当前蛋白身份：Q6P1J9
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5YDE Crystal structure of a disease-related gene, hCDC73(1-111) 提交 2017-09-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–111（111 aa）
片段：UNP residues 1-111
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris
|
分辨率 1.02 Å R-free 0.139 |
| 5YDF Crystal structure of a disease-related gene, hCDC73(1-100) 提交 2017-09-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–100（100 aa）
片段：UNP residues 1-100
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, magnesium chloride
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.174 |
| 5YDF Crystal structure of a disease-related gene, hCDC73(1-100) 提交 2017-09-13 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–100（100 aa）
片段：UNP residues 1-100
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, magnesium chloride
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.174 |
| 6TED Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1 提交 2019-11-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 microliters applied to both sides of grid. Sample incubated on grid for 10s prior to blotting. Blotting for 8.5s.
|
分辨率 3.10 Å |
| 7OOP Pol II-CSB-CSA-DDB1-UVSSA-PAF-SPT6 (Structure 3) 提交 2021-05-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 Z
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7OPC Pol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 4) 提交 2021-05-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 Z
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7OPD Pol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 5) 提交 2021-05-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 Z
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7UNC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS complex with rewrapped nucleosome 提交 2022-04-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7UND Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-nucleosome complex (stalled at +38) 提交 2022-04-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric（33） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8A3Y Structure of mammalian Pol II-DSIF-SPT6-PAF1-TFIIS-hexasome elongation complex 提交 2022-06-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9EGX RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-hexasome, bp +27 提交 2024-11-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9EGY RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9EGZ RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9EH0 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 30 bp upstream 提交 2024-11-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9EH1 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 20 bp upstream 提交 2024-11-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 X
218–260（43 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9EH2 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-FACT nucleosome upstream 提交 2024-11-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9HVQ Structure of the transcribing Pol II-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex 提交 2024-12-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 4 mM MgCl2, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.00 Å |
| 9MLC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome activated elongation complex Composite map T 提交 2024-12-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：27-meric（27） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9RTT Activated Elongation Complex with IWS1 and ELOF1 提交 2025-07-03 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：25-meric（25） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.01 Å |
| 9RZE State 2 MAP 3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 bound to proximal upstream H3 提交 2025-07-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.53 Å |
| 9S0U State 3 MAP 3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 bound to distal upstream H3 提交 2025-07-17 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.72 Å |
| 9S3G State 1 MAP3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 and upstream hexasome 提交 2025-07-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–531（531 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.40 Å |