SAXSdb — 1a1i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RADR ZIF268 ZINC FINGER PEPTIDE

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 308–396	未记录	;DNA (5'-D(APGPCPGPTPGPGPGPCPAPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPGPTPGPCPCPCPAPCPGPC)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；22.5% PEG 3350, 500MM NACL, 25 MM MES PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A1I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A1F DSNR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GACC SITE) 提交 1997-12-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 308–396（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；20% PEG 400, 200MM MGCL2, 100 MM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.270
1A1G DSNR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GCGT SITE) 提交 1997-12-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 308–396（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；25% PEG 1450, 200 MM NACL, 25 MM BIS-TRIS PROPANE PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.275
1A1H QGSR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GCAC SITE) 提交 1997-12-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 308–396（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；27.5-35% PEG 3350, 0-200 MM NACL, 100 MM TRIS PH 8.5, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.60 Å R-free 0.277
1A1J RADR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GCGT SITE) 提交 1997-12-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 308–396（89 aa）片段：ZINC FINGER	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；35% PEG 3350, 200MM NACL, 25 MM MES PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.262
1A1K RADR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GACC SITE) 提交 1997-12-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 308–396（89 aa）片段：ZINC FINGER	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；25% PEG 1450, 25 MM MES PH 6.2	分辨率 1.90 Å R-free 0.259
1A1L ZIF268 ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GCAC SITE) 提交 1997-12-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 308–396（89 aa）片段：ZINC FINGER	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；35% PEG 1450, 300MM NACL, 25 MM BIS TRIS PROPANE PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
1AAY ZIF268 ZINC FINGER-DNA COMPLEX 提交 1997-01-18	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 308–396（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；2.5-5% PEG 400; 500-700MM NACL; 25MM BIS-TRIS PROPANE, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.242
1F2I COCRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED ZINC FINGER DIMER BOUND TO DNA 提交 2000-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 G 334–389（56 aa）片段：ZIF12 CONTAINS ZINC FINGERS 1 AND 2 OF ZIF268 链 H 334–389（56 aa）片段：ZIF12 CONTAINS ZINC FINGERS 1 AND 2 OF ZIF268	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；PEG 4000, NaCl, MgCl2, MES, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.256
1F2I COCRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED ZINC FINGER DIMER BOUND TO DNA 提交 2000-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 I 334–389（56 aa）片段：ZIF12 CONTAINS ZINC FINGERS 1 AND 2 OF ZIF268 链 J 334–389（56 aa）片段：ZIF12 CONTAINS ZINC FINGERS 1 AND 2 OF ZIF268	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；PEG 4000, NaCl, MgCl2, MES, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.256
1F2I COCRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED ZINC FINGER DIMER BOUND TO DNA 提交 2000-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 K 334–389（56 aa）片段：ZIF12 CONTAINS ZINC FINGERS 1 AND 2 OF ZIF268 链 L 334–389（56 aa）片段：ZIF12 CONTAINS ZINC FINGERS 1 AND 2 OF ZIF268	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；PEG 4000, NaCl, MgCl2, MES, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.256
1G2D STRUCTURE OF A CYS2HIS2 ZINC FINGER/TATA BOX COMPLEX (CLONE #2) 提交 2000-10-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 333–421（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 400, NaCl, Bis-Tris Propane, CoCl2, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
1G2D STRUCTURE OF A CYS2HIS2 ZINC FINGER/TATA BOX COMPLEX (CLONE #2) 提交 2000-10-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 333–421（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 400, NaCl, Bis-Tris Propane, CoCl2, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
1G2F STRUCTURE OF A CYS2HIS2 ZINC FINGER/TATA BOX COMPLEX (TATAZF;CLONE #6) 提交 2000-10-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 333–421（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 400; NaCl; Bis-Tris Propane; CoCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
1G2F STRUCTURE OF A CYS2HIS2 ZINC FINGER/TATA BOX COMPLEX (TATAZF;CLONE #6) 提交 2000-10-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 333–421（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 400; NaCl; Bis-Tris Propane; CoCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
1JK1 Zif268 D20A Mutant Bound to WT DNA Site 提交 2001-07-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 333–421（89 aa）片段：ZINC FINGERS (Residues 333-421)	突变：D120A	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；300 mM NaCl, 10% PEG 1450, 25 mM Bis-Tris propane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.266
1JK2 Zif268 D20A mutant bound to the GCT DNA site 提交 2001-07-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 333–421（89 aa）片段：ZINC FINGERS (Residues 333-421)	突变：D120A	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；300 mM NaCl, 10% PEG 1450, 25 mM Bis-Tris propane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.273
1LLM Crystal Structure of a Zif23-GCN4 Chimera Bound to DNA 提交 2002-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 364–412（49 aa）链 D 364–412（49 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；bis-tris propane, magnesium chloride, ammonium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.234
1P47 Crystal Structure of tandem Zif268 molecules complexed to DNA 提交 2003-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 333–419（87 aa）片段：residues 333-419 链 B 333–419（87 aa）片段：residues 333-419	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；bis-tris propane-HCl, sodium chloride, zinc cloride, ammonium acetate, PEG 400, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
1ZAA ZINC FINGER-DNA RECOGNITION: CRYSTAL STRUCTURE OF A ZIF268-DNA COMPLEX AT 2.1 ANGSTROMS 提交 1992-09-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 332–418（87 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å

共 15 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EGR1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–90； UniProt 308–396

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a1i
沉积日期 deposition_date	1997-12-10
结构标题 title	RADR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GCAC SITE)
关键词 keywords	ZINC FINGER-DNA COMPLEX, ZINC FINGER, DNA-BINDING PROTEIN, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.93 Å
零角强度 I(0) i0	9283740.00
分子量 molecular_weight	17020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18886 Å³
包络体积 envelope_volume	23647 Å³
水化壳体积 shell_volume	13070 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.3 Å
壳层 Rg shell_rg	21.19 Å
包络 Rg envelope_rg	16.26 Å
形状 Rg shape_rg	15.86 Å
总 Rg total_rg	16.80 Å
总原子数 total_atoms	1156
残基数 n_residues	107
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.6 Å
Rg (实空间) rg_real	16.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2840e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9284000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7831
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.354
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.119
角度范围 angular_range	— – 0.4950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1283000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.737; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPCPGPTPGPGPGPCPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3399.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	1415

AGCGTGGGCAC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPTPGPCPCPCPAPCPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3310.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

TGTGCCCACGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RADR ZIF268 ZINC FINGER PEPTIDE
分子量 formula_weight	10795.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MERPYACPVESCDRRFSRSADLTRHIRIHTGQKPFQCRICMRNFSRSDHLTTHIRTHTGEKPFACDICGRKFARSDERKRHTKIHLRQKD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	255

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1a1ia1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1a1ia2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1a1ia3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1a1iA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1a1iA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1a1iA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	43.200 Å
晶胞边长 b length_b	56.300 Å
晶胞边长 c length_c	133.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2160

fit	/app/data/saxs_computation/a1/1a1i/1a1i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a1/1a1i/1a1i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a1/1a1i/1a1i.dat

RADR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GCAC SITE)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RADR ZIF268 ZINC FINGER PEPTIDE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)