2k4a

FGF-1-C2A binary complex structure: a key component in the fibroblast growthfactor non-classical pathway

Method: SOLUTION NMR Dmax: 65.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptotagmin-1

Homo sapiens

UniProt P21579

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 141–268 片段:C2 domain, UNP residues 141-268 Heparin-binding growth factor 1 × 1 (P05230) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6;298 K;离子强度(mmCIF原始值)50mM (NH4)2SO4;压力 ambient NMR样品组成:1.2mM FGF-1-C2A; 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SYT1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–128; UniProt 141–268

Heparin-binding growth factor 1

Homo sapiens

UniProt P05230

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 23–155 片段:UNP residues 23-155 Synaptotagmin-1 × 1 (P21579) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6;298 K;离子强度(mmCIF原始值)50mM (NH4)2SO4;压力 ambient NMR样品组成:1.2mM FGF-1-C2A; 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 96 个其他 PDB 条目、217 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–133; UniProt 23–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2k4a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2k4a
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2k4a
沉积日期 deposition_date2008-06-02
结构标题 titleFGF-1-C2A binary complex structure: a key component in the fibroblast growthfactor non-classical pathway
关键词 keywords;beta barrel, FGF1-C2A binary complex, Calcium, Cell junction, Cytoplasmic vesicle, Glycoprotein, Lipoprotein, Membrane, Metal-binding, Palmitate, Phosphoprotein, Synapse, Transmembrane, Acetylation, Angiogenesis, Developmental protein, Differentiation, Growth factor, Heparin-binding, Mitogen, Polymorphism, PROTEIN TRANSPORT ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.76
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.64
零角强度 I(0) i04697260000.00
分子量 molecular_weight597180.0 kDa
排除体积 excluded_volume751630 ų
包络体积 envelope_volume54116 ų
水化壳体积 shell_volume21932 ų
包络直径 envelope_diameter72.5
壳层 Rg shell_rg27.10
包络 Rg envelope_rg20.85
形状 Rg shape_rg19.65
总 Rg total_rg19.67
总原子数 total_atoms84020
残基数 n_residues5220
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.3
Rg (实空间) rg_real19.71
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real4.6970e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9110e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4697000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8922
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.1
偏度 Skewness skewness0.237
峰度 Kurtosis kurtosis-0.498
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1502000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.987

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2k4aa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family familyb.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)
结构域编号 domain_idd2k4ab_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.1 — Cytokine
家族 Family familyb.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2k4aA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — C2 domain
结构域编号 domain_id2k4aB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)