5w0w

Crystal structure of Protein Phosphatase 2A bound to TIPRL

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 206.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P30153

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 9–589 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) TIP41-like protein × 1 (Q8BH58) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate 分辨率 3.80 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 9–589 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) TIP41-like protein × 1 (Q8BH58) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate 分辨率 3.80 Å R-free 0.246
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 9–589 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) TIP41-like protein × 1 (Q8BH58) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate 分辨率 3.80 Å R-free 0.246
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 9–589 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) TIP41-like protein × 1 (Q8BH58) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate 分辨率 3.80 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2AAA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–585; UniProt 9–589 作者链 D; PDB构建体 5–585; UniProt 9–589 作者链 G; PDB构建体 5–585; UniProt 9–589 作者链 J; PDB构建体 5–585; UniProt 9–589

TIP41-like protein

Mus musculus

UniProt Q8BH58

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 12–259 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate 分辨率 3.80 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 12–259 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate 分辨率 3.80 Å R-free 0.246
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 12–259 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate 分辨率 3.80 Å R-free 0.246
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 12–259 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate 分辨率 3.80 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIPRL_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–251; UniProt 12–259 作者链 E; PDB构建体 4–251; UniProt 12–259 作者链 H; PDB构建体 4–251; UniProt 12–259 作者链 K; PDB构建体 4–251; UniProt 12–259

Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–309 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) TIP41-like protein × 1 (Q8BH58) MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate 分辨率 3.80 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–309 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) TIP41-like protein × 1 (Q8BH58) MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate 分辨率 3.80 Å R-free 0.246
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–309 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) TIP41-like protein × 1 (Q8BH58) MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate 分辨率 3.80 Å R-free 0.246
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–309 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) TIP41-like protein × 1 (Q8BH58) MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;292 K;0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate 分辨率 3.80 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 3–311; UniProt 1–309 作者链 F; PDB构建体 3–311; UniProt 1–309 作者链 I; PDB构建体 3–311; UniProt 1–309 作者链 L; PDB构建体 3–311; UniProt 1–309

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5w0w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5w0w
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5w0w
沉积日期 deposition_date2017-06-01
结构标题 titleCrystal structure of Protein Phosphatase 2A bound to TIPRL
关键词 keywordscomplex phosphotase phosphotase regulator, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier63.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron62.56
零角强度 I(0) i03432040000.00
分子量 molecular_weight496990.0 kDa
排除体积 excluded_volume622330 ų
包络体积 envelope_volume965730 ų
水化壳体积 shell_volume128030 ų
包络直径 envelope_diameter197.8
壳层 Rg shell_rg64.86
包络 Rg envelope_rg60.18
形状 Rg shape_rg62.50
总 Rg total_rg62.83
总原子数 total_atoms34722
残基数 n_residues4319
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax206.6
Rg (实空间) rg_real62.72
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.66
I(0) (实空间) i0_real3.4320e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.5190e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal63.29
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3435000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8838
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary74.4
偏度 Skewness skewness0.101
峰度 Kurtosis kurtosis-0.594
角度范围 angular_range— – 0.1250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha148900000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.828

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5w0wA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id5w0wC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id5w0wD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id5w0wF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id5w0wG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id5w0wI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id5w0wJ00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id5w0wL00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)