当前蛋白身份：P03354
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1A5V ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 AND MN CATION 提交 1998-02-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
624–779（156 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 Y3 4-ACETYLAMINO-5-HYDROXYNAPHTHALENE-2,7-DISULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA HEPES, PH 7.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.210 |
| 1A5V ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 AND MN CATION 提交 1998-02-18 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
624–779（156 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 Y3 4-ACETYLAMINO-5-HYDROXYNAPHTHALENE-2,7-DISULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA HEPES, PH 7.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.210 |
| 1A5W ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 提交 1998-02-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
624–779（156 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
未记录 | Y3 4-ACETYLAMINO-5-HYDROXYNAPHTHALENE-2,7-DISULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA CITRATE PH 5.6
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.222 |
| 1A5X ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 提交 1998-02-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
624–779（156 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
未记录 | Y3 4-ACETYLAMINO-5-HYDROXYNAPHTHALENE-2,7-DISULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M HEPES, PH 7.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.212 |
| 1ASU AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE CATALYTIC CORE DOMAIN CRYSTALLIZED FROM 2% PEG 400, 2M AMMONIUM SULFATE, HEPES PH 7.5 提交 1995-08-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
624–779（156 aa）
|
突变：INS(PRO 48, LEU 49, ARG 50, GLU 51, ASN 208, LEU 209) | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.188 |
| 1ASV Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain 提交 1995-08-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
624–779（156 aa）
|
突变：INS(PRO 48, LEU 49, ARG 50, GLU 51, ASN 208, LEU 209) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；pH 5.6
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.234 |
| 1ASW AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE CATALYTIC CORE DOMAIN CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, HEPES PH 7.5 USING SELENOMETHIONINE SUBSTITUTED PROTEIN; DATA COLLECTED AT-165 DEGREES C 提交 1995-08-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
624–779（156 aa）
|
突变：INS(PRO 48, LEU 49, ARG 50, GLU 51, ASN 208, LEU 209) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.208 |
| 1C0M CRYSTAL STRUCTURE OF RSV TWO-DOMAIN INTEGRASE 提交 1999-07-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
621–858（238 aa）
片段：RESIDUES 49-286
链 B
621–858（238 aa）
片段：RESIDUES 49-286
|
突变：F199K 突变：F199K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD；pH 7；277 K；PLATE-SHAPED CRYSTALS WERE INFREQUENTLY GROWN BY HANGING DROP VAPOR
DIFFUSION METHOD. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 0.050M KCL, 0.01M
MGCL2, 0.05M SODIUM CACODYLATE, PH 7.0, 10% PEG 3350, and 20% (V/V)
ETHYLENE GLYCOL. THE DROP CONTAINED 1:1 MIXTURE OF RESERVOIR SOLUTION
AND PROTEIN (10-15 MG/ML), HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, temperature 277K
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.279 |
| 1C0M CRYSTAL STRUCTURE OF RSV TWO-DOMAIN INTEGRASE 提交 1999-07-16 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
621–858（238 aa）
片段：RESIDUES 49-286
链 D
621–858（238 aa）
片段：RESIDUES 49-286
|
突变：F199K 突变：F199K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD；pH 7；277 K；PLATE-SHAPED CRYSTALS WERE INFREQUENTLY GROWN BY HANGING DROP VAPOR
DIFFUSION METHOD. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 0.050M KCL, 0.01M
MGCL2, 0.05M SODIUM CACODYLATE, PH 7.0, 10% PEG 3350, and 20% (V/V)
ETHYLENE GLYCOL. THE DROP CONTAINED 1:1 MIXTURE OF RESERVOIR SOLUTION
AND PROTEIN (10-15 MG/ML), HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, temperature 277K
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.279 |
| 1C1A CRYSTAL STRUCTURE OF RSV TWO-DOMAIN INTEGRASE 提交 1999-07-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
621–858（238 aa）
片段：RESIDUES 49-286
链 B
621–858（238 aa）
片段：RESIDUES 49-286
|
突变：F199K 突变：F199K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
ROD-SHAPED CRYSTALS WERE GROWN BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 0.050M KCL, 0.01M MGCL2, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 0.02M IMIDAZOLE, PH 7.2, 10% PEG3350, AND 20% (V/V) ETHYLENE GLYCOL. THE DROP CONTAINED 1:1 MIXTURE OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN (10-15 MG/ML)
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.337 |
| 1CXQ ATOMIC RESOLUTION ASV INTEGRASE CORE DOMAIN FROM AMMONIUM SULFATE 提交 1999-08-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
624–779（156 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
突变：INS(P48, L49, R50, E51, N208, L209) | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2% Peg 400, 2M Ammonium Sulfate, HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 1.02 Å R-free 0.157 |
| 1CXU 1.42A RESOLUTION ASV INTEGRASE CORE DOMAIN FROM CITRATE 提交 1999-08-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
624–779（156 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
突变：INS(P48, L49, R50, E51, N208, L209) | CIT CITRIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM CITRATE, PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.221 |
| 1CZ9 ATOMIC RESOLUTION ASV INTEGRASE CORE DOMAIN (D64N) FROM CITRATE 提交 1999-09-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
624–779（156 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
突变：D64N, INS(P48, L49, R50, E51, N208, L209) | SO4 SULFATE ION × 2 CIT CITRIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM CITRATE PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.150 |
| 1CZB ATOMIC RESOLUTION ASV INTEGRASE CORE DOMAIN FROM HEPES 提交 1999-09-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
624–779（156 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
突变：INS(P48, L49, R50, E51, N208, L209) | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.06 Å R-free 0.164 |
| 1VSD ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH MG(II) COFACTOR AND HEPES LIGAND, HIGH MG CONCENTRATION FORM 提交 1995-11-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
616–771（156 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10%
ISOPROPANOL, 100 MILLI-MOLAR HEPES PH 7.5. CRYSTALS WERE
THEN SOAKED IN 500 MILLI-MOLAR MGCL2.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.191 |
| 1VSE ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH MG(II) COFACTOR AND HEPES LIGAND, LOW MG CONCENTRATION FORM 提交 1995-11-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
626–771（146 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10%
ISOPROPANOL, 100 MILLIMOLAR HEPES PH 7.5. CRYSTALS WERE
THEN SOAKED IN 20 MILLIMOLAR MGCL2.
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.201 |
| 1VSF ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH MN(II) COFACTOR AND HEPES LIGAND, HIGH MG CONCENTRATION FORM 提交 1995-11-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
626–771（146 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10%
ISOPROPANOL, 100 MILLIMOLAR HEPES PH 7.5. CRYSTALS WERE
THEN SOAKED IN 10 MILLIMOLAR MNCL2.
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.189 |
| 1VSH ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH ZN(II) COFACTORS 提交 1997-03-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
626–771（146 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 8 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5, THEN SOAKED IN 100 MM ZNCL2.
|
分辨率 1.95 Å |
| 1VSI ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH CA(II) COFACTOR 提交 1997-03-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
626–771（146 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5, THEN SOAKED IN 100 MM CACL2.
|
分辨率 2.20 Å |
| 1VSJ ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH CD(II) COFACTORS 提交 1997-03-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
626–771（146 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CD CADMIUM ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, N10% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5, THEN SOAKED IN 100 MM CDCL2.
|
分辨率 2.10 Å |
| 1VSK ASV INTEGRASE CORE DOMAIN D64N MUTATION IN CITRATE BUFFER PH 6.0 提交 1998-09-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
626–771（146 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
突变：D64N | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA CITRATE PH 5.6
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.249 |
| 1VSL ASV INTEGRASE CORE DOMAIN D64N MUTATION WITH ZINC CATION 提交 1998-09-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
626–771（146 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
突变：D64N | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA CITRATE PH 5.6
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.244 |
| 1VSM ASV INTEGRASE CORE DOMAIN IN CITRATE BUFFER PH 5.0 提交 1998-09-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
626–771（146 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA CITRATE PH 5.0, pH 5.6
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.238 |
| 3TIR Pseudo-atomic model of the Rous Sarcoma Virus capsid hexamer 提交 2011-08-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
240–465（226 aa）
片段：UNP resides 240-465
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 10.3；291.15 K；2-7 %(w/v) PEG 8000
0.2M CAPS/KOH, pH 10.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.391 |
| 4FW1 Crystal structure of two-domain RSV INTEGRASE covalently linked with DNA 提交 2012-06-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1329–1550（222 aa）
片段：UNP residues 1329-1580
链 B
1329–1550（222 aa）
片段：UNP residues 1329-1580
|
突变：S124D, C125A, E157C, R166K, F199K 突变：S124D, C125A, E157C, R166K, F199K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；5% Ethanol, 10% PEG4,000, 100mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.222 |
| 4FW2 Crystal structure of RSV three-domain integrase with disordered N-terminal domain 提交 2012-06-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1281–1550（270 aa）
片段：UNP residues 1281-1550
链 B
1281–1550（270 aa）
片段：UNP residues 1281-1550
|
突变：C23S, R166K, F199K 突变：C23S, R166K, F199K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% ethanol, 100 mM imidazole-HCl, and 5% PEG4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.244 |
| 5EJK Crystal structure of the Rous sarcoma virus intasome 提交 2015-11-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 A
1281–1550（270 aa）
片段：UNP residues 573-842
链 B
1281–1550（270 aa）
片段：UNP residues 573-842
链 C
1281–1550（270 aa）
片段：UNP residues 573-842
链 D
1281–1550（270 aa）
片段：UNP residues 573-842
链 E
1281–1550（270 aa）
片段：UNP residues 573-842
链 F
1281–1550（270 aa）
片段：UNP residues 573-842
链 G
1281–1550（270 aa）
片段：UNP residues 573-842
链 H
1281–1550（270 aa）
片段：UNP residues 573-842
|
突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 8 W TUNGSTEN ION × 36 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；Sodium formate
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.294 |
| 5KZ9 Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein. 提交 2016-07-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
片段：UNP residues 1-155
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.3；293 K；2.60 M Ammonium formate, 0.20 M Beta-Alanine/KOH pH 10.3
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.239 |
| 5KZ9 Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein. 提交 2016-07-24 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
片段：UNP residues 1-155
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.3；293 K；2.60 M Ammonium formate, 0.20 M Beta-Alanine/KOH pH 10.3
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.239 |
| 5KZA Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (aa 2-102). Space group I41 提交 2016-07-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–102（101 aa）
片段：UNP residues 2-102
|
未记录 | NO3 NITRATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；18%(w/v) PEG 8000, 0.2 M Succinic acid/KOH pH 5.5, 1.0 M Ammonium nitrate
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.210 |
| 5KZA Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (aa 2-102). Space group I41 提交 2016-07-24 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–102（101 aa）
片段：UNP residues 2-102
|
未记录 | NO3 NITRATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；18%(w/v) PEG 8000, 0.2 M Succinic acid/KOH pH 5.5, 1.0 M Ammonium nitrate
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.210 |
| 5KZB Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (aa 2-102). Space group I4122 提交 2016-07-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–102（101 aa）
片段：UNP residues 2-102
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；291.15 K；0.6 M Malonic acid /KOH pH 9.1, 0.1 M Boric acid /KOH pH 9.1
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.249 |
| 5KZB Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (aa 2-102). Space group I4122 提交 2016-07-24 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–102（101 aa）
片段：UNP residues 2-102
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；291.15 K；0.6 M Malonic acid /KOH pH 9.1, 0.1 M Boric acid /KOH pH 9.1
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.249 |
| 6CCJ NMR structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M domain) 提交 2018-02-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–87（86 aa）
|
突变：M1S | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] RSV MA, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
.5 mM [U-95% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 M TCEP, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-95% 13C] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6CE5 NMR structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M-domain) in the presence of myo-inositol hexakisphosphate 提交 2018-02-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–87（87 aa）
|
突变：M1S | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-95% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM tcep, 2 mM IP6, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM tcep, 2 mM IP6, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6CUS HADDOCK structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M-domain) in complex with myo-inositol hexakisphosphate 提交 2018-03-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–87（87 aa）
|
突变：M1S | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
500 uM [U-98% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 2 mM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-98% 13C] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 2 mM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6CV8 HADDOCK structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M-domain) in complex with inositol 1,4,5-trisphosphate 提交 2018-03-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–87（87 aa）
|
突变：M1S | I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
100 uM [U-98% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 1.6 mM D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6CW4 HADDOCK structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M-domain) in complex with inositol 1,3,5-trisphosphate 提交 2018-03-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–87（87 aa）
片段：residues 1-87
|
突变：M1S | FGV (1R,2S,3r,4R,5S,6s)-2,4,6-trihydroxycyclohexane-1,3,5-triyl tris[dihydrogen (phosphate)] × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
100 uM [U-98% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 1.6 mM IP3, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7JN3 Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex (CSC) with HIV-1 integrase strand transfer inhibitor MK-2048 提交 2020-08-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 B
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 C
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 D
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 E
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 F
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 G
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 H
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 ZZX (6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-N,6-dimethyl-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-4-carboxamide × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 7KU7 Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex (CSC) with HIV-1 integrase strand transfer inhibitor MK-2048. Cluster identified by 3-dimensional variability analysis in cryoSPARC. 提交 2020-11-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1281–1558（278 aa）
链 B
1281–1558（278 aa）
链 C
1281–1558（278 aa）
链 D
1281–1558（278 aa）
链 E
1281–1558（278 aa）
链 F
1281–1558（278 aa）
链 G
1281–1558（278 aa）
链 H
1281–1558（278 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZZX (6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-N,6-dimethyl-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-4-carboxamide × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7KUI Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex (CSC) with HIV-1 integrase strand transfer inhibitor MK-2048. CIC region of a cluster identified by 3-dimensional variability analysis in cryoSPARC. 提交 2020-11-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1281–1558（278 aa）
链 B
1281–1558（278 aa）
链 C
1281–1558（278 aa）
链 D
1281–1558（278 aa）
链 E
1281–1558（278 aa）
链 F
1281–1558（278 aa）
链 G
1281–1558（278 aa）
链 H
1281–1558（278 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 ZZX (6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-N,6-dimethyl-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-4-carboxamide × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8E14 Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus strand transfer complex 提交 2022-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 B
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 C
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 D
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 E
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 F
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 G
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
链 H
1281–1558（278 aa）
片段：UNP residues 1281-1558
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |