2uwh

Cytochrome P450 BM3 mutant in complex with palmitic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 153.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL P-450\: NADPH-P450 REDUCTASE

BACILLUS MEGATERIUM

UniProt P14779

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–458 片段:HEME DOMAIN, RESIDUES 1-458 突变:YES HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5;140 MM MGCL2, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 2000MME AND 100 MM MESA, PH 5.0 分辨率 2.80 Å R-free 0.299
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–458 片段:HEME DOMAIN, RESIDUES 1-458 突变:YES HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5;140 MM MGCL2, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 2000MME AND 100 MM MESA, PH 5.0 分辨率 2.80 Å R-free 0.299
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–458 片段:HEME DOMAIN, RESIDUES 1-458 突变:YES HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5;140 MM MGCL2, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 2000MME AND 100 MM MESA, PH 5.0 分辨率 2.80 Å R-free 0.299
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–458 片段:HEME DOMAIN, RESIDUES 1-458 突变:YES HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5;140 MM MGCL2, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 2000MME AND 100 MM MESA, PH 5.0 分辨率 2.80 Å R-free 0.299
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–458 片段:HEME DOMAIN, RESIDUES 1-458 突变:YES HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5;140 MM MGCL2, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 2000MME AND 100 MM MESA, PH 5.0 分辨率 2.80 Å R-free 0.299
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–458 片段:HEME DOMAIN, RESIDUES 1-458 突变:YES HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5;140 MM MGCL2, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 2000MME AND 100 MM MESA, PH 5.0 分辨率 2.80 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 168 个其他 PDB 条目、306 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXB_BACME
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–458; UniProt 1–458 作者链 B; PDB构建体 1–458; UniProt 1–458 作者链 C; PDB构建体 1–458; UniProt 1–458 作者链 D; PDB构建体 1–458; UniProt 1–458 作者链 E; PDB构建体 1–458; UniProt 1–458 作者链 F; PDB构建体 1–458; UniProt 1–458

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2uwh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2uwh
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2uwh
沉积日期 deposition_date2007-03-21
结构标题 titleCytochrome P450 BM3 mutant in complex with palmitic acid
关键词 keywords;FATTY-ACID BINDING, MULTIFUNCTIONAL ENZYME, METAL-BINDING, OXIDOREDUCTASE, ELECTRON TRANSPORT, TRANSPORT, HYDROXYLASE, FLAVOPROTEIN, MONOOXYGENASE, FMN, FAD, NADP, IRON, HEME, REDOX, MEMBRANE, CYTOCHROME P450 BM3 MUTANT ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.01
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.32
零角强度 I(0) i01396400000.00
分子量 molecular_weight319290.0 kDa
排除体积 excluded_volume402700 ų
包络体积 envelope_volume540190 ų
水化壳体积 shell_volume92537 ų
包络直径 envelope_diameter159.4
壳层 Rg shell_rg53.71
包络 Rg envelope_rg46.36
形状 Rg shape_rg47.33
总 Rg total_rg47.55
总原子数 total_atoms22506
残基数 n_residues2748
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax153.5
Rg (实空间) rg_real47.71
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.06
I(0) (实空间) i0_real1.3960e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3500e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1397000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8877
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary65.1
偏度 Skewness skewness0.109
峰度 Kurtosis kurtosis-0.497
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha466500000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.901

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2uwha_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd2uwhb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd2uwhc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd2uwhd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd2uwhe_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd2uwhf_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2uwhA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id2uwhB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id2uwhC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id2uwhD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id2uwhE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id2uwhF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)