 3.25 Å R-free 0.234
6H0F Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2) 提交 2018-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 36–442（407 aa）	突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted)	ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein solution: 350 uM IKZF1-ZF2, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: (Morpheus HT condition) 100 mM Morpheus buffer system 1 pH 6.5, 10% (v/v) Morpheus NPS solution, 15% (v/v) ethylene glycol and 9.5% (w/v) poly(ethylene glycol) 5000 monomethyl ether.	分辨率 3.25 Å R-free 0.234
6H0G Structure of the DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to ZNF692(ZF4) 提交 2018-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 41–442（402 aa）	突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted)	ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein-drug solution: 350 uM ZNF692-ZF4, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide and in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: 14.1% (w/v) PEG 5K MME and 70 mM Tris-HCl pH 7.5	分辨率 4.25 Å R-free 0.256
6H0G Structure of the DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to ZNF692(ZF4) 提交 2018-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 41–442（402 aa）	突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted)	ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein-drug solution: 350 uM ZNF692-ZF4, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide and in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: 14.1% (w/v) PEG 5K MME and 70 mM Tris-HCl pH 7.5	分辨率 4.25 Å R-free 0.256
6UML Structural Basis for Thalidomide Teratogenicity Revealed by the Cereblon-DDB1-SALL4-Pomalidomide Complex 提交 2019-10-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 40–442（403 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG MME 500, 8% PEG 20K, 210mM calcium acetate, 100mM tris pH 7.5	分辨率 3.58 Å R-free 0.267
6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Z 40–442（403 aa）	未记录	V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate	分辨率 3.64 Å R-free 0.245
6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 40–442（403 aa）	未记录	V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate	分辨率 3.64 Å R-free 0.245
7BQU Cereblon in complex with SALL4 and (S)-thalidomide 提交 2020-03-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 318–426（109 aa）	未记录	EF2 S-Thalidomide × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；27% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate (pH 5.5), 0.1 M magnesium chloride	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
7BQV Cereblon in complex with SALL4 and (S)-5-hydroxythalidomide 提交 2020-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 318–426（109 aa）	突变：C366S	F4U 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-oxidanyl-isoindole-1,3-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22% PEG 4000, 0.1 M MES (pH 6.0), 0.2 M lithium sulfate	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 47–436（390 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57	分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 47–436（390 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57	分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 47–436（390 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57	分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 47–436（390 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57	分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7U8F Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2) and the molecular glue DKY709 提交 2022-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 40–442（403 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5	分辨率 3.15 Å R-free 0.243
7U8F Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2) and the molecular glue DKY709 提交 2022-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 40–442（403 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5	分辨率 3.15 Å R-free 0.243
8CVP Cereblon-DDB1 in the Apo form 提交 2022-05-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4? coldroom	分辨率 3.40 Å
8D7U Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the linear conformation 提交 2022-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room	分辨率 3.10 Å
8D7V Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the twisted conformation 提交 2022-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room	分辨率 3.20 Å
8D7W Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the hinged conformation 提交 2022-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room	分辨率 3.10 Å
8D7X Cereblon~DDB1 in the Apo form with DDB1 in the hinged conformation 提交 2022-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7, 240mM NaCl, 3mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room	分辨率 3.40 Å
8D7Y Cereblon-DDB1 in the Apo form with DDB1 in the twisted conformation 提交 2022-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room	分辨率 3.40 Å
8D7Z Cereblon-DDB1 bound to CC-92480 and Ikaros ZF1-2-3 提交 2022-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room	分辨率 3.10 Å
8D80 Cereblon~DDB1 bound to Iberdomide and Ikaros ZF1-2-3 提交 2022-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room	分辨率 3.60 Å
8D81 Cereblon~DDB1 bound to Pomalidomide 提交 2022-06-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7, 240mM NaCl, 3mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room	分辨率 3.90 Å
8DEY Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2,3) and the molecular glue DKY709 提交 2022-06-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5	分辨率 3.70 Å R-free 0.348
8DEY Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2,3) and the molecular glue DKY709 提交 2022-06-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5	分辨率 3.70 Å R-free 0.348
8G66 Structure with SJ3149 提交 2023-02-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 41–442（402 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 YOT (3S)-3-{5-[(1,2-benzoxazol-3-yl)amino]-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl}piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；70 MM TRIS PH 7.0, 140 MM MGCL2, 7% W/V PEG 8000	分辨率 3.45 Å R-free 0.272
8G66 Structure with SJ3149 提交 2023-02-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 41–442（402 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；70 MM TRIS PH 7.0, 140 MM MGCL2, 7% W/V PEG 8000	分辨率 3.45 Å R-free 0.272
8OIZ Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with Pomalidomide 提交 2023-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 40–442（403 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
8OJH Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with compound 4 提交 2023-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 40–442（403 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 ZN ZINC ION × 1 VP9 4-azanyl-2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-7-methoxy-isoindole-1,3-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.	分辨率 2.72 Å R-free 0.254
8RQ1 Crystal structure of CRBN-midi 提交 2024-01-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–187（147 aa）链 A 249–426（178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M BIS-TRIS propane pH 6.5	分辨率 3.11 Å R-free 0.300
8RQ8 Crystal structure of CRBN-midi in complex with mezigdomide 提交 2024-01-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–187（147 aa）链 A 249–426（178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；214 uM mezigdomide 0.2 M sodium acetate, 25% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5	分辨率 2.19 Å R-free 0.285
8RQ9 Crystal structure of PROTAC CFT-1297 in complex with CRBN-midi and BRD4(BD2) 提交 2024-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 41–187（147 aa）链 A 249–426（178 aa）	未记录	A1H2F (3~{S})-3-[7-[1-[7-[4-[6-(4-chlorophenyl)-1-methyl-spiro[[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine-4,1'-cyclopropane]-8-yl]pyrazol-1-yl]heptyl]piperidin-4-yl]-3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium citrate and 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5	分辨率 2.91 Å R-free 0.293
8RQ9 Crystal structure of PROTAC CFT-1297 in complex with CRBN-midi and BRD4(BD2) 提交 2024-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 41–187（147 aa）链 C 249–426（178 aa）	未记录	A1H2F (3~{S})-3-[7-[1-[7-[4-[6-(4-chlorophenyl)-1-methyl-spiro[[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine-4,1'-cyclopropane]-8-yl]pyrazol-1-yl]heptyl]piperidin-4-yl]-3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium citrate and 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5	分辨率 2.91 Å R-free 0.293
8RQA Crystal structure of CRBN-midi in complex with Lenalidomide 提交 2024-01-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–187（147 aa）链 A 249–426（178 aa）	未记录	LVY S-Lenalidomide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris pH 8, 20 % w/v PEG 4000, 1.2 % myo-inositol	分辨率 2.50 Å R-free 0.342
8RQC Crystal structure of CRBN-midi in complex with mezigdomide and IKZF1 ZF2 提交 2024-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 41–187（147 aa）链 A 249–426（178 aa）链 D 41–187（147 aa）链 D 249–426（178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 QFC Mezigdomide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulphate, 25% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.286
8TNP Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:Pomalidomide:SD40 提交 2023-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.	分辨率 3.30 Å
8TNQ Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:PT-179:SD40, conformation 1 提交 2023-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MIQ 2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-5-(morpholin-4-yl)-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.	分辨率 2.41 Å
8TNR Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:PT-179:SD40, conformation 2 提交 2023-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MIQ 2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-5-(morpholin-4-yl)-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.	分辨率 2.50 Å
8TZX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue dWIZ-1 提交 2023-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 U3I (3S)-3-(5-{(1R)-1-[(2R)-1-ethylpiperidin-2-yl]ethoxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350	分辨率 3.15 Å R-free 0.252
8TZX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue dWIZ-1 提交 2023-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 U3I (3S)-3-(5-{(1R)-1-[(2R)-1-ethylpiperidin-2-yl]ethoxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350	分辨率 3.15 Å R-free 0.252
8U15 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220 提交 2023-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.272
8U15 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220 提交 2023-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.272
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.346
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.346
8UH6 Degrader-induced complex between PTPN2 and CRBN-DDB1 提交 2023-10-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	WO8 (5P)-3-(carboxymethoxy)-4-chloro-5-(3-{[(4S)-1-({3-[(4-{1-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-5-yl}piperidine-1-carbonyl)amino]phenyl}methanesulfonyl)-2,2-dimethylpiperidin-4-yl]amino}phenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9CUO Crystal structure of CRBN with compound 3 提交 2024-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 319–427（109 aa）链 B 319–427（109 aa）链 C 319–427（109 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 A1A0J (3S)-3-(3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 3 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；291 K；0.1M Acetate, pH4.7, 0.2M sodium chloride, 1.1M ammonium sulfate	分辨率 1.60 Å R-free 0.205
9CUO Crystal structure of CRBN with compound 3 提交 2024-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 319–427（109 aa）链 E 319–427（109 aa）链 F 319–427（109 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 A1A0J (3S)-3-(3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 3 SO4 SULFATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；291 K；0.1M Acetate, pH4.7, 0.2M sodium chloride, 1.1M ammonium sulfate	分辨率 1.60 Å R-free 0.205
9D0W Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4 提交 2024-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 40–442（403 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1A1I (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9D0X Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4 (local mask) 提交 2024-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 40–442（403 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1A1I (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.84 Å
9DJT Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-5 提交 2024-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5H (3S)-3-(5-{[(4R)-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octan-4-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9DJT Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-5 提交 2024-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5H (3S)-3-(5-{[(4R)-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octan-4-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9DJX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-6 提交 2024-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5I (3S)-3-(5-{[(3R,6S)-1-ethyl-6-methylpiperidin-3-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS Propane pH 7.5, 20% PEG3350 (Qiagen PACT G8)	分辨率 3.35 Å R-free 0.271
9DJX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-6 提交 2024-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 70–442（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 A1A5I (3S)-3-(5-{[(3R,6S)-1-ethyl-6-methylpiperidin-3-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS Propane pH 7.5, 20% PEG3350 (Qiagen PACT G8)	分辨率 3.35 Å R-free 0.271
9DOM PVTX-405: A Potent, Highly Selective, and Orally Efficacious Molecular Glue Degrader of IKZF2 for Cancer Immunotherapy 提交 2024-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 319–426（108 aa）	未记录	A1A8N (3S)-3-(1'-benzyl-6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.4 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.5 27% w/v PEG 4000	分辨率 1.69 Å R-free 0.234
9DOM PVTX-405: A Potent, Highly Selective, and Orally Efficacious Molecular Glue Degrader of IKZF2 for Cancer Immunotherapy 提交 2024-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 319–426（108 aa）	未记录	A1A8N (3S)-3-(1'-benzyl-6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.4 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.5 27% w/v PEG 4000	分辨率 1.69 Å R-free 0.234
9DOM PVTX-405: A Potent, Highly Selective, and Orally Efficacious Molecular Glue Degrader of IKZF2 for Cancer Immunotherapy 提交 2024-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 319–426（108 aa）	未记录	A1A8N (3S)-3-(1'-benzyl-6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.4 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.5 27% w/v PEG 4000	分辨率 1.69 Å R-free 0.234
9DOM PVTX-405: A Potent, Highly Selective, and Orally Efficacious Molecular Glue Degrader of IKZF2 for Cancer Immunotherapy 提交 2024-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 319–426（108 aa）	未记录	A1A8N (3S)-3-(1'-benzyl-6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.4 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.5 27% w/v PEG 4000	分辨率 1.69 Å R-free 0.234
9DQD cryo-EM structure of human Cereblon/DDB1 in complex with a non-traditional CRBN binder 提交 2024-09-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BEP (3R)-3-{1-methyl-6-[(piperidin-4-yl)amino]-1H-indazol-3-yl}piperidine-2,6-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9DUR Cryo-EM Structure of CRBN:dHTC1:ENL YEATS 提交 2024-10-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IQT 2-[3-[2-[4-[[(5~{S})-1,3-bis(oxidanylidene)-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]sulfonylamino]piperidin-1-yl]ethylcarbamoyl]phenyl]-~{N}-cyclobutyl-imidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES/NaOH pH7.4, 150 mM NaCl. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were vitrified using a Leica EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixturewas applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C	分辨率 2.90 Å
9DWV Ternary complex of CRBN-DDB1-PPIL4 RRM domain with FPFT-2216 提交 2024-10-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9DWW Ternary complex of CRBN-DDB1-PDE6D with FPFT-2216 提交 2024-10-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–441（441 aa）	未记录	RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit	分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–441（441 aa）	未记录	RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit	分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–441（441 aa）	未记录	RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit	分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–441（441 aa）	未记录	RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit	分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–441（441 aa）	未记录	RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit	分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–441（441 aa）	未记录	RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit	分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 1–441（441 aa）	未记录	RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit	分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 1–441（441 aa）	未记录	RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit	分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9FJX Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with Lenalidomide 提交 2024-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 40–442（403 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
9GAO Crystal structure of CRBNmidi in complex with 2-(4-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)phenoxy)-N-methylacetamide 提交 2024-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 41–187（147 aa）链 A 249–426（178 aa）链 C 41–187（147 aa）链 C 249–426（178 aa）	未记录	A1IJM 2-[4-[(3~{R})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]phenoxy]-~{N}-methyl-ethanamide × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Buffer system I (Molecular Dimensions), 15.45% v/v Precipitant mix 2 (MD), 180 mM Monosaccharides (MD)	分辨率 1.95 Å R-free 0.286
9GY3 Crystal structure of CRBNmidi in complex with (S)-dHTC1 提交 2024-10-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–187（147 aa）链 A 249–426（178 aa）	未记录	A1IQT 2-[3-[2-[4-[[(5~{S})-1,3-bis(oxidanylidene)-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]sulfonylamino]piperidin-1-yl]ethylcarbamoyl]phenyl]-~{N}-cyclobutyl-imidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus H10 (0.1 M Buffer System 3 pH 8.5, 0.12 M Alcohols, 30 % Precipitant Mix 2) (Molecular Dimensions)	分辨率 2.50 Å R-free 0.303
9GY3 Crystal structure of CRBNmidi in complex with (S)-dHTC1 提交 2024-10-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 41–187（147 aa）链 C 249–426（178 aa）	未记录	A1IQT 2-[3-[2-[4-[[(5~{S})-1,3-bis(oxidanylidene)-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]sulfonylamino]piperidin-1-yl]ethylcarbamoyl]phenyl]-~{N}-cyclobutyl-imidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus H10 (0.1 M Buffer System 3 pH 8.5, 0.12 M Alcohols, 30 % Precipitant Mix 2) (Molecular Dimensions)	分辨率 2.50 Å R-free 0.303
9H59 Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with NK7-902 and NEK7 提交 2024-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–442（441 aa）	未记录	A1ISP 2-[(3S)-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-[(1S,2R,5S)-2-(ethylamino)-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]isoindole-1,3-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9HNE Cereblon in complex with DDB1, GSPT1 and Compound-1 提交 2024-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 40–442（403 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350	分辨率 3.90 Å R-free 0.336
9HNE Cereblon in complex with DDB1, GSPT1 and Compound-1 提交 2024-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 40–442（403 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350	分辨率 3.90 Å R-free 0.336
9HPI Cryo-EM structure of DDB1dB-CRBN-MRT-0031619, conformation 1 提交 2024-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 41–442（402 aa）链 C 41–442（402 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 A1IW1 (3~{S})-3-[3-oxidanylidene-5-[8-(phenylcarbonyl)-2,8-diazaspiro[4.5]decan-2-yl]-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Sample supplemented with DDM directly before vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LEICA EMGP2	分辨率 2.93 Å
9HPJ Cryo-EM structure of DDB1dB-CRBN-MRT-0031619, conformation 2 提交 2024-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 41–442（402 aa）链 C 41–442（402 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 A1IW1 (3~{S})-3-[3-oxidanylidene-5-[8-(phenylcarbonyl)-2,8-diazaspiro[4.5]decan-2-yl]-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Sample supplemented with DDM directly before vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LEICA EMGP2	分辨率 3.10 Å
9NFQ Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-3486 in complex with NEK7 提交 2025-02-21	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	A1BX6 (3S)-N-{[(4R)-3-(2,4-dioxo-1,3-diazinan-1-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-7-yl]methyl}-2-(phenylmethanesulfonyl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.029 M HEPES salt, 0.071 M MOPS acid, 0.06 M NaNO3, 0.06 M Na2HPO4, 0.06 M (NH4)2SO4, 11 % (w/v) PEG 8,000 and 25 % (v/v) ethylene glycol.	分辨率 3.25 Å R-free 0.261
9NFR Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-23227 in complex with VAV1 提交 2025-02-21	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BYX (3R)-3-{2-chloro-4'-[(1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)methoxy][1,1'-biphenyl]-3-yl}piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.6 % PEG Smear Low, 6.1 % PEG Smear Medium, 4.3 % PEG Smear High, 5 % glycerol, 0.1 M CaCl2, and 0.1 M MES pH 5.8	分辨率 3.40 Å R-free 0.271
9NGT Crystal structure of CRBN-DDB1 and FPFT-2216 in complex with mTOR 提交 2025-02-22	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；70 mM MES pH 6.0, 1.8-3.2 % (w/v) PEG 3,000, and 13-24 % (w/v) PEG 200	分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9NR3 CRBN-DDB1 in complex with GLUL-cN 提交 2025-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 41–442（402 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% v/v TacsimateTM pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.93 Å R-free 0.278
9NWS Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449) 提交 2025-03-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.	分辨率 2.70 Å
9NWT Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449;G416A) 提交 2025-03-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.	分辨率 2.70 Å
9NYR Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 24 提交 2025-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 40–442（403 aa）	未记录	A1B7G N-{(1R,4S)-4-[(4-{3-chloro-4-[(3R)-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydropyridin-3-yl]phenyl}piperazin-1-yl)methyl]cyclohexyl}-4-({4-[(3S)-3-hydroxy-3-methylpiperidin-1-yl]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl}amino)-3-methylbenzene-1-sulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50mM HEPES, pH 7.5, 150mM NaCl, 2mM TCEP, 2 mM FFC8, protein = 13.4 mg/ml cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9O91 Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure 提交 2025-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 318–426（109 aa）片段：CULT domain	未记录	A1CAC (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 8.5 33 % w/v PEG 4000	分辨率 1.86 Å R-free 0.218
9O91 Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure 提交 2025-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 318–426（109 aa）片段：CULT domain	未记录	A1CAC (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 8.5 33 % w/v PEG 4000	分辨率 1.86 Å R-free 0.218
9O91 Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure 提交 2025-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 318–426（109 aa）片段：CULT domain	未记录	A1CAC (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 8.5 33 % w/v PEG 4000	分辨率 1.86 Å R-free 0.218
9O91 Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure 提交 2025-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 318–426（109 aa）片段：CULT domain	未记录	A1CAC (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 8.5 33 % w/v PEG 4000	分辨率 1.86 Å R-free 0.218
9ODR Structure of CRBN TBD bound to compound C1 提交 2025-04-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 319–426（108 aa）片段：TBD domain	未记录	A1CAV (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350	分辨率 2.42 Å R-free 0.228
9ODR Structure of CRBN TBD bound to compound C1 提交 2025-04-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 319–426（108 aa）片段：TBD domain	未记录	A1CAV (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350	分辨率 2.42 Å R-free 0.228
9ODR Structure of CRBN TBD bound to compound C1 提交 2025-04-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 319–426（108 aa）片段：TBD domain	未记录	A1CAV (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350	分辨率 2.42 Å R-free 0.228
9ODR Structure of CRBN TBD bound to compound C1 提交 2025-04-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 319–426（108 aa）片段：TBD domain	未记录	A1CAV (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350	分辨率 2.42 Å R-free 0.228
9ODS Structure of CRBN TBD bound to compound C3 提交 2025-04-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 319–426（108 aa）片段：TBD domain	未记录	A1CAW (1P)-1-[(4S)-8H-spiro[furo[2,3-c]imidazo[1,2-a]pyridine-7,4'-piperidin]-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350	分辨率 2.61 Å R-free 0.248
9ODS Structure of CRBN TBD bound to compound C3 提交 2025-04-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 319–426（108 aa）片段：TBD domain	未记录	A1CAW (1P)-1-[(4S)-8H-spiro[furo[2,3-c]imidazo[1,2-a]pyridine-7,4'-piperidin]-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350	分辨率 2.61 Å R-free 0.248
9ODS Structure of CRBN TBD bound to compound C3 提交 2025-04-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 319–426（108 aa）片段：TBD domain	未记录	A1CAW (1P)-1-[(4S)-8H-spiro[furo[2,3-c]imidazo[1,2-a]pyridine-7,4'-piperidin]-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350	分辨率 2.61 Å R-free 0.248
9ODS Structure of CRBN TBD bound to compound C3 提交 2025-04-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 319–426（108 aa）片段：TBD domain	未记录	A1CAW (1P)-1-[(4S)-8H-spiro[furo[2,3-c]imidazo[1,2-a]pyridine-7,4'-piperidin]-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350	分辨率 2.61 Å R-free 0.248
9OHQ Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15 提交 2025-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 319–426（108 aa）	未记录	A1CBH (3S)-3-[(5M)-5-{1-methyl-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2M Magnesium Chloride, 0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 32.5% w/v PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.201
9OHQ Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15 提交 2025-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 319–426（108 aa）	未记录	A1CBH (3S)-3-[(5M)-5-{1-methyl-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2M Magnesium Chloride, 0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 32.5% w/v PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.201
9OHQ Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15 提交 2025-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 319–426（108 aa）	未记录	A1CBH (3S)-3-[(5M)-5-{1-methyl-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2M Magnesium Chloride, 0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 32.5% w/v PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.201
9OHQ Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15 提交 2025-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 319–426（108 aa）	未记录	A1CBH (3S)-3-[(5M)-5-{1-methyl-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2M Magnesium Chloride, 0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 32.5% w/v PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.201
9OHR Structure of CRBN:IKZF2:Compound 35 提交 2025-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 319–426（108 aa）	未记录	A1CBG (3S)-3-[(5M)-5-{1-(oxetan-3-yl)-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.5 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 32.5% w/v PEG 3350	分辨率 2.34 Å R-free 0.290
9OHR Structure of CRBN:IKZF2:Compound 35 提交 2025-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 319–426（108 aa）	未记录	A1CBG (3S)-3-[(5M)-5-{1-(oxetan-3-yl)-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.5 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 32.5% w/v PEG 3350	分辨率 2.34 Å R-free 0.290
9OHR Structure of CRBN:IKZF2:Compound 35 提交 2025-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 319–426（108 aa）	未记录	A1CBG (3S)-3-[(5M)-5-{1-(oxetan-3-yl)-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.5 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 32.5% w/v PEG 3350	分辨率 2.34 Å R-free 0.290
9OHR Structure of CRBN:IKZF2:Compound 35 提交 2025-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 319–426（108 aa）	未记录	A1CBG (3S)-3-[(5M)-5-{1-(oxetan-3-yl)-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.5 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 32.5% w/v PEG 3350	分辨率 2.34 Å R-free 0.290
9OS2 Cryo-EM structure of the DDB1/CRBN-MRT-5702-G3BP2 ternary complex 提交 2025-05-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 47–424（378 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1CED (1S,3S)-2-[(2-chlorophenyl)methanesulfonyl]-N-{[(4R)-3-(2,4-dioxo-1,3-diazinan-1-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-7-yl]methyl}-1-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
9OTY DDB1-CRBN with CK1 alpha, SB-405483, and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 46–427（382 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1CEH N-{2-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9OUK DDB1-CRBN with Ikaros(ZF2) and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 A1CEK N-{2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
9OUL DDB1-CRBN with Ikaros(ZF2), SB-405483, and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–427（427 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1 A1CEK N-{2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
9Q03 Cryo-EM structure of ternary complex BCL6-CRBN-DDB1 with BCL6-760 (LDD, local refined) 提交 2025-08-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1CM7 (3R)-3-(6-{4-[(5-chloro-4-{[3-(3-hydroxy-3-methylbutyl)-1-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-5-yl]amino}pyrimidin-2-yl)(methyl)amino]piperidin-1-yl}-1-methyl-1H-indazol-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9Q22 Crystal structure of ternary complex Helios-ZF2:I-19:CRBN:DDB1 提交 2025-08-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 41–442（402 aa）	未记录	A1CNP (3S)-3-[5-(1-benzyl-4-hydroxypiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.148 M lithium citrate, 0.1 M Tris, pH 7.5, 19.4% PEG3350	分辨率 3.41 Å R-free 0.252
9Q2D Cryo-EM structure of ternary complex Ikaros-ZF2:CC-885:CRBN:DDB1 (molecular glue degrader) 提交 2025-08-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–442（442 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot time 4 sec blot force 4	分辨率 2.94 Å
9SAF Ternary PROTAC-mediated complex of BRD4-BD1/CRBN/DDB1 and JQ1-AcQ bifunctional degrader 提交 2025-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–442（441 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1JM8 ~{N}-[(2~{S})-1-[[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-9-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,10,12-tetraen-9-yl]ethanoylamino]nonanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
9SAI Ternary PROTAC-mediated complex consisting of Cereblon, DDB1 and BRD4-BD1, non-covalently linked by JQ1-AcN 提交 2025-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–442（441 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1JM3 N-[(2S)-1-[[(3S)-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-9-[2-[(9S)-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]nonanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES, 100 mM NaCl, 0.25 mM TCEP, pH: 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.66 Å
9SFM Crystal structure of Cereblon-DDB1 in complex with SB-405483 and Lenalidomide 提交 2025-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 46–427（382 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；20% w/v PEG 4000 0.1 M TRIS pH 8.2, 0.2 M	分辨率 2.39 Å R-free 0.244
9UUM Cryo-EM structure of mezigdomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 41–442（402 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.41 Å
9V0A Cryo-EM structure of pomalidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 41–442（402 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.69 Å
9V0B Cryo-EM structure of avadomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 41–442（402 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.54 Å
9V0F Cryo-EM structure of cemsidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 41–442（402 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.71 Å
9W2F Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with dHuR-2 and HuR 提交 2025-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 45–425（381 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1EUN (3S)-3-[6-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]pyrazol-4-yl]-1-benzofuran-3-yl]piperidine-2,6-dione × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9Y7D Cereblon with Golcadomide and Ikaros ZF1-2-3 提交 2025-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 40–442（403 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 A1AF4 Golcadomide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.26 Å
9YA9 Cryo-EM structure of ternary complex BCL6-CRBN-DDB1 with BMS-986458 (local refined), a potent and selective BCL6 ligand directed degrader (LDD) 提交 2025-09-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–442（442 aa）	未记录	A1CTU (3R)-3-(6-{[(3R,4R)-1-{5-chloro-4-[(1-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-5-yl)amino]pyrimidin-2-yl}-3-methylpiperidin-4-yl]amino}-1-methyl-1H-indazol-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRBN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–442； UniProt 1–442

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9q33
沉积日期 deposition_date	2025-08-15
结构标题 title	Cereblon Ternary Complex with Blimp1 and compound 5
关键词 keywords	Liganded Cereblon Ligase Substrate, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.44 Å
零角强度 I(0) i0	121096000.00
分子量 molecular_weight	58244.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56339 Å³
包络体积 envelope_volume	99934 Å³
水化壳体积 shell_volume	31455 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.41 Å
包络 Rg envelope_rg	28.08 Å
形状 Rg shape_rg	27.43 Å
总 Rg total_rg	27.91 Å
总原子数 total_atoms	4397
残基数 n_residues	536
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.7 Å
Rg (实空间) rg_real	28.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	121100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8064
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.635
峰度 Kurtosis kurtosis	0.303
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.577; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.845; Smooth: 0.905

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PR domain zinc finger protein 1
分子量 formula_weight	21865.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4397

GSKMDMEDADMTLWTEAEFEEKCTYIVNDHPWDSGADGGTSVQAEASLPRNLLFKYATNSEEVIGVMSKEYIPKGTRFGPLIGEIYTNDTVPKNANRKYFWRIYSRGELHHFIDGFNEEKSNWMRYVNPAHSPREQNLAACQNGMNIYFYTIKPIPANQELLVWYCRDFAERLHYPYPGELTMMNLTQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein cereblon
分子量 formula_weight	50603.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAGEGDQQDAAHNMGNHLPLLPAESEEEDEMEVEDQDSKEAKKPNIINFDTSLPTSHTYLGADMEEFHGRTLHDDDSCQVIPVLPQVMMILIPGQTLPLQLFHPQEVSMVRNLIQKDRTFAVLAYSNVQEREAQFGTTAEIYAYREEQDFGIEIVKVKAIGRQRFKVLELRTQSDGIQQAKVQILPECVLPSTMSAVQLESLNKCQIFPSKPVSREDQCSYKWWQKYQKRKFHCANLTSWPRWLYSLYDAETLMDRIKKQLREWDENLKDDSLPSNPIDFSYRVAACLPIDDVLRIQLLKIGSAIQRLRCELDIMNKCTSLCCKQCQETEITTKNEIFSLSLCGPMAAYVNPHGYVHETLTVYKACNLNLIGRPSTEHSWFPGYAWTVAQCKICASHIGWKFTATKKDMSPQKFWGLTRSALLPTIPDTEDEISPDKVILCL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;N-({(4R)-7-[(1S)-2-amino-1-(4-bromo-2-methylphenyl)-2-oxoethyl]-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,2-a]pyrazin-3-yl}methyl)-13-{4-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]anilino}tridecanamide ;
分子量 formula_weight	776.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	174443

fit	/app/data/saxs_computation/q3/9q33/9q33.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q3/9q33/9q33.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q3/9q33/9q33.dat

Cereblon Ternary Complex with Blimp1 and compound 5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PR domain zinc finger protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein cereblon

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)