5yst

RanM189D in complex with RanBP1-CRM1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding nuclear protein Ran

Homo sapiens

UniProt P62826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–216 突变:M189D Ran-specific GTPase-activating protein 1 × 1 (P41920) Exportin-1,Exportin-1 × 1 (P30822) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.6;293 K;18% PEG 3350, 200mM Ammonium Nitrate, 100mM Bis-Tris pH 6.6 分辨率 2.04 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、203 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAN_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–216; UniProt 1–216

Ran-specific GTPase-activating protein 1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P41920

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 62–200 片段:Ran Binding Domain GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) Exportin-1,Exportin-1 × 1 (P30822) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.6;293 K;18% PEG 3350, 200mM Ammonium Nitrate, 100mM Bis-Tris pH 6.6 分辨率 2.04 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 65 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YRB1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–139; UniProt 62–200

Exportin-1,Exportin-1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P30822

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–376 链 C; UniProt 414–1052 片段:lacking C-terminal inhibitory tail,lacking C-terminal inhibitory tail 突变:D537G, T539C, V540E, K541Q GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) Ran-specific GTPase-activating protein 1 × 1 (P41920) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.6;293 K;18% PEG 3350, 200mM Ammonium Nitrate, 100mM Bis-Tris pH 6.6 分辨率 2.04 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 69 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XPO1_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 3–378; UniProt 1–376 作者链 C; PDB构建体 379–1017; UniProt 414–1052

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5yst

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5yst
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5yst
沉积日期 deposition_date2017-11-15
结构标题 titleRanM189D in complex with RanBP1-CRM1
关键词 keywordstransport protein, nuclear export, complex, mutant, activation, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.28
零角强度 I(0) i0349681000.00
分子量 molecular_weight155740.0 kDa
排除体积 excluded_volume196740 ų
包络体积 envelope_volume251570 ų
水化壳体积 shell_volume57359 ų
包络直径 envelope_diameter113.5
壳层 Rg shell_rg43.71
包络 Rg envelope_rg34.58
形状 Rg shape_rg35.28
总 Rg total_rg35.87
总原子数 total_atoms10950
残基数 n_residues1348
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.2
Rg (实空间) rg_real35.85
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.65
I(0) (实空间) i0_real3.4970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal349700000.0000
解质量估计 total_estimate0.9074
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.1
偏度 Skewness skewness0.038
峰度 Kurtosis kurtosis-0.615
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha50200000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.954

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5ysta_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd5ystb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5ystA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5ystB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)