1pfj

Solution structure of the N-terminal PH/PTB domain of the TFIIH P62 subunit

Method: SOLUTION NMR D_max: 51.9 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TFIIH basal transcription factor complex p62 subunit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–108	片段：N-terminal PH/PTB domain	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 ambient NMR测量条件：pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 ambient NMR测量条件：pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 ambient NMR测量条件：pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 ambient NMR样品组成：1.5mM P62 U-15N,13C; 20mM deuterated TRIS; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.2mM P62 U-15N; 20mM deuterated TRIS; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.9mM P62 U-15N; 20mM deuterated TRIS + 26ug C12E6/hexanol; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O, 10% D2O; 26 ug C12E6/hexanol NMR样品组成：1.5mM P62; 20mM deuterated TRIS; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1PFJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
28JM Cryo-EM structure of the human holo-TFIIH and XPC initial encounter complex 提交 2026-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.29 Å
28JS Cryo-EM structure of the human holo-TFIIH-XPC complex bound to bulky lesion-mimic DNA (composite map) 提交 2026-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.32 Å
28JV Cryo-EM structure of the human holo-TFIIH-XPC complex bound to bulky lesion-mimic DNA (consensus map) 提交 2026-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.91 Å
28KE Cryo-EM structure of the human holo-TFIIH-XPC-XPA complex bound to bulky lesion-mimic DNA 提交 2026-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.60 Å
2DII Solution structure of the BSD domain of human TFIIH basal transcription factor complex p62 subunit 提交 2006-03-30	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 103–150（48 aa）片段：BSD domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 1.07mM BSD domain U-15N,13C; 20mM d-Tris HCl (pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RNR Solution structure of the complex between TFIIE alpha C-terminal acidic domain and TFIIH p62 PH domain 提交 2008-01-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–108（108 aa）片段：PH domain, UNP residues 1-108	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.5MM [U-100% 15N] TFIIE-ALPHA, 0.5MM TFIIH P62; 20MM POTASSIUM PHOSPHATE, 5MM [U-99% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5MM [U-100% 13C; U-100% 15N] TFIIE-ALPHA, 0.5MM TFIIH P62; 20MM POTASSIUM PHOSPHATE, 5MM [U-99% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5MM [U-100% 13C; U-100% 15N] TFIIE-ALPHA, 0.5MM TFIIH P62; 20MM POTASSIUM PHOSPHATE, 5MM [U-99% 2H] DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.5MM [U-100% 15N] TFIIH P62, 0.5mM TFIIE-ALPHA; 20MM POTASSIUM PHOSPHATE, 5MM [U-99% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5MM [U-100% 13C; U-100% 15N] TFIIH P62, 0.5MM TFIIE-ALPHA; 20MM POTASSIUM PHOSPHATE, 5MM [U-99% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5MM [U-100% 13C; U-100% 15N] TFIIH P62, 0.5MM TFIIE-ALPHA; 20MM POTASSIUM PHOSPHATE, 5MM [U-99% 2H] DTT, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2RUK Solution structure of the complex between p53 transactivation domain 2 and TFIIH p62 PH domain 提交 2014-09-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–108（108 aa）片段：TFIIH p62 PH domain, UNP residues 1-108	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient NMR样品组成 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TFIIH p62 PH domain-1, 0.48 mM p53 TAD2-2, 20 mM potassium phosphate-3, 5 mM [U-2H] DTT-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TFIIH p62 PH domain-5, 0.48 mM p53 TAD2-6, 20 mM potassium phosphate-7, 5 mM [U-2H] DTT-8, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2RVB Solution structure of the complex between XPC acidic domain and TFIIH p62 PH domain 提交 2015-07-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient NMR样品组成 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] XPC acidic domain-1, 0.48 mM TFIIH p62 PH domain-2, 20 mM potassium phosphate-3, 5 mM [U-2H] DTT-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] XPC acidic domain-5, 0.48 mM TFIIH p62 PH domain-6, 20 mM potassium phosphate-7, 5 mM [U-2H] DTT-8, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TFIIH p62 PH domain-9, 0.48 mM XPC acidic domain-10, 20 mM potassium phosphate-11, 5 mM [U-2H] DTT-12, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TFIIH p62 PH domain-13, 0.48 mM XPC acidic domain-14, 20 mM potassium phosphate-15, 5 mM [U-2H] DTT-16, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
5GOW Solution structure of the complex between DP1 acidic region and TFIIH p62 PH domain 提交 2016-07-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–108（108 aa）片段：UNP residues 1-108	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 760 NMR样品组成 0.35 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DP1, 0.42 mM TFIIH p62, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.35 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DP1, 0.42 mM TFIIH p62, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.35 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TFIIH p62, 0.42 mM DP1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.35 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TFIIH p62, 0.42 mM DP1, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
5XV8 Solution structure of the complex between UVSSA acidic region and TFIIH p62 PH domain 提交 2017-06-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–108（107 aa）片段：UNP residues 2-108	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；305 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 760 NMR样品组成 0.40 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] UVSSA, 0.48 mM TFIIH p62, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.40 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] UVSSA, 0.48 mM TFIIH p62, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.40 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TFIIH p62, 0.48 mM UVSSA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.40 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TFIIH p62, 0.48 mM UVSSA, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6O9L Human holo-PIC in the closed state 提交 2019-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：33-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å
6O9M Structure of the human apo TFIIH 提交 2019-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
7AD8 Core TFIIH-XPA-DNA complex with modelled p62 subunit 提交 2020-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 I 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7BUL Solution structure of the tandem PH and BSD1 domains of TFIIH p62 提交 2020-04-07	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–158（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 1.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TFIIH p62, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TFIIH p62, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
7EGB TFIID-based holo PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7EGC p53-bound TFIID-based holo PIC on HDM2 promoter 提交 2021-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7ENA TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in pre-assembled state (pre-hPIC-MED) 提交 2021-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：76-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å
7ENC TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in fully-assembled state (hPIC-MED) 提交 2021-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：76-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.13 Å
7LBM Structure of the human Mediator-bound transcription pre-initiation complex 提交 2021-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric	链 Y 1–548（548 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7NVR Human Mediator with RNA Polymerase II Pre-initiation complex 提交 2021-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 18 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7NVW TFIIH in a pre-translocated state (without ADP-BeF3) 提交 2021-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7NVX TFIIH in a post-translocated state (with ADP-BeF3) 提交 2021-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7NVY RNA polymerase II pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position 提交 2021-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.30 Å
7NVZ RNA polymerase II pre-initiation complex with closed promoter DNA in distal position 提交 2021-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å
7NW0 RNA polymerase II pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
8BVW RNA polymerase II pre-initiation complex with the distal +1 nucleosome (PIC-Nuc18W) 提交 2022-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 2 1–548（548 aa）	突变：0	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8BYQ RNA polymerase II pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (PIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric	链 2 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8EBS Initial DNA-lesion (Cy5) binding by XPC and TFIIH 提交 2022-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8EBT XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (Cy5) 提交 2022-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 111–548（438 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8EBU XPC release from Core7-XPA-DNA (Cy5) 提交 2022-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8EBV Initial DNA-lesion (AP) binding by XPC and TFIIH complex 1 提交 2022-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.10 Å
8EBW Initial DNA-lesion (AP) binding by XPC and TFIIH complex2 提交 2022-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.60 Å
8EBX XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (AP) 提交 2022-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8EBY XPC release from Core7-XPA-DNA (AP) 提交 2022-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric	链 HB 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.04 Å
8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric	链 HB 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.16 Å
8WAK Structure of transcribing complex 2 (TC2), the initially transcribing complex with Pol II positioned 2nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.47 Å
8WAL Structure of transcribing complex 3 (TC3), the initially transcribing complex with Pol II positioned 3nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.52 Å
8WAN Structure of transcribing complex 4 (TC4), the initially transcribing complex with Pol II positioned 4nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.07 Å
8WAO Structure of transcribing complex 5 (TC5), the initially transcribing complex with Pol II positioned 5nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.40 Å
8WAP Structure of transcribing complex 6 (TC6), the initially transcribing complex with Pol II positioned 6nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.85 Å
8WAQ Structure of transcribing complex 7 (TC7), the initially transcribing complex with Pol II positioned 7nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.29 Å
8WAR Structure of transcribing complex 8 (TC8), the initially transcribing complex with Pol II positioned 8nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å
8WAS Structure of transcribing complex 9 (TC9), the initially transcribing complex with Pol II positioned 9nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 1 1–548（548 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.13 Å
9PCP NER dual incision complex - NoG 提交 2025-06-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
9PD3 NER dual incision complex - DuIS 提交 2025-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9PD4 NER dual incision complex - DuIM 提交 2025-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9PD5 NER dual incision complex - NoF 提交 2025-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.70 Å
9XYU NER complex - C7CAD.ATP 提交 2025-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 C 1–548（548 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF2H1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1pfj
沉积日期 deposition_date	2003-05-27
结构标题 title	Solution structure of the N-terminal PH/PTB domain of the TFIIH P62 subunit
关键词 keywords	PH/PTB domain, Structural Proteomics in Europe, SPINE, Structural Genomics, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.77 Å
零角强度 I(0) i0	727102000.00
分子量 molecular_weight	233520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	295220 Å³
包络体积 envelope_volume	32233 Å³
水化壳体积 shell_volume	16022 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.0 Å
壳层 Rg shell_rg	23.21 Å
包络 Rg envelope_rg	17.68 Å
形状 Rg shape_rg	13.70 Å
总 Rg total_rg	14.22 Å
总原子数 total_atoms	33497
残基数 n_residues	2052
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.9 Å
Rg (实空间) rg_real	14.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	727100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7295
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.259
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.175
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	222000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.675; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.499; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1pfja_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.9 — TFIIH domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1pfjA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	TFIIH basal transcription factor complex p62 subunit
分子量 formula_weight	12306.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	33497

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

fit	/app/data/saxs_computation/pf/1pfj/1pfj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pf/1pfj/1pfj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pf/1pfj/1pfj.dat