4igt

Crystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J) in complex with the agonist ZA302 at 1.24A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 413–527 链 A; UniProt 653–796 片段:Ligand-binding domain, UNP RESIDUES 413-527, 653-796 3ZA (4R)-4-{3-[hydroxy(methyl)amino]-3-oxopropyl}-L-glutamic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 6 LI LITHIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;280 K;15.2% PEG 4000, 0.1M Li2SO4, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K 分辨率 1.24 Å R-free 0.155

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 A; PDB构建体 120–263; UniProt 653–796

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4igt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4igt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4igt
沉积日期 deposition_date2012-12-18
结构标题 titleCrystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J) in complex with the agonist ZA302 at 1.24A resolution
关键词 keywordsAMPA receptor ligand-binding domain, GluR2-S1S2J, agonist, membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.11
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.97
零角强度 I(0) i016010700.00
分子量 molecular_weight30098.0 kDa
排除体积 excluded_volume37730 ų
包络体积 envelope_volume44520 ų
水化壳体积 shell_volume19473 ų
包络直径 envelope_diameter67.2
壳层 Rg shell_rg25.48
包络 Rg envelope_rg19.44
形状 Rg shape_rg18.93
总 Rg total_rg20.04
总原子数 total_atoms2103
残基数 n_residues263
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.2
Rg (实空间) rg_real20.03
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44
I(0) (实空间) i0_real1.6010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16010000.0000
解质量估计 total_estimate0.8781
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.4
偏度 Skewness skewness0.245
峰度 Kurtosis kurtosis-0.354
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3568000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.987

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4igta1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd4igta2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4igtA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id4igtA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)