9v9p

Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (CBX7) complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 22 DNA 2	Histone H4 × 4 （P62805） Histone H2A type 1-H × 4 （Q96KK5） Histone H2B type 1-C/E/F/G/I × 4 （P62807） DNA (252-MER) × 1 DNA (252-MER) × 1 Chromobox protein homolog 7 × 2 （O95931） Polycomb complex protein BMI-1 × 2 （P35226） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 2 （Q99496） ZINC ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H31_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 K； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 M； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

物种未注明

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 22 DNA 2	Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H2A type 1-H × 4 （Q96KK5） Histone H2B type 1-C/E/F/G/I × 4 （P62807） DNA (252-MER) × 1 DNA (252-MER) × 1 Chromobox protein homolog 7 × 2 （O95931） Polycomb complex protein BMI-1 × 2 （P35226） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 2 （Q99496） ZINC ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 Q； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 R； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A type 1-H

物种未注明

UniProt Q96KK5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 22 DNA 2	Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805） Histone H2B type 1-C/E/F/G/I × 4 （P62807） DNA (252-MER) × 1 DNA (252-MER) × 1 Chromobox protein homolog 7 × 2 （O95931） Polycomb complex protein BMI-1 × 2 （P35226） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 2 （Q99496） ZINC ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1H_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 G； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 L； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 O； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128

Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

物种未注明

UniProt P62807

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 22 DNA 2	Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805） Histone H2A type 1-H × 4 （Q96KK5） DNA (252-MER) × 1 DNA (252-MER) × 1 Chromobox protein homolog 7 × 2 （O95931） Polycomb complex protein BMI-1 × 2 （P35226） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 2 （Q99496） ZINC ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 H； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 N； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 P； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

Chromobox protein homolog 7

Homo sapiens

UniProt O95931

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 22 DNA 2	Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805） Histone H2A type 1-H × 4 （Q96KK5） Histone H2B type 1-C/E/F/G/I × 4 （P62807） DNA (252-MER) × 1 DNA (252-MER) × 1 Polycomb complex protein BMI-1 × 2 （P35226） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 2 （Q99496） ZINC ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBX7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–251； UniProt 1–251 作者链 Y； PDB构建体 1–251； UniProt 1–251

Polycomb complex protein BMI-1

Homo sapiens

UniProt P35226

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 22 DNA 2	Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805） Histone H2A type 1-H × 4 （Q96KK5） Histone H2B type 1-C/E/F/G/I × 4 （P62807） DNA (252-MER) × 1 DNA (252-MER) × 1 Chromobox protein homolog 7 × 2 （O95931） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 2 （Q99496） ZINC ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BMI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 V； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326

E3 ubiquitin-protein ligase RING2

Homo sapiens

UniProt Q99496

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 22 DNA 2	Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805） Histone H2A type 1-H × 4 （Q96KK5） Histone H2B type 1-C/E/F/G/I × 4 （P62807） DNA (252-MER) × 1 DNA (252-MER) × 1 Chromobox protein homolog 7 × 2 （O95931） Polycomb complex protein BMI-1 × 2 （P35226） ZINC ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RING2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–336； UniProt 1–336 作者链 W； PDB构建体 1–336； UniProt 1–336

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9v9p
沉积日期 deposition_date	2025-06-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (CBX7) complex
关键词 keywords	nucleosome modification, transcriptional regulation, GENE REGULATION/DNA, GENE REGULATION-DNA complex; GENE REGULATION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9v9p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9v9p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9v9p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.60 Å
Rg（电子密度）	53.83 Å
总 Rg	54.18 Å
原子数	46240
残基数	2366
排除体积	416320 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9v9p__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	15437.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,K,M
原子数 atom_count	46240

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,Q,R

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-H
分子量 formula_weight	13935.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,L,O

MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
分子量 formula_weight	13937.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,N,P

MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (252-MER)
分子量 formula_weight	77813.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

GCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (252-MER)
分子量 formula_weight	77826.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGC

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Chromobox protein homolog 7
分子量 formula_weight	28389.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,Y

MELSAIGEQVFAVESIRKKRVRKGKVEYLVKWKGWPPKYSTWEPEEHILDPRLVMAYEEKEERDRASGYRKRGPKPKRLLLQRLYSMDLRSSHKAKGKEKLCFSLTCPLGSGSPEGVVKAGAPELVDKGPLVPTLPFPLRKPRKAHKYLRLSRKKFPPRGPNLESHSHRRELFLQEPPAPDVLQAAGEWEPAAQPPEEEADADLAEGPPPWTPALPSSEVTVTDITANSITVTFREAQAAEGFFRDRSGKF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Polycomb complex protein BMI-1
分子量 formula_weight	37006.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,V

MHRTTRIKITELNPHLMCVLCGGYFIDATTIIECLHSFCKTCIVRYLETSKYCPICDVQVHKTRPLLNIRSDKTLQDIVYKLVPGLFKNEMKRRRDFYAAHPSADAANGSNEDRGEVADEDKRIITDDEIISLSIEFFDQNRLDRKVNKDKEKSKEEVNDKRYLRCPAAMTVMHLRKFLRSKMDIPNTFQIDVMYEEEPLKDYYTLMDIAYIYTWRRNGPLPLKYRVRPTCKRMKISHQRDGLTNAGELESDSGSDKANSPAGGIPSTSSCLPSPSTPVQSPHPQFPHISSTMNGTSNSPSGNHQSSFANRPRKSSVNGSSATSSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RING2
分子量 formula_weight	37706.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,W

MSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITALRSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPSRDEYEAHQERVLARINKHNNQQALSHSIEEGLKIQAMNRLQRGKKQQIENGSGAEDNGDSSHCSNASTHSNQEAGPSNKRTKTSDDSGLELDNNNAAMAIDPVMDGASEIELVFRPHPTLMEKDDSAQTRYIKTSGNATVDHLSKYLAVRLALEELRSKGESNQMNLDTASEKQYTIYIATASGQFTVLNGSFSLELVSEKYWKVNKPMELYYAPTKEHK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	512439

Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (CBX7) complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1-H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chromobox protein homolog 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polycomb complex protein BMI-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase RING2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9v9p__assembly_1__model_1

9v9p__assembly_1__model_1 | I(q)

9v9p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer