5xa3

Crystal Structure of P450BM3 with Benzyloxycarbonyl-L-prolyl-L-phenylalanine

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 186.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional cytochrome P450/NADPH-P450 reductase

Bacillus megaterium (strain ATCC 14581 / DSM 32 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / VKM B-512)

UniProt P14779

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–456 片段:UNP RESIDUES 1-456 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PRO PROLINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 PHQ benzyl chlorocarbonate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.9;293 K;75mM Tris-HCl (pH7.9), 0.1% (v/v) dimethyl sulfoxide, 0.1mM Benzyloxycarbonyl-L-prolyl-L-phenylalanine, 60mM MgCl, 10.5% (w/v) PEG 8000 分辨率 2.20 Å R-free 0.253
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–456 片段:UNP RESIDUES 1-456 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PRO PROLINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 PHQ benzyl chlorocarbonate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.9;293 K;75mM Tris-HCl (pH7.9), 0.1% (v/v) dimethyl sulfoxide, 0.1mM Benzyloxycarbonyl-L-prolyl-L-phenylalanine, 60mM MgCl, 10.5% (w/v) PEG 8000 分辨率 2.20 Å R-free 0.253
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–456 片段:UNP RESIDUES 1-456 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PRO PROLINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 PHQ benzyl chlorocarbonate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.9;293 K;75mM Tris-HCl (pH7.9), 0.1% (v/v) dimethyl sulfoxide, 0.1mM Benzyloxycarbonyl-L-prolyl-L-phenylalanine, 60mM MgCl, 10.5% (w/v) PEG 8000 分辨率 2.20 Å R-free 0.253
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–456 片段:UNP RESIDUES 1-456 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PRO PROLINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 PHQ benzyl chlorocarbonate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.9;293 K;75mM Tris-HCl (pH7.9), 0.1% (v/v) dimethyl sulfoxide, 0.1mM Benzyloxycarbonyl-L-prolyl-L-phenylalanine, 60mM MgCl, 10.5% (w/v) PEG 8000 分辨率 2.20 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 168 个其他 PDB 条目、308 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXB_BACMB
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–456; UniProt 1–456 作者链 B; PDB构建体 1–456; UniProt 1–456 作者链 C; PDB构建体 1–456; UniProt 1–456 作者链 D; PDB构建体 1–456; UniProt 1–456

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5xa3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5xa3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5xa3
沉积日期 deposition_date2017-03-10
结构标题 titleCrystal Structure of P450BM3 with Benzyloxycarbonyl-L-prolyl-L-phenylalanine
关键词 keywordsCytochrome P450, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.88
零角强度 I(0) i0627341000.00
分子量 molecular_weight211800.0 kDa
排除体积 excluded_volume266650 ų
包络体积 envelope_volume352830 ų
水化壳体积 shell_volume61940 ų
包络直径 envelope_diameter203.4
壳层 Rg shell_rg47.83
包络 Rg envelope_rg52.66
形状 Rg shape_rg52.89
总 Rg total_rg52.66
总原子数 total_atoms14924
残基数 n_residues1812
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax186.6
Rg (实空间) rg_real52.86
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.74
I(0) (实空间) i0_real6.2730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal626300000.0000
解质量估计 total_estimate0.5457
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.3
偏度 Skewness skewness0.665
峰度 Kurtosis kurtosis-0.133
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha74300000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.589; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.760; Smooth: 0.380

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5xa3a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5xa3b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5xa3c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5xa3d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5xa3A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5xa3B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5xa3C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5xa3D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)