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5xyl

Solution Structure of Skp1 from Homo sapiens

Method: SOLUTION NMR Dmax: 52.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-phase kinase-associated protein 1

Homo sapiens

UniProt P63208

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–163 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成：20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5XYL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 N 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FS1 INSIGHTS INTO SCF UBIQUITIN LIGASES FROM THE STRUCTURE OF THE SKP1-SKP2 COMPLEX 提交 2000-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–147（147 aa） 片段：RESIDUES 1-147
链 D 1–147（147 aa） 片段：RESIDUES 1-147
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；PEG 1500, sodium acetate, ammonium acetate, DTT, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.274
1FS2 INSIGHTS INTO SCF UBIQUITIN LIGASES FROM THE STRUCTURE OF THE SKP1-SKP2 COMPLEX 提交 2000-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–146（146 aa） 片段：RESIDUES 1-37; 43-147
链 D 1–146（146 aa） 片段：RESIDUES 1-37; 43-147
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å R-free 0.287
1LDK Structure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF Ubiquitin Ligase Complex 提交 2002-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–139（139 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；peg4k, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.331
1LDK Structure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF Ubiquitin Ligase Complex 提交 2002-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 D 1–139（139 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；peg4k, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.331
1P22 Structure of a beta-TrCP1-Skp1-beta-catenin complex: destruction motif binding and lysine specificity on the SCFbeta-TrCP1 ubiquitin ligase 提交 2003-04-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；PEG4000, sodium citrate, Bis-Tris Propane, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.95 Å R-free 0.286
29HG Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10088 提交 2026-03-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–163（163 aa）
未记录 A1J20 ~{N}-cyclopropyl-~{N}-[[4-[[2-(6-oxidanylhexanoyl)-1~{H}-isoquinolin-6-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
29HH Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2, UNC10088 and Bach1 提交 2026-03-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 C 1–163（163 aa）
未记录 A1J20 ~{N}-cyclopropyl-~{N}-[[4-[[2-(6-oxidanylhexanoyl)-1~{H}-isoquinolin-6-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
29HI Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10415667 提交 2026-03-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–163（163 aa）
未记录 A1J21 4-[[cyclopropyl-[(~{Z})-2-methyl-4-(5-oxidanylidene-2~{H}-1,4-oxazin-3-yl)but-3-enoyl]amino]methyl]-~{N}-[3-[2-[[4-(hydroxymethyl)phenyl]carbonyl-methyl-amino]ethyl]phenyl]benzamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
2ASS Crystal structure of the Skp1-Skp2-Cks1 complex 提交 2005-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–159（159 aa）
突变：P1A PO4 PHOSPHATE ION × 3 BEN BENZAMIDINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；BTP, sodium/potassium phosphate, benzamidine, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.242
2ASS Crystal structure of the Skp1-Skp2-Cks1 complex 提交 2005-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–159（159 aa）
突变：P1A PO4 PHOSPHATE ION × 6 BEN BENZAMIDINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；BTP, sodium/potassium phosphate, benzamidine, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.242
2ASS Crystal structure of the Skp1-Skp2-Cks1 complex 提交 2005-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–159（159 aa）
突变：P1A PO4 PHOSPHATE ION × 6 BEN BENZAMIDINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；BTP, sodium/potassium phosphate, benzamidine, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.242
2AST Crystal structure of Skp1-Skp2-Cks1 in complex with a p27 peptide 提交 2005-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–159（159 aa）
未记录 BEN BENZAMIDINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG8K, 5% benzamidine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.221
2AST Crystal structure of Skp1-Skp2-Cks1 in complex with a p27 peptide 提交 2005-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–159（159 aa）
未记录 BEN BENZAMIDINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG8K, 5% benzamidine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.221
2AST Crystal structure of Skp1-Skp2-Cks1 in complex with a p27 peptide 提交 2005-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–159（159 aa）
未记录 BEN BENZAMIDINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG8K, 5% benzamidine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.221
2E31 Structural basis for selection of glycosylated substrate by SCFFbs1 ubiquitin ligase 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 0–162（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；293 K；2.0M ammonium sulphate, 0.1M sodium citrate, 30mM chitobiose, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.291
2E32 Structural basis for selection of glycosylated substrate by SCFFbs1 ubiquitin ligase 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 0–162（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；293 K；2.0M ammonium sulphate, 0.1M sodium citrate, 30mM chitobiose, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.52 Å R-free 0.299
2E32 Structural basis for selection of glycosylated substrate by SCFFbs1 ubiquitin ligase 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 0–162（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；293 K；2.0M ammonium sulphate, 0.1M sodium citrate, 30mM chitobiose, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.52 Å R-free 0.299
2OVP Structure of the Skp1-Fbw7 complex 提交 2007-02-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–163（163 aa） 片段：residues 1-147
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES-Na, 1.2 M Li2SO4, 7.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.90 Å R-free 0.268
2OVP Structure of the Skp1-Fbw7 complex 提交 2007-02-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–163（163 aa） 片段：residues 1-147
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES-Na, 1.2 M Li2SO4, 7.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.90 Å R-free 0.268
2OVQ Structure of the Skp1-Fbw7-CyclinEdegC complex 提交 2007-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–163（163 aa） 片段：residues 1-147
未记录 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；294 K；0.1 M Bicine, 1.4 M Li2SO4, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.60 Å R-free 0.266
2OVQ Structure of the Skp1-Fbw7-CyclinEdegC complex 提交 2007-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–163（163 aa） 片段：residues 1-147
未记录 SO4 SULFATE ION × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；294 K；0.1 M Bicine, 1.4 M Li2SO4, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.60 Å R-free 0.266
2OVR Structure of the Skp1-Fbw7-CyclinEdegN complex 提交 2007-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–163（163 aa） 片段：residues 1-147
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M Hepes-Na, 1.12 M Li2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.50 Å R-free 0.251
3L2O Structure-Based Mechanism of Dimerization-Dependent Ubiquitination by the SCFFbx4 Ubiquitin Ligase 提交 2009-12-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–163（163 aa）
突变：deletion: 38-43, 70-81; P2A; insertion: GGSG between 69 and 82 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.5-2 M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
3L2O Structure-Based Mechanism of Dimerization-Dependent Ubiquitination by the SCFFbx4 Ubiquitin Ligase 提交 2009-12-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–163（163 aa）
突变：deletion: 38-43, 70-81; P2A; insertion: GGSG between 69 and 82 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.5-2 M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
3WSO Crystal structure of the Skp1-FBG3 complex 提交 2014-03-18 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；8% 2-propanol, 16% PEG4000, 0.1M Na PIPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.60 Å R-free 0.266
4I6J A ubiquitin ligase-substrate complex 提交 2012-11-29 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.2M ammonium citrate, 13-14% PEG3350 7% Acetonitrile, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.265
5IBK Skp1-F-box in complex with a ubiquitin variant 提交 2016-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–69（69 aa） 片段：;UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG,UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG ;
链 A 82–163（82 aa） 片段：;UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG,UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG ;
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM Acetate pH 4.5, 12% PEG 4000, 15% glyerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.240
5IBK Skp1-F-box in complex with a ubiquitin variant 提交 2016-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–69（69 aa） 片段：;UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG,UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG ;
链 D 82–163（82 aa） 片段：;UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG,UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG ;
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM Acetate pH 4.5, 12% PEG 4000, 15% glyerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.240
5JH5 Structural Basis for the Hierarchical Assembly of the Core of PRC1.1 提交 2016-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 2–163（162 aa） 片段：Residues 2-163
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；298 K；100 mM HEPES, 10 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 10 mM NaCl
分辨率 2.55 Å R-free 0.257
5K35 Structure of the Legionella effector, AnkB, in complex with human Skp1 提交 2016-05-19 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% (w/v) PEG 2000 MME
分辨率 2.85 Å R-free 0.275
5V4B Crystal structure of the Skp1-FBXW7-DISC1 complex 提交 2017-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–69（69 aa）
链 A 82–163（82 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 9 IMD IMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277.15 K；100 mM Hepes, 1.2M lithium sulfate
分辨率 2.60 Å R-free 0.219
5V4B Crystal structure of the Skp1-FBXW7-DISC1 complex 提交 2017-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–69（69 aa）
链 A 82–163（82 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 36 IMD IMIDAZOLE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277.15 K；100 mM Hepes, 1.2M lithium sulfate
分辨率 2.60 Å R-free 0.219
5VZT Crystal structure of the Skp1-FBXO31 complex 提交 2017-05-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–163（163 aa）
突变：P2A ZN ZINC ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；277 K；100 mM sodium citrate (pH 5.3), 0.27 M ammonium acetate, 13-17% MPD, 0.02 M CaCl2
分辨率 2.70 Å R-free 0.242
5VZT Crystal structure of the Skp1-FBXO31 complex 提交 2017-05-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–163（163 aa）
突变：P2A ZN ZINC ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；277 K；100 mM sodium citrate (pH 5.3), 0.27 M ammonium acetate, 13-17% MPD, 0.02 M CaCl2
分辨率 2.70 Å R-free 0.242
5VZU Crystal structure of the Skp1-FBXO31-cyclin D1 complex 提交 2017-05-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–163（163 aa）
突变：P2A ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；277 K；100 mM sodium citrate (pH 5.3), 0.27 M ammonium acetate, 13-17% MPD, 0.02 M CaCl2
分辨率 2.70 Å R-free 0.233
5VZU Crystal structure of the Skp1-FBXO31-cyclin D1 complex 提交 2017-05-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–163（163 aa）
突变：P2A ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；277 K；100 mM sodium citrate (pH 5.3), 0.27 M ammonium acetate, 13-17% MPD, 0.02 M CaCl2
分辨率 2.70 Å R-free 0.233
6BVA Ubiquitin Variant (UbV.Fl10.1) bound to a human Skp1-Fbl10 fragment complex. 提交 2017-12-12 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M calcium chloride, 18% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.66 Å R-free 0.263
6BVA Ubiquitin Variant (UbV.Fl10.1) bound to a human Skp1-Fbl10 fragment complex. 提交 2017-12-12 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M calcium chloride, 18% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.66 Å R-free 0.263
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.317
6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.317
6M90 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-2776 ternary complex 提交 2018-08-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–163（162 aa）
未记录 J91 2-(2-fluorophenoxy)-3-{[2-oxo-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carbonyl]amino}benzoic acid × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5
分辨率 2.05 Å R-free 0.212
6M91 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-103094 ternary complex 提交 2018-08-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–163（162 aa）
未记录 J97 3-({4-[(2,6-dichlorophenyl)sulfanyl]-2-oxo-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carbonyl}amino)benzoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5
分辨率 2.40 Å R-free 0.216
6M92 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-2663 ternary complex 提交 2018-08-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–163（162 aa）
未记录 J8V 3-{[2-oxo-4-phenoxy-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carbonyl]amino}benzoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5
分辨率 2.35 Å R-free 0.221
6M93 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-1933 ternary complex 提交 2018-08-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–163（162 aa）
未记录 J8Y 2-oxo-N-[3-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.230
6M94 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide bound to b-TrCP/Skp1 Complex 提交 2018-08-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–163（162 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH5.5
分辨率 2.70 Å R-free 0.238
6O60 Crystal structure of GGTase3-FBXL2-SKP1 complex 提交 2019-03-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES pH6.0, 20%-22% (v/v) PEG 400
分辨率 2.50 Å R-free 0.247
6TTU Ubiquitin Ligation to substrate by a cullin-RING E3 ligase at 3.7A resolution: NEDD8-CUL1-RBX1 N98R-SKP1-monomeric b-TRCP1dD-IkBa-UB~UBE2D2 提交 2019-12-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.70 Å
6VCD Cryo-EM structure of IRP2-FBXL5-SKP1 complex 提交 2019-12-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–163（163 aa）
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6W66 The structure of the F64A, S172A mutant Keap1-BTB domain in complex with SKP1-FBXL17 提交 2020-03-16 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；well solution 37.5 ul of 50 mM MgCl2, 100 mM HEPES pH 7.5, 30% (v/v) PEG MME 550 (E7 Hampton Index) + 12.5ul H2O mixed 1:1 with complex at 15mg/ml in 150 mM NaCl, 25 mM Tris/HCl pH 8.0
分辨率 3.21 Å R-free 0.290
6WCQ Structure of a substrate-bound DQC ubiquitin ligase 提交 2020-03-31 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.50 Å
6WNX FBXW11-SKP1 in complex with a pSer33/pSer37 Beta-Catenin peptide 提交 2020-04-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.12M Ethylene Glycol, 0.1M Morpheus Buffer 1 pH 6.5, 30.0% GOL_P4K
分辨率 2.50 Å R-free 0.251
6WNX FBXW11-SKP1 in complex with a pSer33/pSer37 Beta-Catenin peptide 提交 2020-04-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–163（163 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.12M Ethylene Glycol, 0.1M Morpheus Buffer 1 pH 6.5, 30.0% GOL_P4K
分辨率 2.50 Å R-free 0.251
6WNX FBXW11-SKP1 in complex with a pSer33/pSer37 Beta-Catenin peptide 提交 2020-04-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–163（163 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.12M Ethylene Glycol, 0.1M Morpheus Buffer 1 pH 6.5, 30.0% GOL_P4K
分辨率 2.50 Å R-free 0.251
7B5L Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 提交 2020-12-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7B5M Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-p27~Ub~ARIH1. Transition State 2 提交 2020-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
7B5R Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27 提交 2020-12-07 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7T1Y Structure of the Fbw7-Skp1-MycCdegron complex 提交 2021-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–163（162 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298.15 K；0.1 M Bicine pH6.5, 1.6 M Li2SO4
分辨率 2.55 Å R-free 0.268
7T1Z Structure of the Fbw7-Skp1-MycNdegron complex 提交 2021-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–163（162 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298.15 K；0.1 M Bicine pH6.5, 1.6 M Li2SO4
分辨率 2.77 Å R-free 0.248
7Z8B Structure of CRL7FBXW8 reveals coupling with CUL1-RBX1/ROC1 for multi-cullin-RING E3-catalyzed ubiquitin ligation 提交 2022-03-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7Z8T CAND1-SCF-SKP2 CAND1 engaged SCF rocked 提交 2022-03-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7Z8V CAND1-SCF-SKP2 (SKP1deldel) CAND1 engaged SCF rocked 提交 2022-03-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7ZBW CAND1-SCF-SKP2 CAND1 rolling-2 SCF engaged 提交 2022-03-24 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7ZBZ CAND1 delhairpin-SCF-SKP2 CAND1 partly engaged SCF partly rocked 提交 2022-03-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8BYA Cryo-EM structure of SKP1-SKP2-CKS1-CDK2-CyclinA-p27KIP1 Complex 提交 2022-12-12 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
8BYL Cryo-EM structure of SKP1-SKP2-CKS1 from the SCFSKP2 E3 ligase complex 提交 2022-12-13 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8CDJ CAND1 b-hairpin++-SCF-SKP2 CAND1 rolling SCF engaged 提交 2023-01-31 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8CDK CAND1 b-hairpin++-SCF-SKP2 CAND1 partly engaged SCF partly rocked 提交 2023-01-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
8OR0 CAND1-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKS1-CDK2 提交 2023-04-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8OR3 CAND1-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-DCNL1 提交 2023-04-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8OR4 Partially dissociated CAND1-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKS1-CDK2 提交 2023-04-13 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8S7D Cryo-EM structure of SKP1-FBXO22 in complex with a BACH1 BTB dimer at 3.2A resolution 提交 2024-02-29 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8S7E Cryo-EM structure of SKP1-FBXO22 提交 2024-02-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–163（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8UA6 Cryo-EM Structure of SCF-FBOX22-BACH1BTB 提交 2023-09-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8UBT Structure of SCF-FBXL17-BACH1BTB E3 ligase complex 提交 2023-09-24 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–163（163 aa） 片段：BTB domain (UNP residues 7-128)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8UBU Cryo-EM structure of dimeric SCF-FBXL17-BACH1BTB E3 ligase complex close conformation 提交 2023-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 C 1–163（163 aa）
链 G 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
9CB3 E2F1-Cyclin F Interface 提交 2024-06-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–163（163 aa） 片段：BTB domain (UNP residues 7-128)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
9JKB Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO4 SCF ubiquition ligase complex 提交 2024-09-15 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9KBD Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO3 SCF ubiquition ligase complex 提交 2024-10-30 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9KBF Cryo-EM structure of the SKP1-FBXO3 complex 提交 2024-10-30 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.74 Å
9QO0 Pre-activated 9-subunit COP9 signalosome and neddylated SCF (Skp1-Skp2-Cks1) complex structure 提交 2025-03-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：15-meric
链 L 1–163（163 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
9QO2 Dissociation-state-1 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 L 1–163（163 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9QO3 Dissociation-state-2 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric
链 L 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
9QO4 Dissociation-state-3 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 L 1–163（163 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9QO5 Dissociation-state-4 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 L 1–163（163 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9XZJ Cryo-EM structure of F-box helicase 1 (FBH1) bound to an SCF ubiquitin ligase complex and a 3-way DNA fork (consensus structure) 提交 2025-08-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
9XZL Cryo-EM structure of F-box helicase 1 (FBH1) bound to an SCF ubiquitin ligase complex and a 3-way DNA fork (body structure) 提交 2025-08-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å

共 71 个其他 PDB 条目、97 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SKP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5xyl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5xyl
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5xyl
沉积日期 deposition_date2017-07-09
结构标题 titleSolution Structure of Skp1 from Homo sapiens
关键词 keywordsFbox interacting protein, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.61 Å
零角强度 I(0) i0508229000.00
分子量 molecular_weight186400.0 kDa
排除体积 excluded_volume232180 ų
包络体积 envelope_volume71867 ų
水化壳体积 shell_volume25294 ų
包络直径 envelope_diameter95.5 Å
壳层 Rg shell_rg30.54 Å
包络 Rg envelope_rg26.09 Å
形状 Rg shape_rg19.61 Å
总 Rg total_rg20.01 Å
总原子数 total_atoms25910
残基数 n_residues1630
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.5 Å
Rg (实空间) rg_real18.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.09 Å
I(0) (实空间) i0_real4.8110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal508200000.0000
解质量估计 total_estimate0.6864
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary20.3 Å
偏度 Skewness skewness0.280
峰度 Kurtosis kurtosis-0.498
角度范围 angular_range— – 0.3950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha2.9530
最高正则化参数 α highest_alpha911700.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.004; Oscil: 0.993; Stabil: 0.982; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5xyla1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.42 — POZ domain
超家族 Superfamily superfamilyd.42.1 — POZ domain
家族 Family familyd.42.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5xyla2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.157 — Skp1 dimerisation domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.157.1 — Skp1 dimerisation domain-like
家族 Family familya.157.1.1 — Skp1 dimerisation domain-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5xylA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)