3sv1

Crystal structure of APP peptide bound rat Mint2 PARM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amyloid beta A4 precursor protein-binding family A member 2

Rattus norvegicus

UniProt O35431

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 365–552 片段:PTB and ARM domains, residues 365-552 Amyloid beta A4 protein × 1 (P05067) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M HEPES, 36% PEG200, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 3.30 Å R-free 0.301
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 365–552 片段:PTB and ARM domains, residues 365-552 Amyloid beta A4 protein × 1 (P05067) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M HEPES, 36% PEG200, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 3.30 Å R-free 0.301
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 365–552 片段:PTB and ARM domains, residues 365-552 Amyloid beta A4 protein × 1 (P05067) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M HEPES, 36% PEG200, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 3.30 Å R-free 0.301

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 APBA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–190; UniProt 365–552 作者链 B; PDB构建体 3–190; UniProt 365–552 作者链 C; PDB构建体 3–190; UniProt 365–552

Amyloid beta A4 protein

物种未注明

UniProt P05067

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 754–767 片段:C-terminal peptide, residues 754-767 Amyloid beta A4 precursor protein-binding family A member 2 × 1 (O35431) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M HEPES, 36% PEG200, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 3.30 Å R-free 0.301
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 754–767 片段:C-terminal peptide, residues 754-767 Amyloid beta A4 precursor protein-binding family A member 2 × 1 (O35431) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M HEPES, 36% PEG200, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 3.30 Å R-free 0.301
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 754–767 片段:C-terminal peptide, residues 754-767 Amyloid beta A4 precursor protein-binding family A member 2 × 1 (O35431) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M HEPES, 36% PEG200, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 3.30 Å R-free 0.301

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 211 个其他 PDB 条目、280 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–14; UniProt 754–767 作者链 E; PDB构建体 1–14; UniProt 754–767 作者链 F; PDB构建体 1–14; UniProt 754–767

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3sv1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3sv1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3sv1
沉积日期 deposition_date2011-07-12
结构标题 titleCrystal structure of APP peptide bound rat Mint2 PARM
关键词 keywordsAPP binding, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.16
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.68
零角强度 I(0) i046629500.00
分子量 molecular_weight52605.0 kDa
排除体积 excluded_volume65520 ų
包络体积 envelope_volume92842 ų
水化壳体积 shell_volume26229 ų
包络直径 envelope_diameter112.2
壳层 Rg shell_rg35.97
包络 Rg envelope_rg31.27
形状 Rg shape_rg30.70
总 Rg total_rg31.12
总原子数 total_atoms3687
残基数 n_residues484
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.8
Rg (实空间) rg_real31.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.21
I(0) (实空间) i0_real4.6630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.4990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.27
I(0) (倒空间) i0_reciprocal46630000.0000
解质量估计 total_estimate0.7595
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary27.2
偏度 Skewness skewness0.378
峰度 Kurtosis kurtosis-0.602
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9455000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.758; Stabil: 0.987; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.635; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3sv1A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id3sv1B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id3sv1C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)