3k7w

Protein phosphatase 2A core complex bound to dinophysistoxin-2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P30153

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–589 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) SO4 SULFATE ION × 3 XT2 (2R)-2-hydroxy-3-[(2S,5R,6R,8S)-5-hydroxy-8-{(1R,2E)-3-[(2R,4a'R,5R,6'S,8'R,8a'S)-8'-hydroxy-6'-{(1S,3S)-1-hydroxy-3-[( 2S,6R,11S)-11-methyl-1,7-dioxaspiro[5.5]undec-2-yl]butyl}-7'-methylideneoctahydro-3H,3'H-spiro[furan-2,2'-pyrano[3,2-b]p yran]-5-yl]-1-methylprop-2-en-1-yl}-10-methyl-1,7-dioxaspiro[5.5]undec-10-en-2-yl]-2-methylpropanoic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;0.2 M LITHIUM SULFATE, 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-CL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.96 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2AAA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–589; UniProt 1–589

Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–309 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) SO4 SULFATE ION × 3 XT2 (2R)-2-hydroxy-3-[(2S,5R,6R,8S)-5-hydroxy-8-{(1R,2E)-3-[(2R,4a'R,5R,6'S,8'R,8a'S)-8'-hydroxy-6'-{(1S,3S)-1-hydroxy-3-[( 2S,6R,11S)-11-methyl-1,7-dioxaspiro[5.5]undec-2-yl]butyl}-7'-methylideneoctahydro-3H,3'H-spiro[furan-2,2'-pyrano[3,2-b]p yran]-5-yl]-1-methylprop-2-en-1-yl}-10-methyl-1,7-dioxaspiro[5.5]undec-10-en-2-yl]-2-methylpropanoic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;0.2 M LITHIUM SULFATE, 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-CL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.96 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–309; UniProt 1–309

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3k7w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3k7w
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3k7w
沉积日期 deposition_date2009-10-13
结构标题 titleProtein phosphatase 2A core complex bound to dinophysistoxin-2
关键词 keywords;PROTEIN-PROTEIN COMPLEX, HEAT REPEAT, SIGNALING PROTEIN, PHOSPHATASE, LIGAND SPECIFICITY, Acetylation, Polymorphism, Centromere, Cytoplasm, Cytoskeleton, Hydrolase, Iron, Manganese, Metal-binding, Methylation, Nucleus, Phosphoprotein, Protein phosphatase, SIGNALING PROTEIN-HYDROLASE complex ;; SIGNALING PROTEIN/HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.86
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.53
零角强度 I(0) i0145113000.00
分子量 molecular_weight98723.0 kDa
排除体积 excluded_volume123950 ų
包络体积 envelope_volume173230 ų
水化壳体积 shell_volume37180 ų
包络直径 envelope_diameter125.6
壳层 Rg shell_rg45.02
包络 Rg envelope_rg37.85
形状 Rg shape_rg39.56
总 Rg total_rg39.78
总原子数 total_atoms6923
残基数 n_residues869
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.4
Rg (实空间) rg_real39.98
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.17
I(0) (实空间) i0_real1.4510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal145100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8356
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.7
偏度 Skewness skewness0.184
峰度 Kurtosis kurtosis-0.855
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12140000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.808; Smooth: 0.542

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3k7wa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.2 — HEAT repeat
结构域编号 domain_idd3k7wc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3k7wA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3k7wC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)