2om7

Structural Basis for Interaction of the Ribosome with the Switch Regions of GTP-bound Elongation Factors

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 244.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S12

物种未注明

UniProt P17293

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 4 RNA 10 PDB 声明:tetradecameric(14) 与全部聚合物数一致 链 E; UniProt 1–132 未记录 Fragment of 16S rRNA (h14) × 1 Fragment of 16S rRNA (h15) × 1 Fragment of 16S rRNA (h44) × 1 16S ribosomal RNA (H5) × 1 Fragment of23S rRNA (H95) × 1 Fragment of23S rRNA (H68) × 1 Fragment of23S rRNA (H89) × 1 Fragment of23S rRNA (H42-44) × 1 Fragment of23S rRNA (H76) × 1 p/E-tRNA × 1 50S ribosomal protein L1 × 1 (Q5SLP7) Elongation factor G × 1 (P13551) 30S ribosomal protein S2 × 1 (P80371) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol;pH 7.8;0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RS12_THETH
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–135; UniProt 1–132

50S ribosomal protein L1

物种未注明

UniProt Q5SLP7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 4 RNA 10 PDB 声明:tetradecameric(14) 与全部聚合物数一致 链 K; UniProt 1–229 未记录 Fragment of 16S rRNA (h14) × 1 Fragment of 16S rRNA (h15) × 1 Fragment of 16S rRNA (h44) × 1 16S ribosomal RNA (H5) × 1 Fragment of23S rRNA (H95) × 1 Fragment of23S rRNA (H68) × 1 Fragment of23S rRNA (H89) × 1 Fragment of23S rRNA (H42-44) × 1 Fragment of23S rRNA (H76) × 1 p/E-tRNA × 1 30S ribosomal protein S12 × 1 (P17293) Elongation factor G × 1 (P13551) 30S ribosomal protein S2 × 1 (P80371) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol;pH 7.8;0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、84 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL1_THET8
Isoform
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229

Elongation factor G

Thermus thermophilus

UniProt P13551

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 4 RNA 10 PDB 声明:tetradecameric(14) 与全部聚合物数一致 链 L; UniProt 1–691 未记录 Fragment of 16S rRNA (h14) × 1 Fragment of 16S rRNA (h15) × 1 Fragment of 16S rRNA (h44) × 1 16S ribosomal RNA (H5) × 1 Fragment of23S rRNA (H95) × 1 Fragment of23S rRNA (H68) × 1 Fragment of23S rRNA (H89) × 1 Fragment of23S rRNA (H42-44) × 1 Fragment of23S rRNA (H76) × 1 p/E-tRNA × 1 30S ribosomal protein S12 × 1 (P17293) 50S ribosomal protein L1 × 1 (Q5SLP7) 30S ribosomal protein S2 × 1 (P80371) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol;pH 7.8;0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EFG_THETH
Isoform
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–691; UniProt 1–691

30S ribosomal protein S2

物种未注明

UniProt P80371

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 4 RNA 10 PDB 声明:tetradecameric(14) 与全部聚合物数一致 链 N; UniProt 1–256 未记录 Fragment of 16S rRNA (h14) × 1 Fragment of 16S rRNA (h15) × 1 Fragment of 16S rRNA (h44) × 1 16S ribosomal RNA (H5) × 1 Fragment of23S rRNA (H95) × 1 Fragment of23S rRNA (H68) × 1 Fragment of23S rRNA (H89) × 1 Fragment of23S rRNA (H42-44) × 1 Fragment of23S rRNA (H76) × 1 p/E-tRNA × 1 30S ribosomal protein S12 × 1 (P17293) 50S ribosomal protein L1 × 1 (Q5SLP7) Elongation factor G × 1 (P13551) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol;pH 7.8;0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 375 个其他 PDB 条目、595 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RS2_THET8
Isoform
PDB实体 14
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–256; UniProt 1–256

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2om7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2om7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2om7
沉积日期 deposition_date2007-01-21
结构标题 titleStructural Basis for Interaction of the Ribosome with the Switch Regions of GTP-bound Elongation Factors
关键词 keywordsRNA-Protein Complex, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier71.31
回转半径 Rg (电子) rg_electron72.07
零角强度 I(0) i02196910000.00
分子量 molecular_weight279620.0 kDa
排除体积 excluded_volume302280 ų
包络体积 envelope_volume658940 ų
水化壳体积 shell_volume83128 ų
包络直径 envelope_diameter222.7
壳层 Rg shell_rg61.96
包络 Rg envelope_rg68.17
形状 Rg shape_rg72.13
总 Rg total_rg71.78
总原子数 total_atoms19031
残基数 n_residues1659
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax244.5
Rg (实空间) rg_real71.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.36
I(0) (实空间) i0_real2.1980e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1020e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal70.89
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2195000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8702
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary66.7
偏度 Skewness skewness0.145
峰度 Kurtosis kurtosis-0.868
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0184
最高正则化参数 α highest_alpha55820000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.769

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2om7e1
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.1 — Ribosome complexes
结构域编号 domain_idd2om7k1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.24 — Ribosomal protein L1
超家族 Superfamily superfamilye.24.1 — Ribosomal protein L1
家族 Family familye.24.1.1 — Ribosomal protein L1
结构域编号 domain_idd2om7n1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.15 — Ribosomal protein S2
家族 Family familyc.23.15.1 — Ribosomal protein S2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)