4v4f

The structure of the trp RNA-binding attenuation protein (TRAP) bound to a RNA molecule containing UAGAU repeats

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 152.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS

UniProt Q9X6J6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 11 RNA 11 PDB 声明:22-meric(22) 与全部聚合物数一致 链 AA; UniProt 1–74 链 AB; UniProt 1–74 链 AC; UniProt 1–74 链 AD; UniProt 1–74 链 AE; UniProt 1–74 链 AF; UniProt 1–74 链 AG; UniProt 1–74 链 AH; UniProt 1–74 链 AI; UniProt 1–74 链 AJ; UniProt 1–74 链 AK; UniProt 1–74 未记录 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3' × 11 TRP TRYPTOPHAN × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8;0.2M K-GLUTAMATE, 50 MM TRIETHANOLAMINE PH8.0, 10MM MGCL2, 8-11% MONOMETHYL ETHER PEG 2000, +0.4M KCL AT END, pH 8.00 分辨率 1.90 Å R-free 0.236
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 AL; UniProt 1–74 链 AM; UniProt 1–74 链 AN; UniProt 1–74 链 AO; UniProt 1–74 链 AP; UniProt 1–74 链 AQ; UniProt 1–74 链 AR; UniProt 1–74 链 AS; UniProt 1–74 链 AT; UniProt 1–74 链 AU; UniProt 1–74 链 AV; UniProt 1–74 未记录 TRP TRYPTOPHAN × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8;0.2M K-GLUTAMATE, 50 MM TRIETHANOLAMINE PH8.0, 10MM MGCL2, 8-11% MONOMETHYL ETHER PEG 2000, +0.4M KCL AT END, pH 8.00 分辨率 1.90 Å R-free 0.236
3 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 11 RNA 11 PDB 声明:22-meric(22) 与全部聚合物数一致 链 BA; UniProt 1–74 链 BB; UniProt 1–74 链 BC; UniProt 1–74 链 BD; UniProt 1–74 链 BE; UniProt 1–74 链 BF; UniProt 1–74 链 BG; UniProt 1–74 链 BH; UniProt 1–74 链 BI; UniProt 1–74 链 BJ; UniProt 1–74 链 BK; UniProt 1–74 未记录 5'-R(*UP*AP*GP*AP*UP)-3' × 11 TRP TRYPTOPHAN × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8;0.2M K-GLUTAMATE, 50 MM TRIETHANOLAMINE PH8.0, 10MM MGCL2, 8-11% MONOMETHYL ETHER PEG 2000, +0.4M KCL AT END, pH 8.00 分辨率 1.90 Å R-free 0.236
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 BL; UniProt 1–74 链 BM; UniProt 1–74 链 BN; UniProt 1–74 链 BO; UniProt 1–74 链 BP; UniProt 1–74 链 BQ; UniProt 1–74 链 BR; UniProt 1–74 链 BS; UniProt 1–74 链 BT; UniProt 1–74 链 BU; UniProt 1–74 链 BV; UniProt 1–74 未记录 TRP TRYPTOPHAN × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8;0.2M K-GLUTAMATE, 50 MM TRIETHANOLAMINE PH8.0, 10MM MGCL2, 8-11% MONOMETHYL ETHER PEG 2000, +0.4M KCL AT END, pH 8.00 分辨率 1.90 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTRB_BACST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 AA; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AB; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AC; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AD; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AE; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AF; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AG; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AH; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AI; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AJ; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AK; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AL; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AM; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AN; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AO; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AP; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AQ; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AR; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AS; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AT; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AU; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 AV; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BA; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BB; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BC; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BD; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BE; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BF; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BG; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BH; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BI; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BJ; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BK; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BL; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BM; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BN; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BO; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BP; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BQ; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BR; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BS; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BT; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BU; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 BV; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4v4f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4v4f
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4v4f
沉积日期 deposition_date2003-12-08
结构标题 titleThe structure of the trp RNA-binding attenuation protein (TRAP) bound to a RNA molecule containing UAGAU repeats
关键词 keywordsRNA BINDING PROTEIN, TRANSCRIPTION ATTENUATION, RNA-BINDING PROTEIN, TRP RNA; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.29
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.46
零角强度 I(0) i02129180000.00
分子量 molecular_weight365140.0 kDa
排除体积 excluded_volume449660 ų
包络体积 envelope_volume598540 ų
水化壳体积 shell_volume103060 ų
包络直径 envelope_diameter151.6
壳层 Rg shell_rg53.65
包络 Rg envelope_rg46.04
形状 Rg shape_rg47.47
总 Rg total_rg47.67
总原子数 total_atoms25720
残基数 n_residues3155
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax152.7
Rg (实空间) rg_real48.17
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.01
I(0) (实空间) i0_real2.1290e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.29
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2129000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8468
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary55.5
偏度 Skewness skewness0.325
峰度 Kurtosis kurtosis-0.345
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha199900000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.420

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)