当前蛋白身份：P0A7J7
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2J28 MODEL OF E. COLI SRP BOUND TO 70S RNCS 提交 2006-08-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 111 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.50 Å |
| 2RDO 50S subunit with EF-G(GDPNP) and RRF bound 提交 2007-09-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
PolyMix；pH 7.5；PolyMix
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane by Vitrobot
|
分辨率 9.10 Å |
| 3DEG Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP 提交 2008-06-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 H
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH (pH 7.6), 4.5 mM Mg(CH3COO)2, 150 mM NH4CH3COO, 4 mM B-mercaptoethanol, 2 mM spermidine, and 0.05 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.90 Å |
| 3EP2 Model of Phe-tRNA(Phe) in the ribosomal pre-accommodated state revealed by cryo-EM 提交 2008-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 3EQ3 Model of tRNA(Trp)-EF-Tu in the ribosomal pre-accommodated state revealed by cryo-EM 提交 2008-09-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 9.00 Å |
| 3EQ4 Model of tRNA(Leu)-EF-Tu in the ribosomal pre-accommodated state revealed by cryo-EM 提交 2008-09-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.3；Polymix buffer( 5 mM potassium phosphate (KH2PO4) pH 7.3, 5 mM NH4Cl, 95 mM KCl, 0.5 mM CaCl2, 8 mM putrescine, 1 mM spermidine, 1 mM DTE, 5 mM magnesium acetate)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 12.00 Å |
| 3J0D Models for the T. thermophilus ribosome recycling factor bound to the E. coli post-termination complex 提交 2011-06-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 G
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
BUFFER R；pH 7.5；BUFFER R
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITROBOT
|
分辨率 11.10 Å |
| 3J5L Structure of the E. coli 50S subunit with ErmBL nascent chain 提交 2013-10-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | UNL UNKNOWN LIGAND × 1 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 6.60 Å |
| 3J7Z Structure of the E. coli 50S subunit with ErmCL nascent chain 提交 2014-08-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | ERY ERYTHROMYCIN A × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 3.90 Å |
| 3J9Y Cryo-EM structure of tetracycline resistance protein TetM bound to a translating E.coli ribosome 提交 2015-03-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 25 mM Mg(OAc)2, 6 mM b-mercaptoethanol；pH 7.4；50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 25 mM Mg(OAc)2, 6 mM b-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 3.90 Å |
| 3J9Z Activation of GTP Hydrolysis in mRNA-tRNA Translocation by Elongation Factor G 提交 2015-03-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 LE
2–142（141 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
93 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 3.60 Å |
| 3JA1 Activation of GTP Hydrolysis in mRNA-tRNA Translocation by Elongation Factor G 提交 2015-03-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 LK
2–142（141 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
93 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 3.60 Å |
| 3JBV Mechanisms of Ribosome Stalling by SecM at Multiple Elongation Steps 提交 2015-10-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | CLM CHLORAMPHENICOL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol,0.05% Nikkol,0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail,0.1 U/ml RNasin and 125mM sucrose；pH 7；20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol,0.05% Nikkol,0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail,0.1 U/ml RNasin and 125mM sucrose
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 3JCD Structure of Escherichia coli EF4 in posttranslocational ribosomes (Post EF4) 提交 2015-12-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 3JCE Structure of Escherichia coli EF4 in pretranslocational ribosomes (Pre EF4) 提交 2015-12-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 3JCJ Structures of ribosome-bound initiation factor 2 reveal the mechanism of subunit association 提交 2015-12-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 195 ZN ZINC ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine；pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2-4 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2-4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 3.70 Å |
| 3JCN Structures of ribosome-bound initiation factor 2 reveal the mechanism of subunit association: Initiation Complex I 提交 2016-01-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine；pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2-4 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2-4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 4.60 Å |
| 4CSU Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with ObgE 提交 2014-03-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：33-meric（33） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL,10MM MGCL2；pH 7.5；20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL,10MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
|
分辨率 5.50 Å |
| 4U1U Crystal structure of the E. coli ribosome bound to quinupristin. 提交 2014-07-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.282 |
| 4U1U Crystal structure of the E. coli ribosome bound to quinupristin. 提交 2014-07-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.282 |
| 4U1V Crystal structure of the E. coli ribosome bound to linopristin. 提交 2014-07-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 4U1V Crystal structure of the E. coli ribosome bound to linopristin. 提交 2014-07-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 4U20 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin. 提交 2014-07-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 VIF Flopristin × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.279 |
| 4U20 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin. 提交 2014-07-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 VIF Flopristin × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.279 |
| 4U24 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin. 提交 2014-07-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 4U24 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin. 提交 2014-07-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 226 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 4U25 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to virginiamycin M1. 提交 2014-07-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 VIR VIRGINIAMYCIN M1 × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.265 |
| 4U25 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to virginiamycin M1. 提交 2014-07-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 VIR VIRGINIAMYCIN M1 × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.265 |
| 4U26 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin and quinupristin. 提交 2014-07-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.271 |
| 4U26 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin and quinupristin. 提交 2014-07-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.271 |
| 4U27 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin and linopristin. 提交 2014-07-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 VIF Flopristin × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.260 |
| 4U27 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin and linopristin. 提交 2014-07-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 VIF Flopristin × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.260 |
| 4V47 Real space refined coordinates of the 30S and 50S subunits fitted into the low resolution cryo-EM map of the EF-G.GTP state of E. coli 70S ribosome 提交 2003-05-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 43 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 AG
1–141（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
Tris；pH 7.5；Tris
cryo-EM玻璃化条件
Rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 12.30 Å |
| 4V48 Real space refined coordinates of the 30S and 50S subunits fitted into the low resolution cryo-EM map of the initiation-like state of E. coli 70S ribosome 提交 2003-05-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：48-meric（48） 与全部聚合物一致 |
链 AG
1–141（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
hepes；pH 7.5；hepes
cryo-EM玻璃化条件
Rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 11.50 Å |
| 4V4H Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with the antibiotic kasugamyin at 3.5A resolution. 提交 2006-08-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | KSG (1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-AMINO-4-{[CARBOXY(IMINO)METHYL]AMINO}-2,3,4,6-TETRADEOXY-ALPHA-D-ARABINO-HEXOPYRANOSIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 170 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS-HCL, EDTA, PH 7.5, BATCH, TEMPERATURE 277K, pH 7.50
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.331 |
| 4V4H Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with the antibiotic kasugamyin at 3.5A resolution. 提交 2006-08-04 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
0–141（142 aa）
|
未记录 | KSG (1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-AMINO-4-{[CARBOXY(IMINO)METHYL]AMINO}-2,3,4,6-TETRADEOXY-ALPHA-D-ARABINO-HEXOPYRANOSIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 173 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS-HCL, EDTA, PH 7.5, BATCH, TEMPERATURE 277K, pH 7.50
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.331 |
| 4V4Q Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli at 3.5 A resolution. 提交 2005-08-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–141（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.331 |
| 4V4Q Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli at 3.5 A resolution. 提交 2005-08-30 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
1–141（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.331 |
| 4V4V Structure of a pre-translocational E. coli ribosome obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1056 提交 2006-05-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BG
2–140（139 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 15.00 Å |
| 4V4W Structure of a SecM-stalled E. coli ribosome complex obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1143 提交 2006-05-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BG
3–141（139 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 15.00 Å |
| 4V50 Crystal Structure of Ribosome with messenger RNA and the Anticodon stem-loop of P-site tRNA. 提交 2006-08-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–141（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 181 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.320 |
| 4V50 Crystal Structure of Ribosome with messenger RNA and the Anticodon stem-loop of P-site tRNA. 提交 2006-08-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 DI
1–141（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 177 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.320 |
| 4V52 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with neomycin. 提交 2007-06-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 170 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.309 |
| 4V52 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with neomycin. 提交 2007-06-15 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 173 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.309 |
| 4V53 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin. 提交 2007-06-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 4 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.54 Å R-free 0.320 |
| 4V53 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin. 提交 2007-06-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 4 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.54 Å R-free 0.320 |
| 4V54 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.304 |
| 4V54 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.304 |
| 4V55 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin and ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.305 |
| 4V55 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin and ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-17 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.305 |
| 4V56 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin. 提交 2007-07-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 SCM SPECTINOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.93 Å R-free 0.311 |
| 4V56 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin. 提交 2007-07-21 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 SCM SPECTINOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.93 Å R-free 0.311 |
| 4V57 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin and neomycin. 提交 2007-07-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 170 SCM SPECTINOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.306 |
| 4V57 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin and neomycin. 提交 2007-07-21 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 170 SCM SPECTINOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.306 |
| 4V5H E.Coli 70s Ribosome Stalled During Translation Of Tnac Leader Peptide. 提交 2009-10-26 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10MM MG-ACETATE, 50MM KCL, 10MM NH4CL, 2MM EGTA, 2MM L-TRYPTOPHAN, 10 MM DTT；pH 8；50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10MM MG-ACETATE, 50MM KCL, 10MM NH4CL, 2MM EGTA, 2MM L-TRYPTOPHAN, 10 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN- ETHANE,
|
分辨率 5.80 Å |
| 4V5Y Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with paromomycin and ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 PAR PAROMOMYCIN × 2 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.45 Å R-free 0.309 |
| 4V5Y Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with paromomycin and ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-19 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 PAR PAROMOMYCIN × 2 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.45 Å R-free 0.309 |
| 4V64 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with hygromycin B. 提交 2008-06-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–141（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 HYG HYGROMYCIN B × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.318 |
| 4V64 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with hygromycin B. 提交 2008-06-11 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
1–141（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 HYG HYGROMYCIN B × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.318 |
| 4V65 Structure of the E. coli ribosome in the Pre-accommodation state 提交 2008-08-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 B5
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 4V66 Structure of the E. coli ribosome and the tRNAs in Post-accommodation state 提交 2008-08-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 B5
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 4V69 Ternary complex-bound E.coli 70S ribosome. 提交 2008-12-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification using FEI Vitrobot; blot 3 seconds before plunging with an offset of -1mm
|
分辨率 6.70 Å |
| 4V6C Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 184 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.252 |
| 4V6C Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-27 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.252 |
| 4V6D Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 184 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.81 Å R-free 0.253 |
| 4V6D Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-27 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 DI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.81 Å R-free 0.253 |
| 4V6E Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 184 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.268 |
| 4V6E Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-28 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 DI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.268 |
| 4V6K Structural insights into cognate vs. near-cognate discrimination during decoding. 提交 2011-01-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 AJ
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 8.25 Å |
| 4V6L Structural insights into cognate vs. near-cognate discrimination during decoding. 提交 2011-01-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 BJ
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 13.20 Å |
| 4V6M Structure of the ribosome-SecYE complex in the membrane environment 提交 2011-02-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 101 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 32 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM Hepes (pH 7.2), 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM DTT, 250 microg/ml chloramphenicol；pH 7.2；20 mM Hepes (pH 7.2), 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM DTT, 250 microg/ml chloramphenicol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；liquid ethane was used as a cryogen
|
分辨率 7.10 Å |
| 4V6N Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (50S ribosome of class2 of the six classes) 提交 2011-12-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 AK
1–141（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 TRP TRYPTOPHAN × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 12.10 Å |
| 4V6O Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 4a of the six classes) 提交 2011-12-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 BK
1–141（141 aa）
|
未记录 | TRP TRYPTOPHAN × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 14.70 Å |
| 4V6P Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 4b of the six classes) 提交 2011-12-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 BK
1–141（141 aa）
|
未记录 | TRP TRYPTOPHAN × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 6 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 6 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 13.50 Å |
| 4V6Q Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 5 of the six classes) 提交 2011-12-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 BK
1–141（141 aa）
|
未记录 | TRP TRYPTOPHAN × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 11.50 Å |
| 4V6R Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 6 of the six classes) 提交 2011-12-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 BK
1–141（141 aa）
|
未记录 | TRP TRYPTOPHAN × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 11.50 Å |
| 4V6S Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 3 of the six classes) 提交 2011-12-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 AK
1–141（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 13.10 Å |
| 4V6T Structure of the bacterial ribosome complexed by tmRNA-SmpB and EF-G during translocation and MLD-loading 提交 2012-01-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
blot for 5-10 seconds before plunging；96.15 K；冷冻剂 ETHANE；blot for 5-10 seconds before plunging into liquid ethane (FEI Vitrobot)
|
分辨率 8.30 Å |
| 4V6Y E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic pre-translocation state (pre1a) 提交 2013-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 12.00 Å |
| 4V6Z E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic pre-translocation state (pre1b) 提交 2013-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 12.00 Å |
| 4V70 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate pre-translocation state (pre3) 提交 2013-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 17.00 Å |
| 4V71 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate pre-translocation state (pre2) 提交 2013-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 20.00 Å |
| 4V72 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre4) 提交 2013-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 13.00 Å |
| 4V73 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre5a) 提交 2013-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 15.00 Å |
| 4V74 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre5b) 提交 2013-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 17.00 Å |
| 4V75 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic post-translocation state (post1) 提交 2013-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 12.00 Å |
| 4V76 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post2a) 提交 2013-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 17.00 Å |
| 4V77 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post2b) 提交 2013-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 17.00 Å |
| 4V78 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post3a) 提交 2013-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 20.00 Å |
| 4V79 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post3b) 提交 2013-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 15.00 Å |
| 4V7A E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal post-translocation complex (post4) 提交 2013-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 9.00 Å |
| 4V7B Visualization of two tRNAs trapped in transit during EF-G-mediated translocation 提交 2013-10-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
80 mM HEPES potassium, 75 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM BME；pH 7.6；80 mM HEPES potassium, 75 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM BME
cryo-EM玻璃化条件
blot for 5-10 seconds before plunging；96 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 5-10 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I)
|
分辨率 6.80 Å |
| 4V7C Structure of the Ribosome with Elongation Factor G Trapped in the Pre-Translocation State (pre-translocation 70S*tRNA structure) 提交 2013-11-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 BK
2–142（141 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer；pH 7.6；10 mM HEPES-KOH, 5 mM MgCl2, 90 mM NH4Cl, 2 mM spermidine, 0.1 mM spermine, 6 mM BME, 0.5 mM viomycin, 0.5 mM GTP, 0.5 mM fusidic acid
cryo-EM玻璃化条件
Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.；冷冻剂 ETHANE；Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.
|
分辨率 7.60 Å |
| 4V7D Structure of the Ribosome with Elongation Factor G Trapped in the Pre-Translocation State (pre-translocation 70S*tRNA*EF-G structure) 提交 2013-11-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 AK
2–142（141 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer；pH 7.6；10 mM HEPES-KOH, 5 mM MgCl2, 90 mM NH4Cl, 2 mM spermidine, 0.1 mM spermine, 6 mM BME, 0.5 mM viomycin, 0.5 mM GTP, 0.5 mM fusidic acid
cryo-EM玻璃化条件
Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.；冷冻剂 ETHANE；Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.
|
分辨率 7.60 Å |
| 4V7I Ribosome-SecY complex. 提交 2009-10-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 AI
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 MM HEPES- KOH PH 7.5, 100 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 0.05% DDM；pH 7.5；50 MM HEPES- KOH PH 7.5, 100 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 0.05% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；THE SPECIMENS WERE PLUNGE FROZEN IN LIQUID ETHANE AT 4 DEGREES C AT AN RH OF ~90-95%.
|
分辨率 9.60 Å |
| 4V7S Crystal structure of the E. coli ribosome bound to telithromycin. 提交 2010-08-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 181 TEL TELITHROMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.245 |
| 4V7S Crystal structure of the E. coli ribosome bound to telithromycin. 提交 2010-08-05 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.245 |
| 4V7T Crystal structure of the E. coli ribosome bound to chloramphenicol. 提交 2010-08-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 183 CLM CHLORAMPHENICOL × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.252 |
| 4V7T Crystal structure of the E. coli ribosome bound to chloramphenicol. 提交 2010-08-14 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.252 |
| 4V7U Crystal structure of the E. coli ribosome bound to erythromycin. 提交 2010-08-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 182 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 10 mM Tris, 20 mM MES pH 6.5. 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.254 |
| 4V7U Crystal structure of the E. coli ribosome bound to erythromycin. 提交 2010-08-15 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 10 mM Tris, 20 mM MES pH 6.5. 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.254 |
| 4V7V Crystal structure of the E. coli ribosome bound to clindamycin. 提交 2010-08-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 182 CLY CLINDAMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 10 mM Tris, 20 mM MES, pH 6.5-7.0, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.241 |
| 4V7V Crystal structure of the E. coli ribosome bound to clindamycin. 提交 2010-08-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 10 mM Tris, 20 mM MES, pH 6.5-7.0, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.241 |
| 4V89 Crystal Structure of Release Factor RF3 Trapped in the GTP State on a Rotated Conformation of the Ribosome (without viomycin) 提交 2011-11-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Tris Ac PH.7.0 25-35 mM KCL 6.1% PEG 20000 %1 glycerol 50mM sucrose
, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.290 |
| 4V9C Allosteric control of the ribosome by small-molecule antibiotics 提交 2012-07-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 224 NMY NEOMYCIN × 10 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；PEG800, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.255 |
| 4V9C Allosteric control of the ribosome by small-molecule antibiotics 提交 2012-07-25 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 DI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 266 NMY NEOMYCIN × 8 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；PEG800, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.255 |
| 4V9D Structures of the bacterial ribosome in classical and hybrid states of tRNA binding 提交 2012-07-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 CI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.260 |
| 4V9D Structures of the bacterial ribosome in classical and hybrid states of tRNA binding 提交 2012-07-31 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.260 |
| 4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 AI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.272 |
| 4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 CI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.272 |
| 4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 EI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.272 |
| 4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 GI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.272 |
| 4V9P Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 AI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 185 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 4V9P Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 CI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 185 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 4V9P Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 EI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 185 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 4V9P Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 GI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 185 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 4WF1 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to negamycin. 提交 2014-09-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 BI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.244 |
| 4WF1 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to negamycin. 提交 2014-09-11 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 DI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 228 ZN ZINC ION × 1 NEG NEGAMYCIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.244 |
| 4WOI 4,5-linked aminoglycoside antibiotics regulate the bacterial ribosome by targeting dynamic conformational processes within intersubunit bridge B2 提交 2014-10-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 269 PAR PAROMOMYCIN × 6 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KCl, KSCN
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.253 |
| 4WOI 4,5-linked aminoglycoside antibiotics regulate the bacterial ribosome by targeting dynamic conformational processes within intersubunit bridge B2 提交 2014-10-15 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 CI
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 226 PAR PAROMOMYCIN × 7 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KCl, KSCN
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.253 |
| 4WWW Crystal structure of the E. coli ribosome bound to CEM-101 提交 2014-11-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 RI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 182 EM1 (3aS,4R,7S,9R,10R,11R,13R,15R,15aR)-1-{4-[4-(3-aminophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]butyl}-4-ethyl-7-fluoro-11-methoxy-3a ,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,8,14-tetraoxotetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-10-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 4WWW Crystal structure of the E. coli ribosome bound to CEM-101 提交 2014-11-12 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 YI
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 4YBB High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome 提交 2015-02-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DJ
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 263 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 ACY ACETIC ACID × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 4YBB High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome 提交 2015-02-18 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 CJ
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 200 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 5ADY Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX 提交 2015-08-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL, 10MM MGCL2；pH 7.5；20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL, 10MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 5AFI 2.9A Structure of E. coli ribosome-EF-TU complex by cs-corrected cryo-EM 提交 2015-01-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 333 CL CHLORIDE ION × 2 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 KIR KIRROMYCIN × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50MM HEPES-KOH, 70MMNH4CL, 30MM KCL, 20MM MGCL2, 1MM DTT, 0.6MM SPERMINE, 0.4MM SPERMIDINE, 0.15MM KIRROMYCIN；pH 7.5；50MM HEPES-KOH, 70MMNH4CL, 30MM KCL, 20MM MGCL2, 1MM DTT, 0.6MM SPERMINE, 0.4MM SPERMIDINE, 0.15MM KIRROMYCIN
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUIDE ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 5AKA EM structure of ribosome-SRP-FtsY complex in closed state 提交 2015-03-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 110 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50MM HEPES-KOH, 100MM KOAC, 8MM MG(OAC)2, 500UG/ML CHLORAMPHENICO；pH 7.5；50MM HEPES-KOH, 100MM KOAC, 8MM MG(OAC)2, 500UG/ML CHLORAMPHENICO
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHAN
|
分辨率 5.70 Å |
| 5GAD RNC-SRP-SR complex early state 提交 2015-11-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：37-meric（37） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 433 ZN ZINC ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 5GAE RNC in complex with a translocating SecYEG 提交 2015-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 323 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 5GAF RNC in complex with SRP 提交 2015-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 J
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 431 ZN ZINC ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 5GAG RNC in complex with SRP-SR in the closed state 提交 2015-11-26 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 431 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 5GAH RNC in complex with SRP with detached NG domain 提交 2015-11-26 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 431 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 5H5U Mechanistic insights into the alternative translation termination by ArfA and RF2 提交 2016-11-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 J
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 5IQR Structure of RelA bound to the 70S ribosome 提交 2016-03-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 299 ZN ZINC ION × 3 PAR PAROMOMYCIN × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 5 s
|
分辨率 3.00 Å |
| 5IT8 High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome 提交 2016-03-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DJ
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 266 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.220 |
| 5IT8 High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome 提交 2016-03-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 CJ
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 200 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.220 |
| 5J5B Structure of the WT E coli ribosome bound to tetracycline 提交 2016-04-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DJ
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 267 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 TAC TETRACYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8000, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.219 |
| 5J5B Structure of the WT E coli ribosome bound to tetracycline 提交 2016-04-01 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 CJ
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 202 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 TAC TETRACYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8000, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.219 |
| 5J7L Structure of the 70S E coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA bound to tetracycline 提交 2016-04-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DJ
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 268 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 TAC TETRACYCLINE × 2 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.193 |
| 5J7L Structure of the 70S E coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA bound to tetracycline 提交 2016-04-06 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 CJ
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 204 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 TAC TETRACYCLINE × 2 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.193 |
| 5J88 Structure of the E coli 70S ribosome with the U1060A mutation in 16S rRNA 提交 2016-04-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DJ
8–142（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 266 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.219 |
| 5J88 Structure of the E coli 70S ribosome with the U1060A mutation in 16S rRNA 提交 2016-04-07 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 CJ
8–142（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 200 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.219 |
| 5J8A Structure of the E coli 70S ribosome with the U1052G mutation in 16S rRNA bound to tigecycline 提交 2016-04-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DJ
8–142（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 268 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.192 |
| 5J8A Structure of the E coli 70S ribosome with the U1052G mutation in 16S rRNA bound to tigecycline 提交 2016-04-07 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 CJ
8–142（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 204 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.192 |
| 5J91 Structure of the Wild-type 70S E coli ribosome bound to Tigecycline 提交 2016-04-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DJ
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 267 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.221 |
| 5J91 Structure of the Wild-type 70S E coli ribosome bound to Tigecycline 提交 2016-04-08 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 CJ
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 202 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.221 |
| 5JC9 Structure of the Escherichia coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA 提交 2016-04-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 DJ
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 267 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.200 |
| 5JC9 Structure of the Escherichia coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA 提交 2016-04-14 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 CJ
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 202 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.200 |
| 5JTE Cryo-EM structure of an ErmBL-stalled ribosome in complex with A-, P-, and E-tRNA 提交 2016-05-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：58-meric（58） 待复核 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | LYS LYSINE × 1 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5JU8 Cryo-EM structure of an ErmBL-stalled ribosome in complex with P-, and E-tRNA 提交 2016-05-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BI
1–142（142 aa）
|
未记录 | ERY ERYTHROMYCIN A × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5KCR Cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic Avilamycin C, mRNA and P-site tRNA at 3.6A resolution 提交 2016-06-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 1K
1–142（142 aa）
|
未记录 | 6UQ (2R,3S,4R,6S)-4-hydroxy-6-{[(2R,3aR,4R,4'R,5'S,6S,6'R,7aR)-4'-hydroxy-6-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-hydroxy-2-{[(2R,3S,4S,5S,6S)-4-hydroxy-6-({(2R,3aS,3a'R,6S,6'R,7R,7'R,7aR,7a'R)-7'-hydroxy-7'-[(1S)-1-hydroxyethyl]-6'-methyl-7-[(2-methylpropanoyl)oxy]octahydro-4H-2,4'-spirobi[[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran]-6-yl}oxy)-5-methoxy-2-(methoxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-5-methoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}-4,6',7a-trimethyloctahydro-4H-spiro[1,3-dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-pyran]-5'-yl]oxy}-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3,5-dichloro-4-hydroxy-2-methoxy-6-methylbenzoate (non-preferred name) × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
X-ray结晶条件
pH 7.4
|
分辨率 3.60 Å |
| 5KCS Cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic Evernimycin, mRNA, TetM and P-site tRNA at 3.9A resolution 提交 2016-06-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 1K
1–142（142 aa）
|
未记录 | EVN (2R,3R,4R,6S)-6-{[(2R,3aR,4R,4'R,5'S,6S,6'R,7S,7aR)-6-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-2-{[(2R,3S,4S,5S,6S)-6-({(2R,3aS,3a'R,6S,7R,7' R,7aS,7a'S)-7'-[(2,4-dihydroxy-6-methylbenzoyl)oxy]-7-hydroxyoctahydro-4H-2,4'-spirobi[[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran]-6-yl}ox y)-4-hydroxy-5-methoxy-2-(methoxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-3-hydroxy-5-methoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-4- yl]oxy}-4',7-dihydroxy-4,6',7a-trimethyloctahydro-4H-spiro[1,3-dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-pyran]-5'-yl]oxy}-4-{[(2R,4S,5R, 6S)-5-methoxy-4,6-dimethyl-4-nitrotetrahydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3,5-dichloro-4-hydroxy-2-methoxy-6-methylbenzoate (non-preferred name) × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 5KPS Structure of RelA bound to ribosome in absence of A/R tRNA (Structure I) 提交 2016-07-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.90 Å |
| 5KPV Structure of RelA bound to ribosome in presence of A/R tRNA (Structure II) 提交 2016-07-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 4.10 Å |
| 5KPW Structure of RelA bound to ribosome in presence of A/R tRNA (Structure III) 提交 2016-07-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.90 Å |
| 5KPX Structure of RelA bound to ribosome in presence of A/R tRNA (Structure IV) 提交 2016-07-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.90 Å |
| 5L3P Cryo-EM structure of stringent response factor RelA bound to ErmCL-stalled ribosome complex 提交 2016-05-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 5LZA Structure of the 70S ribosome with SECIS-mRNA and P-site tRNA (Initial complex, IC) 提交 2016-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5LZB Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the initial binding state (IB) 提交 2016-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 SEC SELENOCYSTEINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 5LZC Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the codon reading state (CR) 提交 2016-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 SEC SELENOCYSTEINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 5LZD Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the GTPase activated state (GA) 提交 2016-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 147 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 SEC SELENOCYSTEINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 5LZE Structure of the 70S ribosome with Sec-tRNASec in the classical pre-translocation state (C) 提交 2016-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 5LZF Structure of the 70S ribosome with fMetSec-tRNASec in the hybrid pre-translocation state (H) 提交 2016-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 5MDV Structure of ArfA and RF2 bound to the 70S ribosome (accommodated state) 提交 2016-11-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 440 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å |
| 5MDW Structure of ArfA(A18T) and RF2 bound to the 70S ribosome (pre-accommodated state) 提交 2016-11-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 438 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 5MDY Structure of ArfA and TtRF2 bound to the 70S ribosome (pre-accommodated state) 提交 2016-11-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：62-meric（62） 待复核 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 450 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 5MDZ Structure of the 70S ribosome (empty A site) 提交 2016-11-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 437 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 5NCO Quaternary complex between SRP, SR, and SecYEG bound to the translating ribosome 提交 2017-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：40-meric（40） 与全部聚合物一致 |
链 J
8–141（134 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 5NP6 70S structure prior to bypassing 提交 2017-04-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 g
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5NWY 2.9 A cryo-EM structure of VemP-stalled ribosome-nascent chain complex 提交 2017-05-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 5O2R Cryo-EM structure of the proline-rich antimicrobial peptide Api137 bound to the terminating ribosome 提交 2017-05-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 5U4I Structural Basis of Co-translational Quality Control by ArfA and RF2 Bound to Ribosome 提交 2016-12-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 124 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 5UYK 70S ribosome bound with cognate ternary complex not base-paired to A site codon (Structure I) 提交 2017-02-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 11
2–142（141 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.90 Å |
| 5UYL 70S ribosome bound with cognate ternary complex base-paired to A site codon (Structure II) 提交 2017-02-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 11
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.60 Å |
| 5UYM 70S ribosome bound with cognate ternary complex base-paired to A site codon, closed 30S (Structure III) 提交 2017-02-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 11
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 383 ZN ZINC ION × 2 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.20 Å |
| 5UYN 70S ribosome bound with near-cognate ternary complex not base-paired to A site codon (Structure I-nc) 提交 2017-02-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 11
2–142（141 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 4.00 Å |
| 5UYP 70S ribosome bound with near-cognate ternary complex base-paired to A site codon, open 30S (Structure II-nc) 提交 2017-02-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 11
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 LYS LYSINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.90 Å |
| 5UYQ 70S ribosome bound with near-cognate ternary complex base-paired to A site codon, closed 30S (Structure III-nc) 提交 2017-02-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 11
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 LYS LYSINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.80 Å |
| 5WDT 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GppNHp 提交 2017-07-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1904 K POTASSIUM ION × 5 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.00 Å |
| 5WE4 70S ribosome-EF-Tu wt complex with GppNHp 提交 2017-07-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1618 K POTASSIUM ION × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.10 Å |
| 5WE6 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GTP and cognate tRNA 提交 2017-07-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 662 K POTASSIUM ION × 8 PHE PHENYLALANINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.40 Å |
| 5WFK 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GTP and near-cognate tRNA (Complex C3) 提交 2017-07-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1413 K POTASSIUM ION × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.40 Å |
| 6BU8 70S ribosome with S1 domains 1 and 2 (Class 1) 提交 2017-12-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 11
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.50 Å |
| 6BY1 E. coli pH03H9 complex 提交 2017-12-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 CI
71–142（72 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 225 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；PEG 2000, PEP629, potassium thiocyanate, tris acetate
|
分辨率 3.94 Å R-free 0.269 |
| 6BY1 E. coli pH03H9 complex 提交 2017-12-19 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 DI
71–142（72 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；PEG 2000, PEP629, potassium thiocyanate, tris acetate
|
分辨率 3.94 Å R-free 0.269 |
| 6C4I Conformation of methylated GGQ in the peptidyl transferase center during translation termination 提交 2018-01-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 317 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 3.5 seconds.
|
分辨率 3.24 Å |
| 6GWT Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State I) 提交 2018-06-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6GXM Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State II) 提交 2018-06-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6GXN Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State III) 提交 2018-06-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6GXO Cryo-EM structure of a rotated E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and P/E-tRNA (State IV) 提交 2018-06-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6GXP Cryo-EM structure of a rotated E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP(RF3-only) 提交 2018-06-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6HRM E. coli 70S d2d8 stapled ribosome 提交 2018-09-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 I
6–140（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 436 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 6I0Y TnaC-stalled ribosome complex with the titin I27 domain folding close to the ribosomal exit tunnel 提交 2018-10-26 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 143 ZN ZINC ION × 1 TRP TRYPTOPHAN × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6I7V Ribosomal protein paralogs bL31 and bL36 提交 2018-11-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 99 PDB 声明：105-meric（105） 与全部聚合物一致 |
链 CJ
2–142（141 aa）
链 DJ
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 453 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 13 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 7 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 GUN GUANINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.255 |
| 6Q97 Structure of tmRNA SmpB bound in A site of E. coli 70S ribosome 提交 2018-12-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 I
6–140（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 439 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6Q98 Structure of tmRNA SmpB bound in P site of E. coli 70S ribosome 提交 2018-12-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 429 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 6Q9A Structure of tmRNA SmpB bound past E site of E. coli 70S ribosome 提交 2018-12-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
6–140（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 437 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6S0K Ribosome nascent chain in complex with SecA 提交 2019-06-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 68 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6WD6 Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure II-C2) 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6WDB Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure IV-A) 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6WDC Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure IV-B) 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6WDD Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure V-A) 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6WDE Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure V-B) 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6WDF Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure VI-A) 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6WDG Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure VI-B) 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6WDH Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure IV-B1) 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 6WDI Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure IV-B2) 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6WDJ Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-A1) 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6WDK Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-A2) 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6WDL Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-B1) 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6WDM Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-B2) 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6WNT 50S ribosomal subunit without free 5S rRNA and perturbed PTC 提交 2020-04-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6WNV 70S ribosome without free 5S rRNA and with a perturbed PTC 提交 2020-04-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6WNW Active 70S ribosome without free 5S rRNA and bound with A- and P- tRNA 提交 2020-04-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6XZ7 E. coli 50S ribosomal subunit in complex with dirithromycin, fMet-Phe-tRNA(Phe) and deacylated tRNA(iMet). 提交 2020-02-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：33-meric（33） 与全部聚合物一致 |
链 I
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 178 DI0 Dirithromycin × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å |
| 6XZA E. coli 70S ribosome in complex with dirithromycin, and deacylated tRNA(iMet) (focused classification). 提交 2020-02-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 I2
8–141（134 aa）
|
未记录 | DI0 Dirithromycin × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |
| 6XZB E. coli 70S ribosome in complex with dirithromycin, fMet-Phe-tRNA(Phe) and deacylated tRNA(iMet) (focused classification). 提交 2020-02-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 I2
8–141（134 aa）
|
未记录 | DI0 Dirithromycin × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 6YSR Structure of the P+9 stalled ribosome complex 提交 2020-04-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 332 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å |
| 6YSS Structure of the P+9 ArfB-ribosome complex in the post-hydrolysis state 提交 2020-04-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 387 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 2.60 Å |
| 6YST Structure of the P+9 ArfB-ribosome complex with P/E hybrid tRNA in the post-hydrolysis state 提交 2020-04-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 253 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.20 Å |
| 6YSU Structure of the P+0 ArfB-ribosome complex in the post-hydrolysis state 提交 2020-04-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 356 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.1 % w/v DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6ZTJ E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (38 nt intervening mRNA) 提交 2020-07-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致 |
链 BJ
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 479 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7ABZ Structure of pre-accomodated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome. 提交 2020-09-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 192 KIR KIRROMYCIN × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.21 Å |
| 7BL2 pre-50S-ObgE particle state 1 提交 2021-01-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7BL3 pre-50S-ObgE particle state 2 提交 2021-01-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7BL5 pre-50S-ObgE particle 提交 2021-01-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7BV8 Mature 50S ribosomal subunit from RrmJ knock out E.coli strain 提交 2020-04-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh form concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging
|
分辨率 3.14 Å |
| 7D6Z Molecular model of the cryo-EM structure of 70S ribosome in complex with peptide deformylase and trigger factor 提交 2020-10-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7D80 Molecular model of the cryo-EM structure of 70S ribosome in complex with peptide deformylase, trigger factor, and methionine aminopeptidase 提交 2020-10-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 h
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7JSZ ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-IV) 提交 2020-08-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7JT3 Rotated 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 and ArfB-2 bound in the A site (+9-IV) 提交 2020-08-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7K50 Pre-translocation non-frameshifting(CCA-A) complex (Structure I) 提交 2020-09-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.40 Å |
| 7K51 Mid-translocated non-frameshifting(CCA-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure II) 提交 2020-09-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.50 Å |
| 7K52 Near post-translocated non-frameshifting(CCA-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure III) 提交 2020-09-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.40 Å |
| 7K53 Pre-translocation +1-frameshifting(CCC-A) complex (Structure I-FS) 提交 2020-09-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.20 Å |
| 7K54 Mid-translocated +1-frameshifting(CCC-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure II-FS) 提交 2020-09-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.20 Å |
| 7K55 Near post-translocated +1-frameshifting(CCC-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure III-FS) 提交 2020-09-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.30 Å |
| 7LV0 Pre-translocation rotated ribosome +1-frameshifting(CCC-A) complex (Structure Irot-FS) 提交 2021-02-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.20 Å |
| 7N1P Elongating 70S ribosome complex in a classical pre-translocation (PRE-C) conformation 提交 2021-05-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 LK
1–142（142 aa）
|
未记录 | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 18 MG MAGNESIUM ION × 405 ZN ZINC ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 SPD SPERMIDINE × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.33 Å |
| 7N2C Elongating 70S ribosome complex in a fusidic acid-stalled intermediate state of translocation bound to EF-G(GDP) (INT2) 提交 2021-05-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 LK
1–142（142 aa）
|
未记录 | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 21 MG MAGNESIUM ION × 197 ZN ZINC ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SPD SPERMIDINE × 3 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.72 Å |
| 7N2V Elongating 70S ribosome complex in a spectinomycin-stalled intermediate state of translocation bound to EF-G in an active, GTP conformation (INT1) 提交 2021-05-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 LK
1–142（142 aa）
|
未记录 | SCM SPECTINOMYCIN × 3 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 17 MG MAGNESIUM ION × 344 ZN ZINC ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SPD SPERMIDINE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 7NWT Initiated 70S ribosome in complex with 2A protein from encephalomyocarditis virus (EMCV) 提交 2021-03-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 437 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Initiated 70S ribosomes in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2 were diluted tenfold into 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM potassium acetate, 1.5 mM MgCl2, 2.0 mM DTT. 2A protein was dialysed (3K MWCO, 277K, 16 h) into the same buffer.
Crosslinking reactions of 50 microliters comprising 75 nM ribosomes, 3.0 micromolar 2A and 2.0 mM bis(sulfosuccinimidyl)suberate (BS3) were performed on ice (30 min) immediately prior to grid preparation.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Quantifoil R 2/2 400-mesh copper supports were coated with an additional ~ 60 angstrom layer of amorphous, evaporated carbon by flotation and thoroughly dried before use. Grids were made hydrophilic by glow-discharge in air for 30 s. Three microliters of crosslinking reaction was applied to grids which were then blotted for 4.5 s and vitrified by plunging into liquid ethane using a Vitrobot MK IV (FEI) at 277K, 100% relative humidity.
|
分辨率 2.66 Å |
| 7PJS Structure of the 70S ribosome with tRNAs in the classical pre-translocation state and apramycin (C) 提交 2021-08-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 363 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 2.35 Å |
| 7PJT Structure of the 70S ribosome with tRNAs in hybrid state 1 (H1) 提交 2021-08-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 6.00 Å |
| 7PJV Structure of the 70S-EF-G-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 1 (H1-EF-G-GDP-Pi) 提交 2021-08-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 369 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å |
| 7PJW Structure of the 70S-EF-G-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 2 (H2-EF-G-GDP-Pi) 提交 2021-08-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | AM2 APRAMYCIN × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 4.00 Å |
| 7PJX Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in hybrid state 1 (H1-EF-G-GDP) 提交 2021-08-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | AM2 APRAMYCIN × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 6.50 Å |
| 7PJY Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in chimeric state 1 (CHI1-EF-G-GDP) 提交 2021-08-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 318 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 AM2 APRAMYCIN × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å |
| 7PJZ Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in chimeric state 2 (CHI2-EF-G-GDP) 提交 2021-08-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AM2 APRAMYCIN × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 6.00 Å |
| 7QG8 Structure of the collided E. coli disome - VemP-stalled 70S ribosome 提交 2021-12-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å |
| 7QGH Structure of the E. coli disome - collided 70S ribosome 提交 2021-12-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.48 Å |
| 7QGN Structure of the SmrB-bound E. coli disome - stalled 70S ribosome 提交 2021-12-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 7QGR Structure of the SmrB-bound E. coli disome - collided 70S ribosome 提交 2021-12-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
| 7SS9 Late translocation intermediate with EF-G partially dissociated (Structure V) 提交 2021-11-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7SSD Mid translocation intermediate with EF-G bound with GDP (Structure IV) 提交 2021-11-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7SSL Pre translocation intermediate with EF-G bound to GDP and Pi (Structure III) 提交 2021-11-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7SSN Pre translocation 70S ribosome with A/P* and P/E tRNA (Structure II-B) 提交 2021-11-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7SSO Pre translocation 70S ribosome with A/A and P/E tRNA (Structure II-A) 提交 2021-11-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7SSW Late translocation intermediate with EF-G dissociated (Structure VI) 提交 2021-11-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7ST2 Post translocation, non-rotated 70S ribosome with EF-G dissociated (Structure VII) 提交 2021-11-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7ST6 Pre translocation, non-rotated 70S ribosome (Structure I) 提交 2021-11-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | PRO PROLINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7ST7 Pre translocation intermediate stalled with viomycin and bound with EF-G in a GDP and Pi state (Structure III-vio) 提交 2021-11-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 i
2–142（141 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7UG7 70S ribosome complex in an intermediate state of translocation bound to EF-G(GDP) stalled by Argyrin B 提交 2022-03-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 LK
1–142（142 aa）
|
未记录 | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 11 MG MAGNESIUM ION × 404 SPD SPERMIDINE × 2 ZN ZINC ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.58 Å |
| 7YLA Cryo-EM structure of 50S-HflX complex 提交 2022-07-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 Q
8–141（134 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.52 Å |
| 8FIZ Cryo-EM structure of E. coli 70S Ribosome containing mRNA and tRNA (in the transcription-translation complex) 提交 2022-12-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BL
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8FZD Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with apoRF3, RF1, P- and E-site tRNAPhe (Composite state I-B) 提交 2023-01-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 581 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8FZE Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with RF1, P- and E-site tRNAPhe (State I-A) 提交 2023-01-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 570 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8FZF Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome complex bound with RF3-ppGpp and p/E-tRNAPhe (Composite state I-C) 提交 2023-01-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 384 G4P GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8FZG Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with RF3-GDPCP, RF1, P- and E-site tRNAPhe (Composite state II-A) 提交 2023-01-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 428 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8FZH Cryo-EM structure of an E. coli non-rotated ribosome termination complex bound with RF1, P- and E-site tRNAPhe (State II-D) 提交 2023-01-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 595 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8FZI Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (Composite state II-B) 提交 2023-01-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 737 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8FZJ Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome bound with RF3-GDPCP and p/E-tRNAPhe (Composite state II-C) 提交 2023-01-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 757 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8G7P Structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with EF-Tu and Ile-tRNAIle(LAU) bound to the cognate AUA codon (Structure I) 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 876 K POTASSIUM ION × 2 ILE ISOLEUCINE × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8G7Q Structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with EF-Tu and Ile-tRNAIle(LAU) bound to the near-cognate AUG codon (Structure II) 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 950 ILE ISOLEUCINE × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8P16 E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UGG (Structure I) 提交 2023-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 330 SPD SPERMIDINE × 13 K POTASSIUM ION × 128 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 13 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8P17 E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UGG (Structure II) 提交 2023-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 325 SPD SPERMIDINE × 13 K POTASSIUM ION × 128 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 13 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 8P18 E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UGG (Structure III) 提交 2023-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 321 SPD SPERMIDINE × 13 K POTASSIUM ION × 127 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 13 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8PEG Escherichia coli paused disome complex (queueing 70S non-rotated closed PRE state) 提交 2023-06-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 k
1–142（142 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 260 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.30 Å |
| 8PHJ cA4-bound Cami1 in complex with 70S ribosome 提交 2023-06-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 6
1–142（142 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 241 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.67 Å |
| 8PKL Escherichia coli paused disome complex (leading 70S non-rotated closed PRE state) 提交 2023-06-26 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 k
1–142（142 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 SPD SPERMIDINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 287 ALA ALANINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.09 Å |
| 8QK7 E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UAA 提交 2023-09-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 332 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 21 K POTASSIUM ION × 126 SPD SPERMIDINE × 10 SPM SPERMINE × 2 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8UPO Escherichia coli transcription-translation coupled complex class A (TTC-A) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 21 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.50 Å |
| 8UPR Escherichia coli transcription-translation coupled complex class A (TTC-A) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 21 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 8UQL Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH in loaded state, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8UQM Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH in loaded state, NusA, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 8UQP Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8UR0 Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8URH Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 27 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
| 8URI Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 27 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 8URX Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 30 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 8URY Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 30 nt long spacer, and fMet-tRNA in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VKV Escherichia coli transcription-translation coupled complex (TTC-B) containing mRNA with a 33 nt long spacer, ops signal, RfaH, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8VL1 Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 36 nt long spacer, ops signal, RfaH, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 8VOO Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 39 nt long spacer, ops signal, RfaH, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8VOP Escherichia coli transcription-translation coupled complex (TTC-B) containing mRNA with a 36 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.00 Å |
| 8VOQ Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 39 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.30 Å |
| 8VOR Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 51 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8VOS Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 60 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8VS9 Endogenous trans-translation complex with tmRNA*SmpB in the P site and alanyl-tRNA in the A site and deacyl-tRNA in the E site of E. coli 70S ribosome 提交 2024-01-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 L11
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8VSA Endogenous trans-translation complex with tmRNA*SmpB in the P site and alanyl-tRNA in the A site of E. coli 70S ribosome 提交 2024-01-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 L11
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8Y5K E.coli transcription translation coupling complex in TTC-A state 2 containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 8Y5L E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8Y5M E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 2 containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8Y5N E.coli transcription translation coupling complex in TTC-A state 3 containing mRNA with 21-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8Y5O E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8Y5P E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 4 (subclass 1) containing mRNA with 24-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.50 Å |
| 8Y5Q E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 4 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP 提交 2024-01-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8Y5R E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 1) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and fusidic acid 提交 2024-01-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8Y5S E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP 提交 2024-01-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8Y5T E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 3) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and fusidic acid 提交 2024-01-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8YDE E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass 3) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
| 8YDF E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass 2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8YDG E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 8YDH E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P state 1 (subclass1) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.55 Å |
| 8YDI E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P state 1 (subclass 2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8YDJ E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 9GFT Structure of the HrpA-bound E. coli disome, Class I 提交 2024-08-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 105 PDB 声明：116-meric（116） 与全部聚合物一致 |
链 Ad
1–142（142 aa）
链 V
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9GGR Structure of the HrpA-bound E. coli disome, Class II 提交 2024-08-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 106 PDB 声明：117-meric（117） 与全部聚合物一致 |
链 Ad
1–142（142 aa）
链 V
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9MOR Damaged 70S ribosome with PrfH bound 提交 2024-12-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 439 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å |
| 9MQ4 Damaged 70S ribosome with PrfH bound 提交 2025-01-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 439 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 9NJF E. coli pre-elongation complex without an A-site tRNA with EQ2-YbiT in Non-hydrolytic 1/PtIM(a) conformation 提交 2025-02-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 11
2–142（141 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 124 ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 NA SODIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9Q87 Principles of ion binding to RNA inferred from the analysis of a 1.55 Angstrom resolution bacterial ribosome structure - Part I: Mg2+ 提交 2025-02-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 5
2–142（141 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 235 MG MAGNESIUM ION × 415 CU1 COPPER (I) ION × 5 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.55 Å |
| 9RTU Structure of the 70S-EF-G(P610L)-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 1 (H1-EF-G(P610L)-GDP-Pi) 提交 2025-07-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 369 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.00 Å |
| 9RTV Structure of the 70S-EF-G(P610L)-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 2 (H2-EF-G(P610L)-GDP-Pi) 提交 2025-07-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–142（142 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 369 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.60 Å |
| 9SS4 pre-50S ribosomal subunit in rimM-KO with RsfS (-H68) 提交 2025-09-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 BK
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9SS5 50S ribosomal subunit in rimM-KO with RsfS (+H68) 提交 2025-09-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 BK
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9SS6 70S ribosome from RimM-KO 提交 2025-09-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 BK
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9XFK In situ structure of bacterial 50S ribosomes 提交 2025-10-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 Q
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 166 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.98 Å |
| 9XFL In vitro structure of bacterial 50S ribosomes 提交 2025-10-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 Q
8–141（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 176 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 9Y79 Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC^walked) containing mRNA with a 39 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2025-09-09 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–142（142 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |