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6fcm

Crystal structure of human PCNA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.6 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proliferating cell nuclear antigen

Homo sapiens

UniProt P12004

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–261 链 C； UniProt 1–261 链 E； UniProt 1–261 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；19 to 23% PEG 3350, 0.2 to 0.3 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6FCM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AXC HUMAN PCNA 提交 1997-10-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å R-free 0.289
1U76 Crystal structure of hPCNA bound to residues 452-466 of the DNA polymerase-delta-p66 subunit 提交 2004-08-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.278
1U7B Crystal structure of hPCNA bound to residues 331-350 of the flap endonuclease-1 (FEN1) 提交 2004-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.88 Å R-free 0.265
1UL1 Crystal structure of the human FEN1-PCNA complex 提交 2003-09-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；6% PEG1000, 50mM MES, 50mM Sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.90 Å R-free 0.284
1VYJ Structural and biochemical studies of human PCNA complexes provide the basis for association with CDK/cyclin and rationale for inhibitor design 提交 2004-04-30 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；2.7M AS, HEPES PH8, pH 8.00
分辨率 2.80 Å R-free 0.256
1VYJ Structural and biochemical studies of human PCNA complexes provide the basis for association with CDK/cyclin and rationale for inhibitor design 提交 2004-04-30 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–261（261 aa）
链 I 1–261（261 aa）
链 K 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；2.7M AS, HEPES PH8, pH 8.00
分辨率 2.80 Å R-free 0.256
1VYM NATIVE HUMAN PCNA 提交 2004-05-03 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG3350, 0.2M MAGNESIUM ACETATE, pH 7.00
分辨率 2.30 Å R-free 0.279
1W60 NATIVE HUMAN PCNA 提交 2004-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；35% PEGMME 2K, 0.1M NA ACETATE (PH4.6), 0.2M AS., pH 4.60
分辨率 3.15 Å R-free 0.278
1W60 NATIVE HUMAN PCNA 提交 2004-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；35% PEGMME 2K, 0.1M NA ACETATE (PH4.6), 0.2M AS., pH 4.60
分辨率 3.15 Å R-free 0.278
2ZVK Crystal structure of PCNA in complex with DNA polymerase eta fragment 提交 2008-11-11 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.6；293 K；pH3.6, HANGING DROP VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.286
2ZVL Crystal structure of PCNA in complex with DNA polymerase kappa fragment 提交 2008-11-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION；pH 5.2；293 K；pH5.2, HANGING DROP VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.289
2ZVL Crystal structure of PCNA in complex with DNA polymerase kappa fragment 提交 2008-11-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION；pH 5.2；293 K；pH5.2, HANGING DROP VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.289
2ZVM Crystal structure of PCNA in complex with DNA polymerase iota fragment 提交 2008-11-11 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；293 K；pH6.4, HANGING DROP VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.251
3JA9 Structure of native human PCNA 提交 2015-05-19 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50mM Tris-HCl, 5mM MgCl2
分辨率 22.00 Å
3P87 Structure of human PCNA bound to RNASEH2B PIP box peptide 提交 2010-10-13 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；293.15 K；3M NaCl, 0.1M citrate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.99 Å R-free 0.248
3P87 Structure of human PCNA bound to RNASEH2B PIP box peptide 提交 2010-10-13 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；293.15 K；3M NaCl, 0.1M citrate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.99 Å R-free 0.248
3P87 Structure of human PCNA bound to RNASEH2B PIP box peptide 提交 2010-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；293.15 K；3M NaCl, 0.1M citrate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.99 Å R-free 0.248
3TBL Structure of Mono-ubiquitinated PCNA: Implications for DNA Polymerase Switching and Okazaki Fragment Maturation 提交 2011-08-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；0.9 to 1.3 M sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.90 Å R-free 0.293
3VKX Structure of PCNA 提交 2011-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 3 SO4 SULFATE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.249
3WGW Structure of PCNA bound to a small molecule inhibitor 提交 2013-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 T2B 4-{4-[(2S)-2-amino-3-hydroxypropyl]-2,6-diiodophenoxy}phenol × 6 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.221
3WGW Structure of PCNA bound to a small molecule inhibitor 提交 2013-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–261（261 aa）
未记录 T2B 4-{4-[(2S)-2-amino-3-hydroxypropyl]-2,6-diiodophenoxy}phenol × 3 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.221
4D2G Crystal structure of human PCNA in complex with p15 peptide 提交 2014-05-09 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 40% PEG 300 IN 0.1 MM PHOSPHATE-CITRATE PH 4.2
分辨率 2.65 Å R-free 0.250
4RJF Crystal structure of the human sliding clamp at 2.0 angstrom resolution 提交 2014-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.08M strontium chloride hexahydrate, 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.04M sodium cacodylate trihydrate (pH7.0), 20% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol and 0.012M spermine tetrahydrochloride, final [PCNA] = 11.6mg/mL = 0.40mM, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
分辨率 2.01 Å R-free 0.189
4RJF Crystal structure of the human sliding clamp at 2.0 angstrom resolution 提交 2014-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.08M strontium chloride hexahydrate, 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.04M sodium cacodylate trihydrate (pH7.0), 20% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol and 0.012M spermine tetrahydrochloride, final [PCNA] = 11.6mg/mL = 0.40mM, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
分辨率 2.01 Å R-free 0.189
4RJF Crystal structure of the human sliding clamp at 2.0 angstrom resolution 提交 2014-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.08M strontium chloride hexahydrate, 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.04M sodium cacodylate trihydrate (pH7.0), 20% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol and 0.012M spermine tetrahydrochloride, final [PCNA] = 11.6mg/mL = 0.40mM, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
分辨率 2.01 Å R-free 0.189
4ZTD Crystal Structure of Human PCNA in complex with a TRAIP peptide 提交 2015-05-14 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 2–254（253 aa） 片段：UNP residues 2-254
链 B 2–254（253 aa） 片段：UNP residues 2-254
链 C 2–254（253 aa） 片段：UNP residues 2-254
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；16% PEG 6K in 0.1mM magnesium acetate, MES buffer pH 6.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
5E0T Human PCNA mutant - S228I 提交 2015-09-29 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
突变：S228I 突变：S228I 突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100mM sodium acetate, pH4.5, 2M ammonium sulfate
分辨率 2.67 Å R-free 0.226
5E0T Human PCNA mutant - S228I 提交 2015-09-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
突变：S228I 突变：S228I 突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100mM sodium acetate, pH4.5, 2M ammonium sulfate
分辨率 2.67 Å R-free 0.226
5E0U Human PCNA variant (S228I) complexed with p21 at 1.9 Angstroms 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–261（261 aa）
突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
分辨率 1.93 Å R-free 0.221
5E0U Human PCNA variant (S228I) complexed with p21 at 1.9 Angstroms 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–261（261 aa）
突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
分辨率 1.93 Å R-free 0.221
5E0U Human PCNA variant (S228I) complexed with p21 at 1.9 Angstroms 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–261（261 aa）
突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
分辨率 1.93 Å R-free 0.221
5E0V Human PCNA variant (S228I) complexed with FEN1 at 2.1 Angstroms 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–261（261 aa）
突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；2.35 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 40% (v/v) -1,3-Butanediol
分辨率 2.07 Å R-free 0.229
5E0V Human PCNA variant (S228I) complexed with FEN1 at 2.1 Angstroms 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–261（261 aa）
突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；2.35 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 40% (v/v) -1,3-Butanediol
分辨率 2.07 Å R-free 0.229
5IY4 Crystal structure of human PCNA in complex with the PIP box of DVC1 提交 2016-03-24 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrates (pH 5.0), 30% v/v Jeffamine ED-2001 (pH 7.0)
分辨率 2.94 Å R-free 0.270
5MAV Crystal structure of human PCNA in complex with PARG (poly(ADP-ribose) glycohydrolase) peptide. 提交 2016-11-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate
分辨率 2.58 Å R-free 0.291
5MAV Crystal structure of human PCNA in complex with PARG (poly(ADP-ribose) glycohydrolase) peptide. 提交 2016-11-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate
分辨率 2.58 Å R-free 0.291
5MLO Crystal structure of human PCNA in complex with ZRANB3 PIP box peptide 提交 2016-12-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM NaCl + 8% (v/v) DMSO + 31% pentaerythitol propoxylate (5/4 PO/OH)
分辨率 1.96 Å R-free 0.259
5MLW Crystal structure of human PCNA in complex with ZRANB3 APIM motif peptide 提交 2016-12-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100 mM lithium sulfate + 30% (w/v) polyvinylpyrrolidone + 100 mM HEPES pH 7.0
分辨率 2.45 Å R-free 0.264
5MOM Crystal Structure of PCNA encoding the hypomorphic mutation S228I 提交 2016-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
链 B 1–258（258 aa）
链 C 1–258（258 aa）
突变：S228I 突变：S228I 突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M NaAcO, 2M (NH4)2SO4
分辨率 2.27 Å R-free 0.216
5YCO Complex structure of PCNA with UHRF2 提交 2017-09-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.220
5YCO Complex structure of PCNA with UHRF2 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–261（261 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.220
5YD8 Crystal structure of human PCNA in complex with APIM of human ZRANB3 提交 2017-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Y 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.265
5YD8 Crystal structure of human PCNA in complex with APIM of human ZRANB3 提交 2017-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.265
5YD8 Crystal structure of human PCNA in complex with APIM of human ZRANB3 提交 2017-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Z 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.265
6CBI PCNA in complex with inhibitor 提交 2018-02-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；2M ammonium sulfate 0.1M Tris pH8.0
分辨率 2.75 Å R-free 0.252
6CBI PCNA in complex with inhibitor 提交 2018-02-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；2M ammonium sulfate 0.1M Tris pH8.0
分辨率 2.75 Å R-free 0.252
6EHT Modulation of PCNA sliding surface by p15PAF suggests a suppressive mechanism for cisplatin-induced DNA lesion bypass by pol eta holoenzyme 提交 2017-09-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 A 1–254（254 aa）
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–255（255 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% polyethylene glycol 3350 0.1 M sodium acetate pH 4.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.327
6FCN Crystal structure of human PCNA soaked with p47phox(106-127) peptide 提交 2017-12-20 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；19 to 23% PEG 3350, 0.2 to 0.3 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 12h prior to crystal freezing, 100 uM of p47phox(106-127) peptide was added to the crystallization drop
分辨率 3.22 Å R-free 0.272
6GIS Structural basis of human clamp sliding on DNA 提交 2018-05-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
突变：H from His tag 突变：H from His tag 突变：H from His tag 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；11% PEG 3350 0.1M Sodium acetate ph 4.5
分辨率 2.82 Å R-free 0.284
6GWS Crystal structure of human PCNA in complex with three p15 peptides 提交 2018-06-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；28% PEG 400, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Hepes
分辨率 2.90 Å R-free 0.263
6HVO Crystal structure of human PCNA in complex with three peptides of p12 subunit of human polymerase delta 提交 2018-10-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Bis Tris 6.5 , Li2SO4 (0.2M), PEG 3350 24%
分辨率 2.10 Å R-free 0.244
6K3A Crystal structure of human PCNA in complex with DNMT1 PIP box motif. 提交 2019-05-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；1.6M sodium citrate
分辨率 2.30 Å R-free 0.264
6QC0 PCNA complex with Cdt2 C-terminal PIP-box peptide 提交 2018-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10% (w/v) PEG 6000 100 mM MES/HCl
分辨率 3.50 Å R-free 0.252
6QCG PCNA complex with Cdt1 N-terminal PIP-box peptide 提交 2018-12-28 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；300 K；15% (w/v) PEG 400, 100 mM calcium acetate, 100 mM MES/HCl
分辨率 3.40 Å R-free 0.253
6QCG PCNA complex with Cdt1 N-terminal PIP-box peptide 提交 2018-12-28 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；300 K；15% (w/v) PEG 400, 100 mM calcium acetate, 100 mM MES/HCl
分辨率 3.40 Å R-free 0.253
6S1M Human polymerase delta holoenzyme Conformer 1 提交 2019-06-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.27 Å
6S1N Human polymerase delta holoenzyme Conformer 2 提交 2019-06-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.86 Å
6S1O Human polymerase delta holoenzyme Conformer 3 提交 2019-06-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.10 Å
6TNY Processive human polymerase delta holoenzyme 提交 2019-12-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
6TNZ Human polymerase delta-FEN1-PCNA toolbelt 提交 2019-12-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
6VVO Structure of the human clamp loader (Replication Factor C, RFC) bound to the sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen, PCNA) 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7EFA Crystal structure of the complex between the C-terminal domain of mouse MUTYH and human PCNA 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG8000, imidazole
分辨率 2.70 Å R-free 0.286
7KQ0 PCNA bound to peptide mimetic 提交 2020-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.18M magnesium acetate, 20% poly(ethylene) glycol 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.201
7KQ0 PCNA bound to peptide mimetic 提交 2020-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.18M magnesium acetate, 20% poly(ethylene) glycol 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.201
7KQ0 PCNA bound to peptide mimetic 提交 2020-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.18M magnesium acetate, 20% poly(ethylene) glycol 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.201
7KQ1 PCNA bound to truncated peptide mimetic 提交 2020-11-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 E 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1M sodium malonate and 8% poly(ethylene)glycol 3350
分辨率 3.30 Å R-free 0.267
7M5L PCNA bound to peptide mimetic with linker 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–258（258 aa）
链 B 1–258（258 aa）
链 C 1–258（258 aa）
未记录 TME PROPANE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.18M magnesium acetate, 19.2% poly(ethylene) glycol 3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.275
7M5M PCNA bound to peptide mimetic 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
未记录 NBU N-BUTANE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.18M Magnesium acetate, 19.5% poly(ethylene) glycol 3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
7M5N PCNA bound to peptide mimetic with linker 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
未记录 8VH 1,3-dimethylbenzene × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.18M magnesium acetate, 19.3% poly(ethylene) glycol 3350
分辨率 3.11 Å R-free 0.309
7NV0 Human Pol Kappa holoenzyme with wt PCNA 提交 2021-03-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7NV1 Human Pol Kappa holoenzyme with Ub-PCNA 提交 2021-03-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.40 Å
7QNZ human Lig1-DNA-PCNA complex reconstituted in absence of ATP 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.58 Å
7QO1 complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 B 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8B8T Open conformation of the complex of DNA ligase I on PCNA and DNA in the presence of ATP 提交 2022-10-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–255（255 aa）
链 F 1–255（255 aa）
链 G 1–255（255 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8COB Crystal structure of human PCNA in complex with ERCC6L2 PIP box peptide 提交 2023-02-27 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% (w/v) PEG3350, 100 mM BIS-TRIS pH 5.5
分辨率 2.73 Å R-free 0.255
8E84 Human PCNA mutant- C148S 提交 2022-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–261（261 aa）
突变：C148S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；175 mM Magnesium Acetate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.292
8E84 Human PCNA mutant- C148S 提交 2022-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–261（261 aa）
突变：C148S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；175 mM Magnesium Acetate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.292
8E84 Human PCNA mutant- C148S 提交 2022-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–261（261 aa）
突变：C148S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；175 mM Magnesium Acetate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.292
8F5Q Crystal structure of human PCNA in complex with the PIP box of FBH1 提交 2022-11-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 E 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 M magnesium chloride, 30% PEG400
分辨率 1.90 Å R-free 0.266
8GCJ PCNA 提交 2023-03-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.85 Å R-free 0.278
8GCJ PCNA 提交 2023-03-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.85 Å R-free 0.278
8GL9 Co-crystal structure of caPCNA bound to AOH1160 derivative 1LE 提交 2023-03-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 ZQW N~2~-(naphthalene-1-carbonyl)-N-(2-phenoxyphenyl)-L-alpha-glutamine × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate
分辨率 2.81 Å R-free 0.240
8GL9 Co-crystal structure of caPCNA bound to AOH1160 derivative 1LE 提交 2023-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–261（261 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate
分辨率 2.81 Å R-free 0.240
8GLA Co-crystal structure of caPCNA bound to the AOH1996 derivative, AOH1996-1LE 提交 2023-03-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 ZQZ N-[2-(3-methoxyphenoxy)phenyl]-N~2~-(naphthalene-1-carbonyl)-L-alpha-glutamine × 6 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate
分辨率 3.77 Å R-free 0.260
8GLA Co-crystal structure of caPCNA bound to the AOH1996 derivative, AOH1996-1LE 提交 2023-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–261（261 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate
分辨率 3.77 Å R-free 0.260
8UI7 Cryo-EM map of human clmap-clamp loader ATAD5-RFC-gapped PCNA complex in intermediate state 3 提交 2023-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8UI8 Cryo-EM map of human clamp-clamp loader ATAD5-RFC-two PCNAs complex in intermediate state 3 提交 2023-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8UI9 Cryo-EM map of human clamp-clamp loader ATAD5-RFC-cracked PCNA complex in intermediate state 2 提交 2023-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8UII Cryo-EM map of human clamp-clamp loader ATAD5-RFC-closed PCNA complex in intermediate state 1 提交 2023-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8UMT Atomic model of the human CTF18-RFC-PCNA binary complex in the three-subunit binding state (state 2) 提交 2023-10-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8UMU Atomic model of the human CTF18-RFC-PCNA binary complex in the four-subunit binding state (state 3) 提交 2023-10-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
8UMV Atomic model of the human CTF18-RFC-PCNA-DNA ternary complex with narrow PCNA opening state I (state 5) 提交 2023-10-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
8UMW Atomic model of the human CTF18-RFC-PCNA-DNA ternary complex in the five-subunit binding state (state 4) 提交 2023-10-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8UMY Atomic model of the human CTF18-RFC-PCNA-DNA ternary complex with narrow PCNA opening state II (state 6) 提交 2023-10-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
8UN0 Atomic model of the human CTF18-RFC-PCNA-DNA ternary complex with cracked and closed PCNA (state 7) 提交 2023-10-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8YJH Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State A 提交 2024-03-01 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.68 Å
8YJL Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State B 提交 2024-03-02 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
8YJQ Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State C 提交 2024-03-02 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
8YJR Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State D 提交 2024-03-02 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
8YJS Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State E 提交 2024-03-02 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8YJU Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State F 提交 2024-03-02 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
8YJV Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State G 提交 2024-03-03 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
8YJW Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State H 提交 2024-03-03 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8YJZ Structure of the human endogenous PCNA-FEN1-RNase H2 complex - State D 提交 2024-03-03 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.15 Å
8ZWO Structure of CTF18-PCNA with ATP 提交 2024-06-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
9B8S Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA in the nucleotide exchange state 提交 2024-03-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.01 Å
9B8T Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA in the nucleotide bound state 提交 2024-03-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9CG4 Cryo-EM structure of FAN1, PCNA and DNA substrate with (CAG)2 extrusion in intermediate state 提交 2024-06-28 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
9CHM Cryo-EM structure of FAN1 R507H and PCNA in intermediate state 提交 2024-07-01 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
9CL7 Cryo-EM structure of FAN1-PCNA-DNA in final state 提交 2024-07-10 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.83 Å
9CMA Cryo-EM structure of FAN1 R507H-PCNA-DNA in final state 提交 2024-07-13 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
9EOA Cryo_EM structure of human FAN1 in complex with 5' flap DNA substrate and PCNA 提交 2024-03-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric
链 F 1–256（256 aa）
链 G 1–256（256 aa）
链 H 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.27 Å
9F6D Human DNA polymerase epsilon bound to DNA and PCNA (open conformation) 提交 2024-05-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9F6E Human DNA polymerase epsilon bound to DNA and PCNA (ajar conformation) 提交 2024-05-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.74 Å
9F6F Human DNA polymerase epsilon bound to DNA and PCNA (closed conformation) 提交 2024-05-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.75 Å
9GY0 Cryo_EM structure of human FAN1 R507H mutant in complex with 5' flap DNA substrate and PCNA 提交 2024-10-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.42 Å
9IIN Structure of CTF18-PCNA with ATP and Mg2+ 提交 2024-06-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9N3L Co-crystal structure of PCNA bound to HSP90alpha inhibitor, SNX2112 提交 2025-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 E0G 4-[6,6-dimethyl-4-oxidanylidene-3-(trifluoromethyl)-5,7-dihydroindazol-1-yl]-2-[(4-oxidanylcyclohexyl)amino]benzamide × 3 CL CHLORIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M sodium chloride, 2.0M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
9NE6 Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with an in-situ-generated mismatch in the mismatch-editing state 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.11 Å
9NE7 Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with an in-situ-generated mismatch in the Pol-backtracking state 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
9NE8 Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with an in-situ-generated mismatch in the mismatch-locking state 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9NE9 Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with a pre-existing mismatch in the blocked conformation I 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.88 Å
9NEA Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with a pre-existing mismatch in the blocked conformation II 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.81 Å
9SRI Human DNA polymerase epsilon bound to DNA blunt end 提交 2025-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9UIQ Structure of CTF18-PCNA with ATP 提交 2025-04-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–257（257 aa）
链 G 1–257（257 aa）
链 H 1–257（257 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9VGW Crystal structure of human PCNA in complex with REV1 PIP-box 提交 2025-06-15 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；ammonium sulfate
分辨率 2.70 Å R-free 0.261

共 101 个其他 PDB 条目、126 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PCNA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 22–282； UniProt 1–261 作者链 C； PDB构建体 22–282； UniProt 1–261 作者链 E； PDB构建体 22–282； UniProt 1–261

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6fcm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6fcm
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6fcm
沉积日期 deposition_date2017-12-20
结构标题 titleCrystal structure of human PCNA
关键词 keywordsProliferating cell nuclear antigen, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.92 Å
零角强度 I(0) i0108974000.00
分子量 molecular_weight82739.0 kDa
排除体积 excluded_volume103600 ų
包络体积 envelope_volume144240 ų
水化壳体积 shell_volume36556 ų
包络直径 envelope_diameter99.5 Å
壳层 Rg shell_rg40.51 Å
包络 Rg envelope_rg30.73 Å
形状 Rg shape_rg31.91 Å
总 Rg total_rg32.71 Å
总原子数 total_atoms5782
残基数 n_residues755
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.6 Å
Rg (实空间) rg_real33.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal109000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9011
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary48.8 Å
偏度 Skewness skewness-0.011
峰度 Kurtosis kurtosis-0.812
角度范围 angular_range— – 0.2400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha71710000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.840
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd6fcma1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6fcma2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6fcmc1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6fcmc2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6fcme1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6fcme2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6fcmA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture70 — Box
拓扑 Topology topology10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id6fcmC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture70 — Box
拓扑 Topology topology10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id6fcmE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture70 — Box
拓扑 Topology topology10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)