5uwh

Crystal Structure of Paxillin NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding nuclear protein Ran

Homo sapiens

UniProt P62826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–216 未记录 Ran-specific GTPase-activating protein 1 × 1 (P41920) Exportin-1 × 1 (P30822) Paxillin × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;295 K;16% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.4, 200 mM ammonium nitrate, 20 mM HCl 分辨率 2.26 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、203 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAN_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 22–237; UniProt 1–216

Ran-specific GTPase-activating protein 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P41920

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 62–201 未记录 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) Exportin-1 × 1 (P30822) Paxillin × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;295 K;16% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.4, 200 mM ammonium nitrate, 20 mM HCl 分辨率 2.26 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 65 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YRB1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–143; UniProt 62–201

Exportin-1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P30822

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–376 链 C; UniProt 414–1058 未记录 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) Ran-specific GTPase-activating protein 1 × 1 (P41920) Paxillin × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;295 K;16% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.4, 200 mM ammonium nitrate, 20 mM HCl 分辨率 2.26 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 69 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XPO1_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–379; UniProt 1–376 作者链 C; PDB构建体 380–1024; UniProt 414–1058

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5uwh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5uwh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5uwh
沉积日期 deposition_date2017-02-21
结构标题 titleCrystal Structure of Paxillin NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1
关键词 keywordsHEAT repeat, NES, nuclear export, Karyopherin, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.66
零角强度 I(0) i0346117000.00
分子量 molecular_weight155150.0 kDa
排除体积 excluded_volume196100 ų
包络体积 envelope_volume256560 ų
水化壳体积 shell_volume57844 ų
包络直径 envelope_diameter122.3
壳层 Rg shell_rg43.97
包络 Rg envelope_rg34.93
形状 Rg shape_rg35.66
总 Rg total_rg36.22
总原子数 total_atoms21886
残基数 n_residues1346
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.4
Rg (实空间) rg_real36.24
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60
I(0) (实空间) i0_real3.4610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal346200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9071
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.8
偏度 Skewness skewness0.037
峰度 Kurtosis kurtosis-0.596
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha43640000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.953

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5uwha_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd5uwhb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5uwhA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5uwhB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)