5gxw

Importin and NuMA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Importin subunit alpha-1

Mus musculus

UniProt P52293

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 70–497 片段:UNP residues 70-497 Peptide from Nuclear mitotic apparatus protein 1 × 1 (Q14980) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1M KCl, 0.8M ammonium sulfate, 100mM Hepes, pH 7.0 分辨率 2.39 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 150 个其他 PDB 条目、151 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IMA1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–428; UniProt 70–497

Peptide from Nuclear mitotic apparatus protein 1

Homo sapiens

UniProt Q14980

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1984–2010 片段:UNP residues 1984-2010 Importin subunit alpha-1 × 1 (P52293) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1M KCl, 0.8M ammonium sulfate, 100mM Hepes, pH 7.0 分辨率 2.39 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUMA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–27; UniProt 1984–2010

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5gxw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5gxw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5gxw
沉积日期 deposition_date2016-09-20
结构标题 titleImportin and NuMA complex
关键词 keywordsImportin NuMA complex, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.99
零角强度 I(0) i038291700.00
分子量 molecular_weight49392.0 kDa
排除体积 excluded_volume62354 ų
包络体积 envelope_volume76037 ų
水化壳体积 shell_volume24527 ų
包络直径 envelope_diameter101.2
壳层 Rg shell_rg32.89
包络 Rg envelope_rg28.22
形状 Rg shape_rg27.99
总 Rg total_rg28.49
总原子数 total_atoms3476
残基数 n_residues455
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.0
Rg (实空间) rg_real28.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.90
I(0) (实空间) i0_real3.8290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal38290000.0000
解质量估计 total_estimate0.6146
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.5
偏度 Skewness skewness0.569
峰度 Kurtosis kurtosis-0.344
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18200000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.636; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.537; Smooth: 0.814

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5gxwa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.1 — Armadillo repeat

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5gxwA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)