3dw8

Structure of a Protein Phosphatase 2A Holoenzyme with B55 subunit

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 175.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P30153

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 9–589 片段:A delta 8: Residues 9-589 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform × 1 (P63151) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) microcystin LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;290 K;7-10% PEG 35000, 0.10-0.15 M Sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 2.85 Å R-free 0.285
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 9–589 片段:A delta 8: Residues 9-589 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform × 1 (P63151) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) microcystin LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;290 K;7-10% PEG 35000, 0.10-0.15 M Sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 2.85 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2AAA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–582; UniProt 9–589 作者链 D; PDB构建体 2–582; UniProt 9–589

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P63151

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–447 突变:I310V Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) microcystin LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;290 K;7-10% PEG 35000, 0.10-0.15 M Sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 2.85 Å R-free 0.285
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–447 突变:I310V Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) microcystin LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;290 K;7-10% PEG 35000, 0.10-0.15 M Sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 2.85 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2ABA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–447; UniProt 1–447 作者链 E; PDB构建体 1–447; UniProt 1–447

Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–309 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform × 1 (P63151) microcystin LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;290 K;7-10% PEG 35000, 0.10-0.15 M Sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 2.85 Å R-free 0.285
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–309 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform × 1 (P63151) microcystin LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;290 K;7-10% PEG 35000, 0.10-0.15 M Sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 2.85 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、60 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–309; UniProt 1–309 作者链 F; PDB构建体 1–309; UniProt 1–309

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3dw8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3dw8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3dw8
沉积日期 deposition_date2008-07-21
结构标题 titleStructure of a Protein Phosphatase 2A Holoenzyme with B55 subunit
关键词 keywords;holoenzyme, B55, PR55, WD repeat, Hydrolase, Iron, Manganese, Metal-binding, Methylation, Phosphoprotein, Protein phosphatase, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.87
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.49
零角强度 I(0) i01244360000.00
分子量 molecular_weight294950.0 kDa
排除体积 excluded_volume369240 ų
包络体积 envelope_volume549120 ų
水化壳体积 shell_volume86363 ų
包络直径 envelope_diameter173.5
壳层 Rg shell_rg56.40
包络 Rg envelope_rg51.17
形状 Rg shape_rg53.49
总 Rg total_rg53.56
总原子数 total_atoms20717
残基数 n_residues2586
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax175.1
Rg (实空间) rg_real53.76
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.89
I(0) (实空间) i0_real1.2440e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.94
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1245000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8890
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary66.4
偏度 Skewness skewness0.159
峰度 Kurtosis kurtosis-0.594
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36990000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.784

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd3dw8a2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.2 — HEAT repeat
结构域编号 domain_idd3dw8a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3dw8c_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase
结构域编号 domain_idd3dw8d2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.2 — HEAT repeat
结构域编号 domain_idd3dw8d3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3dw8f_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3dw8A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3dw8C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id3dw8D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3dw8F00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)