9lmz

hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lmz
沉积日期 deposition_date	2025-01-20
最后修订 last_revision	2026-01-28
结构标题 title	hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate
关键词 keywords	Argonaute, chemical modification, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.18 Å
零角强度 I(0) i0	70432800.00
分子量 molecular_weight	43111.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41283 Å³
包络体积 envelope_volume	71586 Å³
水化壳体积 shell_volume	25120 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.9 Å
壳层 Rg shell_rg	30.74 Å
包络 Rg envelope_rg	23.92 Å
形状 Rg shape_rg	24.19 Å
总 Rg total_rg	24.73 Å
总原子数 total_atoms	3240
残基数 n_residues	407
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.7 Å
Rg (实空间) rg_real	25.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	70430000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6825
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.286
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.418
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	5.6200
最高正则化参数 α highest_alpha	12400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 0.912; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.418

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein argonaute-2
分子量 formula_weight	15266.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	3573

KQFHTGIEIKVWAIACFAPQRQCTEVHLKSFTEQLRKISRDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYAGLQLVVVILPGKTPVYAEVKRVGDTVLGMATQCVQMKNVQRTTPQTLSNLCLKINVKLGGVQQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	[(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)thieno[2,3-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	380.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-4-amino-5-hydroxypentanamide
分子量 formula_weight	132.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	333

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	40.561 Å
晶胞边长 b length_b	46.536 Å
晶胞边长 c length_c	66.277 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	86.95 °
晶胞夹角 β angle_beta	73.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	85.04 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	46.340 Å
R 因子 r_factor	0.1760
R_work r_work	0.1745
R_free r_free	0.2061

fit	/app/data/saxs_computation/lm/9lmz/9lmz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lm/9lmz/9lmz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lm/9lmz/9lmz.dat

hAGO2-MID in complex with a chemical modified uridine monophosphate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction