1n9r

Crystal structure of a heptameric ring complex of yeast SmF in spacegroup P4122

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 76.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small nuclear ribonucleoprotein F

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–86 链 B； UniProt 1–86 链 C； UniProt 1–86 链 D； UniProt 1–86 链 E； UniProt 1–86 链 F； UniProt 1–86 链 G； UniProt 1–86	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；PEG 3350, sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 289K	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–86 链 B； UniProt 1–86 链 C； UniProt 1–86 链 D； UniProt 1–86 链 E； UniProt 1–86 链 F； UniProt 1–86 链 G； UniProt 1–86	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；PEG 3350, sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 289K	分辨率 2.80 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1N9R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1N9S Crystal structure of yeast SmF in spacegroup P43212 提交 2002-11-26	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–86（86 aa）链 B 1–86（86 aa）链 C 1–86（86 aa）链 D 1–86（86 aa）链 E 1–86（86 aa）链 F 1–86（86 aa）链 G 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；Tris, PEG 3350, sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 289K	分辨率 3.50 Å R-free 0.297
1N9S Crystal structure of yeast SmF in spacegroup P43212 提交 2002-11-26	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 1–86（86 aa）链 I 1–86（86 aa）链 J 1–86（86 aa）链 K 1–86（86 aa）链 L 1–86（86 aa）链 M 1–86（86 aa）链 N 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；Tris, PEG 3350, sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 289K	分辨率 3.50 Å R-free 0.297
1N9S Crystal structure of yeast SmF in spacegroup P43212 提交 2002-11-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–86（86 aa）链 B 1–86（86 aa）链 C 1–86（86 aa）链 D 1–86（86 aa）链 E 1–86（86 aa）链 F 1–86（86 aa）链 G 1–86（86 aa）链 H 1–86（86 aa）链 I 1–86（86 aa）链 J 1–86（86 aa）链 K 1–86（86 aa）链 L 1–86（86 aa）链 M 1–86（86 aa）链 N 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；Tris, PEG 3350, sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 289K	分辨率 3.50 Å R-free 0.297
3JCM Cryo-EM structure of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：34-meric	链 W 1–86（86 aa）链 Z 1–86（86 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 M7M N,N,7-trimethylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
5GAM Foot region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：Dodecameric	链 f 1–86（86 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9	分辨率 3.70 Å
5GAN The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom 提交 2015-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 f 1–86（86 aa）链 q 1–86（86 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9	分辨率 3.70 Å
5GAO Head region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：11-meric	链 q 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9	分辨率 4.20 Å
5GM6 Cryo-EM structure of the activated spliceosome (Bact complex) at 3.5 angstrom resolution 提交 2016-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric	链 h 1–86（86 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 13 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；CEB buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 1 mM Mg(OAc)2, 1 mM imidazole, 0.01% NP40, 1 mM TCEP, 0.5 mM EGTA) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
5GMK Cryo-EM structure of the Catalytic Step I spliceosome (C complex) at 3.4 angstrom resolution 提交 2016-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：45-meric	链 h 1–86（86 aa）链 w 1–86（86 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；The CEB buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 1 mM Mg(OAc)2, 1 mM imidazole, 0.01% NP40, 1 mM TCEP, 0.5 mM EGTA) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
5LJ3 Structure of the core of the yeast spliceosome immediately after branching 提交 2016-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：38-meric	链 f 1–86（86 aa）链 q 1–86（86 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microlitres sample were applied to the grid, left for 30 seconds and then blotted for 2.5-3.0 seconds before plunging.	分辨率 3.80 Å
5LJ5 Overall structure of the yeast spliceosome immediately after branching. 提交 2016-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：45-meric	链 f 1–86（86 aa）链 q 1–86（86 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microlitres sample were applied to the grid, left for 30 seconds and then blotted for 2.5-3.0 seconds before plunging.	分辨率 10.00 Å
5LQW yeast activated spliceosome 提交 2016-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：31-meric	链 f 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.80 Å
5MPS Structure of a spliceosome remodeled for exon ligation 提交 2016-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：30-meric	链 f 1–86（86 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；NP-40 is also called IGEPAL CA-630 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3.5 microlitres sample were applied to the grid, left for 25 seconds and then blotted for 3.0-3.5 seconds before plunging.	分辨率 3.85 Å
5MQ0 Structure of a spliceosome remodeled for exon ligation 提交 2016-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：46-meric	链 f 1–86（86 aa）链 q 1–86（86 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；NP-40 is also called IGEPAL CA-630 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3.5 microlitres sample were applied to the grid, left for 25 seconds and then blotted for 3.0-3.5 seconds before plunging.	分辨率 4.17 Å
5NRL Structure of a pre-catalytic spliceosome 提交 2017-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric	链 f 1–86（86 aa）链 q 1–86（86 aa）链 x 1–86（86 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Buffer pH: HEPES, 7.9; EDTA, 8.0 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ethane with a Vitrobot Mark III (FEI) operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity.	分辨率 7.20 Å
5WSG Cryo-EM structure of the Catalytic Step II spliceosome (C* complex) at 4.0 angstrom resolution 提交 2016-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：45-meric	链 H 1–86（86 aa）链 h 1–86（86 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；10mM Tris-HCl, pH 8.0, 75mM NaCl, 1mM Mg(OAc)2, 1mM imidazole, 0.01% NP40, 1mM TCEP, 0.5mM EGTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
5Y88 Cryo-EM structure of the intron-lariat spliceosome ready for disassembly from S.cerevisiae at 3.5 angstrom 提交 2017-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：44-meric	链 c 1–86（86 aa）链 j 1–86（86 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
5YLZ Cryo-EM Structure of the Post-catalytic Spliceosome from Saccharomyces cerevisiae at 3.6 angstrom 提交 2017-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：43-meric	链 c 1–86（86 aa）链 j 1–86（86 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
5ZWM Cryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolution of 3.4~4.6 angstrom (tri-snRNP and U2 snRNP Part) 提交 2018-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric	链 U 1–86（86 aa）链 f 1–86（86 aa）链 j 1–86（86 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
5ZWN Cryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolution of 3.3 angstrom (Part II: U1 snRNP region) 提交 2018-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 f 1–86（86 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
5ZWO Cryo-EM structure of the yeast B complex at average resolution of 3.9 angstrom 提交 2018-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：60-meric	链 U 1–86（86 aa）链 f 1–86（86 aa）链 j 1–86（86 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6BK8 S. cerevisiae spliceosomal post-catalytic P complex 提交 2017-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric	链 b 1–86（86 aa）链 m 1–86（86 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
6EXN Post-catalytic P complex spliceosome with 3' splice site docked 提交 2017-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：40-meric	链 f 1–86（86 aa）链 q 1–86（86 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was applied to the grid, left for 30s, then blotted for 3s and immediately plunged into liquid ethane.	分辨率 3.70 Å
6G90 Prespliceosome structure provides insight into spliceosome assembly and regulation (map A2) 提交 2018-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：38-meric	链 f 1–86（86 aa）链 x 1–86（86 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2-3.5 s and vitrified by plunging into liquid ethane with a FEI Vitrobot Mark III operated at 4 degree Celsius and 100% humidity.	分辨率 4.00 Å
6J6G Cryo-EM structure of the yeast B*-a2 complex at an average resolution of 3.2 angstrom 提交 2019-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：41-meric	链 h 1–86（86 aa）链 w 1–86（86 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6J6H Cryo-EM structure of the yeast B*-a1 complex at an average resolution of 3.6 angstrom 提交 2019-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：41-meric	链 h 1–86（86 aa）链 w 1–86（86 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6J6N Cryo-EM structure of the yeast B*-b1 complex at an average resolution of 3.86 angstrom 提交 2019-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：41-meric	链 h 1–86（86 aa）链 w 1–86（86 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.86 Å
6J6Q Cryo-EM structure of the yeast B*-b2 complex at an average resolution of 3.7 angstrom 提交 2019-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：42-meric	链 h 1–86（86 aa）链 w 1–86（86 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6N7P S. cerevisiae spliceosomal E complex (UBC4) 提交 2018-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 P 1–86（86 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6N7R Saccharomyces cerevisiae spliceosomal E complex (ACT1) 提交 2018-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 P 1–86（86 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6N7X S. cerevisiae U1 snRNP 提交 2018-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：hexadecameric	链 P 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7B9V Yeast C complex spliceosome at 2.8 Angstrom resolution with Prp18/Slu7 bound 提交 2020-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：50-meric	链 f 1–86（86 aa）链 q 1–86（86 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 KGN D-chiro inositol hexakisphosphate × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7OQB The U2 part of Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1) 提交 2021-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 x 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
7OQC The U1 part of Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1) 提交 2021-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 f 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7OQE Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1) 提交 2021-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：39-meric	链 f 1–86（86 aa）链 x 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.90 Å
8W2O Yeast U1 snRNP with humanized U1C Zinc-Finger domain 提交 2024-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 P 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM Hepes, pH7.9, 120 mM KCl, 2 mM EGTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The grids were obtained with the chamber at 100% humidity, 2.5 s blotting time, -6 blotting force and 15 s wait time and flash-frozen into liquid ethane with a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher Scientific)	分辨率 3.49 Å
9DTR Structure of the yeast post-catalytic P complex spliceosome at 2.3 Angstrom resolution 提交 2024-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：47-meric	链 f 1–86（86 aa）链 q 1–86（86 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.31 Å

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UniProt名称	RUXF_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–93； UniProt 1–86 作者链 B； PDB构建体 8–93； UniProt 1–86 作者链 C； PDB构建体 8–93； UniProt 1–86 作者链 D； PDB构建体 8–93； UniProt 1–86 作者链 E； PDB构建体 8–93； UniProt 1–86 作者链 F； PDB构建体 8–93； UniProt 1–86 作者链 G； PDB构建体 8–93； UniProt 1–86

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1n9r
沉积日期 deposition_date	2002-11-26
结构标题 title	Crystal structure of a heptameric ring complex of yeast SmF in spacegroup P4122
关键词 keywords	snrnp, Sm protein, heptamer, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.20 Å
零角强度 I(0) i0	47511200.00
分子量 molecular_weight	54284.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68243 Å³
包络体积 envelope_volume	83053 Å³
水化壳体积 shell_volume	27948 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.5 Å
壳层 Rg shell_rg	31.72 Å
包络 Rg envelope_rg	23.90 Å
形状 Rg shape_rg	24.21 Å
总 Rg total_rg	25.02 Å
总原子数 total_atoms	3837
残基数 n_residues	478
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.2 Å
Rg (实空间) rg_real	25.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8978
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.096
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.700
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.779

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1n9ra_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1n9rb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1n9rc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1n9rd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1n9re_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1n9rf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1n9rg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	1n9rA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1n9rB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1n9rC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1n9rD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1n9rE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1n9rF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1n9rG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.891 Å
晶胞边长 b length_b	79.891 Å
晶胞边长 c length_c	251.188 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	56

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2543
R_work r_work	0.2536
R_free r_free	0.2678

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein F
分子量 formula_weight	10630.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	3837

Crystal structure of a heptameric ring complex of yeast SmF in spacegroup P4122

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small nuclear ribonucleoprotein F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/n9/1n9r/1n9r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n9/1n9r/1n9r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n9/1n9r/1n9r.dat