8waq

Structure of transcribing complex 7 (TC7), the initially transcribing complex with Pol II positioned 7nt downstream of TSS.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 239.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8waq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8waq
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8waq
沉积日期 deposition_date2023-09-08
结构标题 titleStructure of transcribing complex 7 (TC7), the initially transcribing complex with Pol II positioned 7nt downstream of TSS.
关键词 keywordstranscribing complex, de novo transcription initiation, initially transcribing complex (ITC), TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier98.60
回转半径 Rg (电子) rg_electron98.41
零角强度 I(0) i033909000000.00
分子量 molecular_weight1549700.0 kDa
排除体积 excluded_volume1930000 ų
包络体积 envelope_volume3556600 ų
水化壳体积 shell_volume299440 ų
包络直径 envelope_diameter314.3
壳层 Rg shell_rg100.70
包络 Rg envelope_rg91.45
形状 Rg shape_rg98.45
总 Rg total_rg98.29
总原子数 total_atoms108663
残基数 n_residues13315
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax239.4
Rg (实空间) rg_real95.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real3.2580e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9280e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal100.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal34100000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9113
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary134.7
偏度 Skewness skewness-0.062
峰度 Kurtosis kurtosis-0.762
角度范围 angular_range— – 0.0800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.6669
最高正则化参数 α highest_alpha913700000.0000
实空间数据点数 n_real_points17
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.992; Stabil: 0.976; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (49)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)