5cll

Truncated Ran wild type in complex with GDP-BeF and RanBD1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 99.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding nuclear protein Ran

Homo sapiens

UniProt P62826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–191 未记录 E3 SUMO-protein ligase RanBP2 × 1 (P49792) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.25;291 K;18 % PEG 4000, 250 mM ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.25, 1 mM BeF 分辨率 2.45 Å R-free 0.272
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–191 未记录 E3 SUMO-protein ligase RanBP2 × 1 (P49792) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.25;291 K;18 % PEG 4000, 250 mM ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.25, 1 mM BeF 分辨率 2.45 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、202 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAN_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–191; UniProt 1–191 作者链 C; PDB构建体 1–191; UniProt 1–191

E3 SUMO-protein ligase RanBP2

Homo sapiens

UniProt P49792

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1155–1321 片段:Ran binding domain 1, residues 1155-1321 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.25;291 K;18 % PEG 4000, 250 mM ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.25, 1 mM BeF 分辨率 2.45 Å R-free 0.272
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1155–1321 片段:Ran binding domain 1, residues 1155-1321 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.25;291 K;18 % PEG 4000, 250 mM ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.25, 1 mM BeF 分辨率 2.45 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、67 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–167; UniProt 1155–1321 作者链 D; PDB构建体 1–167; UniProt 1155–1321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5cll

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5cll
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5cll
沉积日期 deposition_date2015-07-16
结构标题 titleTruncated Ran wild type in complex with GDP-BeF and RanBD1
关键词 keywordsGTPase, nuclear transport, hydrolase, Ran binding protein; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.82
零角强度 I(0) i084645500.00
分子量 molecular_weight74246.0 kDa
排除体积 excluded_volume93682 ų
包络体积 envelope_volume123130 ų
水化壳体积 shell_volume33588 ų
包络直径 envelope_diameter100.9
壳层 Rg shell_rg37.79
包络 Rg envelope_rg30.20
形状 Rg shape_rg30.80
总 Rg total_rg31.54
总原子数 total_atoms5234
残基数 n_residues636
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax99.3
Rg (实空间) rg_real31.50
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.08
I(0) (实空间) i0_real8.4650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal84650000.0000
解质量估计 total_estimate0.9096
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.7
偏度 Skewness skewness0.169
峰度 Kurtosis kurtosis-0.729
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14820000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.957

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5clla_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd5cllb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5cllc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd5clld_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5cllA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5cllB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id5cllC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5cllD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)