5jtd

Crystal structure of the Ru(bpy)2PhenA functionalized P450 BM3 L407C heme domain mutant in complex with DMSO.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 100.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

Bacillus megaterium

UniProt P14779

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–464 链 B; UniProt 2–464 突变:L407C HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 RU8 bis(2,2'-bipyridine-kappa~2~N~1~,N~1'~)[2-iodo-N-(1,10-phenanthrolin-5-yl-kappa~2~N~1~,N~10~)acetamide]ruthenium(2+) × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;150 mM MgCl2, 125 mM Na-MOPS, 20% PEG 3350, cryo: 30% glycerol 分辨率 1.50 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 168 个其他 PDB 条目、311 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXB_BACMB
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–463; UniProt 2–464 作者链 B; PDB构建体 1–463; UniProt 2–464

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5jtd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5jtd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5jtd
沉积日期 deposition_date2016-05-09
结构标题 titleCrystal structure of the Ru(bpy)2PhenA functionalized P450 BM3 L407C heme domain mutant in complex with DMSO.
关键词 keywordshybrid P450 BM3 enzymes, electron transfer, photosensitizer, photocatalytic activity, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.83
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.85
零角强度 I(0) i0175379000.00
分子量 molecular_weight107420.0 kDa
排除体积 excluded_volume134980 ų
包络体积 envelope_volume163440 ų
水化壳体积 shell_volume43243 ų
包络直径 envelope_diameter107.8
壳层 Rg shell_rg38.79
包络 Rg envelope_rg30.97
形状 Rg shape_rg30.86
总 Rg total_rg31.46
总原子数 total_atoms7556
残基数 n_residues916
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.2
Rg (实空间) rg_real31.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real1.7540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.80
I(0) (倒空间) i0_reciprocal175400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8963
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.1
偏度 Skewness skewness0.312
峰度 Kurtosis kurtosis-0.427
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha51910000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.888

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5jtda_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5jtdb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5jtdA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5jtdB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)