3c5w

Complex between PP2A-specific methylesterase PME-1 and PP2A core enzyme

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 111.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PP2A A subunit

Homo sapiens

UniProt P30153

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 9–46 链 A; UniProt 400–589 未记录 PP2A C subunit × 1 (P67775) PP2A-specific methylesterase PME-1 × 1 (Q9Y570) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;290 K;25% w/v PEG3350, 100 mM ammonium citrate, and 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 2.80 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2AAA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–42; UniProt 9–46 作者链 A; PDB构建体 43–232; UniProt 400–589

PP2A C subunit

Homo sapiens

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–309 未记录 PP2A A subunit × 1 (P30153) PP2A-specific methylesterase PME-1 × 1 (Q9Y570) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;290 K;25% w/v PEG3350, 100 mM ammonium citrate, and 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 2.80 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–310; UniProt 1–309

PP2A-specific methylesterase PME-1

Homo sapiens

UniProt Q9Y570

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 39–238 链 P; UniProt 284–386 未记录 PP2A A subunit × 1 (P30153) PP2A C subunit × 1 (P67775) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;290 K;25% w/v PEG3350, 100 mM ammonium citrate, and 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 2.80 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PPME1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 5–204; UniProt 39–238 作者链 P; PDB构建体 208–310; UniProt 284–386

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3c5w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3c5w
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3c5w
沉积日期 deposition_date2008-02-01
结构标题 titleComplex between PP2A-specific methylesterase PME-1 and PP2A core enzyme
关键词 keywordsmethylesterase, phosphatase, PP2A, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.77
零角强度 I(0) i0127325000.00
分子量 molecular_weight91616.0 kDa
排除体积 excluded_volume115160 ų
包络体积 envelope_volume142430 ų
水化壳体积 shell_volume37411 ų
包络直径 envelope_diameter115.1
壳层 Rg shell_rg38.31
包络 Rg envelope_rg33.18
形状 Rg shape_rg32.74
总 Rg total_rg33.27
总原子数 total_atoms6441
残基数 n_residues816
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax111.1
Rg (实空间) rg_real33.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94
I(0) (实空间) i0_real1.2730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal127300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8585
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary32.4
偏度 Skewness skewness0.482
峰度 Kurtosis kurtosis-0.331
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha34200000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.872; Smooth: 0.820

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3c5wc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3c5wA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3c5wC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id3c5wP00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)