5t7b

Argonaute-2 - 5'-(E)-vinylphosphonate 2'-O-methyl-uridine modified mrTTR guide RNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein argonaute-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–859	未记录	RNA (UVP)UAUAGAGCAAGAACACUGUU × 1 IPH PHENOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；290 K；100 mM Tris pH=9.0, 10% PEG 3350 (w/v), 8% 2-propanol (v/v), 0.12 M phenol	分辨率 2.53 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5T7B	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10BE Human AGO2 bound to a miR-20a guide and a position 10-11 mismatched target 提交 2026-01-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.02 Å
11GI Human Argonaute2 WT - guide(3 prime-amino) RNA in complex with a fully complementary target 提交 2026-02-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D, S824A, S828D, S831D, S834A	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
11GJ Human Argonaute2 R315V/H316A - guide10U RNA in complex with a complementary target to position 19 提交 2026-02-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：R315V, H316A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
11GK Human Argonaute2 R315V/H316A - guide RNA in complex with a fully complementary target (conformation 2) 提交 2026-02-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：R315V, H316A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
3LUC Crystal structure of MID domain from hAGO2 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.69 Å R-free 0.209
3LUC Crystal structure of MID domain from hAGO2 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.69 Å R-free 0.209
3LUC Crystal structure of MID domain from hAGO2 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.69 Å R-free 0.209
3LUD Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with AMP 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
3LUD Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with AMP 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
3LUD Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with AMP 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
3LUG Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with CMP 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 C5P CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.85 Å R-free 0.225
3LUG Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with CMP 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 C5P CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.85 Å R-free 0.225
3LUG Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with CMP 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 C5P CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.85 Å R-free 0.225
3LUH Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with GMP 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
3LUH Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with GMP 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
3LUH Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with GMP 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
3LUJ Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with UMP 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
3LUJ Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with UMP 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
3LUJ Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with UMP 提交 2010-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 439–575（137 aa）片段：MID domain	未记录	U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
3LUK Crystal structure of MID domain from hAGO2 提交 2010-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 439–575（137 aa）片段：MID domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.232
3LUK Crystal structure of MID domain from hAGO2 提交 2010-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 439–575（137 aa）片段：MID domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.232
3LUK Crystal structure of MID domain from hAGO2 提交 2010-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 439–575（137 aa）片段：MID domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.232
3QX8 Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with m7GpppG 提交 2011-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 439–575（137 aa）片段：unp residues 439-575	未记录	GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
3QX8 Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with m7GpppG 提交 2011-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 439–575（137 aa）片段：unp residues 439-575	未记录	GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
3QX8 Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with m7GpppG 提交 2011-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 439–575（137 aa）片段：unp residues 439-575	未记录	GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
3QX9 Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with ATP 提交 2011-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 439–575（137 aa）片段：unp residues 439-575	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
3QX9 Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with ATP 提交 2011-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 439–575（137 aa）片段：unp residues 439-575	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
3QX9 Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with ATP 提交 2011-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 439–575（137 aa）片段：unp residues 439-575	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
4F3T Human Argonaute-2 - miR-20a complex 提交 2012-05-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–859（859 aa）	未记录	IPH PHENOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；290 K；microseeding in 100 mM Tris pH=9.0, 10% PEG 3350 (w/v), 8% 2-propanol (v/v), 0.12 M phenol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.25 Å R-free 0.254
4OLA Crystal Structure of Human Argonaute2 提交 2014-01-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	IPH PHENOL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；16% PEG3350, 12% isopropanol, 0.1 M phenol, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.253
4OLB Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to Tryptophan 提交 2014-01-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；16% PEG3350, 12% isopropanol, saturated L-tryptophan, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
4W5N The Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to a Defined Guide RNA 提交 2014-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	IPH PHENOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；PEG, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium	分辨率 2.90 Å R-free 0.253
4W5O The Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to a Guide and Target RNA Containing Seed Pairing from 2-9 提交 2014-08-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 IPH PHENOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium	分辨率 1.80 Å R-free 0.197
4W5Q The Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to a Guide and Target RNA Containing Seed Pairing from 2-8 提交 2014-08-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	MG MAGNESIUM ION × 3 IPH PHENOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；PEG 3350, Isopropanol, Phenol, Tris, Magnesium	分辨率 3.10 Å R-free 0.233
4W5R The Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to a Guide and Target RNA Containing Seed Pairing from 2-8 (Long Target) 提交 2014-08-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 IPH PHENOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Isopropanol, Tris, Phenol, Magnesium	分辨率 2.50 Å R-free 0.234
4W5T The Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to a Guide and Target RNA Containing Seed Pairing from 2-7 提交 2014-08-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	MG MAGNESIUM ION × 2 IPH PHENOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Isopropanol, Phenol, Tris, Magnesium	分辨率 2.50 Å R-free 0.215
4Z4C Human Argonaute2 Bound to t1-C Target RNA 提交 2015-04-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	MG MAGNESIUM ION × 3 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 IPH PHENOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium	分辨率 2.30 Å R-free 0.219
4Z4D Human Argonaute2 Bound to t1-G Target RNA 提交 2015-04-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	MG MAGNESIUM ION × 3 IPH PHENOL × 4 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium	分辨率 1.60 Å R-free 0.189
4Z4E Human Argonaute2 Bound to t1-U Target RNA 提交 2015-04-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	MG MAGNESIUM ION × 3 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 IPH PHENOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium	分辨率 1.80 Å R-free 0.185
4Z4F Human Argonaute2 Bound to t1-DAP Target RNA 提交 2015-04-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	MG MAGNESIUM ION × 3 IPH PHENOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium	分辨率 2.80 Å R-free 0.233
4Z4G Human Argonaute2 Bound to t1-Inosine Target RNA 提交 2015-04-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	MG MAGNESIUM ION × 3 IPH PHENOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium	分辨率 2.70 Å R-free 0.224
4Z4H Human Argonaute2 A481T Mutant Bound to t1-A Target RNA 提交 2015-04-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D A481T	MG MAGNESIUM ION × 3 IPH PHENOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium	分辨率 2.50 Å R-free 0.211
4Z4I Human Argonaute2 A481T Mutant Bound to t1-G Target RNA 提交 2015-04-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D A481T	MG MAGNESIUM ION × 3 IPH PHENOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tris, Isopropanol, Phenol, Magnesium	分辨率 2.80 Å R-free 0.233
5JS1 Human Argonaute2 Bound to an siRNA 提交 2016-05-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	IPH PHENOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；16% PEG 3350, 50mM Phenol, 10% Isopropanol, 5mM Magnesium Chloride, 100mM Tris	分辨率 2.50 Å R-free 0.247
5JS2 Human Argonaute-2 Bound to a Modified siRNA 提交 2016-05-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	IPH PHENOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；12% PEG 3350, 75mM Phenol, 12% Isopropanol, 100mM Tris	分辨率 2.95 Å R-free 0.261
5KI6 Human Argonaute-2 bound to a guide RNA with a nucleobase modification at position 1 提交 2016-06-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–859（859 aa）	未记录	IPH PHENOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 3350, Phenol, Tris, Spermine, Isopropanol	分辨率 2.15 Å R-free 0.270
5WEA Human Argonaute2 Helix-7 Mutant 提交 2017-07-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：M364A, I365A, S387D	IPH PHENOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12% PEG 3350, 0.1 M phenol, 12% isopropanol, 0.1 M tris, pH 9.0	分辨率 3.12 Å R-free 0.282
6CBD Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to Three Tryptophans 提交 2018-02-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D	TRP TRYPTOPHAN × 3 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；14% PEG 3350, 0.1 M Tris pH 8.2, 12% Isopropanol, 10 mM MgCl2, L-tryptophan to saturation	分辨率 2.20 Å R-free 0.215
6MDZ Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with two central mismatches (bu2) 提交 2018-09-05	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D, D669A, D824A, S828D, S831D, S834A	IPH PHENOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol	分辨率 3.40 Å R-free 0.264
6MDZ Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with two central mismatches (bu2) 提交 2018-09-05	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–859（859 aa）	突变：S387D, D669A, D824A, S828D, S831D, S834A	IPH PHENOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol	分辨率 3.40 Å R-free 0.264
6MFN Human Argonaute2-miR-27a bound to HSUR1 target RNA 提交 2018-09-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：D669A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A	IPH PHENOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50 mM Tris, pH 8.0, 20 mM magnesium chloride, 75 mM phenol	分辨率 2.50 Å R-free 0.247
6MFR Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with three central mismatches (bu3) 提交 2018-09-12	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：D669A, S387D, S824A, S828D, s831D, S834A	IPH PHENOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol	分辨率 3.60 Å R-free 0.283
6MFR Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with three central mismatches (bu3) 提交 2018-09-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–859（859 aa）	突变：D669A, S387D, S824A, S828D, s831D, S834A	IPH PHENOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol	分辨率 3.60 Å R-free 0.283
6N4O Human Argonaute2-miR-122 bound to a seed and supplementary paired target 提交 2018-11-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：D669A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；26% MPD, 5% PEG 3350, 50 mM imidazole pH 8	分辨率 2.90 Å R-free 0.257
6NIT Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with four central mismatches (bu4) 提交 2018-12-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：D669A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol	分辨率 3.80 Å R-free 0.294
6NIT Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with four central mismatches (bu4) 提交 2018-12-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–859（859 aa）	突变：D669A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol	分辨率 3.80 Å R-free 0.294
6RA4 Human ARGONAUTE-2 PAZ DOMAIN (214-347) IN COMPLEX WITH CGUGACUCU 提交 2019-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 222–355（134 aa）链 B 222–355（134 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；Drop was a 1:1 mix of protein stock (9.4MG/ML HAGO2 PAZ [214 TO 347] IN 100MM POTASSIUM CHLORIDE, 10MM DTT, 5MM HEPES/KOH PH 7.6, WITH A 1.1-FOLD EXCESS OF OLIGONUCLEOTIDE ADDED FROM A 1.75MM STOCK SOLUTION IN 100MM POTASSIUM CHLORIDE, 10MM DTT, 5MM HEPES) and reservoir solution (0.2M sodium CHLORIDE 20% PEG 3,350)	分辨率 1.90 Å R-free 0.268
7C6B Crystal structure of Ago2 MID domain in complex with 6-(3-(2-carboxyethyl)phenyl)purine riboside monophosphate 提交 2020-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 440–578（139 aa）	未记录	K2R 3-[3-[9-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]purin-6-yl]phenyl]propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1M imidazole pH8.0, 0.2M NaCl, 0.46M NaH2PO4, 1.84M K2HPO4	分辨率 1.70 Å R-free 0.229
7C6B Crystal structure of Ago2 MID domain in complex with 6-(3-(2-carboxyethyl)phenyl)purine riboside monophosphate 提交 2020-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 440–578（139 aa）	未记录	K2R 3-[3-[9-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]purin-6-yl]phenyl]propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1M imidazole pH8.0, 0.2M NaCl, 0.46M NaH2PO4, 1.84M K2HPO4	分辨率 1.70 Å R-free 0.229
7C6B Crystal structure of Ago2 MID domain in complex with 6-(3-(2-carboxyethyl)phenyl)purine riboside monophosphate 提交 2020-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 440–578（139 aa）	未记录	K2R 3-[3-[9-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]purin-6-yl]phenyl]propanoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1M imidazole pH8.0, 0.2M NaCl, 0.46M NaH2PO4, 1.84M K2HPO4	分辨率 1.70 Å R-free 0.229
7D7U Crystal structure of Ago2 MID domain in complex with 8-Br-adenosin-5'-monophosphate 提交 2020-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 440–578（139 aa）片段：MID domain	未记录	8BR 8-BROMO-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1M imidazole pH8.0, 0.2M NaCl, 0.46M NaH2PO4, 1.84M K2HPO4	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
7D7U Crystal structure of Ago2 MID domain in complex with 8-Br-adenosin-5'-monophosphate 提交 2020-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 440–578（139 aa）片段：MID domain	未记录	8BR 8-BROMO-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1M imidazole pH8.0, 0.2M NaCl, 0.46M NaH2PO4, 1.84M K2HPO4	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
7D7U Crystal structure of Ago2 MID domain in complex with 8-Br-adenosin-5'-monophosphate 提交 2020-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 440–578（139 aa）片段：MID domain	未记录	8BR 8-BROMO-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1M imidazole pH8.0, 0.2M NaCl, 0.46M NaH2PO4, 1.84M K2HPO4	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
7KI3 Human Argonaute2:miR-122 bound to the HCV genotype 1a site-1 RNA 提交 2020-10-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D, S824A, S828D, S831D, S834A	BA BARIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG8000, barium chloride, Tris-HCl	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
7KI3 Human Argonaute2:miR-122 bound to the HCV genotype 1a site-1 RNA 提交 2020-10-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 1–859（859 aa）	突变：S387D, S824A, S828D, S831D, S834A	BA BARIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG8000, barium chloride, Tris-HCl	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
8D6J Human Ago2 bound to miR122(21nt) with PIWI loop swapped to AtAgo10 sequence 提交 2022-06-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–859（859 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1M Tris 8, 0.01 MgCl2, 0.1M Phenol,15% PEG 3350, 10% Isoproponal.	分辨率 2.50 Å R-free 0.284
8D71 Human Ago2 bound to miR122(21nt) 提交 2022-06-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–859（859 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1M Tris 8, 0.01 MgCl2, 0.1M Phenol,15% PEG 3350, 10% Isoproponal	分辨率 2.50 Å R-free 0.280
8THQ Nonamer RNA bound to hAgo2-PAZ 提交 2023-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 227–352（126 aa）片段：PAZ domain 链 B 227–352（126 aa）片段：PAZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 30% v/v Jeffamine ED-2001	分辨率 2.41 Å R-free 0.284
9BEZ MID domain of human Argo2 bound to RNA 提交 2024-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 440–575（136 aa）链 B 440–575（136 aa）链 C 440–575（136 aa）	未记录	A1ANT [(3~{S},4~{R},5~{R})-5-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-4-oxidanyl-oxolan-3-yl] [oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl] hydrogen phosphate × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；Drops were equal volumes of 15 mg/ml protein and 2.1M DL-Malic acid. The reservoir was 2.1M DL-Malic acid. Using MRC drop plates.	分辨率 1.90 Å R-free 0.288
9BF0 MID domain of human Argo2 bound to UTP 提交 2024-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 442–575（134 aa）链 B 442–575（134 aa）链 C 442–575（134 aa）	未记录	UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；drop was 1:1 15 mg/ml protein with RNA: 1.4 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.78 Å R-free 0.234
9BF2 MID domain of Ago2 bound to UMP 提交 2024-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 440–575（136 aa）链 B 440–575（136 aa）链 C 440–575（136 aa）	未记录	U URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；Drop was 1:1 15 mg/ml MID-UMP and 1.4M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M HEPES pH7.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.187
9CMP Structure of human Argonaute2-guide-target complex in a fully paired, slicing-competent conformation 提交 2024-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–859（858 aa）	突变：D669A	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9DHX human Argonaute2 R315V/H316A - guide RNA in complex with a fully complementary target 提交 2024-09-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：R315V, H316A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9K6P Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (12-nt) 提交 2024-10-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：D669A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9K6Q "Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (14-nt, sesqui-lobed) 提交 2024-10-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：D669A	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9K6R Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (14-nt, uni-lobed) 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 20–859（840 aa）	突变：D669A	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9K6S Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (19-nt) 提交 2024-10-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：D669A	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9K6T Cryo-EM Structure of hAGO2D669A-siRNA-target (21-nt) 提交 2024-10-22	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9LMZ hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 440–574（135 aa）	未记录	A1EY1 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[2,3-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 1.80 Å R-free 0.206
9LMZ hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 440–574（135 aa）	未记录	A1EY1 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[2,3-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 ECC (4S)-4-amino-5-hydroxypentanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 1.80 Å R-free 0.206
9LMZ hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 440–574（135 aa）	未记录	A1EY1 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[2,3-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 1.80 Å R-free 0.206
9LSN hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 440–574（135 aa）	未记录	A1EL7 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[3,2-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 1.75 Å R-free 0.218
9LSN hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 440–574（135 aa）	未记录	A1EL7 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[3,2-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 1.75 Å R-free 0.218
9LSN hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 440–574（135 aa）	未记录	A1EL7 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[3,2-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 1.75 Å R-free 0.218
9LSO hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 440–574（135 aa）	未记录	A1EL8 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.13 Å R-free 0.241
9LSO hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 440–574（135 aa）	未记录	A1EL8 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.13 Å R-free 0.241
9LSO hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate 提交 2025-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 440–574（135 aa）	未记录	A1EL8 [(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 ECC (4S)-4-amino-5-hydroxypentanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.25M Ammonium sulfate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.13 Å R-free 0.241
9OBD Crystal structure of human Argonaute2 in complex with a fully modified siRNA with a 5'-phenylpropargyl phosphate 提交 2025-04-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–859（859 aa）	突变：S387D S824A S828D S831D S834A	MG MAGNESIUM ION × 1 IPH PHENOL × 3 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Tris-HCl pH8, 2-propanol, phenol	分辨率 2.02 Å R-free 0.267
9OBE Crystal structure of human Argonaute2 in complex with a fully modified siRNA with a 5'-phenylpropyl phosphate 提交 2025-04-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–859（859 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 IPH PHENOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, Tris-HCl pH8, 2-propanol, phenol	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
9RWZ ZSWIM8-CUL3 complex bound to AGO2-miR-7-CYRANO 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 A 2–859（858 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8；25 mM HEPES, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP, pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å
9W5I AGO maturation complex (AMC): AGO2-miRNA duplex in complex with Hsp90 beta and co-chaperone p23 提交 2025-08-01	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 D 1–859（859 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
9YM9 Structure of AGO2 primary RISC (pri-RISC) 提交 2025-10-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.79 Å
9YMA Structure of AGO2 vise-RISC 提交 2025-10-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.87 Å
9YMB Structure of AGO2 wedging RISC (wedg-RISC) 提交 2025-10-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.77 Å
9YMC Structure of AGO2 passenger-ejecting RISC (ej-RISC) 提交 2025-10-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–859（859 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.28 Å
9YMD Structure of AGO2 mature RISC (mat-RISC) 提交 2025-10-09	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–859（859 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.45 Å

共 66 个其他 PDB 条目、96 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AGO2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–861； UniProt 1–859

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5t7b
沉积日期 deposition_date	2016-09-02
结构标题 title	Argonaute-2 - 5'-(E)-vinylphosphonate 2'-O-methyl-uridine modified mrTTR guide RNA complex
关键词 keywords	RNAi, HYDROLASE-RNA complex; HYDROLASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.22 Å
零角强度 I(0) i0	149379000.00
分子量 molecular_weight	95388.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118880 Å³
包络体积 envelope_volume	152230 Å³
水化壳体积 shell_volume	41711 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.2 Å
壳层 Rg shell_rg	37.61 Å
包络 Rg envelope_rg	30.12 Å
形状 Rg shape_rg	30.21 Å
总 Rg total_rg	30.90 Å
总原子数 total_atoms	6705
残基数 n_residues	812
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	149400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8991
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.268
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.433
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	35680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.963

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA (UVP)UAUAGAGCAAGAACACUGUU
分子量 formula_weight	6733.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	6714

XUAUAGAGCAAGAACACUGUU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein argonaute-2
分子量 formula_weight	97476.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GAMYSGAGPALAPPAPPPPIQGYAFKPPPRPDFGTSGRTIKLQANFFEMDIPKIDIYHYELDIKPEKCPRRVNREIVEHMVQHFKTQIFGDRKPVFDGRKNLYTAMPLPIGRDKVELEVTLPGEGKDRIFKVSIKWVSCVSLQALHDALSGRLPSVPFETIQALDVVMRHLPSMRYTPVGRSFFTASEGCSNPLGGGREVWFGFHQSVRPSLWKMMLNIDVSATAFYKAQPVIEFVCEVLDFKSIEEQQKPLTDSQRVKFTKEIKGLKVEITHCGQMKRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQQESGQTVECTVAQYFKDRHKLVLRYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIRATARSAPDRQEEISKLMRSASFNTDPYVREFGIMVKDEMTDVTGRVLQPPSILYGGRNKAIATPVQGVWDMRNKQFHTGIEIKVWAIACFAPQRQCTEVHLKSFTEQLRKISRDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYAGLQLVVVILPGKTPVYAEVKRVGDTVLGMATQCVQMKNVQRTTPQTLSNLCLKINVKLGGVNNILLPQGRPPVFQQPVIFLGANVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPNRYCATVRVQQHRQEIIQDLAAMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRNGVSEGQFQQVLHHELLAIREACIKLEKDYQPGITFIVVQKRHHTRLFCTDKNERVGKSGNIPAGTTVDTKITHPTEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNRFSSDELQILTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHTSGQSNGRDHQALAKAVQVHQDTLRTMYFA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHENOL
分子量 formula_weight	94.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5t7bA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	260 — paz domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — paz domain

结构域编号 domain_id	5t7bA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5t7bA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	63.207 Å
晶胞边长 b length_b	108.306 Å
晶胞边长 c length_c	68.821 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.529 Å
最低分辨率 resolution_low	65.946 Å
R 因子 r_factor	0.1957
R_work r_work	0.1935
R_free r_free	0.2383

fit	/app/data/saxs_computation/t7/5t7b/5t7b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t7/5t7b/5t7b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t7/5t7b/5t7b.dat

Argonaute-2 - 5'-(E)-vinylphosphonate 2'-O-methyl-uridine modified mrTTR guide RNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein argonaute-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)