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10PX
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with benzoxaborole derivative of azithromycin (AZI-BB2), mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.45A resolution
提交 2026-02-01
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 98
PDB 声明:112-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 2794
K POTASSIUM ION × 2
A1C9N AZI-BB2 × 2
ZN ZINC ION × 12
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.45 Å
R-free 0.300
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1JGO
The Path of Messenger RNA Through the Ribosome. THIS FILE, 1JGO, CONTAINS THE 30S RIBOSOME SUBUNIT, THREE TRNA, AND MRNA MOLECULES. 50S RIBOSOME SUBUNIT IS IN THE FILE 1GIY
提交 2001-06-26
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:25-meric
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链 E
1–255(255 aa)
|
未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.4;20 mM MgCl2, 100 mM KCl, 20 mM tris HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 5.60 Å
|
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1JGP
The Path of Messenger RNA Through the Ribosome. THIS FILE, 1JGP, CONTAINS THE 30S RIBOSOME SUBUNIT, THREE TRNA, AND MRNA MOLECULES. 50S RIBOSOME SUBUNIT IS IN THE FILE 1GIY
提交 2001-06-26
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:25-meric
|
链 E
1–255(255 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.4;20 mM MgCl2, 100 mM KCl, 20 mM tris HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 7.00 Å
|
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1JGQ
The Path of Messenger RNA Through the Ribosome. THIS FILE, 1JGQ, CONTAINS THE 30S RIBOSOME SUBUNIT, THREE TRNA, AND MRNA MOLECULES. 50S RIBOSOME SUBUNIT IS IN THE FILE 1GIY
提交 2001-06-26
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:25-meric
|
链 E
1–255(255 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.4;20 mM MgCl2, 100 mM KCl, 20 mM tris HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 5.00 Å
|
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1N34
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit in the presence of codon and crystallographically disordered near-cognate transfer rna anticodon stem-loop mismatched at the first codon position
提交 2002-10-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:22-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
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ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, potassium-MES, sodium cacodylate,
PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K
|
分辨率 3.80 Å
R-free 0.312
|
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1N36
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit in the presence of crystallographically disordered codon and near-cognate transfer RNA anticodon stem-loop mismatched at the second codon position
提交 2002-10-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, potassium-MES, sodium cacodylate,
PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K
|
分辨率 3.65 Å
R-free 0.324
|
|
1VVJ
Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 bound to Codon CCC-G on the Ribosome
提交 2013-05-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 286
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.44 Å
R-free 0.285
|
|
1VVJ
Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 bound to Codon CCC-G on the Ribosome
提交 2013-05-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 315
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.44 Å
R-free 0.285
|
|
1VY4
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in the pre-attack state of peptide bond formation containing acylated tRNA-substrates in the A and P sites.
提交 2014-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 1159
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.264
|
|
1VY4
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in the pre-attack state of peptide bond formation containing acylated tRNA-substrates in the A and P sites.
提交 2014-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 889
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.264
|
|
1VY5
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in the post-catalysis state of peptide bond formation containing dipeptydil-tRNA in the A site and deacylated tRNA in the P site.
提交 2014-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1165
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.280
|
|
1VY5
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in the post-catalysis state of peptide bond formation containing dipeptydil-tRNA in the A site and deacylated tRNA in the P site.
提交 2014-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 912
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.280
|
|
1VY6
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in the pre-attack state of peptide bond formation containing short substrate-mimic Cytidine-Puromycin in the A site and acylated tRNA in the P site.
提交 2014-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 965
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.286
|
|
1VY6
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in the pre-attack state of peptide bond formation containing short substrate-mimic Cytidine-Puromycin in the A site and acylated tRNA in the P site.
提交 2014-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 799
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.286
|
|
1VY7
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in the pre-attack state of peptide bond formation containing short substrate-mimic Cytidine-Cytidine-Puromycin in the A site and acylated tRNA in the P site.
提交 2014-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1055
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.280
|
|
1VY7
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in the pre-attack state of peptide bond formation containing short substrate-mimic Cytidine-Cytidine-Puromycin in the A site and acylated tRNA in the P site.
提交 2014-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 845
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.280
|
|
1X18
Contact sites of ERA GTPase on the THERMUS THERMOPHILUS 30S SUBUNIT
提交 2005-04-02
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:nonameric
|
链 E
6–239(234 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
Hepes-KOH;pH 7.5;Hepes-KOH
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 13.50 Å
|
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1XMO
Crystal Structure of mnm5U34t6A37-tRNALysUUU Complexed with AAG-mRNA in the Decoding Center
提交 2004-10-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
0–255(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 107
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, magnesium chloride, potassium chloride, ammonium chloride, MES-KOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.K
|
分辨率 3.25 Å
R-free 0.284
|
|
1XMQ
Crystal Structure of t6A37-ASLLysUUU AAA-mRNA Bound to the Decoding Center
提交 2004-10-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
0–255(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 107
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, magnesium chloride, potassium chloride, ammonium chloride, MES-KOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.236
|
|
1XNQ
Structure of an Inosine-Adenine Wobble Base Pair Complex in the Context of the Decoding Center
提交 2004-10-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
0–255(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 107
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, magnesium chloride, potassium chloride, ammonium chloride, MES-KOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.K
|
分辨率 3.05 Å
R-free 0.270
|
|
1XNR
Crystal Structure of an Inosine-Cytosine Wobble Base Pair in the Context of the Decoding Center
提交 2004-10-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
0–255(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 108
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, magnesium chloride, potassium chloride, ammonium chloride, MES-KOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.273
|
|
2E5L
A snapshot of the 30S ribosomal subunit capturing mRNA via the Shine- Dalgarno interaction
提交 2006-12-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–227(227 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;293 K;10mM HEPES-KOH, 10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 6mM beta-mercaptoethanol, 11-12% MPD, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.301
|
|
2F4V
30S ribosome + designer antibiotic
提交 2005-11-24
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 19
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–255(255 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 101
K POTASSIUM ION × 12
D2C (2S,4S,4AR,5AS,6S,11R,11AS,12R,12AR)-7-CHLORO-4-(DIMETHYLAMINO)-6,10,11,12-TETRAHYDROXY-1,3-DIOXO-1,2,3,4,4A,5,5A,6,11,11A,12,12A-DODECAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 1
AB9 (2R)-4-AMINO-N-{(1R,2S,3R,4R,5S)-5-AMINO-2-{2-[(2-AMINOETHYL)AMINO]ETHOXY}-4-[(2,6-DIAMINO-2,6-DIDEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL)OXY]-3-HYDROXYCYCLOHEXYL}-2-HYDROXYBUTANAMIDE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.80 Å
R-free 0.315
|
|
2HHH
Crystal structure of kasugamycin bound to the 30S ribosomal subunit
提交 2006-06-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
0–255(256 aa)
|
未记录
|
KSG (1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-AMINO-4-{[CARBOXY(IMINO)METHYL]AMINO}-2,3,4,6-TETRADEOXY-ALPHA-D-ARABINO-HEXOPYRANOSIDE × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;300 K;MPD, MAGNESIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, AMMONIUM CHLORIDE, MES-KOH, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
|
分辨率 3.35 Å
R-free 0.289
|
|
2UU9
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a Valine-ASL with cmo5U in position 34 bound to an mRNA with a GUG-codon in the A-site and paromomycin.
提交 2007-03-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–255(255 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 161
K POTASSIUM ION × 36
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.268
|
|
2UUA
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a Valine-ASL with cmo5U in position 34 bound to an mRNA with a GUC-codon in the A-site and paromomycin.
提交 2007-03-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–255(255 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 170
K POTASSIUM ION × 22
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;SEE 1J5E, pH 6.5
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.254
|
|
2UUB
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a Valine-ASL with cmo5U in position 34 bound to an mRNA with a GUU-codon in the A-site and paromomycin.
提交 2007-03-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–255(255 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 218
K POTASSIUM ION × 35
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;SEE 1J5E, pH 6.50
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.243
|
|
2UUC
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a Valine-ASL with cmo5U in position 34 bound to an mRNA with a GUA-codon in the A-site and paromomycin.
提交 2007-03-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–255(255 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 184
K POTASSIUM ION × 56
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;SEE 1J5E, pH 6.50
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.245
|
|
2UXB
Crystal structure of an extended tRNA anticodon stem loop in complex with its cognate mRNA GGGU in the context of the Thermus thermophilus 30S subunit.
提交 2007-03-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–255(255 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 131
K POTASSIUM ION × 10
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, AMMONIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.328
|
|
2UXC
Crystal structure of an extended tRNA anticodon stem loop in complex with its cognate mRNA UCGU in the context of the Thermus thermophilus 30S subunit.
提交 2007-03-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–255(255 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 192
K POTASSIUM ION × 26
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, AMMONIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.255
|
|
2UXD
Crystal structure of an extended tRNA anticodon stem loop in complex with its cognate mRNA CGGG in the context of the Thermus thermophilus 30S subunit.
提交 2007-03-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–255(255 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 70
K POTASSIUM ION × 8
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, AMMONIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE, MES, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.282
|
|
2VQE
Modified uridines with C5-methylene substituents at the first position of the tRNA anticodon stabilize U-G wobble pairing during decoding
提交 2008-03-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 206
K POTASSIUM ION × 62
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;SEE WIMBERLY ET AL., NATURE 2000, pH 6.5
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.283
|
|
2VQF
Modified uridines with C5-methylene substituents at the first position of the tRNA anticodon stabilize U-G wobble pairing during decoding
提交 2008-03-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 214
K POTASSIUM ION × 73
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;SEE WIMBERLY ET AL.,NATURE, 2000, pH 6.5
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.258
|
|
2ZM6
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit
提交 2008-04-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
2–256(255 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;10mM HEPES-KOH, 10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 6mM beta-mercaptoethanol, 11-12% MPD, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.323
|
|
3T1H
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a human anti-codon stem loop (HASL) of transfer RNA lysine 3 (tRNALys3) bound to an mRNA with an AAA-codon in the A-site and Paromomycin
提交 2011-07-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 185
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.11 Å
R-free 0.276
|
|
3T1Y
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a human anti-codon stem loop (HASL) of transfer RNA Lysine 3 (TRNALYS3) bound to an mRNA with an AAG-codon in the A-site and paromomycin
提交 2011-07-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 186
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.268
|
|
4B3M
Crystal structure of the 30S ribosome in complex with compound 1
提交 2012-07-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 240
K POTASSIUM ION × 17
ON0 (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-beta-L-idopyranosyl)-beta-D-ribofuranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl 2-amino-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;MPD, NH4CL, KCL, CACL2, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, PH 6.5,VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.251
|
|
4B3R
Crystal structure of the 30S ribosome in complex with compound 30
提交 2012-07-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 207
K POTASSIUM ION × 14
M5Z (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-beta-L-idopyranosyl)-beta-D-ribofuranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-4,6-O-[(1R)-3-phenylpropylidene]-alpha-D-glucopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;4% MPD, 75MM NH4CL, 200MM KCL, 15MM MAGNESIUM CHLORIDE, MES-KOH PH 6.5,VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.248
|
|
4B3S
Crystal structure of the 30S ribosome in complex with compound 37
提交 2012-07-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 166
K POTASSIUM ION × 13
RPO (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-beta-L-idopyranosyl)-beta-D-ribofuranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl 2-amino-4-O-benzyl-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;4% MPD, 75MM NH4CL, 200MM KCL, 15MM MAGNESIUM CHLORIDE, MES-KOH PH 6.5,VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.247
|
|
4B3T
Crystal structure of the 30S ribosome in complex with compound 39
提交 2012-07-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 219
K POTASSIUM ION × 17
3TS (2S,3S,4R,5R,6R)-2-(aminomethyl)-5-azanyl-6-[(2R,3S,4R,5S)-5-[(1R,2R,3S,5R,6S)-3,5-bis(azanyl)-2-[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-azanyl-5-[(4-chlorophenyl)methoxy]-6-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-6-oxidanyl-cyclohexyl]oxy-2-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxolan-3-yl]oxy-oxane-3,4-diol × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;4% MPD, 75MM NH4CL, 200MM KCL, 15MM MAGNESIUM CHLORIDE, MES-KOH PH 6.5,VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.243
|
|
4DR1
Crystal structure of the apo 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus (HB8)
提交 2012-02-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 254
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.207
|
|
4DR2
Crystal structure of the Thermus thermophilus (HB8) 30S ribosomal subunit with multiple copies of paromomycin molecules bound
提交 2012-02-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 17
MG MAGNESIUM ION × 321
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.25 Å
R-free 0.211
|
|
4DR3
Crystal structure of the Thermus thermophilus (HB8) 30S ribosomal subunit with streptomycin bound
提交 2012-02-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
SRY STREPTOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 264
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.35 Å
R-free 0.206
|
|
4DR4
Crystal structure of the Thermus thermophilus (HB8) 30S ribosomal subunit with codon, cognate transfer RNA anticodon stem-loop and multiple copies of paromomycin molecules bound
提交 2012-02-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 18
MG MAGNESIUM ION × 357
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.97 Å
R-free 0.212
|
|
4DR5
Crystal structure of the Thermus thermophilus (HB8) 30S ribosomal subunit with codon, crystallographically disordered cognate transfer RNA anticodon stem-loop and streptomycin bound
提交 2012-02-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 272
SRY STREPTOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.45 Å
R-free 0.192
|
|
4DR6
Crystal structure of the Thermus thermophilus (HB8) 30S ribosomal subunit with codon, near-cognate transfer RNA anticodon stem-loop mismatched at the first codon position and streptomycin bound
提交 2012-02-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:25-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 376
SRY STREPTOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.192
|
|
4DR7
Crystal structure of the Thermus thermophilus (HB8) 30S ribosomal subunit with codon, crystallographically disordered near-cognate transfer RNA anticodon stem-loop mismatched at the second codon position, and streptomycin bound
提交 2012-02-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:25-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 344
SRY STREPTOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.75 Å
R-free 0.201
|
|
4DUY
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit with a 16S rRNA mutation, U13C
提交 2012-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 312
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.39 Å
R-free 0.202
|
|
4DUZ
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit with a 16S rRNA mutation, U13C, bound with streptomycin
提交 2012-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
SRY STREPTOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 267
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.65 Å
R-free 0.216
|
|
4DV0
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit with a 16S rRNA mutation, U20G
提交 2012-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 277
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.85 Å
R-free 0.206
|
|
4DV1
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit with a 16S rRNA mutation, U20G, bound with streptomycin
提交 2012-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
SRY STREPTOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 247
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.85 Å
R-free 0.212
|
|
4DV2
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit with a 16S rRNA mutation, C912A
提交 2012-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 289
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.65 Å
R-free 0.223
|
|
4DV3
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit with a 16S rRNA mutation, C912A, bound with streptomycin
提交 2012-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
SRY STREPTOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 281
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.55 Å
R-free 0.220
|
|
4DV4
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit with a 16S rRNA mutation, A914G
提交 2012-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 287
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.65 Å
R-free 0.208
|
|
4DV5
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit with a 16S rRNA mutation, A914G, bound with streptomycin
提交 2012-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
SRY STREPTOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 273
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.68 Å
R-free 0.211
|
|
4DV6
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit with a 16S rRNA mutation, A915G
提交 2012-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 320
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.208
|
|
4DV7
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit with a 16S rRNA mutation, A915G, bound with streptomycin
提交 2012-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
SRY STREPTOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 292
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.29 Å
R-free 0.210
|
|
4GKJ
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a human mitochondrial anticodon stem loop (ASL) of transfer RNA Methionine (TRNAMET) bound to an mRNA with an AUG-codon in the A-site and paromomycin.
提交 2012-08-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
7–240(234 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 186
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, temperature 277.0K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.222
|
|
4GKK
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a human mitochondrial anticodon stem loop (ASL) of transfer RNA Methionine (TRNAMET) bound to an mRNA with an AUA-codon in the A-site and paromomycin
提交 2012-08-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
7–240(234 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 186
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, temperature 277.0K
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.236
|
|
4JI0
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-03-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 306
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.49 Å
R-free 0.212
|
|
4JI1
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-03-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
SRY STREPTOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 325
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.14 Å
R-free 0.207
|
|
4JI2
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-03-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 293
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.64 Å
R-free 0.211
|
|
4JI3
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-03-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
SRY STREPTOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 246
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.35 Å
R-free 0.215
|
|
4JI4
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-03-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 274
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.69 Å
R-free 0.214
|
|
4JI5
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-03-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 172
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.85 Å
R-free 0.202
|
|
4JI6
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-03-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 401
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.55 Å
R-free 0.201
|
|
4JI7
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-03-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 451
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.201
|
|
4JI8
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-03-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
SRY STREPTOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 414
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.74 Å
R-free 0.187
|
|
4JV5
Crystal structures of pseudouridinilated stop codons with ASLs
提交 2013-03-25
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
7–240(234 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 17
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION;pH 6.5;277.15 K;12%MPD 0.1M MES-KOH pH6.5 50mM KCL 10mM NH4-CL 15mM Mg2CL, EVAPORATION, temperature 277.15K
|
分辨率 3.16 Å
R-free 0.249
|
|
4JYA
Crystal structures of pseudouridinilated stop codons with ASLs
提交 2013-03-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
7–240(234 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 14
PAR PAROMOMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION;pH 6.5;277.15 K;12% MPD, 0.1M MES-KOH, 0.075M magnesium chloride, 0.1M KCL, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 277.15K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.232
|
|
4K0K
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a serine-ASL and mRNA containing a stop codon
提交 2013-04-04
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
7–241(235 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;277.15 K;01.M MES-KOH, 50mM KCL, 15mM Mg+2-acetate, 12% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.15K
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.242
|
|
4KHP
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit in complex with de-6-MSA-pactamycin
提交 2013-05-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:22-meric
|
链 B
7–240(234 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 7
PCY Pactamycin × 1
MG MAGNESIUM ION × 103
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277.15 K;100 mM Mes-KOH (pH 6.5), 200 mM KCl, 75 mM NH4Cl, 15 mM MgCl2, and 26% (vol/vol) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.226
|
|
4L47
Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCC-U on the Ribosome
提交 2013-06-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 325
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.22 Å
R-free 0.260
|
|
4L47
Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCC-U on the Ribosome
提交 2013-06-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 354
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.22 Å
R-free 0.260
|
|
4L71
Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCC-A on the Ribosome
提交 2013-06-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 325
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.90 Å
R-free 0.278
|
|
4L71
Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCC-A on the Ribosome
提交 2013-06-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 351
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.90 Å
R-free 0.278
|
|
4LEL
Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCG-G on the Ribosome
提交 2013-06-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 321
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.90 Å
R-free 0.298
|
|
4LEL
Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCG-G on the Ribosome
提交 2013-06-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 349
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.90 Å
R-free 0.298
|
|
4LF4
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-06-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 153
K POTASSIUM ION × 10
LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
hanging drop;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.34 Å
R-free 0.208
|
|
4LF5
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-06-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 118
K POTASSIUM ION × 8
HYG HYGROMYCIN B × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
hanging drop;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.75 Å
R-free 0.218
|
|
4LF6
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-06-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 220
K POTASSIUM ION × 30
NMY NEOMYCIN × 6
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
hanging drop;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.31 Å
R-free 0.210
|
|
4LF7
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-06-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 202
K POTASSIUM ION × 20
PAR PAROMOMYCIN × 9
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
hanging drop;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.205
|
|
4LF8
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-06-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 202
K POTASSIUM ION × 20
PAR PAROMOMYCIN × 9
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
hanging drop;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.205
|
|
4LF9
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-06-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 143
K POTASSIUM ION × 8
LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
hanging drop;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.28 Å
R-free 0.201
|
|
4LFA
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-06-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 118
K POTASSIUM ION × 5
HYG HYGROMYCIN B × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
hanging drop;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.65 Å
R-free 0.204
|
|
4LFB
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-06-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 213
K POTASSIUM ION × 24
NMY NEOMYCIN × 3
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
hanging drop;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.01 Å
R-free 0.203
|
|
4LFC
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2013-06-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 133
K POTASSIUM ION × 16
TOY TOBRAMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
hanging drop;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.209
|
|
4LFZ
Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCC-U in the Absence of Paromomycin
提交 2013-06-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 320
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.92 Å
R-free 0.265
|
|
4LFZ
Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCC-U in the Absence of Paromomycin
提交 2013-06-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 354
ZN ZINC ION × 3
AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.92 Å
R-free 0.265
|
|
4LNT
Crystal Structure of tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCC-U on the Ribosome
提交 2013-07-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 325
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 2.94 Å
R-free 0.265
|
|
4LNT
Crystal Structure of tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCC-U on the Ribosome
提交 2013-07-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 352
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 2.94 Å
R-free 0.265
|
|
4LSK
Crystal Structure of tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCG-G on the Ribosome
提交 2013-07-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 321
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.48 Å
R-free 0.270
|
|
4LSK
Crystal Structure of tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCG-G on the Ribosome
提交 2013-07-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 351
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.48 Å
R-free 0.270
|
|
4LT8
Crystal Structure of tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCC-G on the Ribosome
提交 2013-07-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 324
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.14 Å
R-free 0.262
|
|
4LT8
Crystal Structure of tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCC-G on the Ribosome
提交 2013-07-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 352
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.14 Å
R-free 0.262
|
|
4NXM
Crystal Structure of the 30S ribosomal subunit from a GidB (RsmG) mutant of Thermus thermophilus (HB8)
提交 2013-12-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 224
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.65 Å
R-free 0.226
|
|
4NXN
Crystal Structure of the 30S ribosomal subunit from a GidB (RsmG) mutant of Thermus thermophilus (HB8), bound with streptomycin
提交 2013-12-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
SRY STREPTOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 241
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.54 Å
R-free 0.231
|
|
4OX9
Crystal structure of the aminoglycoside resistance methyltransferase NpmA bound to the 30S ribosomal subunit
提交 2014-02-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 21
PDB 声明:22-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 120
ZN ZINC ION × 2
SFG SINEFUNGIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;14% MPD, 0.2 M KCL , 75 mM NH4Cl, 15 mM MgCl2 , 0.1M MES
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;14% MPD, 0.2 M KCL , 75 mM NH4Cl, 15 mM MgCl2 , 0.1M MES
|
分辨率 3.80 Å
R-free 0.257
|
|
4P6F
Crystal structure of the peptolide 12C bound to bacterial ribosome
提交 2014-03-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 328
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;3.5-4.5% PEG 20K, 3.5-4.5% PEG550 MME, 0.1M Tris-Acetate, 0.2M KSCN, 10 mM MgCl2
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;3.5-4.5% PEG 20K, 3.5-4.5% PEG550 MME, 0.1M Tris-Acetate, 0.2M KSCN, 10 mM MgCl2
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.254
|
|
4P6F
Crystal structure of the peptolide 12C bound to bacterial ribosome
提交 2014-03-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 368
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;3.5-4.5% PEG 20K, 3.5-4.5% PEG550 MME, 0.1M Tris-Acetate, 0.2M KSCN, 10 mM MgCl2
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;3.5-4.5% PEG 20K, 3.5-4.5% PEG550 MME, 0.1M Tris-Acetate, 0.2M KSCN, 10 mM MgCl2
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.254
|
|
4P70
Crystal Structure of Unmodified tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCG on the Ribosome
提交 2014-03-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 338
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl
|
分辨率 3.68 Å
R-free 0.272
|
|
4P70
Crystal Structure of Unmodified tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCG on the Ribosome
提交 2014-03-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 362
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl
|
分辨率 3.68 Å
R-free 0.272
|
|
4TUA
Crystal structure of ASL-Thr bound to Codon ACC-A on the Ribosome
提交 2014-06-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 425
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.252
|
|
4TUA
Crystal structure of ASL-Thr bound to Codon ACC-A on the Ribosome
提交 2014-06-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 471
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.252
|
|
4TUB
Crystal structure of tRNA-Thr bound to Codon ACC-C on the Ribosome
提交 2014-06-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 426
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.259
|
|
4TUB
Crystal structure of tRNA-Thr bound to Codon ACC-C on the Ribosome
提交 2014-06-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 492
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.259
|
|
4TUC
Crystal structure of ASL-SufJ bound to Codon ACC-A on the Ribosome
提交 2014-06-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 354
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.253
|
|
4TUC
Crystal structure of ASL-SufJ bound to Codon ACC-A on the Ribosome
提交 2014-06-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 394
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.253
|
|
4TUD
Crystal structure of ASL-SufJ bound to Codon ACC-C on the Ribosome
提交 2014-06-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 393
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.244
|
|
4TUD
Crystal structure of ASL-SufJ bound to Codon ACC-C on the Ribosome
提交 2014-06-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 418
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.244
|
|
4TUE
Crystal structure of ASL-SufJ bound to Codon ACC-U on the Ribosome
提交 2014-06-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 422
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.250
|
|
4TUE
Crystal structure of ASL-SufJ bound to Codon ACC-U on the Ribosome
提交 2014-06-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 463
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.250
|
|
4V42
Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution.
提交 2001-03-30
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 42
PDB 声明:49-meric
|
链 AE
1–255(255 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 5.50 Å
|
|
4V4P
Crystal structure of 70S ribosome with thrS operator and tRNAs.
提交 2005-01-19
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 BE
0–255(256 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.50 Å
R-free 0.356
|
|
4V4R
Crystal structure of the whole ribosomal complex.
提交 2005-09-30
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 AB
0–255(256 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.7;277 K;PEG20k, MES buffer, magnesium acetate, potassium chloride, ammonium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 5.90 Å
R-free 0.371
|
|
4V4S
Crystal structure of the whole ribosomal complex.
提交 2005-10-12
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 AB
0–255(256 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.7;277 K;PEG20k, MES buffer, magnesium acetate, potassium chloride, ammonium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 6.76 Å
R-free 0.356
|
|
4V4T
Crystal structure of the whole ribosomal complex with a stop codon in the A-site.
提交 2005-10-12
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 AB
0–255(256 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.7;277 K;PEG20k, MES buffer, magnesium acetate, potassium chloride, ammonium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 6.46 Å
R-free 0.361
|
|
4V4X
Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome showing how the 16S 3'-end mimicks mRNA E and P codons.
提交 2006-06-27
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 AE
0–255(256 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.00 Å
R-free 0.323
|
|
4V4Y
Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome with translocated and rotated Shine-Dalgarno Duplex.
提交 2006-06-27
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 AE
0–255(256 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.50 Å
R-free 0.326
|
|
4V4Z
70S Thermus thermophilous ribosome functional complex with mRNA and E- and P-site tRNAs at 4.5A.
提交 2006-06-27
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 AE
0–255(256 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 4.51 Å
R-free 0.345
|
|
4V51
Structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome complexed with mRNA, tRNA and paromomycin
提交 2006-07-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 AB
1–255(255 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 741
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7;0.2M KSCN, 4% PEG 20K, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE PH 7
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.313
|
|
4V51
Structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome complexed with mRNA, tRNA and paromomycin
提交 2006-07-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 CB
1–255(255 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 638
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7;0.2M KSCN, 4% PEG 20K, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE PH 7
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.313
|
|
4V5A
Structure of the Ribosome Recycling Factor bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome with mRNA, ASL-Phe and tRNA-fMet
提交 2007-06-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 AB
1–255(255 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 741
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7;COMPARE SELMER ET AL SCIENCE 2006, pH 7.0
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.326
|
|
4V5A
Structure of the Ribosome Recycling Factor bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome with mRNA, ASL-Phe and tRNA-fMet
提交 2007-06-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 CB
1–255(255 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 741
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7;COMPARE SELMER ET AL SCIENCE 2006, pH 7.0
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.326
|
|
4V5C
Structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, paromomycin, acylated A-site tRNA, deacylated P-site tRNA, and E-site tRNA.
提交 2009-03-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 741
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.1;pH 7.1
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.272
|
|
4V5C
Structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, paromomycin, acylated A-site tRNA, deacylated P-site tRNA, and E-site tRNA.
提交 2009-03-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 741
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.1;pH 7.1
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.272
|
|
4V5D
Structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, paromomycin, acylated A- and P-site tRNAs, and E-site tRNA.
提交 2009-03-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 673
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.1;pH 7.1
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.256
|
|
4V5D
Structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, paromomycin, acylated A- and P-site tRNAs, and E-site tRNA.
提交 2009-03-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 673
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.1;pH 7.1
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.256
|
|
4V5E
Insights into translational termination from the structure of RF2 bound to the ribosome
提交 2009-04-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 546
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.1;SEE SELMER ET AL., SCIENCE 2006, pH 7.1
|
分辨率 3.45 Å
R-free 0.257
|
|
4V5E
Insights into translational termination from the structure of RF2 bound to the ribosome
提交 2009-04-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 546
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.1;SEE SELMER ET AL., SCIENCE 2006, pH 7.1
|
分辨率 3.45 Å
R-free 0.257
|
|
4V5F
The structure of the ribosome with elongation factor G trapped in the post-translocational state
提交 2009-09-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 56
PDB 声明:62-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
MG MAGNESIUM ION × 1
FUA FUSIDIC ACID × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;100 MM MES PH 6.5, 12%PEG 20K, 50 MM KCL, 10 MM NH4CL, 3UM DEOXY-BIG-CHAP
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.260
|
|
4V5F
The structure of the ribosome with elongation factor G trapped in the post-translocational state
提交 2009-09-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 56
PDB 声明:62-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
MG MAGNESIUM ION × 1
FUA FUSIDIC ACID × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;100 MM MES PH 6.5, 12%PEG 20K, 50 MM KCL, 10 MM NH4CL, 3UM DEOXY-BIG-CHAP
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.260
|
|
4V5G
The crystal structure of the 70S ribosome bound to EF-Tu and tRNA
提交 2009-09-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 4
MG MAGNESIUM ION × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
KIR KIRROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.3;100 MM MES PH 6.3, 22-25 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, 5.4% (W/V) PEG20K
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.315
|
|
4V5G
The crystal structure of the 70S ribosome bound to EF-Tu and tRNA
提交 2009-09-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 4
MG MAGNESIUM ION × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
KIR KIRROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.3;100 MM MES PH 6.3, 22-25 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, 5.4% (W/V) PEG20K
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.315
|
|
4V5J
Structure of the 70S ribosome bound to Release factor 2 and a substrate analog provides insights into catalysis of peptide release
提交 2010-03-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 548
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;SEE SELMER ET AL., SCIENCE 2006, pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.264
|
|
4V5J
Structure of the 70S ribosome bound to Release factor 2 and a substrate analog provides insights into catalysis of peptide release
提交 2010-03-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 546
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;SEE SELMER ET AL., SCIENCE 2006, pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.264
|
|
4V5K
Structure of cytotoxic domain of colicin E3 bound to the 70S ribosome
提交 2010-05-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1164
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.18;AS STATED IN STRUCTURE OF THE 70S RIBOSOME COMPLEXED WITH MRNA AND TRNA. (2006) SCIENCE 313: 1935, PH 7.18
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.270
|
|
4V5K
Structure of cytotoxic domain of colicin E3 bound to the 70S ribosome
提交 2010-05-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1170
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.18;AS STATED IN STRUCTURE OF THE 70S RIBOSOME COMPLEXED WITH MRNA AND TRNA. (2006) SCIENCE 313: 1935, PH 7.18
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.270
|
|
4V5L
The structure of EF-Tu and aminoacyl-tRNA bound to the 70S ribosome with a GTP analog
提交 2010-09-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 4
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.3;100 MM MES PH 6.3, 60-100 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, AND 5.3% (W/V) PEG20K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.268
|
|
4V5M
tRNA tranlocation on the 70S ribosome: the pre-translocational translocation intermediate TI(PRE)
提交 2010-10-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
FUA FUSIDIC ACID × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- VITROBOT (FEI)
|
分辨率 7.80 Å
|
|
4V5N
tRNA translocation on the 70S ribosome: the post- translocational translocation intermediate TI(POST)
提交 2010-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
FUA FUSIDIC ACID × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- VITROBOT (FEI)
|
分辨率 7.60 Å
|
|
4V5P
The crystal structure of EF-Tu and A9C-tRNA-Trp bound to a near- cognate codon on the 70S ribosome
提交 2010-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
KIR KIRROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.3;100 MM MES PH 6.3, 60-100 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, 5.2% (W/V) PEG20K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.267
|
|
4V5P
The crystal structure of EF-Tu and A9C-tRNA-Trp bound to a near- cognate codon on the 70S ribosome
提交 2010-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
KIR KIRROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.3;100 MM MES PH 6.3, 60-100 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, 5.2% (W/V) PEG20K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.267
|
|
4V5Q
The crystal structure of EF-Tu and G24A-tRNA-Trp bound to a near- cognate codon on the 70S ribosome
提交 2010-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
KIR KIRROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.3;100 MM MES PH 6.3, 60-100 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, 5.2% (W/V) PEG20K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.275
|
|
4V5Q
The crystal structure of EF-Tu and G24A-tRNA-Trp bound to a near- cognate codon on the 70S ribosome
提交 2010-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
KIR KIRROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.3;100 MM MES PH 6.3, 60-100 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, 5.2% (W/V) PEG20K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.275
|
|
4V5R
The crystal structure of EF-Tu and Trp-tRNA-Trp bound to a cognate codon on the 70S ribosome.
提交 2010-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
KIR KIRROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.3;100 MM MES PH 6.3, 60-100 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, 5.2% (W/V) PEG20K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.264
|
|
4V5R
The crystal structure of EF-Tu and Trp-tRNA-Trp bound to a cognate codon on the 70S ribosome.
提交 2010-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
KIR KIRROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.3;100 MM MES PH 6.3, 60-100 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, 5.2% (W/V) PEG20K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.264
|
|
4V5S
The crystal structure of EF-Tu and G24A-tRNA-Trp bound to a cognate codon on the 70S ribosome.
提交 2010-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
KIR KIRROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.3;100 MM MES PH 6.3, 60-100 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, 5.2% (W/V) PEG20K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.285
|
|
4V5S
The crystal structure of EF-Tu and G24A-tRNA-Trp bound to a cognate codon on the 70S ribosome.
提交 2010-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
KIR KIRROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.3;100 MM MES PH 6.3, 60-100 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, 5.2% (W/V) PEG20K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.285
|
|
4V68
T. thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, tRNAs and EF-Tu.GDP.kirromycin ternary complex, fitted to a 6.4 A Cryo-EM map.
提交 2008-12-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:60-meric
|
链 AB
7–241(235 aa)
|
未记录
|
PHA PHENYLALANINAL × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
MAU N-METHYL KIRROMYCIN × 1
BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 METHANE;A Vitrobot was used to shock-freeze the sample in liquid methane.
|
分辨率 6.40 Å
|
|
4V6A
Structure of EF-P bound to the 70S ribosome.
提交 2009-06-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 611
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCL, 0.1 M Tris pH 7.6, 2.5 % Peg 20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, vapor diffusion, temperature 292K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.302
|
|
4V6A
Structure of EF-P bound to the 70S ribosome.
提交 2009-06-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 439
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCL, 0.1 M Tris pH 7.6, 2.5 % Peg 20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, vapor diffusion, temperature 292K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.302
|
|
4V6F
Elongation complex of the 70S ribosome with three tRNAs and mRNA.
提交 2009-07-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 BE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 2089
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.255
|
|
4V6F
Elongation complex of the 70S ribosome with three tRNAs and mRNA.
提交 2009-07-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 CE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 3256
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.255
|
|
4V6G
Initiation complex of 70S ribosome with two tRNAs and mRNA.
提交 2009-07-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:54-meric
|
链 AE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1216
ZN ZINC ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.252
|
|
4V6G
Initiation complex of 70S ribosome with two tRNAs and mRNA.
提交 2009-07-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 CE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1437
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.252
|
|
4V7J
Structure of RelE nuclease bound to the 70S ribosome (precleavage state)
提交 2009-11-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 Ab
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
MG MAGNESIUM ION × 532
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.2;293 K;0.1M Tris-HAc, 0.2M KSCN, 3-4.5% w/v PEG 20k, 3-4.5% PEG 550 monomethylether, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.247
|
|
4V7J
Structure of RelE nuclease bound to the 70S ribosome (precleavage state)
提交 2009-11-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 Bb
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
MG MAGNESIUM ION × 532
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.2;293 K;0.1M Tris-HAc, 0.2M KSCN, 3-4.5% w/v PEG 20k, 3-4.5% PEG 550 monomethylether, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.247
|
|
4V7K
Structure of RelE nuclease bound to the 70S ribosome (postcleavage state)
提交 2009-11-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 Ab
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
MG MAGNESIUM ION × 532
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.2;293 K;0.1 M Tris-HAc, 0.2 M KSCN, 3-4.5% PEG20K (W/V), 3-4.5% PEG550 MME, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.245
|
|
4V7K
Structure of RelE nuclease bound to the 70S ribosome (postcleavage state)
提交 2009-11-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 Bb
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
MG MAGNESIUM ION × 532
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.2;293 K;0.1 M Tris-HAc, 0.2 M KSCN, 3-4.5% PEG20K (W/V), 3-4.5% PEG550 MME, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.245
|
|
4V7L
The structures of viomycin bound to the 70S ribosome.
提交 2009-11-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 577
ZN ZINC ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCL, 0.1 M Tris pH 7.6, 2.5% Peg 20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, vapor diffusion, temperature 292K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.272
|
|
4V7L
The structures of viomycin bound to the 70S ribosome.
提交 2009-11-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 388
ZN ZINC ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCL, 0.1 M Tris pH 7.6, 2.5% Peg 20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, vapor diffusion, temperature 292K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.272
|
|
4V7M
The structures of Capreomycin bound to the 70S ribosome.
提交 2009-11-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 483
ZN ZINC ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCL, 0.1 M Tris pH 7.6, 2.5% Peg 20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, vapor diffusion, temperature 292K
|
分辨率 3.45 Å
R-free 0.268
|
|
4V7M
The structures of Capreomycin bound to the 70S ribosome.
提交 2009-11-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 359
ZN ZINC ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCL, 0.1 M Tris pH 7.6, 2.5% Peg 20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, vapor diffusion, temperature 292K
|
分辨率 3.45 Å
R-free 0.268
|
|
4V7W
Structure of the Thermus thermophilus ribosome complexed with chloramphenicol.
提交 2010-08-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:51-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 445
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 1
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.281
|
|
4V7W
Structure of the Thermus thermophilus ribosome complexed with chloramphenicol.
提交 2010-08-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:51-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 400
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 1
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.281
|
|
4V7X
Structure of the Thermus thermophilus ribosome complexed with erythromycin.
提交 2010-08-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:51-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 438
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 1
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.278
|
|
4V7X
Structure of the Thermus thermophilus ribosome complexed with erythromycin.
提交 2010-08-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:51-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 392
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 1
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.278
|
|
4V7Y
Structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome complexed with azithromycin.
提交 2010-08-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:51-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 421
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 1
ZIT AZITHROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.269
|
|
4V7Y
Structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome complexed with azithromycin.
提交 2010-08-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:51-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 373
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 1
ZIT AZITHROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.269
|
|
4V7Z
Structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome complexed with telithromycin.
提交 2010-08-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:51-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 435
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 1
TEL TELITHROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.284
|
|
4V7Z
Structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome complexed with telithromycin.
提交 2010-08-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:51-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 384
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 1
TEL TELITHROMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.284
|
|
4V87
Crystal structure analysis of ribosomal decoding.
提交 2011-09-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 BE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 937
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.240
|
|
4V87
Crystal structure analysis of ribosomal decoding.
提交 2011-09-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 CE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 779
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.240
|
|
4V8A
The structure of thermorubin in complex with the 70S ribosome from Thermus thermophilus.
提交 2011-12-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:51-meric
|
链 DB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
T8B Thermorubin × 1
MG MAGNESIUM ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;2.9% PEG 20K, 9% MPD, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 175 mM L-Arginine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.273
|
|
4V8A
The structure of thermorubin in complex with the 70S ribosome from Thermus thermophilus.
提交 2011-12-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:51-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
T8B Thermorubin × 1
MG MAGNESIUM ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;2.9% PEG 20K, 9% MPD, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 175 mM L-Arginine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.273
|
|
4V8B
Crystal structure analysis of ribosomal decoding (near-cognate tRNA-leu complex).
提交 2011-12-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 AE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 924
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.272
|
|
4V8B
Crystal structure analysis of ribosomal decoding (near-cognate tRNA-leu complex).
提交 2011-12-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 CE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 772
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.272
|
|
4V8C
Crystal structure analysis of ribosomal decoding (near-cognate tRNA-leu complex with paromomycin).
提交 2011-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 CE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 926
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.237
|
|
4V8C
Crystal structure analysis of ribosomal decoding (near-cognate tRNA-leu complex with paromomycin).
提交 2011-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 DE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 771
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.237
|
|
4V8D
Structure analysis of ribosomal decoding (cognate tRNA-tyr complex).
提交 2011-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 AE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 847
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.235
|
|
4V8D
Structure analysis of ribosomal decoding (cognate tRNA-tyr complex).
提交 2011-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 CE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 757
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.235
|
|
4V8E
Crystal structure analysis of ribosomal decoding (near-cognate tRNA-tyr complex).
提交 2011-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 BE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 479
OHX osmium (III) hexammine × 370
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.259
|
|
4V8E
Crystal structure analysis of ribosomal decoding (near-cognate tRNA-tyr complex).
提交 2011-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 DE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 415
OHX osmium (III) hexammine × 342
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.259
|
|
4V8F
Crystal structure analysis of ribosomal decoding (near-cognate tRNA-ttyr complex with paromomycin).
提交 2011-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 BE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 486
OHX osmium (III) hexammine × 369
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.247
|
|
4V8F
Crystal structure analysis of ribosomal decoding (near-cognate tRNA-ttyr complex with paromomycin).
提交 2011-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 CE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 417
OHX osmium (III) hexammine × 341
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.247
|
|
4V8G
Crystal structure of RMF bound to the 70S ribosome.
提交 2011-12-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 776
ZN ZINC ION × 7
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.254
|
|
4V8G
Crystal structure of RMF bound to the 70S ribosome.
提交 2011-12-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 512
ZN ZINC ION × 7
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.254
|
|
4V8H
Crystal structure of HPF bound to the 70S ribosome.
提交 2011-12-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 857
ZN ZINC ION × 7
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.258
|
|
4V8H
Crystal structure of HPF bound to the 70S ribosome.
提交 2011-12-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 791
ZN ZINC ION × 7
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.258
|
|
4V8I
Crystal structure of YfiA bound to the 70S ribosome.
提交 2011-12-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1042
ZN ZINC ION × 7
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.254
|
|
4V8I
Crystal structure of YfiA bound to the 70S ribosome.
提交 2011-12-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 889
ZN ZINC ION × 7
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.254
|
|
4V8J
Crystal structure of the bacterial ribosome ram mutation G347U.
提交 2011-12-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 369
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;3.5-4.5% PEG 20K, 3.5-4.5% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10MM MGCL2, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K
|
分辨率 3.90 Å
R-free 0.269
|
|
4V8J
Crystal structure of the bacterial ribosome ram mutation G347U.
提交 2011-12-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 371
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;3.5-4.5% PEG 20K, 3.5-4.5% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10MM MGCL2, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K
|
分辨率 3.90 Å
R-free 0.269
|
|
4V8N
The crystal structure of agmatidine tRNA-Ile2 bound to the 70S ribosome in the A and P site.
提交 2013-02-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.1;0.1 M TRIS-ACETATE PH 7, 0.2 M KSCN, 3.5-5.5% (W/V) PEG 20K, AND 3.5-5.5% (W/V) PEG 550 MONOMETHYL ETHER
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.280
|
|
4V8N
The crystal structure of agmatidine tRNA-Ile2 bound to the 70S ribosome in the A and P site.
提交 2013-02-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.1;0.1 M TRIS-ACETATE PH 7, 0.2 M KSCN, 3.5-5.5% (W/V) PEG 20K, AND 3.5-5.5% (W/V) PEG 550 MONOMETHYL ETHER
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.280
|
|
4V8O
Crystal structure of the hybrid state of ribosome in complex with the guanosine triphosphatase release factor 3
提交 2011-07-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.7;100 MM MES-KOH PH 6.7, 20 MM KCL, 7.4% (W/V) PEG20K
|
分辨率 3.80 Å
R-free 0.351
|
|
4V8Q
Complex of SmpB, a tmRNA fragment and EF-Tu-GDP-Kirromycin with the 70S ribosome
提交 2011-12-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:60-meric
|
链 BB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 2
KIR KIRROMYCIN × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;100 MM MES PH 6.5, 20 MM KCL, 8% (W/V) PEG20K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.270
|
|
4V8U
Crystal Structure of 70S Ribosome with Both Cognate tRNAs in the E and P Sites Representing an Authentic Elongation Complex.
提交 2012-08-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
FUA FUSIDIC ACID × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.4;0.1M MES, PH6.5, 8.5-9.0% PEG20K, 0-25MM KCL, pH 6.4
|
分辨率 3.70 Å
R-free 0.249
|
|
4V8U
Crystal Structure of 70S Ribosome with Both Cognate tRNAs in the E and P Sites Representing an Authentic Elongation Complex.
提交 2012-08-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
FUA FUSIDIC ACID × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.4;0.1M MES, PH6.5, 8.5-9.0% PEG20K, 0-25MM KCL, pH 6.4
|
分辨率 3.70 Å
R-free 0.249
|
|
4V8X
Structure of Thermus thermophilus ribosome
提交 2013-07-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 352
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.1;0.1 M TRIS-HAC PH 7.2, 0.2 M KSCN, 4.1%-4.3% (W/V) PEG 20K AND 4.1%-4.3% (W/V) PEG 550MME
|
分辨率 3.35 Å
R-free 0.261
|
|
4V8X
Structure of Thermus thermophilus ribosome
提交 2013-07-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 355
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.1;0.1 M TRIS-HAC PH 7.2, 0.2 M KSCN, 4.1%-4.3% (W/V) PEG 20K AND 4.1%-4.3% (W/V) PEG 550MME
|
分辨率 3.35 Å
R-free 0.261
|
|
4V90
Thermus thermophilus Ribosome
提交 2014-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 523
ZN ZINC ION × 3
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;0.1M MES PH 6.5, 5.8-6.8%PEG20K, 30-120 MM KCL AND 0.8-2.5% GLYCEROL
|
分辨率 2.95 Å
R-free 0.244
|
|
4V95
Crystal structure of YAEJ bound to the 70S ribosome
提交 2012-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1359
ZN ZINC ION × 7
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, vapor diffusion, temperature 292K
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.245
|
|
4V95
Crystal structure of YAEJ bound to the 70S ribosome
提交 2012-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 977
ZN ZINC ION × 7
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, vapor diffusion, temperature 292K
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.245
|
|
4V97
Crystal structure of the bacterial ribosome ram mutation G299A.
提交 2012-04-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 457
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.52 Å
R-free 0.249
|
|
4V97
Crystal structure of the bacterial ribosome ram mutation G299A.
提交 2012-04-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 576
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.52 Å
R-free 0.249
|
|
4V9A
Crystal Structure of the 70S ribosome with tetracycline.
提交 2012-07-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:53-meric
|
链 AE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 921
TAC TETRACYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.254
|
|
4V9A
Crystal Structure of the 70S ribosome with tetracycline.
提交 2012-07-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:53-meric
|
链 CE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 766
TAC TETRACYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.254
|
|
4V9B
Crystal Structure of the 70S ribosome with tigecycline.
提交 2012-07-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:54-meric
|
链 AE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 922
T1C TIGECYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.269
|
|
4V9B
Crystal Structure of the 70S ribosome with tigecycline.
提交 2012-07-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:54-meric
|
链 CE
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 764
T1C TIGECYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.269
|
|
4V9H
Crystal structure of the ribosome bound to elongation factor G in the guanosine triphosphatase state
提交 2013-03-25
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 AB
7–240(234 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 138
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.3;294 K;100mM MES pH 6.3, 75mM KCl, 6.0% PEG 20K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.86 Å
R-free 0.250
|
|
4V9I
Crystal structure of thermus thermophilus 70S in complex with tRNAs and mRNA containing a pseudouridine in a stop codon
提交 2013-04-04
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 AB
7–240(234 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.279
|
|
4V9I
Crystal structure of thermus thermophilus 70S in complex with tRNAs and mRNA containing a pseudouridine in a stop codon
提交 2013-04-04
|
构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 CB
7–240(234 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.279
|
|
4V9R
Crystal structure of antibiotic DITYROMYCIN bound to 70S ribosome
提交 2013-12-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1086
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.259
|
|
4V9R
Crystal structure of antibiotic DITYROMYCIN bound to 70S ribosome
提交 2013-12-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 887
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.259
|
|
4V9S
Crystal structure of antibiotic GE82832 bound to 70S ribosome
提交 2013-12-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1086
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.260
|
|
4V9S
Crystal structure of antibiotic GE82832 bound to 70S ribosome
提交 2013-12-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 887
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.260
|
|
4W2E
Crystal structure of Elongation Factor 4 (EF4/LepA) bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2014-06-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 906
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.304
|
|
4W2F
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with amicoumacin, mRNA and three deacylated tRNAs in the A, P and E sites
提交 2014-09-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1338
UAM Amicoumacin A × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.277
|
|
4W2F
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with amicoumacin, mRNA and three deacylated tRNAs in the A, P and E sites
提交 2014-09-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 969
UAM Amicoumacin A × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.277
|
|
4W2G
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with pactamycin (soaked), mRNA and three deacylated tRNAs in the A, P and E sites
提交 2014-09-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1218
PCY Pactamycin × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.273
|
|
4W2G
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with pactamycin (soaked), mRNA and three deacylated tRNAs in the A, P and E sites
提交 2014-09-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 916
PCY Pactamycin × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.273
|
|
4W2H
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with pactamycin (co-crystallized), mRNA and deacylated tRNA in the P site
提交 2014-09-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1135
PCY Pactamycin × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.262
|
|
4W2H
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with pactamycin (co-crystallized), mRNA and deacylated tRNA in the P site
提交 2014-09-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 908
PCY Pactamycin × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.262
|
|
4W2I
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with negamycin, mRNA and three deacylated tRNAs in the A, P and E sites
提交 2014-09-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1147
NEG NEGAMYCIN × 9
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.257
|
|
4W2I
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with negamycin, mRNA and three deacylated tRNAs in the A, P and E sites
提交 2014-09-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 866
NEG NEGAMYCIN × 10
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.257
|
|
4W4G
Postcleavage state of 70S bound to HigB toxin and AAA (lysine) codon
提交 2014-08-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 581
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.238
|
|
4W4G
Postcleavage state of 70S bound to HigB toxin and AAA (lysine) codon
提交 2014-08-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 659
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.238
|
|
4WPO
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G in the pre-translocational state
提交 2014-10-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 BB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1163
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.252
|
|
4WPO
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G in the pre-translocational state
提交 2014-10-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 DB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 893
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.252
|
|
4WQF
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G and fusidic acid in the post-translocational state
提交 2014-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 BB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1147
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
FUA FUSIDIC ACID × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.255
|
|
4WQF
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G and fusidic acid in the post-translocational state
提交 2014-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 DB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 893
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
FUA FUSIDIC ACID × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.255
|
|
4WQR
Complex of 70S ribosome with tRNA-Phe and mRNA with C-A mismatch in the first position in the A-site.
提交 2014-10-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 726
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.231
|
|
4WQR
Complex of 70S ribosome with tRNA-Phe and mRNA with C-A mismatch in the first position in the A-site.
提交 2014-10-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 513
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.231
|
|
4WQU
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G trapped by the antibiotic dityromycin
提交 2014-10-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 BB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1147
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.264
|
|
4WQU
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G trapped by the antibiotic dityromycin
提交 2014-10-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 DB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 893
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.264
|
|
4WQY
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G in the post-translocational state (without fusitic acid)
提交 2014-10-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 BB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1155
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.266
|
|
4WQY
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G in the post-translocational state (without fusitic acid)
提交 2014-10-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 DB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 890
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.266
|
|
4WRO
Complex of 70S ribosome with tRNA-Phe and mRNA with C-A mismatch in the second position in the A-site
提交 2014-10-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 727
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.05 Å
R-free 0.231
|
|
4WRO
Complex of 70S ribosome with tRNA-Phe and mRNA with C-A mismatch in the second position in the A-site
提交 2014-10-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:decameric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 532
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.05 Å
R-free 0.231
|
|
4WSD
Complex of 70S ribosome with tRNA-Phe and mRNA with C-A mismatch in the second position in the A-site and with antibiotic paromomycin.
提交 2014-10-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-MERIC
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 713
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 2.95 Å
R-free 0.235
|
|
4WSD
Complex of 70S ribosome with tRNA-Phe and mRNA with C-A mismatch in the second position in the A-site and with antibiotic paromomycin.
提交 2014-10-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-MERIC
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 525
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 2.95 Å
R-free 0.235
|
|
4WSM
Complex of 70S ribosome with tRNA-Leu and mRNA with G-U mismatch in the first position in the A- and P-sites
提交 2014-10-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:54-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 685
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.30 Å
|
|
4WSM
Complex of 70S ribosome with tRNA-Leu and mRNA with G-U mismatch in the first position in the A- and P-sites
提交 2014-10-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:54-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 649
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.30 Å
|
|
4WT1
Complex of 70S ribosome with tRNA-Phe and mRNA with A-A mismatch in the second position in the A-site
提交 2014-10-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-MERIC
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 701
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.05 Å
|
|
4WT1
Complex of 70S ribosome with tRNA-Phe and mRNA with A-A mismatch in the second position in the A-site
提交 2014-10-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-MERIC
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 546
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.05 Å
|
|
4WT8
Crystal Structure of bactobolin A bound to 70S ribosome-tRNA complex
提交 2014-10-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:61-meric
|
链 AA
7–240(234 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
3V6 Bactobolin A × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION;293 K;0.2M KSCN, 0.1M Tris-HAc pH7, 3.5-4.5%(w/v) PEG20K, 3.5-
4.5%(w/v) PEG550MME
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.241
|
|
4WT8
Crystal Structure of bactobolin A bound to 70S ribosome-tRNA complex
提交 2014-10-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:62-meric
|
链 BA
7–240(234 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
3V6 Bactobolin A × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION;293 K;0.2M KSCN, 0.1M Tris-HAc pH7, 3.5-4.5%(w/v) PEG20K, 3.5-
4.5%(w/v) PEG550MME
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.241
|
|
4WZO
Complex of 70S ribosome with tRNA-fMet and mRNA
提交 2014-11-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:56-MERIC
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 576
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.258
|
|
4WZO
Complex of 70S ribosome with tRNA-fMet and mRNA
提交 2014-11-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:55-MERIC
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 413
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.258
|
|
4X62
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2014-12-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
6–241(236 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 6
MG MAGNESIUM ION × 280
K POTASSIUM ION × 29
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD
|
分辨率 3.45 Å
R-free 0.214
|
|
4X64
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2014-12-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
6–241(236 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 6
MG MAGNESIUM ION × 311
K POTASSIUM ION × 41
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD
|
分辨率 3.35 Å
R-free 0.205
|
|
4X65
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2014-12-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
6–241(236 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 6
MG MAGNESIUM ION × 317
K POTASSIUM ION × 46
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD
|
分辨率 3.35 Å
R-free 0.210
|
|
4X66
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2014-12-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
6–241(236 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 6
MG MAGNESIUM ION × 301
K POTASSIUM ION × 46
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD
|
分辨率 3.45 Å
R-free 0.227
|
|
4Y4O
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome with rRNA modifications and bound to protein Y (YfiA) at 2.3A resolution
提交 2015-02-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1495
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.247
|
|
4Y4O
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome with rRNA modifications and bound to protein Y (YfiA) at 2.3A resolution
提交 2015-02-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1022
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.247
|
|
4Y4P
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome with rRNA modifications and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.5A resolution
提交 2015-02-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1572
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.281
|
|
4Y4P
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome with rRNA modifications and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.5A resolution
提交 2015-02-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1265
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.281
|
|
4YHH
Crystal structure of the 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus in complex with tigecycline
提交 2015-02-27
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
3–228(226 aa)
|
未记录
|
T1C TIGECYCLINE × 1
MG MAGNESIUM ION × 103
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;HEPES-KOH, MgCl2, NH4Cl, beta-mercaptoethanol, MPD, spermidine
|
分辨率 3.42 Å
R-free 0.287
|
|
4YPB
Precleavage 70S structure of the P. vulgaris HigB DeltaH92 toxin bound to the AAA codon
提交 2015-03-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 624
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.234
|
|
4YPB
Precleavage 70S structure of the P. vulgaris HigB DeltaH92 toxin bound to the AAA codon
提交 2015-03-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 684
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.234
|
|
4YY3
30S ribosomal subunit- HigB complex
提交 2015-03-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 21
PDB 声明:22-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 194
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;14% MPD, 0.2 M KCL , 75 mM NH4Cl, 15 mM MgCl2 , 0.1M MES
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.239
|
|
4YZV
Precleavage 70S structure of the P. vulgaris HigB deltaH92 toxin bound to the ACA codon
提交 2015-03-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 638
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.237
|
|
4YZV
Precleavage 70S structure of the P. vulgaris HigB deltaH92 toxin bound to the ACA codon
提交 2015-03-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 708
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.237
|
|
4Z3S
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with antibiotic A201A, mRNA and three tRNAs in the A, P and E sites at 2.65A resolution
提交 2015-03-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1328
4M2 3'-deoxy-3'-{[(2E)-3-(4-{[(4Z)-6-O-(6-deoxy-3,4-di-O-methyl-alpha-D-mannopyranosyl)-5-O-methyl-alpha-D-threo-hex-4-enofuranosyl]oxy}phenyl)-2-methylprop-2-enoyl]amino}-N,N-dimethyladenosine × 1
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.271
|
|
4Z3S
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with antibiotic A201A, mRNA and three tRNAs in the A, P and E sites at 2.65A resolution
提交 2015-03-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 964
4M2 3'-deoxy-3'-{[(2E)-3-(4-{[(4Z)-6-O-(6-deoxy-3,4-di-O-methyl-alpha-D-mannopyranosyl)-5-O-methyl-alpha-D-threo-hex-4-enofuranosyl]oxy}phenyl)-2-methylprop-2-enoyl]amino}-N,N-dimethyladenosine × 1
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.271
|
|
4Z8C
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome bound to translation inhibitor oncocin
提交 2015-04-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1448
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.9% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.248
|
|
4Z8C
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome bound to translation inhibitor oncocin
提交 2015-04-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 890
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.9% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.248
|
|
4ZSN
70S-wild-type HigB toxin complex bound to a AAA lysine codon
提交 2015-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 610
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.234
|
|
4ZSN
70S-wild-type HigB toxin complex bound to a AAA lysine codon
提交 2015-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 671
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.234
|
|
5AA0
Complex of Thermous thermophilus ribosome (A-and P-site tRNA) bound to BipA-GDPCP
提交 2015-07-23
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 BF
7–240(234 aa)
|
未记录
|
NMY NEOMYCIN × 2
8AN 3'-amino-3'-deoxyadenosine 5'-(dihydrogen phosphate) × 2
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
5 MM HEPES PH 7.5, 10 MM MGAC, 50 MM KCL, 10 MM NH4CL, AND 6 MM 2- MERCAPTOETHANOL;pH 7.5;5 MM HEPES PH 7.5, 10 MM MGAC, 50 MM KCL, 10 MM NH4CL, AND 6 MM 2- MERCAPTOETHANOL
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHANE
|
分辨率 5.00 Å
|
|
5BR8
Ambient-temperature crystal structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus in complex with paromomycin
提交 2015-05-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 6
MG MAGNESIUM ION × 287
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.234
|
|
5CZP
70S termination complex containing E. coli RF2
提交 2015-07-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1027
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4.9% PEG 20k, 9.8% PEG 200, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MAGNESIUM ACETATE
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;5.4% PEG 20k, 10.8% PEG 200, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MAGNESIUM ACETATE
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.286
|
|
5CZP
70S termination complex containing E. coli RF2
提交 2015-07-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1493
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4.9% PEG 20k, 9.8% PEG 200, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MAGNESIUM ACETATE
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;5.4% PEG 20k, 10.8% PEG 200, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MAGNESIUM ACETATE
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.286
|
|
5DFE
70S termination complex containing E. coli RF2
提交 2015-08-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1488
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;5.5% PEG 20k, 11% PEG 200, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;5.8% PEG 20k, 11.6% PEG 200, 200 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8mM DOBC
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.227
|
|
5DFE
70S termination complex containing E. coli RF2
提交 2015-08-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1025
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;5.5% PEG 20k, 11% PEG 200, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;5.8% PEG 20k, 11.6% PEG 200, 200 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8mM DOBC
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.227
|
|
5DOX
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Hygromycin-A at 3.1A resolution
提交 2015-09-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1019
HGR Hygromycin A × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.284
|
|
5DOX
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Hygromycin-A at 3.1A resolution
提交 2015-09-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 699
HGR Hygromycin A × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.284
|
|
5DOY
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with antibiotic Hygromycin A, mRNA and three tRNAs in the A, P and E sites at 2.6A resolution
提交 2015-09-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1358
K POTASSIUM ION × 1
HGR Hygromycin A × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.283
|
|
5DOY
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with antibiotic Hygromycin A, mRNA and three tRNAs in the A, P and E sites at 2.6A resolution
提交 2015-09-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 943
K POTASSIUM ION × 1
HGR Hygromycin A × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.283
|
|
5E7K
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and cognate tRNALys in the A-site
提交 2015-10-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 628
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.258
|
|
5E7K
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and cognate tRNALys in the A-site
提交 2015-10-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:54-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 510
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.258
|
|
5EL4
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the first position
提交 2015-11-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 671
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.251
|
|
5EL4
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the first position
提交 2015-11-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 46
PDB 声明:53-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 536
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.251
|
|
5EL5
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the second position
提交 2015-11-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-MERIC
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 660
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.254
|
|
5EL5
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the second position
提交 2015-11-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 46
PDB 声明:53-MERIC
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 522
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.254
|
|
5EL6
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the first position and antibiotic paromomycin
提交 2015-11-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 593
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.249
|
|
5EL6
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the first position and antibiotic paromomycin
提交 2015-11-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:54-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 480
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.249
|
|
5EL7
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the second position and antibiotic paromomycin
提交 2015-11-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 687
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.247
|
|
5EL7
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the second position and antibiotic paromomycin
提交 2015-11-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:54-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 574
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.247
|
|
5F8K
Crystal structure of the Bac7(1-16) antimicrobial peptide bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2015-12-09
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 1b
7–237(231 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1363
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;Tris-HCl, PEG 20000, MPD, Arginine
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.292
|
|
5F8K
Crystal structure of the Bac7(1-16) antimicrobial peptide bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2015-12-09
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 2b
7–237(231 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1340
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;Tris-HCl, PEG 20000, MPD, Arginine
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.292
|
|
5FDU
Crystal structure of the Metalnikowin I antimicrobial peptide bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2015-12-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:54-meric
|
链 1b
7–237(231 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1292
AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;Tris-HCl, PEG 20000, MPD, Arginine
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.234
|
|
5FDU
Crystal structure of the Metalnikowin I antimicrobial peptide bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2015-12-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:54-meric
|
链 2b
7–237(231 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1127
AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;Tris-HCl, PEG 20000, MPD, Arginine
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.234
|
|
5FDV
Crystal structure of the Pyrrhocoricin antimicrobial peptide bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2015-12-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:54-meric
|
链 1b
7–237(231 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1292
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;Tris-HCl, PEG 20000, MPD, Arginine
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.240
|
|
5FDV
Crystal structure of the Pyrrhocoricin antimicrobial peptide bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2015-12-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:54-meric
|
链 2b
7–237(231 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1128
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;Tris-HCl, PEG 20000, MPD, Arginine
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.240
|
|
5HAU
Crystal structure of antimicrobial peptide Bac7(1-19) bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2015-12-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1081
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;292 K;0.15M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3-7.6, 2.6-2.9% PEG-20K, 9-10% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.265
|
|
5HAU
Crystal structure of antimicrobial peptide Bac7(1-19) bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2015-12-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 848
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;292 K;0.15M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3-7.6, 2.6-2.9% PEG-20K, 9-10% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.265
|
|
5HCP
Crystal structure of antimicrobial peptide Metalnikowin bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2016-01-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1593
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;292 K;0.15M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3-7.6, 2.6-2.9% PEG-20K, 9-10% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.89 Å
R-free 0.268
|
|
5HCP
Crystal structure of antimicrobial peptide Metalnikowin bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2016-01-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 887
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;292 K;0.15M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3-7.6, 2.6-2.9% PEG-20K, 9-10% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.89 Å
R-free 0.268
|
|
5HCQ
Crystal structure of antimicrobial peptide Oncocin d15-19 bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2016-01-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1540
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;292 K;0.15M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3-7.6, 2.6-2.9% PEG-20K, 9-10% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.251
|
|
5HCQ
Crystal structure of antimicrobial peptide Oncocin d15-19 bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2016-01-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 890
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;292 K;0.15M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3-7.6, 2.6-2.9% PEG-20K, 9-10% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.251
|
|
5HCR
Crystal structure of antimicrobial peptide Oncocin 10wt bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2016-01-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1585
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;292 K;0.15M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3-7.6, 2.6-2.9% PEG-20K, 9-10% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.268
|
|
5HCR
Crystal structure of antimicrobial peptide Oncocin 10wt bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2016-01-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 837
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;292 K;0.15M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3-7.6, 2.6-2.9% PEG-20K, 9-10% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.268
|
|
5HD1
Crystal structure of antimicrobial peptide Pyrrhocoricin bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2016-01-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1701
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;292 K;0.15M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3-7.6, 2.6-2.9% PEG-20K, 9-10% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.272
|
|
5HD1
Crystal structure of antimicrobial peptide Pyrrhocoricin bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2016-01-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 900
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;292 K;0.15M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3-7.6, 2.6-2.9% PEG-20K, 9-10% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.272
|
|
5IB7
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet, near-cognate tRNALys with U-G mismatch in the A-site and antibiotic paromomycin
提交 2016-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 695
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 2.99 Å
R-free 0.241
|
|
5IB7
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet, near-cognate tRNALys with U-G mismatch in the A-site and antibiotic paromomycin
提交 2016-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 46
PDB 声明:53-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 563
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
SPE THERMINE × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 2.99 Å
R-free 0.241
|
|
5IB8
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and near-cognate tRNALys with U-G mismatch in the A-site
提交 2016-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 723
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.13 Å
R-free 0.244
|
|
5IB8
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and near-cognate tRNALys with U-G mismatch in the A-site
提交 2016-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 46
PDB 声明:53-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 614
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
SPE THERMINE × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.13 Å
R-free 0.244
|
|
5IBB
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAVal in the A-site
提交 2016-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 736
SPE THERMINE × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 2.96 Å
R-free 0.243
|
|
5IBB
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAVal in the A-site
提交 2016-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 608
SPE THERMINE × 4
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 2.96 Å
R-free 0.243
|
|
5IMQ
Structure of ribosome bound to cofactor at 3.8 angstrom resolution
提交 2016-03-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 F
1–256(256 aa)
|
未记录
|
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;Buffer G
5 mM HEPES pH 7.5, 10 mM MgAc, 50 mM KCl, 10 mM NH4Cl, and 6 mM 2-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
5IMR
Structure of ribosome bound to cofactor at 5.7 angstrom resolution
提交 2016-03-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 F
1–256(256 aa)
|
未记录
|
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;Buffer G
5 mM HEPES pH 7.5, 10 mM MgAc, 50 mM KCl, 10 mM NH4Cl, and 6 mM 2-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å
|
|
5IWA
Crystal structure of the 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus in complex with the GE81112 peptide antibiotic
提交 2016-03-22
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
3–228(226 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 204
ZN ZINC ION × 2
6EK (2S,3S)-2-{[(2S)-3-(2-amino-1H-imidazol-5-yl)-2-{[(2S,4S)-5-(carbamoyloxy)-4-hydroxy-2-({[(2S,3S)-3-hydroxypiperidin-2-yl]carbonyl}amino)pentanoyl]amino}propanoyl]amino}-3-(2-chloro-1H-imidazol-5-yl)-3-hydroxypropanoic acid × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;292 K;HEPES-KOH, MgCl2, NH4Cl, beta-mercaptoethanol, MPD, spermidine
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.218
|
|
5J30
Thermus thermophilus 70S termination complex containing E. coli RF1
提交 2016-03-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1431
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;5.1% PEG 20k, 10.2% PEG 200, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4.0% PEG 20k, 8.0% PEG 200, 200 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8mM DOBC
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.244
|
|
5J30
Thermus thermophilus 70S termination complex containing E. coli RF1
提交 2016-03-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1000
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;5.1% PEG 20k, 10.2% PEG 200, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4.0% PEG 20k, 8.0% PEG 200, 200 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8mM DOBC
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.244
|
|
5J4B
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with cisplatin (co-crystallized) and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.6A resolution
提交 2016-03-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1706
K POTASSIUM ION × 1
CPT Cisplatin × 9
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.264
|
|
5J4B
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with cisplatin (co-crystallized) and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.6A resolution
提交 2016-03-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1311
K POTASSIUM ION × 1
CPT Cisplatin × 7
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.264
|
|
5J4C
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with cisplatin (soaked) and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.8A resolution
提交 2016-03-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1796
CPT Cisplatin × 4
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.268
|
|
5J4C
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with cisplatin (soaked) and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.8A resolution
提交 2016-03-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1275
CPT Cisplatin × 4
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.268
|
|
5J8B
Crystal structure of Elongation Factor 4 (EF-4/LepA) in complex with GDPCP bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2016-04-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 919
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.261
|
|
5LMN
Structure of bacterial 30S-IF1-IF3-mRNA translation pre-initiation complex (state-1A)
提交 2016-08-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 22
PDB 声明:24-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 127
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å
|
|
5LMO
Structure of bacterial 30S-IF1-IF3-mRNA translation pre-initiation complex (state-1B)
提交 2016-08-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 22
PDB 声明:24-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 108
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å
|
|
5LMP
Structure of bacterial 30S-IF1-IF3-mRNA translation pre-initiation complex (state-1C)
提交 2016-08-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 22
PDB 声明:24-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 108
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.35 Å
|
|
5LMQ
Structure of bacterial 30S-IF1-IF3-mRNA-tRNA translation pre-initiation complex, open form (state-2A)
提交 2016-08-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 22
PDB 声明:25-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 64
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å
|
|
5LMR
Structure of bacterial 30S-IF1-IF3-mRNA-tRNA translation pre-initiation complex(state-2B)
提交 2016-08-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 22
PDB 声明:25-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.45 Å
|
|
5LMS
Structure of bacterial 30S-IF1-IF3-mRNA-tRNA translation pre-initiation complex(state-2C)
提交 2016-08-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 22
PDB 声明:25-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å
|
|
5LMT
Structure of bacterial 30S-IF1-IF3-mRNA-tRNA translation pre-initiation complex(state-3)
提交 2016-08-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 22
PDB 声明:25-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 86
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.15 Å
|
|
5LMU
Structure of bacterial 30S-IF3-mRNA-tRNA translation pre-initiation complex, closed form (state-4)
提交 2016-08-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 21
PDB 声明:24-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 80
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
5LMV
Structure of bacterial 30S-IF1-IF2-IF3-mRNA-tRNA translation pre-initiation complex(state-III)
提交 2016-08-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 23
PDB 声明:26-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 2
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å
|
|
5NDJ
Crystal structure of aminoglycoside TC007 in complex with 70S ribosome from Thermus thermophilus, three tRNAs and mRNA (soaking)
提交 2017-03-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:54-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
8UZ TC007 × 6
MG MAGNESIUM ION × 931
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.247
|
|
5NDJ
Crystal structure of aminoglycoside TC007 in complex with 70S ribosome from Thermus thermophilus, three tRNAs and mRNA (soaking)
提交 2017-03-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:54-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
8UZ TC007 × 7
MG MAGNESIUM ION × 839
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.247
|
|
5NDK
Crystal structure of aminoglycoside TC007 co-crystallized with 70S ribosome from Thermus thermophilus, three tRNAs and mRNA
提交 2017-03-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:54-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
8UZ TC007 × 2
MG MAGNESIUM ION × 846
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN
|
分辨率 2.95 Å
R-free 0.253
|
|
5NDK
Crystal structure of aminoglycoside TC007 co-crystallized with 70S ribosome from Thermus thermophilus, three tRNAs and mRNA
提交 2017-03-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:54-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
8UZ TC007 × 2
MG MAGNESIUM ION × 800
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN
|
分辨率 2.95 Å
R-free 0.253
|
|
5OT7
Elongation factor G-ribosome complex captures in the absence of inhibitors.
提交 2017-08-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:59-meric
|
链 A
7–241(235 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 462
ZN ZINC ION × 3
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
5UQ7
70S ribosome complex with dnaX mRNA stemloop and E-site tRNA ("in" conformation)
提交 2017-02-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 b
7–237(231 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
5UQ8
70S ribosome complex with dnaX mRNA stem-loop and E-site tRNA ("out" conformation)
提交 2017-02-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 b
7–237(231 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
5VP2
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with madumycin II and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.8A resolution
提交 2017-05-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1587
K POTASSIUM ION × 1
M2D Madumycin II × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.278
|
|
5VP2
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with madumycin II and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.8A resolution
提交 2017-05-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1216
K POTASSIUM ION × 1
M2D Madumycin II × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.278
|
|
5VPO
The 70S P-site ASL SufA6 complex
提交 2017-05-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 325
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;5% PEG 20k, 5% PEG 550 MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM CHLORIDE
|
分辨率 3.34 Å
R-free 0.267
|
|
5VPO
The 70S P-site ASL SufA6 complex
提交 2017-05-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 352
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;5% PEG 20k, 5% PEG 550 MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM CHLORIDE
|
分辨率 3.34 Å
R-free 0.267
|
|
5VPP
The 70S P-site tRNA SufA6 complex
提交 2017-05-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:53-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 768
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;5% PEG 20k, 5% PEG 550 MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM CHLORIDE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
5VPP
The 70S P-site tRNA SufA6 complex
提交 2017-05-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:53-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 547
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;5% PEG 20k, 5% PEG 550 MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM CHLORIDE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
5W4K
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Klebsazolicin and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.7A resolution
提交 2017-06-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1724
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.252
|
|
5W4K
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Klebsazolicin and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.7A resolution
提交 2017-06-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1201
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.252
|
|
5WIS
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with methymycin and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.7A resolution
提交 2017-07-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1587
MT9 (3R,4S,5S,7R,9E,11S,12R)-12-ethyl-11-hydroxy-3,5,7,11-tetramethyl-2,8-dioxooxacyclododec-9-en-4-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside × 1
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.266
|
|
5WIS
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with methymycin and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.7A resolution
提交 2017-07-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1262
MT9 (3R,4S,5S,7R,9E,11S,12R)-12-ethyl-11-hydroxy-3,5,7,11-tetramethyl-2,8-dioxooxacyclododec-9-en-4-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside × 1
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.266
|
|
5WIT
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with pikromycin and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.6A resolution
提交 2017-07-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1411
K POTASSIUM ION × 1
AQJ (3R,5R,6S,7S,9R,11E,13S,14R)-14-ethyl-13-hydroxy-3,5,7,9,13-pentamethyl-2,4,10-trioxo-1-oxacyclotetradec-11-en-6-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.283
|
|
5WIT
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with pikromycin and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.6A resolution
提交 2017-07-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 982
K POTASSIUM ION × 1
AQJ (3R,5R,6S,7S,9R,11E,13S,14R)-14-ethyl-13-hydroxy-3,5,7,9,13-pentamethyl-2,4,10-trioxo-1-oxacyclotetradec-11-en-6-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.283
|
|
5WNP
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2017-08-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
6–241(236 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 253
K POTASSIUM ION × 22
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;298 K;17% MPD
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.224
|
|
5WNQ
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2017-08-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
7–240(234 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 254
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;298 K;17% MPD
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.245
|
|
5WNR
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2017-08-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
7–240(234 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 254
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;298 K;17% MPD
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.256
|
|
5WNS
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2017-08-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:21-meric
|
链 B
7–240(234 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 254
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;298 K;17% MPD
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.255
|
|
5WNT
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2017-08-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
6–241(236 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 252
K POTASSIUM ION × 22
B6M (1R,2S,3S,4R,6R)-4,6-diamino-2-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-L-altropyranosyl)-beta-L-arabinofuranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-allopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;298 K;17% MPD
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.212
|
|
5WNU
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2017-08-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
6–241(236 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 252
K POTASSIUM ION × 22
B6M (1R,2S,3S,4R,6R)-4,6-diamino-2-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-L-altropyranosyl)-beta-L-arabinofuranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-allopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;298 K;17% MPD
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.231
|
|
5WNV
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2017-08-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
6–241(236 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 251
K POTASSIUM ION × 22
B6M (1R,2S,3S,4R,6R)-4,6-diamino-2-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-L-altropyranosyl)-beta-L-arabinofuranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-allopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;298 K;17% MPD
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.203
|
|
5ZLU
Ribosome Structure bound to ABC-F protein.
提交 2018-03-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 H
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 2
ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å
|
|
6BUW
Thermus thermophilus 70S complex containing 16S G299A ram mutation and empty A site.
提交 2017-12-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 719
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;3.8% PEG 20k, 3.8% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.250
|
|
6BUW
Thermus thermophilus 70S complex containing 16S G299A ram mutation and empty A site.
提交 2017-12-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 731
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;3.8% PEG 20k, 3.8% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.250
|
|
6BZ6
Thermus thermophilus 70S complex containing 16S G347U ram mutation and empty A site
提交 2017-12-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 641
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4.8% PEG 20k, 4.8% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4.9% PEG 20k, 4.9% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
|
分辨率 3.18 Å
R-free 0.251
|
|
6BZ6
Thermus thermophilus 70S complex containing 16S G347U ram mutation and empty A site
提交 2017-12-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 703
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4.8% PEG 20k, 4.8% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4.9% PEG 20k, 4.9% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
|
分辨率 3.18 Å
R-free 0.251
|
|
6BZ7
Thermus thermophilus 70S containing 16S G299A point mutation and near-cognate ASL Leucine in A site.
提交 2017-12-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 618
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;3.8% PEG 20k, 3.8% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4.1% PEG 20k, 4.1% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
|
分辨率 3.68 Å
R-free 0.274
|
|
6BZ7
Thermus thermophilus 70S containing 16S G299A point mutation and near-cognate ASL Leucine in A site.
提交 2017-12-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 669
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;3.8% PEG 20k, 3.8% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4.1% PEG 20k, 4.1% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
|
分辨率 3.68 Å
R-free 0.274
|
|
6BZ8
Thermus thermophilus 70S containing 16S G347U point mutation and near-cognate ASL Leucine in A site
提交 2017-12-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 624
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4.7% PEG 20k, 4.7% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
|
分辨率 3.74 Å
R-free 0.225
|
|
6BZ8
Thermus thermophilus 70S containing 16S G347U point mutation and near-cognate ASL Leucine in A site
提交 2017-12-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 668
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;4.7% PEG 20k, 4.7% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC
|
分辨率 3.74 Å
R-free 0.225
|
|
6CAE
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with NOSO-95179 antibiotic and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.6A resolution
提交 2018-01-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1651
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.249
|
|
6CAE
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with NOSO-95179 antibiotic and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.6A resolution
提交 2018-01-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1175
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.249
|
|
6CAO
Structure of the ribosomal decoding complex at ambient temperature
提交 2018-01-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
6–241(236 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 6
K POTASSIUM ION × 37
MG MAGNESIUM ION × 303
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;298 K;17% MPD
|
分辨率 3.45 Å
R-free 0.272
|
|
6CAP
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus in complex with Sisomicin
提交 2018-01-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
7–240(234 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 252
SIS (1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;298 K;17% MPD
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.230
|
|
6CAQ
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
提交 2018-01-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
7–240(234 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 400
EUS N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-5-amino-4-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-{[3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl]methanesulfonamide × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;298 K;17% MPD
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.220
|
|
6CAR
Serial Femtosecond X-ray Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus in complex with Sisomicin
提交 2018-01-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
2–256(255 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 283
SIS (1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;298 K;17% MPD
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.266
|
|
6CAS
Serial Femtosecond X-ray Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus in complex with N1MS
提交 2018-01-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
2–256(255 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 300
EUS N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-5-amino-4-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-{[3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl]methanesulfonamide × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;298 K;17% MPD
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.277
|
|
6CZR
The structure of amicetin bound to the 70S ribosome
提交 2018-04-09
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 1b
7–237(231 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1163
ARG ARGININE × 2
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
FSD amicetin × 1
ZN ZINC ION × 4
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M arginine-HCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, 2.5% PEG20000, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.14 Å
R-free 0.292
|
|
6CZR
The structure of amicetin bound to the 70S ribosome
提交 2018-04-09
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 2b
7–237(231 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 770
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3
FSD amicetin × 1
ZN ZINC ION × 5
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M arginine-HCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, 2.5% PEG20000, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.14 Å
R-free 0.292
|
|
6DTI
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with an unmodifed anticodon stem loop (ASL) of Escherichia coli transfer RNA Arginine 2 (TRNAARG2) bound to an mRNA with an CGU-codon in the A-site and paromomycin
提交 2018-06-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 94
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, temperature 277.0K
|
分辨率 3.54 Å
R-free 0.236
|
|
6FKR
Crystal structure of the dolphin proline-rich antimicrobial peptide Tur1A bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2018-01-24
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:53-meric
|
链 1b
7–237(231 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1347
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;Tris-HCl pH 7.6, PEG 20,000, 2-methyl-2,4-pentanediol, L-arginine
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.252
|
|
6FKR
Crystal structure of the dolphin proline-rich antimicrobial peptide Tur1A bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
提交 2018-01-24
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 2b
7–237(231 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1347
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;Tris-HCl pH 7.6, PEG 20,000, 2-methyl-2,4-pentanediol, L-arginine
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.252
|
|
6GSJ
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAThr in the A-site
提交 2018-06-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:54-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 874
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20000, PEG-550mme
|
分辨率 2.96 Å
R-free 0.252
|
|
6GSJ
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAThr in the A-site
提交 2018-06-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 46
PDB 声明:53-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 620
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20000, PEG-550mme
|
分辨率 2.96 Å
R-free 0.252
|
|
6GSK
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and near-cognate tRNAThr in the A-site
提交 2018-06-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:54-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 638
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20000, PEG-550mme
|
分辨率 3.36 Å
R-free 0.264
|
|
6GSK
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and near-cognate tRNAThr in the A-site
提交 2018-06-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 46
PDB 声明:53-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 444
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20000, PEG-550mme
|
分辨率 3.36 Å
R-free 0.264
|
|
6GSL
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAArg in the A-site
提交 2018-06-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:60-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 954
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20000, PEG-550mme
|
分辨率 3.16 Å
|
|
6GSL
Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAArg in the A-site
提交 2018-06-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:54-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 810
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20000, PEG-550mme
|
分辨率 3.16 Å
|
|
6GZQ
T. thermophilus hibernating 70S ribosome
提交 2018-07-04
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 B2
4–240(237 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å
|
|
6GZX
T. thermophilus hibernating 100S ribosome (ice)
提交 2018-07-05
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 102
PDB 声明:108-meric
|
链 B3
4–240(237 aa)
链 B4
4–240(237 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.57 Å
|
|
6GZZ
T. thermophilus hibernating 100S ribosome (amc)
提交 2018-07-05
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 102
PDB 声明:108-meric
|
链 B3
4–240(237 aa)
链 B4
4–240(237 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.13 Å
|
|
6MKN
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with an inosine (I34) modified anticodon stem loop (ASL) of Escherichia coli transfer RNA Arginine 2 (TRNAARG2) bound to an mRNA with an CGU-codon in the A-site and paromomycin
提交 2018-09-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 78
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.46 Å
R-free 0.234
|
|
6MPF
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a 2-thiocytidine (s2C32) and inosine (I34) modified anticodon stem loop (ASL) of Escherichia coli transfer RNA Arginine 1 (TRNAARG1) bound to an mRNA with an CGC-codon in the A-site and paromomycin
提交 2018-10-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
7–240(234 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 103
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.33 Å
R-free 0.219
|
|
6MPI
Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a 2-thiocytidine (s2C32) and inosine (I34) modified anticodon stem loop (ASL) of Escherichia coli transfer RNA Arginine 1 (TRNAARG1) bound to an mRNA with an CGU-codon in the A-site and paromomycin
提交 2018-10-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 96
PAR PAROMOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.33 Å
R-free 0.216
|
|
6ND5
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with chloramphenicol and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.60A resolution
提交 2018-12-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1576
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.276
|
|
6ND5
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with chloramphenicol and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.60A resolution
提交 2018-12-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1246
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.276
|
|
6ND6
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with erythromycin and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.85A resolution
提交 2018-12-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1523
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.85 Å
R-free 0.305
|
|
6ND6
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with erythromycin and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.85A resolution
提交 2018-12-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1222
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.85 Å
R-free 0.305
|
|
6NDK
Structure of ASLSufA6 A37.5 bound to the 70S A site
提交 2018-12-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 596
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.0, 0.2 M KSCN, 4.5-5.5% (v/v) PEG 20K, 4.5-5.5% (v/v) PEG 550MME, 10 mM Mg(OAc)2, 0.0028 mM Deoxy BigCHAP
|
分辨率 3.64 Å
R-free 0.250
|
|
6NDK
Structure of ASLSufA6 A37.5 bound to the 70S A site
提交 2018-12-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 725
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.0, 0.2 M KSCN, 4.5-5.5% (v/v) PEG 20K, 4.5-5.5% (v/v) PEG 550MME, 10 mM Mg(OAc)2, 0.0028 mM Deoxy BigCHAP
|
分辨率 3.64 Å
R-free 0.250
|
|
6NSH
Modified ASL proline bound to Thermus thermophilus 70S (near-cognate)
提交 2019-01-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 575
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.6, 0.15 M L-arginine HCl, 2.9% (v/v) PEG 20K, 12% (v/v) MPD, 0.0005M BME
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.237
|
|
6NSH
Modified ASL proline bound to Thermus thermophilus 70S (near-cognate)
提交 2019-01-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 624
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.6, 0.15 M L-arginine HCl, 2.9% (v/v) PEG 20K, 12% (v/v) MPD, 0.0005M BME
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.237
|
|
6NTA
Modified ASL proline bound to Thermus thermophilus 70S (cognate)
提交 2019-01-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 592
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.6, 0.15 M L-arginine HCl, 2.9% (v/v) PEG 20K, 12% (v/v) MPD, 0.0005M BME
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.274
|
|
6NTA
Modified ASL proline bound to Thermus thermophilus 70S (cognate)
提交 2019-01-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 679
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.6, 0.15 M L-arginine HCl, 2.9% (v/v) PEG 20K, 12% (v/v) MPD, 0.0005M BME
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.274
|
|
6NUO
Modified tRNA(Pro) bound to Thermus thermophilus 70S (cognate)
提交 2019-02-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 531
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.6, 0.15 M L-arginine HCl, 2.9% (v/v) PEG 20K, 12% (v/v) MPD, 0.0005M BME
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.256
|
|
6NUO
Modified tRNA(Pro) bound to Thermus thermophilus 70S (cognate)
提交 2019-02-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 621
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.6, 0.15 M L-arginine HCl, 2.9% (v/v) PEG 20K, 12% (v/v) MPD, 0.0005M BME
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.256
|
|
6NWY
Modified tRNA(Pro) bound to Thermus thermophilus 70S (near-cognate)
提交 2019-02-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 547
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 5
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.6, 0.15 M L-arginine HCl, 2.9% (v/v) PEG 20K, 12% (v/v) MPD, 0.0005M BME
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.258
|
|
6NWY
Modified tRNA(Pro) bound to Thermus thermophilus 70S (near-cognate)
提交 2019-02-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 551
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 5
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.6, 0.15 M L-arginine HCl, 2.9% (v/v) PEG 20K, 12% (v/v) MPD, 0.0005M BME
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.258
|
|
6NY6
Structure of dimeric Escherichia coli toxin YoeB bound to the Thermus thermophilus 30S ribosome
提交 2019-02-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 22
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 184
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;MPD, AMMONIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.5
|
分辨率 3.74 Å
R-free 0.224
|
|
6O3M
Unmodified tRNA(Pro) bound to Thermus thermophilus 70S (cognate)
提交 2019-02-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 466
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;12% MPD 0.1M, Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH7.6, 2.9% PEG 20K, 0.0006M BME
|
分辨率 3.97 Å
R-free 0.255
|
|
6O3M
Unmodified tRNA(Pro) bound to Thermus thermophilus 70S (cognate)
提交 2019-02-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 542
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;12% MPD 0.1M, Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH7.6, 2.9% PEG 20K, 0.0006M BME
|
分辨率 3.97 Å
R-free 0.255
|
|
6O97
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with propylamycin and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.75A resolution
提交 2019-03-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1565
LUJ (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-beta-L-idopyranosyl)-beta-D-ribofuranosyl]oxy}-3-hydroxyc yclohexyl 2-amino-2,4-dideoxy-4-propyl-alpha-D-glucopyranoside × 3
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.75 Å
R-free 0.284
|
|
6O97
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with propylamycin and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.75A resolution
提交 2019-03-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1191
LUJ (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-beta-L-idopyranosyl)-beta-D-ribofuranosyl]oxy}-3-hydroxyc yclohexyl 2-amino-2,4-dideoxy-4-propyl-alpha-D-glucopyranoside × 3
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.75 Å
R-free 0.284
|
|
6OF1
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with dirithromycin and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.80A resolution
提交 2019-03-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1589
DI0 Dirithromycin × 1
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.263
|
|
6OF1
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with dirithromycin and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.80A resolution
提交 2019-03-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1194
DI0 Dirithromycin × 1
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.263
|
|
6OF6
Crystal structure of tRNA^ Ala(GGC) bound to cognate 70S A-site
提交 2019-03-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 546
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.0, 0.2 M KSCN, 4-4.5% (v/v) PEG 20K, 4.5-5.5% (v/v) PEG 550MME, 10 mM Mg(OAc)2, 0.0028 mM Deoxy BigCHAP
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.232
|
|
6OF6
Crystal structure of tRNA^ Ala(GGC) bound to cognate 70S A-site
提交 2019-03-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 669
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.0, 0.2 M KSCN, 4-4.5% (v/v) PEG 20K, 4.5-5.5% (v/v) PEG 550MME, 10 mM Mg(OAc)2, 0.0028 mM Deoxy BigCHAP
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.232
|
|
6OJ2
Crystal structure of tRNA^ Ala(GGC) bound to the near-cognate 70S A-site
提交 2019-04-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 433
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.0, 0.2 M KSCN, 4-4.5% (v/v) PEG 20K, 4.5-5.5% (v/v) PEG 550MME, 10 mM Mg(OAc)2, 0.0028 mM Deoxy BigCHAP
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.270
|
|
6OJ2
Crystal structure of tRNA^ Ala(GGC) bound to the near-cognate 70S A-site
提交 2019-04-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 517
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.0, 0.2 M KSCN, 4-4.5% (v/v) PEG 20K, 4.5-5.5% (v/v) PEG 550MME, 10 mM Mg(OAc)2, 0.0028 mM Deoxy BigCHAP
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.270
|
|
6OPE
Crystal structure of tRNA^ Ala(GGC) U32-A38 bound to near-cognate 70S A site
提交 2019-04-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 378
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M L-arginine HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 3% PEG 20K, 10-16.5% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 1mM BME
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.266
|
|
6OPE
Crystal structure of tRNA^ Ala(GGC) U32-A38 bound to near-cognate 70S A site
提交 2019-04-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 469
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M L-arginine HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 3% PEG 20K, 10-16.5% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 1mM BME
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.266
|
|
6ORD
Crystal structure of tRNA^ Ala(GGC) U32-A38 bound to cognate 70S A site
提交 2019-04-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1036
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M L-arginine HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 3% PEG 20K, 10-16.5% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 1mM BME
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.268
|
|
6ORD
Crystal structure of tRNA^ Ala(GGC) U32-A38 bound to cognate 70S A site
提交 2019-04-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 975
PAR PAROMOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M L-arginine HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 3% PEG 20K, 10-16.5% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 1mM BME
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.268
|
|
6OSI
Unmodified tRNA(Pro) bound to Thermus thermophilus 70S (near cognate)
提交 2019-05-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 522
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 5
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;4.0% PEG 20k, 8.0% PEG 200, 200 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8mM DOBC
|
分辨率 4.14 Å
R-free 0.294
|
|
6OSI
Unmodified tRNA(Pro) bound to Thermus thermophilus 70S (near cognate)
提交 2019-05-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 504
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 5
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;293 K;4.0% PEG 20k, 8.0% PEG 200, 200 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8mM DOBC
|
分辨率 4.14 Å
R-free 0.294
|
|
6OTR
Dimeric E.coli YoeB bound to Thermus thermophilus 70S post-cleavage (AAU)
提交 2019-05-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 410
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 3
A3P ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293.15 K;0.1M Tris-HAc, 0.2M KSCN, PEG 5.1%, 5.1% PEG550MME
|
分辨率 3.12 Å
R-free 0.257
|
|
6OTR
Dimeric E.coli YoeB bound to Thermus thermophilus 70S post-cleavage (AAU)
提交 2019-05-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 464
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 2
A3P ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293.15 K;0.1M Tris-HAc, 0.2M KSCN, PEG 5.1%, 5.1% PEG550MME
|
分辨率 3.12 Å
R-free 0.257
|
|
6OXA
Dimeric E.coli YoeB bound to Thermus thermophilus 70S pre-cleavage (AAU)
提交 2019-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 420
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 5
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293.15 K;0.1 M Tris-HAc, 0.2M KSCN, PEG 5.1%, 5.1% PEG550MME
|
分辨率 3.25 Å
R-free 0.256
|
|
6OXA
Dimeric E.coli YoeB bound to Thermus thermophilus 70S pre-cleavage (AAU)
提交 2019-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 476
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293.15 K;0.1 M Tris-HAc, 0.2M KSCN, PEG 5.1%, 5.1% PEG550MME
|
分辨率 3.25 Å
R-free 0.256
|
|
6OXI
Dimeric E.coli YoeB bound to Thermus thermophilus 70S post-cleavage (UAA)
提交 2019-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 419
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 5
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293.15 K;0.1 M Tris-HAc, 0.2 M KSCN PEG 5.2%, 5.2% PEG550MME
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.246
|
|
6OXI
Dimeric E.coli YoeB bound to Thermus thermophilus 70S post-cleavage (UAA)
提交 2019-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 471
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293.15 K;0.1 M Tris-HAc, 0.2 M KSCN PEG 5.2%, 5.2% PEG550MME
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.246
|
|
6Q95
Structure of tmRNA SmpB bound in A site of T. thermophilus 70S ribosome
提交 2018-12-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:61-meric
|
链 g
7–241(235 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 637
ZN ZINC ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
6QNQ
70S ribosome initiation complex (IC) with experimentally assigned potassium ions
提交 2019-02-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
K POTASSIUM ION × 169
MG MAGNESIUM ION × 543
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20K, PEG-550mme
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.251
|
|
6QNQ
70S ribosome initiation complex (IC) with experimentally assigned potassium ions
提交 2019-02-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:54-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
K POTASSIUM ION × 127
MG MAGNESIUM ION × 426
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20K, PEG-550mme
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.251
|
|
6QNR
70S ribosome elongation complex (EC) with experimentally assigned potassium ions
提交 2019-02-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 1E
1–256(256 aa)
|
未记录
|
K POTASSIUM ION × 211
MG MAGNESIUM ION × 585
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20k, PEG-550mme
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.253
|
|
6QNR
70S ribosome elongation complex (EC) with experimentally assigned potassium ions
提交 2019-02-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 12
1–256(256 aa)
|
未记录
|
K POTASSIUM ION × 155
MG MAGNESIUM ION × 409
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20k, PEG-550mme
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.253
|
|
6UCQ
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome recycling complex
提交 2019-09-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1523
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.3;292 K;0.15 M L-arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3, 2.4-2.7% PEG-20K, 7-9% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.294
|
|
6UCQ
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome recycling complex
提交 2019-09-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1350
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.3;292 K;0.15 M L-arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3, 2.4-2.7% PEG-20K, 7-9% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.294
|
|
6UO1
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA (containing pseudouridine at the first position of the codon) and deacylated A-, P-, and E-site tRNAs at 2.95A resolution
提交 2019-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 918
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.95 Å
R-free 0.292
|
|
6UO1
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA (containing pseudouridine at the first position of the codon) and deacylated A-, P-, and E-site tRNAs at 2.95A resolution
提交 2019-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 534
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.95 Å
R-free 0.292
|
|
6XHV
Crystal structure of the A2058-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A- and P-site tRNAs, and deacylated E-site tRNA at 2.40A resolution
提交 2020-06-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1568
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.286
|
|
6XHV
Crystal structure of the A2058-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A- and P-site tRNAs, and deacylated E-site tRNA at 2.40A resolution
提交 2020-06-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1248
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.286
|
|
6XHW
Crystal structure of the A2058-unmethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A- and P-site tRNAs, and deacylated E-site tRNA at 2.50A resolution
提交 2020-06-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1552
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.281
|
|
6XHW
Crystal structure of the A2058-unmethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A- and P-site tRNAs, and deacylated E-site tRNA at 2.50A resolution
提交 2020-06-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1244
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.281
|
|
6XHX
Crystal structure of the A2058-unmethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with erythromycin and protein Y (YfiA) at 2.55A resolution
提交 2020-06-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1479
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.272
|
|
6XHX
Crystal structure of the A2058-unmethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with erythromycin and protein Y (YfiA) at 2.55A resolution
提交 2020-06-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 995
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.272
|
|
6XHY
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with telithromycin, mRNA, aminoacylated A- and P-site tRNAs, and deacylated E-site tRNA at 2.60A resolution
提交 2020-06-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1510
K POTASSIUM ION × 1
TEL TELITHROMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.266
|
|
6XHY
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with telithromycin, mRNA, aminoacylated A- and P-site tRNAs, and deacylated E-site tRNA at 2.60A resolution
提交 2020-06-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1165
K POTASSIUM ION × 1
TEL TELITHROMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.266
|
|
6XQD
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with sarecycline, UUC-mRNA, and deacylated P-site tRNA at 2.80A resolution
提交 2020-07-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1535
ZN ZINC ION × 6
V7A Sarecycline × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.276
|
|
6XQD
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with sarecycline, UUC-mRNA, and deacylated P-site tRNA at 2.80A resolution
提交 2020-07-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1164
ZN ZINC ION × 6
V7A Sarecycline × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.276
|
|
6XQE
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with sarecycline, UAA-mRNA, and deacylated P-site tRNA at 3.00A resolution
提交 2020-07-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1465
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
V7A Sarecycline × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.311
|
|
6XQE
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with sarecycline, UAA-mRNA, and deacylated P-site tRNA at 3.00A resolution
提交 2020-07-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1173
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
V7A Sarecycline × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.311
|
|
7AZO
70S thermus thermophilus ribosome with bound antibiotic lead SEQ-977
提交 2020-11-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:56-meric
|
链 S2A
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 448
OHX osmium (III) hexammine × 318
K POTASSIUM ION × 159
SJE (2R,3S,4R,5R,7S,9S,10S,11R,12S,13R)-12-(((2R,4R,5S,6S)-4,5-dihydroxy-4,6-dimethyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)-2-((S)-1-(((2R,3R,4R,5R,6R)-5-hydroxy-3,4-dimethoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)propan-2-yl)-10-(((2S,3R,4R,6R)-3-hydroxy-4-(methoxyamino)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)-3,5,7,9,11,13-hexamethyl-7-(((2-((2-nitrophenyl)sulfonamido)ethyl)carbamoyl)oxy)-6,14-dioxooxacyclotetradecan-4-yl 3-methylbutanoate × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;PEG2000MMES, KSCN
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.238
|
|
7AZO
70S thermus thermophilus ribosome with bound antibiotic lead SEQ-977
提交 2020-11-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 S2B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 340
OHX osmium (III) hexammine × 301
K POTASSIUM ION × 128
SJE (2R,3S,4R,5R,7S,9S,10S,11R,12S,13R)-12-(((2R,4R,5S,6S)-4,5-dihydroxy-4,6-dimethyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)-2-((S)-1-(((2R,3R,4R,5R,6R)-5-hydroxy-3,4-dimethoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)propan-2-yl)-10-(((2S,3R,4R,6R)-3-hydroxy-4-(methoxyamino)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)-3,5,7,9,11,13-hexamethyl-7-(((2-((2-nitrophenyl)sulfonamido)ethyl)carbamoyl)oxy)-6,14-dioxooxacyclotetradecan-4-yl 3-methylbutanoate × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;PEG2000MMES, KSCN
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.238
|
|
7AZS
70S thermus thermophilus ribosome with bound antibiotic lead SEQ-569
提交 2020-11-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:56-meric
|
链 S2A
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 450
K POTASSIUM ION × 159
OHX osmium (III) hexammine × 304
SJH (2R,3S,4R,5R,7S,9S,10S,11R,12S,13R)-12-(((2R,4R,5S,6S)-4,5-dihydroxy-4,6-dimethyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)-2-((S)-1-(((2R,3R,4R,5R,6R)-5-hydroxy-3,4-dimethoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)propan-2-yl)-10-(((2S,3R,6R,E)-3-hydroxy-4-(methoxyimino)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)-3,5,7,9,11,13-hexamethyl-7-(((2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl)carbamoyl)oxy)-6,14-dioxooxacyclotetradecan-4-yl 3-methylbutanoate × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;PEGMMES 2000, KSCN, Tris-HAc
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.275
|
|
7AZS
70S thermus thermophilus ribosome with bound antibiotic lead SEQ-569
提交 2020-11-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:55-meric
|
链 S2B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 340
K POTASSIUM ION × 129
OHX osmium (III) hexammine × 294
SJH (2R,3S,4R,5R,7S,9S,10S,11R,12S,13R)-12-(((2R,4R,5S,6S)-4,5-dihydroxy-4,6-dimethyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)-2-((S)-1-(((2R,3R,4R,5R,6R)-5-hydroxy-3,4-dimethoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)propan-2-yl)-10-(((2S,3R,6R,E)-3-hydroxy-4-(methoxyimino)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)-3,5,7,9,11,13-hexamethyl-7-(((2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl)carbamoyl)oxy)-6,14-dioxooxacyclotetradecan-4-yl 3-methylbutanoate × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;PEGMMES 2000, KSCN, Tris-HAc
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.275
|
|
7DUG
Crystal structure of the Thermus thermophilus (HB8) 30S ribosomal subunit with mRNA and cognate transfer RNA anticodon stem-loop and sisomicin derivative N1''TFMS bound
提交 2021-01-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
HJR N-[(1R,2R,3R,4S,5R)-4-[(2R,6S)-6-(aminomethyl)oxan-2-yl]oxy-5-azanyl-2-[(2R,4S,5R}-5-methyl-4-(methylamino)-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-cyclohexyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1
MG MAGNESIUM ION × 249
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;17% MPD
|
分辨率 3.75 Å
R-free 0.225
|
|
7DUH
Crystal structure of the Thermus thermophilus (HB8) 30S ribosomal subunit with mRNA and cognate transfer RNA anticodon stem-loop and sisomicin derivative N1''AC bound
提交 2021-01-09
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
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链 B
1–256(256 aa)
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未记录
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HJO N-[(1R,2R,3R,4S,5S)-4-[(2R,3R,6S)-6-(aminomethyl)-3-azanyl-oxan-2-yl]oxy-5-azanyl-2-[(2R,3R,4R)-5-methyl-4-(methylamino)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-cyclohexyl]ethanamide × 1
MG MAGNESIUM ION × 249
ZN ZINC ION × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;17% MPD
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分辨率 3.75 Å
R-free 0.230
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7DUI
Crystal structure of the Thermus thermophilus (HB8) 30S ribosomal subunit with mRNA and cognate transfer RNA anticodon stem-loop and sisomicin derivative N1''PyrS bound
提交 2021-01-09
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
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HKO N-[(1R,2R,3R,4S,5R)-4-[(2R,3R,6S)-6-(aminomethyl)-3-azanyl-oxan-2-yl]oxy-5-azanyl-2-[[(3S,4S,5S,6R)-5-(methylamino)-4,6-bis(oxidanyl)-2-oxabicyclo[4.1.0]heptan-3-yl]oxy]-3-oxidanyl-cyclohexyl]pyridine-3-sulfonamide × 1
MG MAGNESIUM ION × 249
ZN ZINC ION × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;17% MPD
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分辨率 3.62 Å
R-free 0.213
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7DUJ
Crystal structure of the Thermus thermophilus (HB8) 30S ribosomal subunit with mRNA and cognate transfer RNA anticodon stem-loop and sisomicin derivative N1,3''Bz bound
提交 2021-01-09
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
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链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 249
SIS (1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;17% MPD
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分辨率 3.75 Å
R-free 0.235
|
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7DUK
Crystal structure of the Thermus thermophilus (HB8) 30S ribosomal subunit with mRNA and cognate transfer RNA anticodon stem-loop and sisomicin derivative N1,3''MS bound
提交 2021-01-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 249
SIS (1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;17% MPD
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.228
|
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7DUL
Crystal structure of the Thermus thermophilus (HB8) 30S ribosomal subunit with mRNA and cognate transfer RNA anticodon stem-loop and sisomicin derivative N3''MS bound
提交 2021-01-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 249
SIS (1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;17% MPD
|
分辨率 3.62 Å
R-free 0.220
|
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7JQL
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Bac7-001, mRNA, and deacylated P-site tRNA at 3.00A resolution
提交 2020-08-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 1440
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.285
|
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7JQL
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Bac7-001, mRNA, and deacylated P-site tRNA at 3.00A resolution
提交 2020-08-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
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链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 1108
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.285
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7JQM
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Bac7-002, mRNA, and deacylated P-site tRNA at 3.05A resolution
提交 2020-08-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 1174
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.05 Å
R-free 0.283
|
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7JQM
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Bac7-002, mRNA, and deacylated P-site tRNA at 3.05A resolution
提交 2020-08-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 835
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 3.05 Å
R-free 0.283
|
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7LH5
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with plazomicin, mRNA and tRNAs
提交 2021-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
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链 AB
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 743
EDS (2S)-4-amino-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-5-amino-4-{[(2S,3R)-3-amino-6-{[(2-hydroxyethyl)amino]methyl}-3,4-dihydro-2H-pyran-2-y l]oxy}-2-{[3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl]-2-hydroxybutanamide × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;294.15 K;100 mM TRIS-HCl, pH 7.6,
3-3.2% (w/v) PEG 20K,
7-12% (v/v) MPD,
100-200 mM arginine,
0.5 mM Beta-mercaptoethanol
|
分辨率 3.27 Å
R-free 0.277
|
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7LH5
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with plazomicin, mRNA and tRNAs
提交 2021-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 CB
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 633
EDS (2S)-4-amino-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-5-amino-4-{[(2S,3R)-3-amino-6-{[(2-hydroxyethyl)amino]methyl}-3,4-dihydro-2H-pyran-2-y l]oxy}-2-{[3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl]-2-hydroxybutanamide × 1
ZN ZINC ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;294.15 K;100 mM TRIS-HCl, pH 7.6,
3-3.2% (w/v) PEG 20K,
7-12% (v/v) MPD,
100-200 mM arginine,
0.5 mM Beta-mercaptoethanol
|
分辨率 3.27 Å
R-free 0.277
|
|
7MD7
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with triphenylphosphonium analog of chloramphenicol CAM-C4-TPP and protein Y (YfiA) at 2.80A resolution
提交 2021-04-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 1514
YXM N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-5-(triphenyl-lambda~5~-phosphanyl)pentanamide × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.268
|
|
7MD7
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with triphenylphosphonium analog of chloramphenicol CAM-C4-TPP and protein Y (YfiA) at 2.80A resolution
提交 2021-04-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1040
YXM N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-5-(triphenyl-lambda~5~-phosphanyl)pentanamide × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.268
|
|
7RQ8
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with iboxamycin, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAs, and aminoacylated P-site tRNA at 2.50A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 1567
6IF methyl 7-chloro-6,7,8-trideoxy-6-{[(4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carbonyl]amino}-1-thio-L-threo-alpha-D-galacto-octopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.268
|
|
7RQ8
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with iboxamycin, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAs, and aminoacylated P-site tRNA at 2.50A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 1002
6IF methyl 7-chloro-6,7,8-trideoxy-6-{[(4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carbonyl]amino}-1-thio-L-threo-alpha-D-galacto-octopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.268
|
|
7RQ9
Crystal structure of the A2058-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with iboxamycin, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAs, and aminoacylated P-site tRNA at 2.60A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 1544
K POTASSIUM ION × 1
6IF methyl 7-chloro-6,7,8-trideoxy-6-{[(4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carbonyl]amino}-1-thio-L-threo-alpha-D-galacto-octopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.298
|
|
7RQ9
Crystal structure of the A2058-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with iboxamycin, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAs, and aminoacylated P-site tRNA at 2.60A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1203
K POTASSIUM ION × 1
6IF methyl 7-chloro-6,7,8-trideoxy-6-{[(4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carbonyl]amino}-1-thio-L-threo-alpha-D-galacto-octopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.298
|
|
7RQA
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, A-site aminoacyl-tRNA analog ACC-PMN, and P-site MTI-tripeptidyl-tRNA analog ACCA-ITM at 2.40A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1495
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.289
|
|
7RQA
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, A-site aminoacyl-tRNA analog ACC-PMN, and P-site MTI-tripeptidyl-tRNA analog ACCA-ITM at 2.40A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1016
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.289
|
|
7RQB
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, A-site aminoacyl-tRNA analog ACC-PMN, and P-site MAI-tripeptidyl-tRNA analog ACCA-IAM at 2.45A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1468
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.45 Å
R-free 0.244
|
|
7RQB
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, A-site aminoacyl-tRNA analog ACC-PMN, and P-site MAI-tripeptidyl-tRNA analog ACCA-IAM at 2.45A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1000
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.45 Å
R-free 0.244
|
|
7RQC
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, A-site aminoacyl-tRNA analog ACC-PMN, and P-site MFI-tripeptidyl-tRNA analog ACCA-IFM at 2.50A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1490
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.278
|
|
7RQC
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, A-site aminoacyl-tRNA analog ACC-PMN, and P-site MFI-tripeptidyl-tRNA analog ACCA-IFM at 2.50A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1008
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.278
|
|
7RQD
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, A-site deacylated tRNA analog CACCA, P-site MTI-tripeptidyl-tRNA analog ACCA-ITM, and chloramphenicol at 2.50A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1482
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
ARG ARGININE × 2
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, 2.5% PEG20000, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.280
|
|
7RQD
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, A-site deacylated tRNA analog CACCA, P-site MTI-tripeptidyl-tRNA analog ACCA-ITM, and chloramphenicol at 2.50A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1004
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, 2.5% PEG20000, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.280
|
|
7RQE
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, A-site deacylated tRNA analog CACCA, P-site MAI-tripeptidyl-tRNA analog ACCA-IAM, and chloramphenicol at 2.40A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1474
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
ARG ARGININE × 2
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.269
|
|
7RQE
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, A-site deacylated tRNA analog CACCA, P-site MAI-tripeptidyl-tRNA analog ACCA-IAM, and chloramphenicol at 2.40A resolution
提交 2021-08-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1019
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.269
|
|
7U2H
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Gly-NH-tRNAgly, aminoacylated P-site fMet-NH-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAgly at 2.55A resolution
提交 2022-02-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1547
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M arginine-HCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, 2.5% PEG20000, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.263
|
|
7U2H
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Gly-NH-tRNAgly, aminoacylated P-site fMet-NH-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAgly at 2.55A resolution
提交 2022-02-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1199
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M arginine-HCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, 2.5% PEG20000, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.263
|
|
7U2I
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Gly-NH-tRNAgly, aminoacylated P-site fMet-NH-tRNAmet, deacylated E-site tRNAgly, and chloramphenicol at 2.55A resolution
提交 2022-02-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1547
K POTASSIUM ION × 1
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M arginine-HCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, 2.5% PEG20000, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.268
|
|
7U2I
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Gly-NH-tRNAgly, aminoacylated P-site fMet-NH-tRNAmet, deacylated E-site tRNAgly, and chloramphenicol at 2.55A resolution
提交 2022-02-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1196
K POTASSIUM ION × 1
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M arginine-HCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, 2.5% PEG20000, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.268
|
|
7U2J
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Gly-NH-tRNAgly, peptidyl P-site fMAC-NH-tRNAmet, deacylated E-site tRNAgly, and chloramphenicol at 2.55A resolution
提交 2022-02-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1530
K POTASSIUM ION × 1
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M arginine-HCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, 2.5% PEG20000, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.256
|
|
7U2J
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Gly-NH-tRNAgly, peptidyl P-site fMAC-NH-tRNAmet, deacylated E-site tRNAgly, and chloramphenicol at 2.55A resolution
提交 2022-02-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1121
K POTASSIUM ION × 1
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M arginine-HCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, 2.5% PEG20000, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.256
|
|
7V2L
T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K1k2
提交 2021-08-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 21
PDB 声明:22-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;After application of the complex, 15 seconds wait time was given before blotting.
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7V2M
T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K1k4
提交 2021-08-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 22
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;After application of the complex, 15 seconds wait time was given before blotting.
|
分辨率 3.40 Å
|
|
7V2N
T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K2
提交 2021-08-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 21
PDB 声明:22-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;After application of the complex, 15 seconds wait time was given before blotting.
|
分辨率 3.60 Å
|
|
7V2O
T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K4
提交 2021-08-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 21
PDB 声明:22-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;After application of the complex, 15 seconds wait time was given before blotting.
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7V2P
T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K5
提交 2021-08-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 21
PDB 声明:22-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;After application of the complex, 15 seconds wait time was given before blotting.
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7V2Q
T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K6
提交 2021-08-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 22
PDB 声明:23-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;After application of the complex, 15 seconds wait time was given before blotting.
|
分辨率 3.24 Å
|
|
8CVJ
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Phe-NH-tRNAphe, peptidyl P-site fMSEAC-NH-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.40A resolution
提交 2022-05-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1545
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.295
|
|
8CVJ
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Phe-NH-tRNAphe, peptidyl P-site fMSEAC-NH-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.40A resolution
提交 2022-05-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1217
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.295
|
|
8CVK
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Phe-NH-tRNAphe, peptidyl P-site fMRC-NH-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.50A resolution
提交 2022-05-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1542
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.284
|
|
8CVK
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Phe-NH-tRNAphe, peptidyl P-site fMRC-NH-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.50A resolution
提交 2022-05-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1226
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.284
|
|
8CVL
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Phe-NH-tRNAphe, peptidyl P-site fMTHSMRC-NH-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.30A resolution
提交 2022-05-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1534
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.281
|
|
8CVL
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Phe-NH-tRNAphe, peptidyl P-site fMTHSMRC-NH-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.30A resolution
提交 2022-05-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1189
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.281
|
|
8EKB
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, deacylated P-site tRNAmet, and thermorubin at 2.70A resolution
提交 2022-09-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1469
K POTASSIUM ION × 1
T8B Thermorubin × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.257
|
|
8EKB
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, deacylated P-site tRNAmet, and thermorubin at 2.70A resolution
提交 2022-09-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 994
K POTASSIUM ION × 1
T8B Thermorubin × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.257
|
|
8EV6
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with amikacin, mRNA, and A-, P-, and E-site tRNAs
提交 2022-10-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1382
AKN (2S)-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-4-[(2R,3R,4S,5S,6R)-6-(aminomethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-5-azanyl-2-[(2S,3R,4S,5S ,6R)-4-azanyl-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-cyclohexyl]-4-azanyl-2-oxidanyl-butanamide × 5
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.15 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.9% PEG-20K, 9-10.5% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.95 Å
R-free 0.272
|
|
8EV6
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with amikacin, mRNA, and A-, P-, and E-site tRNAs
提交 2022-10-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 951
AKN (2S)-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-4-[(2R,3R,4S,5S,6R)-6-(aminomethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-5-azanyl-2-[(2S,3R,4S,5S ,6R)-4-azanyl-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-cyclohexyl]-4-azanyl-2-oxidanyl-butanamide × 3
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.15 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.9% PEG-20K, 9-10.5% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.95 Å
R-free 0.272
|
|
8EV7
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with kanamycin, mRNA, and A-, P-, and E-site tRNAs
提交 2022-10-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1416
KAN KANAMYCIN A × 4
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.15 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.9% PEG-20K, 9-10.5% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.89 Å
R-free 0.263
|
|
8EV7
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with kanamycin, mRNA, and A-, P-, and E-site tRNAs
提交 2022-10-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 843
KAN KANAMYCIN A × 3
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.15 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.9% PEG-20K, 9-10.5% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.89 Å
R-free 0.263
|
|
8FC1
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, hygromycin A, and erythromycin at 2.50A resolution
提交 2022-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1505
HGR Hygromycin A × 1
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.246
|
|
8FC1
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, hygromycin A, and erythromycin at 2.50A resolution
提交 2022-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1002
HGR Hygromycin A × 1
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.246
|
|
8FC2
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, hygromycin A, and azithromycin at 2.50A resolution
提交 2022-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1491
HGR Hygromycin A × 1
ZIT AZITHROMYCIN × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.250
|
|
8FC2
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, hygromycin A, and azithromycin at 2.50A resolution
提交 2022-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1007
HGR Hygromycin A × 1
ZIT AZITHROMYCIN × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.250
|
|
8FC3
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, hygromycin A, and telithromycin at 2.60A resolution
提交 2022-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1486
HGR Hygromycin A × 1
TEL TELITHROMYCIN × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.245
|
|
8FC3
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, hygromycin A, and telithromycin at 2.60A resolution
提交 2022-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1011
HGR Hygromycin A × 1
TEL TELITHROMYCIN × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.245
|
|
8FC4
Crystal structure of the A2058-N6-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, hygromycin A, and erythromycin at 2.45A resolution
提交 2022-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1487
HGR Hygromycin A × 1
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.45 Å
R-free 0.264
|
|
8FC4
Crystal structure of the A2058-N6-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, hygromycin A, and erythromycin at 2.45A resolution
提交 2022-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 928
HGR Hygromycin A × 1
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.45 Å
R-free 0.264
|
|
8FC5
Crystal structure of the A2058-N6-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, hygromycin A, and azithromycin at 2.65A resolution
提交 2022-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1500
HGR Hygromycin A × 1
ZIT AZITHROMYCIN × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.236
|
|
8FC5
Crystal structure of the A2058-N6-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, hygromycin A, and azithromycin at 2.65A resolution
提交 2022-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 966
HGR Hygromycin A × 1
ZIT AZITHROMYCIN × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.236
|
|
8FC6
Crystal structure of the A2058-N6-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, hygromycin A, and telithromycin at 2.35A resolution
提交 2022-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1487
HGR Hygromycin A × 1
TEL TELITHROMYCIN × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.35 Å
R-free 0.248
|
|
8FC6
Crystal structure of the A2058-N6-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, hygromycin A, and telithromycin at 2.35A resolution
提交 2022-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1009
HGR Hygromycin A × 1
TEL TELITHROMYCIN × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.35 Å
R-free 0.248
|
|
8FOM
Crystal structure of tRNA^Lys(SUU) bound to UAA codon in the ribosomal P site
提交 2023-01-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 401
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.0, 0.2 M KSCN, 4-4.5% (v/v) PEG 20K, 4.5-5.5% (v/v) PEG 550MME, 10 mM Mg(OAc)2, 0.0028 mM Deoxy BigCHAP
|
分辨率 3.58 Å
R-free 0.255
|
|
8FOM
Crystal structure of tRNA^Lys(SUU) bound to UAA codon in the ribosomal P site
提交 2023-01-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 441
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.0, 0.2 M KSCN, 4-4.5% (v/v) PEG 20K, 4.5-5.5% (v/v) PEG 550MME, 10 mM Mg(OAc)2, 0.0028 mM Deoxy BigCHAP
|
分辨率 3.58 Å
R-free 0.255
|
|
8FON
Crystal structure of tRNA^Lys(SUU) bound to AUA codon in the ribosomal P site
提交 2023-01-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 QB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 586
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.0, 0.2 M KSCN, 4-4.5% (v/v) PEG 20K, 4.5-5.5% (v/v) PEG 550MME, 10 mM Mg(OAc)2, 0.0028 mM Deoxy BigCHAP
|
分辨率 3.64 Å
R-free 0.278
|
|
8FON
Crystal structure of tRNA^Lys(SUU) bound to AUA codon in the ribosomal P site
提交 2023-01-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 XB
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 653
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;0.1 M Tris-HOAc, pH 7.0, 0.2 M KSCN, 4-4.5% (v/v) PEG 20K, 4.5-5.5% (v/v) PEG 550MME, 10 mM Mg(OAc)2, 0.0028 mM Deoxy BigCHAP
|
分辨率 3.64 Å
R-free 0.278
|
|
8G29
Crystal structure of the A2503-C2,C8-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.55A resolution
提交 2023-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1559
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.252
|
|
8G29
Crystal structure of the A2503-C2,C8-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.55A resolution
提交 2023-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 897
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.252
|
|
8G2A
Crystal structure of the A2503-C2,C8-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, peptidyl P-site fMTHSMRC-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.45A resolution
提交 2023-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1573
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.45 Å
R-free 0.249
|
|
8G2A
Crystal structure of the A2503-C2,C8-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, peptidyl P-site fMTHSMRC-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.45A resolution
提交 2023-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1176
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.45 Å
R-free 0.249
|
|
8G2B
Crystal structure of the A2503-C2,C8-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with iboxamycin, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAphe, and aminoacylated P-site fMet-tRNAmet at 2.55A resolution
提交 2023-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1532
6IF methyl 7-chloro-6,7,8-trideoxy-6-{[(4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carbonyl]amino}-1-thio-L-threo-alpha-D-galacto-octopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.262
|
|
8G2B
Crystal structure of the A2503-C2,C8-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with iboxamycin, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAphe, and aminoacylated P-site fMet-tRNAmet at 2.55A resolution
提交 2023-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1164
6IF methyl 7-chloro-6,7,8-trideoxy-6-{[(4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carbonyl]amino}-1-thio-L-threo-alpha-D-galacto-octopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.262
|
|
8G2C
Crystal structure of the A2503-C2,C8-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with tylosin, mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.65A resolution
提交 2023-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1533
K POTASSIUM ION × 1
TYK TYLOSIN × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.249
|
|
8G2C
Crystal structure of the A2503-C2,C8-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with tylosin, mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.65A resolution
提交 2023-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1135
TYK TYLOSIN × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.249
|
|
8G2D
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with tylosin, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAphe, and deacylated P-site tRNAmet at 2.70A resolution
提交 2023-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1554
TYK TYLOSIN × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.277
|
|
8G2D
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with tylosin, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAphe, and deacylated P-site tRNAmet at 2.70A resolution
提交 2023-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1235
TYK TYLOSIN × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.277
|
|
8T8B
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, A-site aminoacyl-tRNA analog ACC-PMN, and P-site formyl-MAI-tripeptidyl-tRNA analog ACCA-IAMf at 2.65A resolution
提交 2023-06-22
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 102
PDB 声明:112-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 2428
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 6
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 12
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.257
|
|
8T8C
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with protein Y, A-site aminoacyl-tRNA analog ACC-PMN, and P-site formyl-MFI-tripeptidyl-tRNA analog ACCA-IFMf at 2.60A resolution
提交 2023-06-22
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 102
PDB 声明:112-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 2490
ARG ARGININE × 2
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 7
ZN ZINC ION × 12
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.269
|
|
8UD6
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with cresomycin, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.70A resolution
提交 2023-09-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1487
K POTASSIUM ION × 1
WC9 (4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)-N-[(1R,5Z,7R,8R,9R,10R,11S,12R)-10,11,12-trihydroxy-7-methyl-13-oxa-2-thiabicyclo[7.3.1]tridec-5-en-8-yl]octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.241
|
|
8UD6
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with cresomycin, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.70A resolution
提交 2023-09-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1084
K POTASSIUM ION × 1
WC9 (4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)-N-[(1R,5Z,7R,8R,9R,10R,11S,12R)-10,11,12-trihydroxy-7-methyl-13-oxa-2-thiabicyclo[7.3.1]tridec-5-en-8-yl]octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.241
|
|
8UD7
Crystal structure of the A2058-N6-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with cresomycin, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.70A resolution
提交 2023-09-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1521
WC9 (4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)-N-[(1R,5Z,7R,8R,9R,10R,11S,12R)-10,11,12-trihydroxy-7-methyl-13-oxa-2-thiabicyclo[7.3.1]tridec-5-en-8-yl]octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.242
|
|
8UD7
Crystal structure of the A2058-N6-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with cresomycin, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.70A resolution
提交 2023-09-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1143
WC9 (4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)-N-[(1R,5Z,7R,8R,9R,10R,11S,12R)-10,11,12-trihydroxy-7-methyl-13-oxa-2-thiabicyclo[7.3.1]tridec-5-en-8-yl]octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.242
|
|
8UD8
Crystal structure of the A2503-C2,C8-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with cresomycin, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.70A resolution
提交 2023-09-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1546
K POTASSIUM ION × 1
WC9 (4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)-N-[(1R,5Z,7R,8R,9R,10R,11S,12R)-10,11,12-trihydroxy-7-methyl-13-oxa-2-thiabicyclo[7.3.1]tridec-5-en-8-yl]octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.261
|
|
8UD8
Crystal structure of the A2503-C2,C8-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with cresomycin, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.70A resolution
提交 2023-09-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1199
K POTASSIUM ION × 1
WC9 (4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)-N-[(1R,5Z,7R,8R,9R,10R,11S,12R)-10,11,12-trihydroxy-7-methyl-13-oxa-2-thiabicyclo[7.3.1]tridec-5-en-8-yl]octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.261
|
|
8UVR
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with spectinomycin, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAphe, and deacylated P-site tRNAmet at 2.60A resolution
提交 2023-11-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1576
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SCM SPECTINOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.265
|
|
8UVR
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with spectinomycin, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAphe, and deacylated P-site tRNAmet at 2.60A resolution
提交 2023-11-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1250
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SCM SPECTINOMYCIN × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.265
|
|
8UVS
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with spectinomycin derivative 2694, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAphe, and deacylated P-site tRNAmet at 2.75A resolution
提交 2023-11-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1611
ZN ZINC ION × 6
Y7K (2R,4R,4aS,5aR,6S,7S,8R,9S,9aR,10aS)-2-methyl-6,8-bis(methylamino)-4-({[2-(oxan-4-yl)ethyl]amino}methyl)octahydro-2H-pyrano[2,3-b][1,4]benzodioxine-4,4a,7,9(10aH)-tetrol × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.75 Å
R-free 0.261
|
|
8UVS
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with spectinomycin derivative 2694, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAphe, and deacylated P-site tRNAmet at 2.75A resolution
提交 2023-11-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1250
ZN ZINC ION × 6
Y7K (2R,4R,4aS,5aR,6S,7S,8R,9S,9aR,10aS)-2-methyl-6,8-bis(methylamino)-4-({[2-(oxan-4-yl)ethyl]amino}methyl)octahydro-2H-pyrano[2,3-b][1,4]benzodioxine-4,4a,7,9(10aH)-tetrol × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.75 Å
R-free 0.261
|
|
8VTU
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with macrolone MCX-66, mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.40A resolution
提交 2024-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1568
K POTASSIUM ION × 1
A1AEZ 1-cyclopropyl-7-[(4-{[3-({(3aR,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,14E,15S,15aR)-10-{[(2S,3R,4S,6R)-4-(dimethylamino)-3-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy}-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-14-[({3-[5-(methylcarbamoyl)pyridin-3-yl]prop-2-yn-1-yl}oxy)imino]-2,6-dioxododecahydro-2H,4H-[1,3]dioxolo[4,5-c]oxacyclotetradecin-8-yl}oxy)-3-oxopropyl]amino}butyl)amino]-6-fluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.260
|
|
8VTU
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with macrolone MCX-66, mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.40A resolution
提交 2024-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1187
K POTASSIUM ION × 1
A1AEZ 1-cyclopropyl-7-[(4-{[3-({(3aR,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,14E,15S,15aR)-10-{[(2S,3R,4S,6R)-4-(dimethylamino)-3-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy}-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-14-[({3-[5-(methylcarbamoyl)pyridin-3-yl]prop-2-yn-1-yl}oxy)imino]-2,6-dioxododecahydro-2H,4H-[1,3]dioxolo[4,5-c]oxacyclotetradecin-8-yl}oxy)-3-oxopropyl]amino}butyl)amino]-6-fluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.260
|
|
8VTV
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with macrolone MCX-91, mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.55A resolution
提交 2024-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1554
K POTASSIUM ION × 1
A1AE0 1-cyclopropyl-7-{7-[({[(3aR,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,14E,15S,15aR)-10-{[(2S,3R,4S,6R)-4-(dimethylamino)-3-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy}-4-ethyl-11-methoxy-14-(methoxyimino)-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6-dioxododecahydro-2H,4H-[1,3]dioxolo[4,5-c]oxacyclotetradecin-8-yl]oxy}carbonyl)amino]hept-1-yn-1-yl}-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.262
|
|
8VTV
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with macrolone MCX-91, mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.55A resolution
提交 2024-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1218
K POTASSIUM ION × 1
A1AE0 1-cyclopropyl-7-{7-[({[(3aR,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,14E,15S,15aR)-10-{[(2S,3R,4S,6R)-4-(dimethylamino)-3-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy}-4-ethyl-11-methoxy-14-(methoxyimino)-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6-dioxododecahydro-2H,4H-[1,3]dioxolo[4,5-c]oxacyclotetradecin-8-yl]oxy}carbonyl)amino]hept-1-yn-1-yl}-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.262
|
|
8VTW
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with macrolone MCX-128 and protein Y at 2.35A resolution
提交 2024-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1450
A1AE1 1-cyclopropyl-7-(4-{4-[({[(3aR,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,14E,15S,15aR)-10-{[(2S,3R,4S,6R)-4-(dimethylamino)-3-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy}-4-ethyl-11-methoxy-14-(methoxyimino)-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6-dioxododecahydro-2H,4H-[1,3]dioxolo[4,5-c]oxacyclotetradecin-8-yl]oxy}carbonyl)amino]butyl}piperazin-1-yl)-6-fluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid (non-preferred name) × 1
ARG ARGININE × 2
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.35 Å
R-free 0.243
|
|
8VTW
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with macrolone MCX-128 and protein Y at 2.35A resolution
提交 2024-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 984
A1AE1 1-cyclopropyl-7-(4-{4-[({[(3aR,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,14E,15S,15aR)-10-{[(2S,3R,4S,6R)-4-(dimethylamino)-3-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy}-4-ethyl-11-methoxy-14-(methoxyimino)-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6-dioxododecahydro-2H,4H-[1,3]dioxolo[4,5-c]oxacyclotetradecin-8-yl]oxy}carbonyl)amino]butyl}piperazin-1-yl)-6-fluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid (non-preferred name) × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.35 Å
R-free 0.243
|
|
8VTX
Crystal structure of the A2058-N6-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with macrolone MCX-128, mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.40A resolution
提交 2024-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1548
K POTASSIUM ION × 1
A1AE1 1-cyclopropyl-7-(4-{4-[({[(3aR,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,14E,15S,15aR)-10-{[(2S,3R,4S,6R)-4-(dimethylamino)-3-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy}-4-ethyl-11-methoxy-14-(methoxyimino)-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6-dioxododecahydro-2H,4H-[1,3]dioxolo[4,5-c]oxacyclotetradecin-8-yl]oxy}carbonyl)amino]butyl}piperazin-1-yl)-6-fluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.260
|
|
8VTX
Crystal structure of the A2058-N6-dimethylated Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with macrolone MCX-128, mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.40A resolution
提交 2024-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1185
K POTASSIUM ION × 1
A1AE1 1-cyclopropyl-7-(4-{4-[({[(3aR,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,14E,15S,15aR)-10-{[(2S,3R,4S,6R)-4-(dimethylamino)-3-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy}-4-ethyl-11-methoxy-14-(methoxyimino)-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6-dioxododecahydro-2H,4H-[1,3]dioxolo[4,5-c]oxacyclotetradecin-8-yl]oxy}carbonyl)amino]butyl}piperazin-1-yl)-6-fluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.260
|
|
8VTY
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with ciprofloxacin and protein Y at 2.60A resolution
提交 2024-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1526
CPF 1-CYCLOPROPYL-6-FLUORO-4-OXO-7-PIPERAZIN-1-YL-1,4-DIHYDROQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4
ARG ARGININE × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.241
|
|
8VTY
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with ciprofloxacin and protein Y at 2.60A resolution
提交 2024-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1021
CPF 1-CYCLOPROPYL-6-FLUORO-4-OXO-7-PIPERAZIN-1-YL-1,4-DIHYDROQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.241
|
|
8WRC
Time-Resolved Ambient Temperature Kineto-Crystallographic Structure of Initiation Factor in Complex with Ribosome
提交 2023-10-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 21
PDB 声明:22-meric
|
链 B
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 254
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;MPD
|
分辨率 3.59 Å
R-free 0.282
|
|
9B00
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with berberine analog of chloramphenicol CAM-BER, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAphe, and deacylated P-site tRNAmet at 2.80A resolution
提交 2024-03-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1524
K POTASSIUM ION × 1
A1AIX 13-(2-{[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]amino}-2-oxoethyl)-9,10-dimethoxy-5,6-dihydro-2H-[1,3]dioxolo[4,5-g]isoquinolino[3,2-a]isoquinolin-7-ium × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.284
|
|
9B00
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with berberine analog of chloramphenicol CAM-BER, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAphe, and deacylated P-site tRNAmet at 2.80A resolution
提交 2024-03-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1199
K POTASSIUM ION × 1
A1AIX 13-(2-{[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]amino}-2-oxoethyl)-9,10-dimethoxy-5,6-dihydro-2H-[1,3]dioxolo[4,5-g]isoquinolino[3,2-a]isoquinolin-7-ium × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.284
|
|
9D0G
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with O-cresomycin, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.50A resolution
提交 2024-08-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1553
K POTASSIUM ION × 1
A1A1F (4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)-N-[(1S,5Z,7R,8R,9R,10R,11S,12R)-10,11,12-trihydroxy-7-methyl-2,13-dioxabicyclo[7.3.1]tridec-5-en-8-yl]octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.265
|
|
9D0G
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with O-cresomycin, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.50A resolution
提交 2024-08-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1239
K POTASSIUM ION × 1
A1A1F (4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)-N-[(1S,5Z,7R,8R,9R,10R,11S,12R)-10,11,12-trihydroxy-7-methyl-2,13-dioxabicyclo[7.3.1]tridec-5-en-8-yl]octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.265
|
|
9D0H
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with C-cresomycin, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.50A resolution
提交 2024-08-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1549
K POTASSIUM ION × 1
A1A1J (4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)-N-[(1R,2R,3R,4Z,9R,10R,11R,12R)-10,11,12-trihydroxy-3-methyl-13-oxabicyclo[7.3.1]tridec-4-en-2-yl]octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.266
|
|
9D0H
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with C-cresomycin, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.50A resolution
提交 2024-08-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1241
K POTASSIUM ION × 1
A1A1J (4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)-N-[(1R,2R,3R,4Z,9R,10R,11R,12R)-10,11,12-trihydroxy-3-methyl-13-oxabicyclo[7.3.1]tridec-4-en-2-yl]octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.266
|
|
9D0I
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Se-cresomycin, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.45A resolution
提交 2024-08-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1551
K POTASSIUM ION × 1
A1A1K (4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)-N-[(1R,5Z,7R,8R,9R,10R,11S,12R)-10,11,12-trihydroxy-7-methyl-13-oxa-2-selenabicyclo[7.3.1]tridec-5-en-8-yl]octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.45 Å
R-free 0.265
|
|
9D0I
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Se-cresomycin, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.45A resolution
提交 2024-08-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1244
K POTASSIUM ION × 1
A1A1K (4S,5aS,8S,8aR)-4-(2-methylpropyl)-N-[(1R,5Z,7R,8R,9R,10R,11S,12R)-10,11,12-trihydroxy-7-methyl-13-oxa-2-selenabicyclo[7.3.1]tridec-5-en-8-yl]octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.45 Å
R-free 0.265
|
|
9D0J
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with BT-33, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.50A resolution
提交 2024-08-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1475
A1A1L (4S,5aS,8S,8aR)-N-[(1R,4R,6Z,8R,9R,10R,11R,12S,13R)-4-fluoro-11,12,13-trihydroxy-8-methyl-14-oxa-2-thiabicyclo[8.3.1]tetradec-6-en-9-yl]-4-(2-methylpropyl)octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.260
|
|
9D0J
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with BT-33, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.50A resolution
提交 2024-08-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1089
A1A1L (4S,5aS,8S,8aR)-N-[(1R,4R,6Z,8R,9R,10R,11R,12S,13R)-4-fluoro-11,12,13-trihydroxy-8-methyl-14-oxa-2-thiabicyclo[8.3.1]tetradec-6-en-9-yl]-4-(2-methylpropyl)octahydro-2H-oxepino[2,3-c]pyrrole-8-carboxamide (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
K POTASSIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.260
|
|
9D7R
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Fva1 antimicrobial peptide, mRNA, A-site release factor 1, and deacylated P-site and E-site tRNAphe at 2.70A resolution
提交 2024-08-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1123
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.275
|
|
9D7R
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Fva1 antimicrobial peptide, mRNA, A-site release factor 1, and deacylated P-site and E-site tRNAphe at 2.70A resolution
提交 2024-08-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 885
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.275
|
|
9D7S
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Api antimicrobial peptide, mRNA, A-site release factor 1, and deacylated P-site and E-site tRNAphe at 2.85A resolution
提交 2024-08-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1101
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.85 Å
R-free 0.268
|
|
9D7S
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Api antimicrobial peptide, mRNA, A-site release factor 1, and deacylated P-site and E-site tRNAphe at 2.85A resolution
提交 2024-08-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 891
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.85 Å
R-free 0.268
|
|
9D7T
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Api137 antimicrobial peptide, mRNA, A-site release factor 1, and deacylated P-site and E-site tRNAphe at 2.70A resolution
提交 2024-08-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1127
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.278
|
|
9D7T
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with Api137 antimicrobial peptide, mRNA, A-site release factor 1, and deacylated P-site and E-site tRNAphe at 2.70A resolution
提交 2024-08-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 915
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.278
|
|
9DFC
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with lasso peptide lariocidin, mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.50A resolution
提交 2024-08-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1554
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.265
|
|
9DFC
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with lasso peptide lariocidin, mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.50A resolution
提交 2024-08-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1250
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.265
|
|
9DFD
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with lasso peptide lariocidin B, mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.60A resolution
提交 2024-08-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1554
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.266
|
|
9DFD
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with lasso peptide lariocidin B, mRNA, aminoacylated A-site Phe-tRNAphe, aminoacylated P-site fMet-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.60A resolution
提交 2024-08-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1250
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.266
|
|
9DFE
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with lasso peptide lariocidin and protein Y at 2.60A resolution
提交 2024-08-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:54-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1496
ARG ARGININE × 1
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.252
|
|
9DFE
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with lasso peptide lariocidin and protein Y at 2.60A resolution
提交 2024-08-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:54-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1024
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.252
|
|
9MTP
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q230-N5-methylated Release Factor 1, and P-site fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys at 2.40A resolution
提交 2025-01-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1538
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.263
|
|
9MTP
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q230-N5-methylated Release Factor 1, and P-site fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys at 2.40A resolution
提交 2025-01-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1138
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.263
|
|
9MTQ
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site GGD-mutant Release Factor 1, and P-site fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys at 2.55A resolution
提交 2025-01-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1527
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.257
|
|
9MTQ
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site GGD-mutant Release Factor 1, and P-site fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys at 2.55A resolution
提交 2025-01-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1151
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.257
|
|
9MTR
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site GGS-mutant Release Factor 1, and P-site fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys at 2.80A resolution
提交 2025-01-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1531
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.264
|
|
9MTR
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site GGS-mutant Release Factor 1, and P-site fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys at 2.80A resolution
提交 2025-01-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1118
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.264
|
|
9MTS
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q230-unmodified Release Factor 1, and P-site fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys at 2.70A resolution
提交 2025-01-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1465
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.262
|
|
9MTS
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q230-unmodified Release Factor 1, and P-site fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys at 2.70A resolution
提交 2025-01-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1124
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.262
|
|
9MTT
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q230-N5-methylated Release Factor 1, and P-site deacylated-tRNAcys at 2.60A resolution
提交 2025-01-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1539
K POTASSIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.271
|
|
9MTT
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q230-N5-methylated Release Factor 1, and P-site deacylated-tRNAcys at 2.60A resolution
提交 2025-01-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1148
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.271
|
|
9NO7
Cryo-EM structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q230-N5-methylated Release Factor 1, and P-site 2'-deoxy-A76-fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys at 2.13A resolution
提交 2025-03-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1685
K POTASSIUM ION × 52
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;5 mM HEPES-KOH, 50 mM KCl, 10 mM NH4Cl, 10 mM Mg(CH3COO)2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.13 Å
|
|
9O3H
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with macrolide erythromycin, mRNA, aminoacylated A-site Lys-tRNAlys, P-site fMRC-peptidyl-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAlys at 2.65A resolution
提交 2025-04-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1542
K POTASSIUM ION × 1
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.276
|
|
9O3H
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with macrolide erythromycin, mRNA, aminoacylated A-site Lys-tRNAlys, P-site fMRC-peptidyl-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAlys at 2.65A resolution
提交 2025-04-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1207
K POTASSIUM ION × 1
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.276
|
|
9O3I
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with ketolide telithromycin, mRNA, aminoacylated A-site Lys-tRNAlys, P-site fMRC-peptidyl-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAlys at 2.80A resolution
提交 2025-04-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1518
K POTASSIUM ION × 1
TEL TELITHROMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.281
|
|
9O3I
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with ketolide telithromycin, mRNA, aminoacylated A-site Lys-tRNAlys, P-site fMRC-peptidyl-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAlys at 2.80A resolution
提交 2025-04-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1141
K POTASSIUM ION × 1
TEL TELITHROMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.281
|
|
9O3J
Crystal structure of the wild-type drug-free Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, aminoacylated A-site Lys-tRNAlys, P-site fMRC-peptidyl-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAlys at 2.60A resolution
提交 2025-04-07
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 100
PDB 声明:114-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 2734
K POTASSIUM ION × 2
ZN ZINC ION × 12
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.278
|
|
9O3K
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with macrolide erythromycin, mRNA, aminoacylated A-site Lys-tRNAlys, P-site fMAC-peptidyl-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAlys at 2.70A resolution
提交 2025-04-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1529
K POTASSIUM ION × 1
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.262
|
|
9O3K
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with macrolide erythromycin, mRNA, aminoacylated A-site Lys-tRNAlys, P-site fMAC-peptidyl-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAlys at 2.70A resolution
提交 2025-04-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 993
K POTASSIUM ION × 1
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
ZN ZINC ION × 6
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.262
|
|
9O3L
Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with macrolide erythromycin, mRNA, deacylated A-site tRNAphe, P-site fMRC-peptidyl-tRNAmet, and deacylated E-site tRNAphe at 2.75A resolution
提交 2025-04-07
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 100
PDB 声明:114-meric
|
链 1b
1–256(256 aa)
链 2b
1–256(256 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 2713
K POTASSIUM ION × 2
ERY ERYTHROMYCIN A × 2
ZN ZINC ION × 12
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.75 Å
R-free 0.282
|