6a3c

MVM NES mutant Nm12 in complex with CRM1-Ran-RanBP1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding nuclear protein Ran

Homo sapiens

UniProt P62826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–216 突变:Y197A Ran-specific GTPase-activating protein 1 × 1 (P41920) Exportin-1 × 1 (P30822) MVM NES mutant Nm12 × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.6;293 K;18% PEG3350, 200mM Ammonium Nitrate, 100mM Bis-Tris pH6.6 分辨率 2.35 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、203 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAN_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 20–235; UniProt 1–216

Ran-specific GTPase-activating protein 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P41920

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 62–201 片段:Ran Binding Domain GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) Exportin-1 × 1 (P30822) MVM NES mutant Nm12 × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.6;293 K;18% PEG3350, 200mM Ammonium Nitrate, 100mM Bis-Tris pH6.6 分辨率 2.35 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 65 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YRB1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–143; UniProt 62–201

Exportin-1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P30822

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–1058 片段:lacking C-terminal inhibitory tail and H9 loop 突变:D537G, T539C, V540E, K541Q, Y1022C, 377-413 deletion, 441-461 deletion GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) Ran-specific GTPase-activating protein 1 × 1 (P41920) MVM NES mutant Nm12 × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.6;293 K;18% PEG3350, 200mM Ammonium Nitrate, 100mM Bis-Tris pH6.6 分辨率 2.35 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 69 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XPO1_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–1003; UniProt 1–1058

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6a3c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6a3c
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6a3c
沉积日期 deposition_date2018-06-15
结构标题 titleMVM NES mutant Nm12 in complex with CRM1-Ran-RanBP1
关键词 keywordstransport protein, nuclear export, complex, mutant, inhibitor; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.77
零角强度 I(0) i0348413000.00
分子量 molecular_weight155690.0 kDa
排除体积 excluded_volume196810 ų
包络体积 envelope_volume260770 ų
水化壳体积 shell_volume58620 ų
包络直径 envelope_diameter122.9
壳层 Rg shell_rg44.19
包络 Rg envelope_rg35.04
形状 Rg shape_rg35.77
总 Rg total_rg36.35
总原子数 total_atoms10954
残基数 n_residues1352
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.8
Rg (实空间) rg_real36.37
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real3.4840e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal348500000.0000
解质量估计 total_estimate0.9076
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary49.0
偏度 Skewness skewness0.030
峰度 Kurtosis kurtosis-0.604
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha44840000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.963

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6a3ca_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd6a3cb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6a3cA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6a3cB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)