|
12DL
Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs
提交 2026-03-29
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 33
PDB 声明:33-meric
|
链 BA
1–782(782 aa)
链 BB
1–782(782 aa)
|
未记录
|
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
MG MAGNESIUM ION × 2
ZN ZINC ION × 11
CA CALCIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
24MC
Structure of oocyte cytoplasmic lattices
提交 2026-03-10
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 36
PDB 声明:36-meric
|
链 b
1–782(782 aa)
链 d
1–782(782 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ZN ZINC ION × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
2ZKD
Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA
提交 2008-03-19
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
|
链 A
404–613(210 aa)
片段:UNP residues 404-613
|
未记录
|
ACT ACETATE ION × 1
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;0.1M sodium citrate (pH5.6), 0.2M sodium acetate, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.60 Å
R-free 0.185
|
|
2ZKD
Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA
提交 2008-03-19
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–DNA
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
|
链 B
404–613(210 aa)
片段:UNP residues 404-613
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;0.1M sodium citrate (pH5.6), 0.2M sodium acetate, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.60 Å
R-free 0.185
|
|
2ZKE
Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA
提交 2008-03-19
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
|
链 A
404–613(210 aa)
片段:UNP residues 404-613
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M Bis-Tris-propane (pH7.5), 0.2M sodium fluoride, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.275
|
|
2ZKF
Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA
提交 2008-03-19
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
|
链 A
404–613(210 aa)
片段:UNP residues 404-613
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M Bis-Tris-propane (pH7.5), 0.2M sodium fluoride, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.275
|
|
2ZKG
Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95
提交 2008-03-19
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
404–613(210 aa)
片段:UNP residues 404-613
|
未记录
|
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;277 K;0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.77 Å
R-free 0.217
|
|
2ZKG
Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95
提交 2008-03-19
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
404–613(210 aa)
片段:UNP residues 404-613
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;277 K;0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.77 Å
R-free 0.217
|
|
2ZKG
Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95
提交 2008-03-19
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 C
404–613(210 aa)
片段:UNP residues 404-613
|
未记录
|
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;277 K;0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.77 Å
R-free 0.217
|
|
2ZKG
Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95
提交 2008-03-19
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 D
404–613(210 aa)
片段:UNP residues 404-613
|
未记录
|
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;277 K;0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.77 Å
R-free 0.217
|
|
2ZO0
mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 1
提交 2008-05-05
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
|
链 B
419–628(210 aa)
片段:SRA domain, residues 419-628
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289 K;20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.19 Å
R-free 0.253
|
|
2ZO0
mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 1
提交 2008-05-05
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
419–628(210 aa)
片段:SRA domain, residues 419-628
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289 K;20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.19 Å
R-free 0.253
|
|
2ZO1
Mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 2
提交 2008-05-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
|
链 B
419–628(210 aa)
片段:SRA domain, residues 419-628
|
未记录
|
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289 K;20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.96 Å
R-free 0.246
|
|
2ZO1
Mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 2
提交 2008-05-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
419–628(210 aa)
片段:SRA domain, residues 419-628
|
未记录
|
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289 K;20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.96 Å
R-free 0.246
|
|
2ZO2
Mouse NP95 SRA domain non-specific DNA complex
提交 2008-05-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
|
链 B
419–628(210 aa)
片段:SRA domain, residues 419-628
|
未记录
|
PO4 PHOSPHATE ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;20% (v/v) polyethylene glycol 3350 or 10000, 0.2-0.4M NaCl, 0.1M MES(pH 5.8-6.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.09 Å
R-free 0.291
|
|
2ZO2
Mouse NP95 SRA domain non-specific DNA complex
提交 2008-05-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
419–628(210 aa)
片段:SRA domain, residues 419-628
|
未记录
|
PO4 PHOSPHATE ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;20% (v/v) polyethylene glycol 3350 or 10000, 0.2-0.4M NaCl, 0.1M MES(pH 5.8-6.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.09 Å
R-free 0.291
|
|
2ZO2
Mouse NP95 SRA domain non-specific DNA complex
提交 2008-05-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:hexameric
|
链 B
419–628(210 aa)
片段:SRA domain, residues 419-628
|
未记录
|
PO4 PHOSPHATE ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;20% (v/v) polyethylene glycol 3350 or 10000, 0.2-0.4M NaCl, 0.1M MES(pH 5.8-6.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.09 Å
R-free 0.291
|
|
3F8I
Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG, crystal structure in space group P21
提交 2008-11-12
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
|
链 A
418–628(211 aa)
片段:YDG domain: UNP residues 419-628
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7;277 K;20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.29 Å
R-free 0.268
|
|
3F8I
Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG, crystal structure in space group P21
提交 2008-11-12
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–DNA
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
|
链 B
418–628(211 aa)
片段:YDG domain: UNP residues 419-628
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7;277 K;20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.29 Å
R-free 0.268
|
|
3F8J
Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG, crystal structure in space group C222(1)
提交 2008-11-12
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
|
链 B
417–628(212 aa)
片段:YDG domain: UNP residues 417-628
|
未记录
|
GOL GLYCEROL × 9
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7;277 K;20% PEG 3350, 0.4 M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 1.99 Å
R-free 0.232
|
|
3FDE
Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG DNA, crystal structure in space group C222(1) at 1.4 A resolution
提交 2008-11-25
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
|
链 A
419–628(210 aa)
片段:YDG domain: UNP residues 419-628
|
未记录
|
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11
NA SODIUM ION × 2
UNL UNKNOWN LIGAND × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;277 K;20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 1.41 Å
R-free 0.186
|
|
3FDE
Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG DNA, crystal structure in space group C222(1) at 1.4 A resolution
提交 2008-11-25
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–DNA
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
|
链 B
419–628(210 aa)
片段:YDG domain: UNP residues 419-628
|
未记录
|
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11
NA SODIUM ION × 2
UNL UNKNOWN LIGAND × 7
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;277 K;20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 1.41 Å
R-free 0.186
|
|
6M2V
Crystal structure of UHRF1 SRA complexed with fully-mCHG DNA.
提交 2020-03-01
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:tetrameric
|
链 A
417–628(212 aa)
链 B
417–628(212 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;291 K;0.1M Bis-Tris, pH 8.0, 0.2M NaCl, 12% PEG 3,350
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.276
|
|
6VEE
Solution structure of the TTD and linker region of mouse UHRF1 (NP95)
提交 2019-12-31
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
122–305(184 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.5;303 K;离子强度(mmCIF原始值)150;压力 1
NMR样品组成
250 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] TTD-linker, 50 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 5 mM TCEP, 2 mM beta-mercaptoethanol, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供
|
|
6VFO
Solution structure of the PHD of mouse UHRF1 (NP95)
提交 2020-01-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
303–380(78 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
|
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.5;290 K;离子强度(mmCIF原始值)150;压力 1
NMR样品组成
200 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] PHD, 5 mM DTT, 2 mM beta-mercaptoethanol, 5 mM TCEP, 150 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供
|
|
7XGA
NMR strucutre of chimeric protein for model of PHD-Stella complex
提交 2022-04-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
304–372(69 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
|
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7;293 K;离子强度(mmCIF原始值)50;压力 1
NMR测量条件
pH 7;293 K;离子强度(mmCIF原始值)50;压力 1
NMR样品组成
0.66 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PHD_Stella, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.66 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PHD_Stella, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供
|
|
9W2M
Cryo-EM structure of the Cytoplasmic lattice(CPL) from mouse oocyte
提交 2025-07-28
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 56
PDB 声明:56-meric
|
链 P
1–782(782 aa)
链 Q
1–782(782 aa)
链 p
1–782(782 aa)
链 q
1–782(782 aa)
|
未记录
|
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å
|
|
9XRL
Structure of mouse cytoplasmic lattice (CPL) repeating unit
提交 2025-11-19
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 73
PDB 声明:73-meric
|
链 AL
1–782(782 aa)
链 AR
1–782(782 aa)
链 x
1–782(782 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 13
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.74 Å
|