6ly4

The crystal structure of the BM3 mutant LG-23 in complex with testosterone

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

Bacillus megaterium (strain ATCC 14581 / DSM 32 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / VKM B-512)

UniProt P14779

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–457 突变:R47W/S72W/F77Y/V78L/F81I/A82L/F87G/T88S/M17T/M185Q/L188Q/I209T/A328G/A330W TES TESTOSTERONE × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;289.15 K;10% w/v PEG 20000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M of each ethylene glycol (0.3M diethyleneglycol, 0.3M triethyleneglycol, 0.3M tetraethyleneglycol, 0.3 M pentaethyleneglycol), 0.1M MES/imidazole pH 6.5 分辨率 1.68 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 168 个其他 PDB 条目、311 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXB_BACMB
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 27–481; UniProt 3–457

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ly4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ly4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ly4
沉积日期 deposition_date2020-02-13
结构标题 titleThe crystal structure of the BM3 mutant LG-23 in complex with testosterone
关键词 keywordsP450-BM3 mutant, regio- and stereoselectivity, hydroxylation, testosterone, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.84
零角强度 I(0) i044520400.00
分子量 molecular_weight53085.0 kDa
排除体积 excluded_volume66932 ų
包络体积 envelope_volume75901 ų
水化壳体积 shell_volume27906 ų
包络直径 envelope_diameter72.5
壳层 Rg shell_rg29.71
包络 Rg envelope_rg22.19
形状 Rg shape_rg21.82
总 Rg total_rg22.78
总原子数 total_atoms3743
残基数 n_residues450
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.8
Rg (实空间) rg_real23.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33
I(0) (实空间) i0_real4.4520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal44520000.0000
解质量估计 total_estimate0.9037
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.4
偏度 Skewness skewness0.114
峰度 Kurtosis kurtosis-0.491
角度范围 angular_range— – 0.3450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9701000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.984

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6ly4a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6ly4A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)