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5vox

Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 277.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A

物种未注明

UniProt P17255

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–283 链 A； UniProt 738–1071 链 C； UniProt 1–283 链 C； UniProt 738–1071 链 E； UniProt 1–283 链 E； UniProt 738–1071 未记录 V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DFA CRYSTAL STRUCTURE OF PI-SCEI IN C2 SPACE GROUP 提交 1999-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 284–737（454 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；323 K；20% PEG 3350, 100MM TRIS-HCL, 100MM KCL, 200MM MGCL2, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 323.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.280
1GPP Crystal structure of the S.cerevisiae Homing Endonuclease PI-SceI Domain I 提交 2001-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 284–466（183 aa） 片段：PROTEIN SPLICING DOMAIN, RESIDUES 284-466,693-736, SEE REMARK 999
链 A 693–736（44 aa） 片段：PROTEIN SPLICING DOMAIN, RESIDUES 284-466,693-736, SEE REMARK 999
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.8；30 % PEG4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 0.2 M NH4-ACETATE
分辨率 1.35 Å R-free 0.189
1JVA CRYSTAL STRUCTURE OF THE VMA1-DERIVED ENDONUCLEASE BEARING THE N AND C EXTEIN PROPEPTIDES 提交 2001-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 274–747（474 aa） 片段：RESIDUES 274-747
突变：C284S/H362N/N737S/C738S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG6000, BisTrisHCl, mercaptoethanol, magnesium chloride, cadmium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.240
1JVA CRYSTAL STRUCTURE OF THE VMA1-DERIVED ENDONUCLEASE BEARING THE N AND C EXTEIN PROPEPTIDES 提交 2001-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 274–747（474 aa） 片段：RESIDUES 274-747
突变：C284S/H362N/N737S/C738S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG6000, BisTrisHCl, mercaptoethanol, magnesium chloride, cadmium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.240
1LWS Crystal structure of the intein homing endonuclease PI-SceI bound to its recognition sequence 提交 2002-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 284–737（454 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 200, na hepes, calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.50 Å R-free 0.310
1LWT Crystal structure of the intein homing endonuclease PI-SceI bound to its substrate DNA (Ca2+ free) 提交 2002-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 284–737（454 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；PEG 3550, na citrate, ammonium acetate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.287
1UM2 Crystal Structure of the Vma1-Derived Endonuclease with the Ligated Extein Segment 提交 2003-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 284–737（454 aa）
链 C 274–283（10 aa）
链 C 738–747（10 aa）
突变：C284S, H362N 突变：C738S 突变：C738S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG 6000, BistrisHCl, 2-mercaptoethanol, magnesium chloride, cadmium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.283
1UM2 Crystal Structure of the Vma1-Derived Endonuclease with the Ligated Extein Segment 提交 2003-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 284–737（454 aa）
链 D 274–283（10 aa）
链 D 738–747（10 aa）
突变：C284S, H362N 突变：C738S 突变：C738S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG 6000, BistrisHCl, 2-mercaptoethanol, magnesium chloride, cadmium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.283
1VDE PI-SCEI, A HOMING ENDONUCLEASE WITH PROTEIN SPLICING ACTIVITY 提交 1997-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 284–737（454 aa）
链 B 284–737（454 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；4% PEG 6K, 10MM BME, 3MM CDCL2, 1MM MGCL2, 100MM TRIS, PH=8.5
分辨率 2.40 Å R-free 0.238
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 A 2–283（282 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 A 738–1071（334 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 2–283（282 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 738–1071（334 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 E 2–283（282 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 E 738–1071（334 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 A 2–283（282 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 A 738–1071（334 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 2–283（282 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 738–1071（334 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 E 2–283（282 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 E 738–1071（334 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 A 2–283（282 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 A 738–1071（334 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 2–283（282 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 738–1071（334 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 E 2–283（282 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 E 738–1071（334 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 8.30 Å
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–283（283 aa）
链 A 738–1071（334 aa）
链 B 1–283（283 aa）
链 B 738–1071（334 aa）
链 C 1–283（283 aa）
链 C 738–1071（334 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 a 1–283（283 aa）
链 a 738–1071（334 aa）
链 b 1–283（283 aa）
链 b 738–1071（334 aa）
链 c 1–283（283 aa）
链 c 738–1071（334 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–283（283 aa）
链 A 738–1071（334 aa）
链 B 1–283（283 aa）
链 B 738–1071（334 aa）
链 C 1–283（283 aa）
链 C 738–1071（334 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 a 1–283（283 aa）
链 a 738–1071（334 aa）
链 b 1–283（283 aa）
链 b 738–1071（334 aa）
链 c 1–283（283 aa）
链 c 738–1071（334 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 A 1–283（283 aa）
链 A 738–1071（334 aa）
链 C 1–283（283 aa）
链 C 738–1071（334 aa）
链 E 1–283（283 aa）
链 E 738–1071（334 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 A 1–283（283 aa）
链 A 738–1071（334 aa）
链 C 1–283（283 aa）
链 C 738–1071（334 aa）
链 E 1–283（283 aa）
链 E 738–1071（334 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 A 1–1071（1071 aa）
链 E 1–1071（1071 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å

共 15 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATA_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 A； PDB构建体 284–617； UniProt 738–1071 作者链 C； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 C； PDB构建体 284–617； UniProt 738–1071 作者链 E； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 E； PDB构建体 284–617； UniProt 738–1071

V-type proton ATPase subunit B

物种未注明

UniProt P16140

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–517 链 D； UniProt 1–517 链 F； UniProt 1–517 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 8.30 Å
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 D 1–517（517 aa）
链 E 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 d 1–517（517 aa）
链 e 1–517（517 aa）
链 f 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 D 1–517（517 aa）
链 E 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 d 1–517（517 aa）
链 e 1–517（517 aa）
链 f 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.70 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7FDE CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9NN1 Yeast V1-ATPase bound to Rtc5p 提交 2025-03-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 B 1–517（517 aa）
链 D 1–517（517 aa）
链 F 1–517（517 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 18 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATB_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 D； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 F； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517

V-type proton ATPase subunit E

物种未注明

UniProt P22203

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 1–233 链 I； UniProt 1–233 链 K； UniProt 1–233 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2KZ9 Structure of E1-69 of Yeast V-ATPase 提交 2010-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–69（69 aa） 片段：UNP residues 1-69
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 AMBIENT
NMR样品组成 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 8.30 Å
4DL0 Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase 提交 2012-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–233（233 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.257
4DL0 Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase 提交 2012-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–233（233 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.257
4EFA Crystal Structure of the Heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase - second conformation 提交 2012-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–233（233 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.1 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M glycine , pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.82 Å R-free 0.277
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
链 M 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 i 1–233（233 aa）
链 k 1–233（233 aa）
链 m 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
链 M 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 i 1–233（233 aa）
链 k 1–233（233 aa）
链 m 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.70 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7FDE CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9NN1 Yeast V1-ATPase bound to Rtc5p 提交 2025-03-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 G 1–233（233 aa）
链 I 1–233（233 aa）
链 K 1–233（233 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 21 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATE_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 I； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 K； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233

V-type proton ATPase subunit G

物种未注明

UniProt P48836

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–114 链 J； UniProt 1–114 链 L； UniProt 1–114 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2K88 Association of subunit d (Vma6p) and E (Vma4p) with G (Vma10p) and the NMR solution structure of subunit G (G1-59) of the Saccharomyces cerevisiae V1VO ATPase 提交 2008-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–58（57 aa） 片段：G(1-59)subunit of V1Vo ATPase
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KWY Structure of G61-101 提交 2010-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 61–101（41 aa） 片段：UNP residues 61-101
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 AMBIENT
NMR样品组成 7 % D2O-1, 30 % [U-100% 2H] TFE-2, 25 mM sodium phosphate-3, 200 mM sodium chloride-4, Phosphate Buffer pH 6.8 | Phosphate Buffer pH 6.8
分辨率未提供
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 8.30 Å
4DL0 Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase 提交 2012-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–114（114 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.257
4DL0 Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase 提交 2012-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–114（114 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.257
4EFA Crystal Structure of the Heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase - second conformation 提交 2012-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–114（114 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.1 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M glycine , pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.82 Å R-free 0.277
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 J 2–114（113 aa）
链 L 2–114（113 aa）
链 N 2–114（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 j 2–114（113 aa）
链 l 2–114（113 aa）
链 n 2–114（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 J 2–114（113 aa）
链 L 2–114（113 aa）
链 N 2–114（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 j 2–114（113 aa）
链 l 2–114（113 aa）
链 n 2–114（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.70 Å
7TMR V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.50 Å
7TMS V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
7TMT V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
突变：N-terminal FLAG tag 突变：N-terminal FLAG tag 突变：N-terminal FLAG tag ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 20 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATG_YEAST
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 J； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 L； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114

V-type proton ATPase subunit D

物种未注明

UniProt P32610

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 M； UniProt 1–256 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 8.30 Å
4RND Crystal Structure of the subunit DF-assembly of the eukaryotic V-ATPase. 提交 2014-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–256（256 aa）
链 C 1–256（256 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate, 1.2 M Ammonium citrate monobasic, ph 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.18 Å R-free 0.232
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 G 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 g 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 G 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 g 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.70 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7FDE CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9NN1 Yeast V1-ATPase bound to Rtc5p 提交 2025-03-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 M 1–256（256 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 19 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATD_YEAST
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 M； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

V-type proton ATPase subunit F

物种未注明

UniProt P39111

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 N； UniProt 1–118 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 8.30 Å
4IX9 Crystal structure of subunit F of V-ATPase from S. cerevisiae 提交 2013-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–94（94 aa） 片段：Coupling and Regulatory Subunit F, UNP residues 1-94
突变：I69M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；30% PEG 4000, 0.05M MgCl2,6H2O, 0.1M Tris HCl pH 8.8, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.33 Å R-free 0.212
4IX9 Crystal structure of subunit F of V-ATPase from S. cerevisiae 提交 2013-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–94（94 aa） 片段：Coupling and Regulatory Subunit F, UNP residues 1-94
突变：I69M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；30% PEG 4000, 0.05M MgCl2,6H2O, 0.1M Tris HCl pH 8.8, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.33 Å R-free 0.212
4IX9 Crystal structure of subunit F of V-ATPase from S. cerevisiae 提交 2013-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–94（94 aa） 片段：Coupling and Regulatory Subunit F, UNP residues 1-94
突变：I69M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；30% PEG 4000, 0.05M MgCl2,6H2O, 0.1M Tris HCl pH 8.8, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.33 Å R-free 0.212
4IX9 Crystal structure of subunit F of V-ATPase from S. cerevisiae 提交 2013-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–94（94 aa） 片段：Coupling and Regulatory Subunit F, UNP residues 1-94
突变：I69M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；30% PEG 4000, 0.05M MgCl2,6H2O, 0.1M Tris HCl pH 8.8, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.33 Å R-free 0.212
4RND Crystal Structure of the subunit DF-assembly of the eukaryotic V-ATPase. 提交 2014-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–118（118 aa）
链 D 1–118（118 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate, 1.2 M Ammonium citrate monobasic, ph 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.18 Å R-free 0.232
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 O 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 o 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.70 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7FDE CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 N 2–118（117 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9NN1 Yeast V1-ATPase bound to Rtc5p 提交 2025-03-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 19 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATF_YEAST
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 N； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

V-type proton ATPase subunit C

物种未注明

UniProt P31412

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 O； UniProt 1–392 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1U7L Crystal Structure of subunit C (vma5p) of the yeast V-ATPase 提交 2004-08-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–392（392 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；PEG 3350, di-sodium tartrate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.75 Å R-free 0.234
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 8.30 Å
4DL0 Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase 提交 2012-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 158–277（120 aa） 片段：C subunit head domain, UNP residues 158-277
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.257
4DL0 Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase 提交 2012-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 158–277（120 aa） 片段：C subunit head domain, UNP residues 158-277
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.257
4EFA Crystal Structure of the Heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase - second conformation 提交 2012-03-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 158–277（120 aa） 片段：UNP Residues 158-277
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.1 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M glycine , pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.82 Å R-free 0.277
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.70 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7FDE CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 O 1–392（392 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 17 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATC_YEAST
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 O； PDB构建体 1–392； UniProt 1–392

V-type proton ATPase subunit H

物种未注明

UniProt P41807

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 P； UniProt 1–478 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1HO8 CRYSTAL STRUCTURE OF THE REGULATORY SUBUNIT H OF THE V-TYPE ATPASE OF SACCHAROMYCES CEREVISIAE 提交 2000-12-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–478（478 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；Ammonium sulfate, Dithiothreitol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.95 Å R-free 0.312
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 8.30 Å
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–478（478 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 h 1–478（478 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 H 1–478（478 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 h 1–478（478 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.70 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 P 1–359（359 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 P 1–359（359 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 P 1–359（359 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7TMM Complete V1 Complex from Saccharomyces cerevisiae 提交 2022-01-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.50 Å
7TMO V1 complex lacking subunit C from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.30 Å
7TMP V1 complex lacking subunit C from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.30 Å
7TMQ V1 complex lacking subunit C from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.30 Å
7TMR V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.50 Å
7TMS V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
7TMT V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 P 1–478（478 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 24 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATH_YEAST
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 1–478； UniProt 1–478

V-type proton ATPase subunit d

物种未注明

UniProt P32366

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 Q； UniProt 1–345 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 Q 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 Q 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 Q 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 8.30 Å
5TJ5 Atomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase 提交 2016-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 P 4–155（152 aa）
链 P 176–201（26 aa）
链 P 284–341（58 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 micro M Bafilomycin
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Modified for ethane/propane
分辨率 3.90 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Q 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Q 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6C6L Yeast Vacuolar ATPase Vo in lipid nanodisc 提交 2018-01-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 B 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6M0R 2.7A Yeast Vo state3 提交 2020-02-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 B 1–345（345 aa）
未记录 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 30 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EYR (6~{E},10~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{R})-2,6,10,14,18,22,26,30-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26-heptaene × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6M0S 3.6A Yeast Vo state3 prime 提交 2020-02-22 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 B 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6O7T Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Vph1-VO 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 d 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.20 Å
6O7U Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 d 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 d 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 d 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 d 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.70 Å
6PE4 Yeast Vo motor in complex with 1 VopQ molecule 提交 2019-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 D 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6PE5 Yeast Vo motor in complex with 2 VopQ molecules 提交 2019-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 D 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 S 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 S 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 S 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7TAO Cryo-EM structure of bafilomycin A1 bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 B 1–345（345 aa）
未记录 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7TAP Cryo-EM structure of archazolid A bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 B 1–345（345 aa）
未记录 KJL Archazolid A × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7TMR V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 d 1–345（345 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.50 Å
7TMS V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 d 1–345（345 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
7TMT V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 d 1–345（345 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
8EAS Yeast VO in complex with Vma12-22p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 d 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8EAT Yeast VO missing subunits a, e, and f in complex with Vma12-22p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 d 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8EAU Yeast VO in complex with Vma21p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 d 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E76 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 1WVA25 提交 2024-10-31 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：19-meric
链 B 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.40 Å
9E7L Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7 提交 2024-11-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric
链 B 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
9MJ4 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA149 提交 2024-12-13 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 B 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 S 1–345（345 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 S 1–345（345 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 32 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VA0D_YEAST
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 Q； PDB构建体 1–345； UniProt 1–345

;V-type proton ATPase subunit c'' ;

物种未注明

UniProt P23968

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 R； UniProt 1–213 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5TJ5 Atomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase 提交 2016-10-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 B 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 micro M Bafilomycin
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Modified for ethane/propane
分辨率 3.90 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 R 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 R 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6C6L Yeast Vacuolar ATPase Vo in lipid nanodisc 提交 2018-01-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 C 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6M0R 2.7A Yeast Vo state3 提交 2020-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 C 16–213（198 aa）
未记录 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 30 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EYR (6~{E},10~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{R})-2,6,10,14,18,22,26,30-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26-heptaene × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6M0S 3.6A Yeast Vo state3 prime 提交 2020-02-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 C 16–213（198 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6O7T Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Vph1-VO 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 c 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.20 Å
6O7U Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 c 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 c 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 c 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 c 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.70 Å
6PE4 Yeast Vo motor in complex with 1 VopQ molecule 提交 2019-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 G 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6PE5 Yeast Vo motor in complex with 2 VopQ molecules 提交 2019-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 G 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 T 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 T 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 T 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7TAO Cryo-EM structure of bafilomycin A1 bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 C 1–213（213 aa）
未记录 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7TAP Cryo-EM structure of archazolid A bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 C 1–213（213 aa）
未记录 KJL Archazolid A × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7TMR V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 c 1–213（213 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.50 Å
7TMS V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 c 1–213（213 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
7TMT V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 c 1–213（213 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
8EAS Yeast VO in complex with Vma12-22p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 c 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8EAT Yeast VO missing subunits a, e, and f in complex with Vma12-22p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 c 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8EAU Yeast VO in complex with Vma21p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 c 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E76 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 1WVA25 提交 2024-10-31 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：19-meric
链 C 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.40 Å
9E7L Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7 提交 2024-11-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric
链 C 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
9MJ4 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA149 提交 2024-12-13 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 C 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 T 1–213（213 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 T 1–213（213 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATO_YEAST
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 R； PDB构建体 1–213； UniProt 1–213

;V-type proton ATPase subunit c' ;

物种未注明

UniProt P32842

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 S； UniProt 1–164 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5TJ5 Atomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase 提交 2016-10-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 D 17–163（147 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 micro M Bafilomycin
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Modified for ethane/propane
分辨率 3.90 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 S 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 S 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6C6L Yeast Vacuolar ATPase Vo in lipid nanodisc 提交 2018-01-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 D 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6M0R 2.7A Yeast Vo state3 提交 2020-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 D 7–164（158 aa）
未记录 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 30 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EYR (6~{E},10~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{R})-2,6,10,14,18,22,26,30-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26-heptaene × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6M0S 3.6A Yeast Vo state3 prime 提交 2020-02-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 D 7–164（158 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6O7T Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Vph1-VO 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 o 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.20 Å
6O7U Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 o 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 o 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 o 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 o 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.70 Å
6PE4 Yeast Vo motor in complex with 1 VopQ molecule 提交 2019-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 H 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6PE5 Yeast Vo motor in complex with 2 VopQ molecules 提交 2019-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 H 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 U 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 U 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 U 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7TAO Cryo-EM structure of bafilomycin A1 bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 D 1–164（164 aa）
未记录 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7TAP Cryo-EM structure of archazolid A bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 D 1–164（164 aa）
未记录 KJL Archazolid A × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7TMR V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 o 1–164（164 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.50 Å
7TMS V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 o 1–164（164 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
7TMT V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 o 1–164（164 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
8EAS Yeast VO in complex with Vma12-22p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 o 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8EAT Yeast VO missing subunits a, e, and f in complex with Vma12-22p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 o 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8EAU Yeast VO in complex with Vma21p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 o 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E76 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 1WVA25 提交 2024-10-31 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：19-meric
链 D 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.40 Å
9E7L Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7 提交 2024-11-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric
链 D 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
9MJ4 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA149 提交 2024-12-13 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 D 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 U 1–164（164 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 U 1–164（164 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATL2_YEAST
Isoform —
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 S； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164

V-type proton ATPase subunit c

物种未注明

UniProt P25515

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 T； UniProt 1–160 链 U； UniProt 1–160 链 V； UniProt 1–160 链 W； UniProt 1–160 链 X； UniProt 1–160 链 Y； UniProt 1–160 链 Z； UniProt 1–160 链 a； UniProt 1–160 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 R 1–160（160 aa）
链 S 1–160（160 aa）
链 T 1–160（160 aa）
链 U 1–160（160 aa）
链 V 1–160（160 aa）
链 W 1–160（160 aa）
链 X 1–160（160 aa）
链 Y 1–160（160 aa）
链 Z 1–160（160 aa）
链 a 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 R 1–160（160 aa）
链 S 1–160（160 aa）
链 T 1–160（160 aa）
链 U 1–160（160 aa）
链 V 1–160（160 aa）
链 W 1–160（160 aa）
链 X 1–160（160 aa）
链 Y 1–160（160 aa）
链 Z 1–160（160 aa）
链 a 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 R 1–160（160 aa）
链 S 1–160（160 aa）
链 T 1–160（160 aa）
链 U 1–160（160 aa）
链 V 1–160（160 aa）
链 W 1–160（160 aa）
链 X 1–160（160 aa）
链 Y 1–160（160 aa）
链 Z 1–160（160 aa）
链 a 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 8.30 Å
5TJ5 Atomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase 提交 2016-10-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 E 9–158（150 aa）
链 F 9–158（150 aa）
链 G 9–158（150 aa）
链 H 9–158（150 aa）
链 I 9–158（150 aa）
链 J 9–158（150 aa）
链 M 9–158（150 aa）
链 N 9–158（150 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 micro M Bafilomycin
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Modified for ethane/propane
分辨率 3.90 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 T 1–160（160 aa）
链 U 1–160（160 aa）
链 V 1–160（160 aa）
链 W 1–160（160 aa）
链 X 1–160（160 aa）
链 Y 1–160（160 aa）
链 Z 1–160（160 aa）
链 a 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 T 1–160（160 aa）
链 U 1–160（160 aa）
链 V 1–160（160 aa）
链 W 1–160（160 aa）
链 X 1–160（160 aa）
链 Y 1–160（160 aa）
链 Z 1–160（160 aa）
链 a 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6C6L Yeast Vacuolar ATPase Vo in lipid nanodisc 提交 2018-01-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 E 1–160（160 aa）
链 F 1–160（160 aa）
链 G 1–160（160 aa）
链 H 1–160（160 aa）
链 I 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
链 K 1–160（160 aa）
链 L 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6M0R 2.7A Yeast Vo state3 提交 2020-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 E 1–159（159 aa）
链 F 1–159（159 aa）
链 G 1–159（159 aa）
链 H 1–159（159 aa）
链 I 1–159（159 aa）
链 J 1–159（159 aa）
链 K 1–159（159 aa）
链 L 1–159（159 aa）
未记录 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 30 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EYR (6~{E},10~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{R})-2,6,10,14,18,22,26,30-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26-heptaene × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6M0S 3.6A Yeast Vo state3 prime 提交 2020-02-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 E 1–159（159 aa）
链 F 1–159（159 aa）
链 G 1–159（159 aa）
链 H 1–159（159 aa）
链 I 1–159（159 aa）
链 J 1–159（159 aa）
链 K 1–159（159 aa）
链 L 1–159（159 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6O7T Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Vph1-VO 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 g 1–160（160 aa）
链 h 1–160（160 aa）
链 i 1–160（160 aa）
链 j 1–160（160 aa）
链 k 1–160（160 aa）
链 l 1–160（160 aa）
链 m 1–160（160 aa）
链 n 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.20 Å
6O7U Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 g 1–160（160 aa）
链 h 1–160（160 aa）
链 i 1–160（160 aa）
链 j 1–160（160 aa）
链 k 1–160（160 aa）
链 l 1–160（160 aa）
链 m 1–160（160 aa）
链 n 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 g 1–160（160 aa）
链 h 1–160（160 aa）
链 i 1–160（160 aa）
链 j 1–160（160 aa）
链 k 1–160（160 aa）
链 l 1–160（160 aa）
链 m 1–160（160 aa）
链 n 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 g 1–160（160 aa）
链 h 1–160（160 aa）
链 i 1–160（160 aa）
链 j 1–160（160 aa）
链 k 1–160（160 aa）
链 l 1–160（160 aa）
链 m 1–160（160 aa）
链 n 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 g 1–160（160 aa）
链 h 1–160（160 aa）
链 i 1–160（160 aa）
链 j 1–160（160 aa）
链 k 1–160（160 aa）
链 l 1–160（160 aa）
链 m 1–160（160 aa）
链 n 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.70 Å
6PE4 Yeast Vo motor in complex with 1 VopQ molecule 提交 2019-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 I 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
链 K 1–160（160 aa）
链 L 1–160（160 aa）
链 M 1–160（160 aa）
链 N 1–160（160 aa）
链 O 1–160（160 aa）
链 P 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6PE5 Yeast Vo motor in complex with 2 VopQ molecules 提交 2019-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 I 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
链 K 1–160（160 aa）
链 L 1–160（160 aa）
链 M 1–160（160 aa）
链 N 1–160（160 aa）
链 O 1–160（160 aa）
链 P 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 V 1–160（160 aa）
链 W 1–160（160 aa）
链 X 1–160（160 aa）
链 Y 1–160（160 aa）
链 Z 1–160（160 aa）
链 a 1–160（160 aa）
链 b 1–160（160 aa）
链 c 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 V 1–160（160 aa）
链 W 1–160（160 aa）
链 X 1–160（160 aa）
链 Y 1–160（160 aa）
链 Z 1–160（160 aa）
链 a 1–160（160 aa）
链 b 1–160（160 aa）
链 c 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 V 1–160（160 aa）
链 W 1–160（160 aa）
链 X 1–160（160 aa）
链 Y 1–160（160 aa）
链 Z 1–160（160 aa）
链 a 1–160（160 aa）
链 b 1–160（160 aa）
链 c 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7TAO Cryo-EM structure of bafilomycin A1 bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 E 1–160（160 aa）
链 F 1–160（160 aa）
链 G 1–160（160 aa）
链 H 1–160（160 aa）
链 I 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
链 K 1–160（160 aa）
链 L 1–160（160 aa）
未记录 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7TAP Cryo-EM structure of archazolid A bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 E 1–160（160 aa）
链 F 1–160（160 aa）
链 G 1–160（160 aa）
链 H 1–160（160 aa）
链 I 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
链 K 1–160（160 aa）
链 L 1–160（160 aa）
未记录 KJL Archazolid A × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7TMR V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 g 1–160（160 aa）
链 h 1–160（160 aa）
链 i 1–160（160 aa）
链 j 1–160（160 aa）
链 k 1–160（160 aa）
链 l 1–160（160 aa）
链 m 1–160（160 aa）
链 n 1–160（160 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.50 Å
7TMS V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 g 1–160（160 aa）
链 h 1–160（160 aa）
链 i 1–160（160 aa）
链 j 1–160（160 aa）
链 k 1–160（160 aa）
链 l 1–160（160 aa）
链 m 1–160（160 aa）
链 n 1–160（160 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
7TMT V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 g 1–160（160 aa）
链 h 1–160（160 aa）
链 i 1–160（160 aa）
链 j 1–160（160 aa）
链 k 1–160（160 aa）
链 l 1–160（160 aa）
链 m 1–160（160 aa）
链 n 1–160（160 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
8EAS Yeast VO in complex with Vma12-22p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 g 1–160（160 aa）
链 h 1–160（160 aa）
链 i 1–160（160 aa）
链 j 1–160（160 aa）
链 k 1–160（160 aa）
链 l 1–160（160 aa）
链 m 1–160（160 aa）
链 n 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8EAT Yeast VO missing subunits a, e, and f in complex with Vma12-22p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 g 1–160（160 aa）
链 h 1–160（160 aa）
链 i 1–160（160 aa）
链 j 1–160（160 aa）
链 k 1–160（160 aa）
链 l 1–160（160 aa）
链 m 1–160（160 aa）
链 n 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8EAU Yeast VO in complex with Vma21p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 g 1–160（160 aa）
链 h 1–160（160 aa）
链 i 1–160（160 aa）
链 j 1–160（160 aa）
链 k 1–160（160 aa）
链 l 1–160（160 aa）
链 m 1–160（160 aa）
链 n 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E76 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 1WVA25 提交 2024-10-31 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：19-meric
链 E 1–160（160 aa）
链 F 1–160（160 aa）
链 G 1–160（160 aa）
链 H 1–160（160 aa）
链 I 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
链 K 1–160（160 aa）
链 L 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.40 Å
9E7L Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7 提交 2024-11-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric
链 E 1–160（160 aa）
链 F 1–160（160 aa）
链 G 1–160（160 aa）
链 H 1–160（160 aa）
链 I 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
链 K 1–160（160 aa）
链 L 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
9MJ4 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA149 提交 2024-12-13 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 E 1–160（160 aa）
链 F 1–160（160 aa）
链 G 1–160（160 aa）
链 H 1–160（160 aa）
链 I 1–160（160 aa）
链 J 1–160（160 aa）
链 K 1–160（160 aa）
链 L 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 V 1–160（160 aa）
链 W 1–160（160 aa）
链 X 1–160（160 aa）
链 Y 1–160（160 aa）
链 Z 1–160（160 aa）
链 a 1–160（160 aa）
链 b 1–160（160 aa）
链 c 1–160（160 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 V 1–160（160 aa）
链 W 1–160（160 aa）
链 X 1–160（160 aa）
链 Y 1–160（160 aa）
链 Z 1–160（160 aa）
链 a 1–160（160 aa）
链 b 1–160（160 aa）
链 c 1–160（160 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 32 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATL1_YEAST
Isoform —
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 T； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 U； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 V； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 W； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 X； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 Y； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 Z； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 a； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform

物种未注明

UniProt P32563

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 b； UniProt 1–840 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2NVJ NMR structures of transmembrane segment from subunit a from the yeast proton V-ATPase 提交 2006-11-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 720–744（25 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 303 K；压力 ambient
NMR样品组成 2mM sMTM7 peptide (natural abundance labeling); 100% d6-DMSO | 100% d6-DMSO
分辨率未提供
2RPW Structure of a peptide derived from H+-V-ATPase subunit a 提交 2008-11-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 728–748（21 aa） 片段：TM7, UNP residues 728-748
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 1mM KMTM7, 250mM [U-100% 2H] SDS, 10mM sodium phosphate, 0.3mM DSS, 10% D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 b 1–840（840 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 b 1–840（840 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 b 1–840（840 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 8.30 Å
5I1M Yeast V-ATPase average of densities, a subunit segment 提交 2016-02-05 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 V 383–840（458 aa） 片段：a subunit (UNP residues 383-840)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
5TJ5 Atomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase 提交 2016-10-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 A 400–829（430 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 micro M Bafilomycin
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Modified for ethane/propane
分辨率 3.90 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 b 1–840（840 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 b 1–840（840 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6C6L Yeast Vacuolar ATPase Vo in lipid nanodisc 提交 2018-01-19 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–840（840 aa）
突变：C-terminal calmodulin binding peptide 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6HH0 Yeast V-ATPase transmembrane helix 7 NMR structure in DPC micelles 提交 2018-08-24 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 728–748（21 aa） 片段：transmembrane helix 7
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 100 mM [U-99% 2H] Deuterated DPC, 50 mM potassium phosphate, 0.02 % sodium azide, 1 mM 13C and 15N labeled aminoacids 8 and 12 TM7 peptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6M0R 2.7A Yeast Vo state3 提交 2020-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 3–827（825 aa）
未记录 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 30 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EYR (6~{E},10~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{R})-2,6,10,14,18,22,26,30-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26-heptaene × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6M0S 3.6A Yeast Vo state3 prime 提交 2020-02-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 3–827（825 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6O7T Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Vph1-VO 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 a 1–840（840 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.20 Å
6PE4 Yeast Vo motor in complex with 1 VopQ molecule 提交 2019-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–840（840 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6PE5 Yeast Vo motor in complex with 2 VopQ molecules 提交 2019-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 A 1–840（840 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 Q 1–840（840 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 Q 1–840（840 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 Q 1–840（840 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7TAO Cryo-EM structure of bafilomycin A1 bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–840（840 aa）
未记录 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7TAP Cryo-EM structure of archazolid A bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–840（840 aa）
未记录 KJL Archazolid A × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7TMR V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 a 1–840（840 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.50 Å
7TMS V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 a 1–840（840 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
7TMT V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 a 1–840（840 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
8EAS Yeast VO in complex with Vma12-22p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 a 1–840（840 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8EAU Yeast VO in complex with Vma21p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 a 1–840（840 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E76 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 1WVA25 提交 2024-10-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：19-meric
链 A 1–840（840 aa）
突变：C-terminal calmodulin binding peptide 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.40 Å
9E7L Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7 提交 2024-11-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric
链 A 1–840（840 aa）
突变：C-terminal calmodulin binding peptide 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
9MJ4 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA149 提交 2024-12-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 A 1–840（840 aa）
突变：C-terminal calmodulin binding peptide 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 Q 1–840（840 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 Q 1–840（840 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 31 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VPH1_YEAST
Isoform —
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 b； PDB构建体 1–840； UniProt 1–840

V-type proton ATPase subunit e

物种未注明

UniProt Q3E7B6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 c； UniProt 1–73 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit f × 1 effector protein SidK × 3 （G8UUS6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5TJ5 Atomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase 提交 2016-10-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 L 5–61（57 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 micro M Bafilomycin
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Modified for ethane/propane
分辨率 3.90 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 c 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 c 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6C6L Yeast Vacuolar ATPase Vo in lipid nanodisc 提交 2018-01-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 M 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6M0R 2.7A Yeast Vo state3 提交 2020-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 M 1–71（71 aa）
未记录 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 30 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EYR (6~{E},10~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{R})-2,6,10,14,18,22,26,30-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26-heptaene × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6M0S 3.6A Yeast Vo state3 prime 提交 2020-02-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 M 1–71（71 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6O7T Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Vph1-VO 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 e 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.20 Å
6O7U Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 e 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 e 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 e 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 e 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.70 Å
6PE4 Yeast Vo motor in complex with 1 VopQ molecule 提交 2019-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 E 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6PE5 Yeast Vo motor in complex with 2 VopQ molecules 提交 2019-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 E 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 d 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 d 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 d 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7TAO Cryo-EM structure of bafilomycin A1 bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 M 1–73（73 aa）
未记录 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7TAP Cryo-EM structure of archazolid A bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 M 1–73（73 aa）
未记录 KJL Archazolid A × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7TMR V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 e 1–73（73 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.50 Å
7TMS V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 e 1–73（73 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
7TMT V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 e 1–73（73 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
8EAS Yeast VO in complex with Vma12-22p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 e 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8EAU Yeast VO in complex with Vma21p 提交 2022-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 e 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E76 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 1WVA25 提交 2024-10-31 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：19-meric
链 M 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.40 Å
9E7L Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7 提交 2024-11-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric
链 M 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
9MJ4 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA149 提交 2024-12-13 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 M 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 d 1–73（73 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 d 1–73（73 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VA0E_YEAST
Isoform —
PDB实体 14
链与序列区间 作者链 c； PDB构建体 1–73； UniProt 1–73

effector protein SidK

Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290

UniProt G8UUS6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白拷贝数一致 链 e； UniProt 1–573 链 f； UniProt 1–573 链 g； UniProt 1–573 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A,V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P17255） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V-type proton ATPase subunit f × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5UF5 Structure of the effector protein SidK (lpg0968) from Legionella pneumophila (domain-swapped dimer) 提交 2017-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 16–278（263 aa）
链 B 16–278（263 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% (w/v) polyethylene glycol 8,000
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
5UFK Structure of the effector protein SidK (lpg0968) from Legionella pneumophila 提交 2017-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 16–278（263 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M TRIS hydrochloride pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate monohydrate and 30% (w/v) polyethylene glycol 4,000
分辨率 2.30 Å R-free 0.212
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 e 1–573（573 aa）
链 f 1–573（573 aa）
链 g 1–573（573 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 e 1–573（573 aa）
链 f 1–573（573 aa）
链 g 1–573（573 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G8UUS6_LEGPN
Isoform —
PDB实体 16
链与序列区间 作者链 e； PDB构建体 1–573； UniProt 1–573 作者链 f； PDB构建体 1–573； UniProt 1–573 作者链 g； PDB构建体 1–573； UniProt 1–573

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5vox

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5vox
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5vox
沉积日期 deposition_date2017-05-03
结构标题 titleYeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1)
关键词 keywordsV-ATPase, SidK, rotational state 1, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier77.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron77.92 Å
零角强度 I(0) i08645140000.00
分子量 molecular_weight486800.0 kDa
排除体积 excluded_volume479470 ų
包络体积 envelope_volume1559000 ų
水化壳体积 shell_volume169010 ų
包络直径 envelope_diameter249.4 Å
壳层 Rg shell_rg77.75 Å
包络 Rg envelope_rg73.09 Å
形状 Rg shape_rg77.91 Å
总 Rg total_rg77.95 Å
总原子数 total_atoms34724
残基数 n_residues8691
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax277.9 Å
Rg (实空间) rg_real81.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.55 Å
I(0) (实空间) i0_real8.6850e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5090e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal77.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8636000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8871
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary83.4 Å
偏度 Skewness skewness0.471
峰度 Kurtosis kurtosis-0.242
角度范围 angular_range— – 0.1000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.1750
最高正则化参数 α highest_alpha1107000000.0000
实空间数据点数 n_real_points21
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 0.856; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.479
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (16)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)