2g8u

B. halodurans RNase H catalytic domain D132N mutant in complex with Mg2+ and RNA/DNA hybrid (non-P nick at the active site)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 54.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease H

Bacillus halodurans

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 59–196	片段：Bh-RNase HC 突变：D132N	5'-R(UPCPGPAPCPA)-3' × 1 5'-D(APTPGPTPCPG)-3' × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；25% MPD, 0.2M NaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 2.70 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2G8U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZBF Crystal structure of B. halodurans RNase H catalytic domain mutant D132N 提交 2005-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–196（138 aa）片段：catalytic domain (residues 59-196)	突变：D132N	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；PEG 2000 monomethyl ether, ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.214
1ZBI Bacillus halodurans RNase H catalytic domain mutant D132N in complex with 12-mer RNA/DNA hybrid 提交 2005-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：catalytic domain (residues 59-196) 链 B 59–196（138 aa）片段：catalytic domain (residues 59-196)	突变：D132N 突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；MPD, NaCl, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.85 Å R-free 0.248
2G8F B. halodurans RNase H catalytic domain E188A mutant in complex with Mg2+ and RNA/DNA hybrid (non-P nick at the active site) 提交 2006-03-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：Bh-RNase HC	突变：E188A	MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；30% MPD, 0.1M citrate pH 5.6, 0.25M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å
2G8H B. halodurans RNase H catalytic domain D192N mutant in complex with Mg2+ and RNA/DNA hybrid (non-P nick at the active site) 提交 2006-03-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：Bh-RNase HC	突变：D192N	MG MAGNESIUM ION × 2 VO4 VANADATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；278 K；32% MPD, 0.1M Tris pH 7.0, 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 1.85 Å R-free 0.254
2G8I B. halodurans RNase H catalytic domain D192N mutant in complex with Mn2+ and RNA/DNA hybrid (non-P nick at the active site) 提交 2006-03-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：Bh-RNase HC	突变：D192N	MN MANGANESE (II) ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；35% MPD, 0.1M Tris pH 7.0, 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 1.65 Å R-free 0.202
2G8K B. halodurans RNase H catalytic domain D192N mutant in complex with Ca2+ and RNA/DNA hybrid (non-P nick at the active site) 提交 2006-03-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：Bh-RNase HC	突变：D192N	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；278 K；27% MPD, 0.25M ammonium acetate, Na Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 1.65 Å R-free 0.210
2G8V B. halodurans RNase H catalytic domain E188A mutant in complex with Mg2+ and RNA/DNA hybrid (reaction product) 提交 2006-03-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：Bh-RNase HC	突变：E188A	MG MAGNESIUM ION × 2 EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；278 K；20% EtOH, 0.1 M Tris pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 1.85 Å R-free 0.240
2G8W B. halodurans RNase H catalytic domain E188A mutant in complex with Ca2+ and RNA/DNA hybrid 提交 2006-03-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：Bh-RNase HC	突变：E188A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；278 K；12% isopropanol, 0.1M MES 6.0, 0.3M CaAc2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 2.05 Å R-free 0.242
2R7Y Selenium Derivatized RNA/DNA Hybrid in complex with RNase H CATALYTIC DOMAIN MUTANT D132N 提交 2007-09-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 62–193（132 aa）	突变：D132N	PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES, 12% PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
3D0P Insights into RNA/DNA hybrid recognition and processing by RNase H from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsDNA complex 提交 2008-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–194（134 aa）	突变：D132N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M sodium acetate, 8 % (w/v) PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
3D0P Insights into RNA/DNA hybrid recognition and processing by RNase H from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsDNA complex 提交 2008-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 61–194（134 aa）	突变：D132N	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M sodium acetate, 8 % (w/v) PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
3EY1 A Conformational Transition in the Structure of a 2'-Thiomethyl-Modified DNA Visualized at High Resolution 提交 2008-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：RNase H domain, UNP residues 59-196	突变：D132N	GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M Sodium Acetate (pH 4.6), 0.2 M ammonium sulphate, 25% PEG 4000., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.261
3I8D The Pairing Geometry of the Hydrophobic Thymine Analog 2,4-Difluorotoluene in Duplex DNA as Analyzed by X-ray Crystallography 提交 2009-07-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 62–193（132 aa）片段：RNase-H	突变：D132N	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M NaOAc 3H2O (pH 4.6) and 8% (w/v) PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.61 Å R-free 0.238
3I8D The Pairing Geometry of the Hydrophobic Thymine Analog 2,4-Difluorotoluene in Duplex DNA as Analyzed by X-ray Crystallography 提交 2009-07-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 62–193（132 aa）片段：RNase-H	突变：D132N	GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M NaOAc 3H2O (pH 4.6) and 8% (w/v) PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.61 Å R-free 0.238
3TWH Selenium Derivatized RNA/DNA Hybrid in complex with RNase H Catalytic Domain D132N Mutant 提交 2011-09-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：catalytic domain	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES, 12% PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.79 Å R-free 0.208
3ULD High resolution structure of DNA/RNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain D132N mutant 提交 2011-11-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：catalytic domain	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.04 M Magnesium chloride, 0.05 M Sodium cacodylate, 5% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
4HTU Structure of 5-chlorouracil modified A:U base pair 提交 2012-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 61–194（134 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5) and 20% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.49 Å R-free 0.218
4HTU Structure of 5-chlorouracil modified A:U base pair 提交 2012-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 61–194（134 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5) and 20% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.49 Å R-free 0.218
4HUE Structure of 5-chlorouracil modified G:U base pair 提交 2012-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 61–194（134 aa）	突变：D132N	GOL GLYCEROL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate and 20% (w/v) PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.56 Å R-free 0.220
4HUE Structure of 5-chlorouracil modified G:U base pair 提交 2012-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 61–194（134 aa）	突变：D132N	GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate and 20% (w/v) PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.56 Å R-free 0.220
4HUF Structure of 5-chlorouracil modified A:U base pair 提交 2012-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 61–194（134 aa）	突变：D132N	GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5) and 20% (w/v) PEG 8000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.69 Å R-free 0.228
4HUF Structure of 5-chlorouracil modified A:U base pair 提交 2012-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 61–194（134 aa）	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5) and 20% (w/v) PEG 8000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.69 Å R-free 0.228
4HUG Structure of 5-chlorouracil modified A:U base pairs 提交 2012-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 61–194（134 aa）	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate and 20% (w/v) PEG 8000 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.64 Å R-free 0.222
4HUG Structure of 5-chlorouracil modified A:U base pairs 提交 2012-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 61–194（134 aa）	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate and 20% (w/v) PEG 8000 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.64 Å R-free 0.222
4OPJ Bh-RNaseH:tcdA-DNA complex 提交 2014-02-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：UNP residues 59-196	突变：D132N	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M sodium acetate, 10% w/v PEG4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.54 Å R-free 0.220
4OPJ Bh-RNaseH:tcdA-DNA complex 提交 2014-02-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 59–196（138 aa）片段：UNP residues 59-196	突变：D132N	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M sodium acetate, 10% w/v PEG4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.54 Å R-free 0.220
4OPK Bh-RNaseH:2'-SMe-DNA complex 提交 2014-02-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：UNP residues 59-196	突变：D132N	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M sodium acetate, 8% w/v PEG4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.54 Å R-free 0.258
4OPK Bh-RNaseH:2'-SMe-DNA complex 提交 2014-02-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 59–196（138 aa）片段：UNP residues 59-196	突变：D132N	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M sodium acetate, 8% w/v PEG4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.54 Å R-free 0.258
5SWM BACILLUS HALODURANS RNASE H MUTANT D132N IN COMPLEX WITH 12-MER FRNA/DNA HYBRID 提交 2016-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）	突变：D132N	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.4 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 1.50 Å R-free 0.185
5SWM BACILLUS HALODURANS RNASE H MUTANT D132N IN COMPLEX WITH 12-MER FRNA/DNA HYBRID 提交 2016-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 59–196（138 aa）	突变：D132N	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.4 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 1.50 Å R-free 0.185
5US2 2-Se-T2-DNA and native RNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain D132N mutant 提交 2017-02-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：residues 59-196	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH 6.5, 12%(w/v) PEG 20000	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
5USA 5-Se-T2-DNA and native RNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain D132N mutant 提交 2017-02-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：residues 59-196	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH 6.5, 12%(w/v) PEG 20000	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
5USE 5-Se-T4-DNA and native RNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain D132N mutant 提交 2017-02-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：residues 59-196	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH 6.5, 12%(w/v) PEG 20000	分辨率 1.73 Å R-free 0.234
5USG 5-Se-T2/4-DNA and native RNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain D132N mutant 提交 2017-02-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：residues 59-196	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH 6.5, 12%(w/v) PEG 20000	分辨率 1.70 Å R-free 0.221
5VAJ BhRNase H - amide-RNA/DNA complex 提交 2017-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）链 B 59–196（138 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 9 MG MAGNESIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；50 mM sodium cacodylate (pH 6.5) and 0.7 M sodium acetate.	分辨率 1.95 Å R-free 0.217
5W7N 2-Se-T2/4-DNA and native RNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain D132N mutant 提交 2017-06-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 62–193（132 aa）片段：residues 62-193	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH 6.5, 12%(w/v) PEG 20000	分辨率 1.80 Å R-free 0.232
5W7O 2-Se-T4-DNA and native RNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain D132N mutant 提交 2017-06-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 62–193（132 aa）片段：residues 62-193	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES pH 6.5, 12%(w/v) PEG 20000	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
5WJR High resolution native hexamer DNA and RNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain D132N mutant 提交 2017-07-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：residues 59-196	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES pH 6.5, 12%(w/v) PEG 20000	分辨率 1.70 Å R-free 0.234
6DMN Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Soaked in 2 mM Ca2+ and 200 mM K+ at 21 C 提交 2018-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.27 Å R-free 0.171
6DMV Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Soaked for 40 s in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ at 21 C 提交 2018-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.52 Å R-free 0.182
6DO8 Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 80 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.41 Å R-free 0.168
6DO9 Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 120 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 6 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.36 Å R-free 0.175
6DOA Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 480 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.47 Å R-free 0.186
6DOB Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 200 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.34 Å R-free 0.196
6DOC Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 240 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.50 Å R-free 0.221
6DOD Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 360 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.53 Å R-free 0.195
6DOE Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 420 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.45 Å R-free 0.198
6DOF Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 540 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.43 Å R-free 0.187
6DOG Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 600 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.28 Å R-free 0.183
6DOH Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Soak in 0.5 mM EGTA and 200 mM K+ at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–193（133 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	CA CALCIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.36 Å R-free 0.200
6DOI Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid (1.54 Angstrom wavelength): Soak in 0.5 mM EGTA and 200 mM K+ at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–193（133 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	K POTASSIUM ION × 3 CA CALCIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.95 Å R-free 0.195
6DOJ Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 5 mM K+ for 120 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–195（135 aa）片段：catalytic domain (UNP residues 61-196)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM potassium iodide, 5 mM calcium chloride	分辨率 1.40 Å R-free 0.185
6DOK Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 25 mM K+ for 120 s at 21 C (dataset 1) 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–195（135 aa）片段：catalytic domain (UNP residues 61-196)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM potassium iodide, 5 mM calcium chloride	分辨率 1.38 Å R-free 0.170
6DOL Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 25 mM K+ for 120 s at 21 C (dataset 2) 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–195（135 aa）片段：catalytic domain (UNP residues 61-196)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM potassium iodide, 5 mM calcium chloride	分辨率 1.43 Å R-free 0.185
6DOM Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 50 mM K+ for 120 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）片段：catalytic domain (UNP residues 61-196)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM potassium iodide, 5 mM calcium chloride	分辨率 1.43 Å R-free 0.184
6DON Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 100 mM K+ for 120 s at 21 C (dataset 1) 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）片段：catalytic domain (UNP residues 61-196)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM potassium iodide, 5 mM calcium chloride	分辨率 1.42 Å R-free 0.195
6DOO Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 100 mM K+ for 120 s at 21 C (dataset 2) 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）片段：catalytic domain (UNP residues 61-196)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM potassium iodide, 5 mM calcium chloride	分辨率 1.44 Å R-free 0.170
6DOP Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 120 s at 21 C (dataset 1) 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 6 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.25 Å R-free 0.178
6DOQ Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 120 s at 21 C (dataset 2) 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.42 Å R-free 0.177
6DOR Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 300 mM K+ for 120 s at 21 C (dataset 1) 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）片段：catalytic domain (UNP residues 61-196)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM potassium iodide, 5 mM calcium chloride	分辨率 1.50 Å R-free 0.194
6DOS Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 300 mM K+ for 120 s at 21 C (dataset 2) 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–195（135 aa）片段：catalytic domain (UNP residues 61-196)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 6 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM potassium iodide, 5 mM calcium chloride	分辨率 1.32 Å R-free 0.171
6DOT Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 5 mM Mg2+ and 200 mM Rb+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 RB RUBIDIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.42 Å R-free 0.168
6DOU Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 5 mM Mg2+ and 200 mM Rb+ for 120 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 RB RUBIDIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.49 Å R-free 0.188
6DOV Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 5 mM Mg2+ and 200 mM Rb+ for 80 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 RB RUBIDIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.52 Å R-free 0.190
6DOW Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 5 mM Mg2+ and 200 mM Rb+ for 160 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 RB RUBIDIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.50 Å R-free 0.198
6DOX Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 5 mM Mg2+ and 200 mM Rb+ for 360 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 RB RUBIDIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.45 Å R-free 0.175
6DOY Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM Li+ for 120 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 LI LITHIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.45 Å R-free 0.187
6DOZ Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 1 mM Mg2+ and 75 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain residues 59-196	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.57 Å R-free 0.185
6DP0 Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2.5 mM Mg2+ and 75 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–195（135 aa）片段：Catalytic Domain residues 61-195	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.45 Å R-free 0.236
6DP1 Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 5 mM Mg2+ and 75 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain residues 59-196	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.42 Å R-free 0.190
6DP2 Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 7.5 mM Mg2+ and 75 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain residues 59-196	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.66 Å R-free 0.196
6DP3 Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 10 mM Mg2+ and 75 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain residues 59-196	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.46 Å R-free 0.198
6DP4 Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 20 mM Mg2+ and 75 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain residues 59-196	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.37 Å R-free 0.176
6DP5 Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 40 mM Mg2+ and 75 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain residues 59-196	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.43 Å R-free 0.176
6DP6 Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 80 mM Mg2+ and 75 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain residues 59-196	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.40 Å R-free 0.186
6DP7 Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 500 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–195（135 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4 K POTASSIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.38 Å R-free 0.192
6DP8 Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 5 mM Mg2+ and 200 mM Li+ for 240 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 LI LITHIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.32 Å R-free 0.170
6DP9 Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.40 Å R-free 0.184
6DPA Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 4 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.49 Å R-free 0.186
6DPB Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 8 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.32 Å R-free 0.172
6DPC Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 12 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 5 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.34 Å R-free 0.180
6DPD Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 16 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 5 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.46 Å R-free 0.173
6DPE Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 20 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 5 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.56 Å R-free 0.217
6DPF Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 40 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 5 IOD IODIDE ION × 5 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.56 Å R-free 0.207
6DPG Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 E188A in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 4 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 240 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	突变：E188A	MN MANGANESE (II) ION × 4 IOD IODIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.38 Å R-free 0.175
6DPH Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 E188A in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 120 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	突变：E188A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.34 Å R-free 0.192
6DPI Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 K196A in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 10 mM Mg2+ and 200 mM Rb+ for 40 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	突变：K196A	MG MAGNESIUM ION × 2 RB RUBIDIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.35 Å R-free 0.174
6DPJ Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 K196A in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 4 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 80 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	突变：K196A	MN MANGANESE (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.55 Å R-free 0.211
6DPK Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 K196A in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 4 mM Mn2+ and 200 mM K+ for 240 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	突变：K196A	MN MANGANESE (II) ION × 4 IOD IODIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.39 Å R-free 0.169
6DPL Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 K196A in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 10 mM Mg2+ and 200 mM Rb+ for 720 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	突变：K196A	MG MAGNESIUM ION × 2 RB RUBIDIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.45 Å R-free 0.179
6DPM Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 K196A in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 10 mM Mg2+ and 200 mM Rb+ for 1800 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	突变：K196A	MG MAGNESIUM ION × 2 RB RUBIDIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.68 Å R-free 0.199
6DPN Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 E188A in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 200 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	突变：E188A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.49 Å R-free 0.179
6DPO Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 E188A in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 200 mM K+ for 360 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）片段：Catalytic Domain	突变：E188A	MG MAGNESIUM ION × 3 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.45 Å R-free 0.186
6DPP Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 5 mM Mg2+ and 200 mM Rb+ for 240 s at 21 C 提交 2018-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 61–196（136 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 RB RUBIDIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2	分辨率 1.45 Å R-free 0.171
8CTY 12-mer DNA structure of ExBIM bound to RNase-H 提交 2022-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 59–196（138 aa）链 F 59–196（138 aa）	突变：D132N 突变：D132N	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES sodium pH = 7.5, 10% v/v 2-propanol and 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
8CTY 12-mer DNA structure of ExBIM bound to RNase-H 提交 2022-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 59–196（138 aa）链 C 59–196（138 aa）链 G 59–196（138 aa）	突变：D132N 突变：D132N 突变：D132N	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES sodium pH = 7.5, 10% v/v 2-propanol and 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
8CTY 12-mer DNA structure of ExBIM bound to RNase-H 提交 2022-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 D 59–196（138 aa）链 E 59–196（138 aa）链 H 59–196（138 aa）	突变：D132N 突变：D132N 突变：D132N	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES sodium pH = 7.5, 10% v/v 2-propanol and 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
8CTZ 12-mer DNA structure of ExBIM & O6Me-G bound to RNase-H 提交 2022-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 59–196（138 aa）链 B 59–196（138 aa）链 C 59–196（138 aa）	突变：D132N 突变：D132N 突变：D132N	GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ACT ACETATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M HEPES, 10% v/v 2-propanol and 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.32 Å R-free 0.265
8CU0 12-mer DNA structure of ExBIM bound to RNaseH -modified DDD 提交 2022-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 59–196（138 aa）链 B 59–196（138 aa）链 C 59–196（138 aa）	突变：D132N 突变：D132N 突变：D132N	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, 30% PEG 8000 (W/V)	分辨率 1.74 Å R-free 0.246
8SV3 7-Deazapurines and 5-Halogenpyrimidine DNA duplex 提交 2023-05-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；2 M Ammonium Sulphate	分辨率 1.51 Å R-free 0.210
8SV3 7-Deazapurines and 5-Halogenpyrimidine DNA duplex 提交 2023-05-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 59–196（138 aa）	突变：D132N	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；2 M Ammonium Sulphate	分辨率 1.51 Å R-free 0.210
8SV3 7-Deazapurines and 5-Halogenpyrimidine DNA duplex 提交 2023-05-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 59–196（138 aa）	突变：D132N	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；2 M Ammonium Sulphate	分辨率 1.51 Å R-free 0.210
8SV4 7-Deazapurines and 5-Halogenpyrimidine DNA duplex 提交 2023-05-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）	突变：D132N	FWN 2-[2-(2-ethoxyethoxy)ethoxy]ethanol × 1 ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate and 25% (w/v) PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
9YJL Joint X-ray/neutron structure of wild-type Bacillus halodurans RNase H1 in the apo-form 提交 2025-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–196（138 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	实验方法未声明 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；0.1 M NaOAc pH 5.0, 0.2 M (NH4)2SO4, and 20% PEG 3350	分辨率未提供
9YJM Joint X-ray/neutron structure of D132N Bacillus halodurans RNase H1 in the apo-form 提交 2025-10-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–196（138 aa）	突变：D132N	SO4 SULFATE ION × 1	实验方法未声明 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；0.1 M NaOAc pH 5.0, 0.2 M (NH4)2SO4, and 20% PEG 3350	分辨率未提供
9YK1 Room-temperature X-ray structure of D132N Bacillus halodurans RNase H1 in complex with RNA/DNA duplex 提交 2025-10-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO3 PHOSPHITE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, and 12-16% PEG 10,000	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
9YK3 Room-temperature X-ray structure of D132N Bacillus halodurans RNase H1 in complex with complementary RNA/DNA duplex 提交 2025-10-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）	突变：D132N	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, and 12-16% PEG 10,000	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
9YK5 100K X-ray structure of mixed metal D132N Bacillus halodurans RNase H1 complex with RNA/DNA duplex 提交 2025-10-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 59–196（138 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO3 PHOSPHITE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, and 12-16% PEG 10,000	分辨率 2.00 Å R-free 0.278

共 95 个其他 PDB 条目、108 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNH1_BACHD
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–142； UniProt 59–196

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2g8u
沉积日期 deposition_date	2006-03-03
结构标题 title	B. halodurans RNase H catalytic domain D132N mutant in complex with Mg2+ and RNA/DNA hybrid (non-P nick at the active site)
关键词 keywords	RNase H, Ribonuclease H, RNA/DNA hybrid, HYDROLASE-RNA-DNA COMPLEX; HYDROLASE/RNA/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.41 Å
零角强度 I(0) i0	8163470.00
分子量 molecular_weight	18925.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22796 Å³
包络体积 envelope_volume	25800 Å³
水化壳体积 shell_volume	14191 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.3 Å
壳层 Rg shell_rg	21.26 Å
包络 Rg envelope_rg	15.77 Å
形状 Rg shape_rg	15.38 Å
总 Rg total_rg	16.48 Å
总原子数 total_atoms	1323
残基数 n_residues	144
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.0 Å
Rg (实空间) rg_real	16.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1630e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1220e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8164000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8929
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.199
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.365
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.869; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.996

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(UPCPGPAPCPA)-3'
分子量 formula_weight	1875.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	1343

UCGACA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(APTPGPTPCPG)-3'
分子量 formula_weight	1824.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

ATGTCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ribonuclease H
分子量 formula_weight	16329.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.4
突变 mutation	D132N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GSHMAKEEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYGRK

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus halodurans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	86665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2g8ua_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.1 — Ribonuclease H

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2g8uA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	83.878 Å
晶胞边长 b length_b	35.412 Å
晶胞边长 c length_c	63.839 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2880

fit	/app/data/saxs_computation/g8/2g8u/2g8u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g8/2g8u/2g8u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g8/2g8u/2g8u.dat

B. halodurans RNase H catalytic domain D132N mutant in complex with Mg2+ and RNA/DNA hybrid (non-P nick at the active site)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)