SAXSdb — 6npy

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase,Serine/threonine-protein kinase Nek7

Homo sapiens

UniProt P19525

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Isoform 2 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 × 1 （Q96P20） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E2AK2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–10； UniProt 260–266

Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase,Serine/threonine-protein kinase Nek7

Homo sapiens

UniProt Q8TDX7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Isoform 2 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 × 1 （Q96P20） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEK7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 11–279； UniProt 34–302

Isoform 2 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3

Homo sapiens

UniProt Q96P20

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase,Serine/threonine-protein kinase Nek7 × 1 （P19525,Q8TDX7） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NLRP3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1034； UniProt 3–1036

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6npy
沉积日期 deposition_date	2019-01-18
结构标题 title	Cryo-EM structure of NLRP3 bound to NEK7
关键词 keywords	;Inflammasome, Activator, Biological process Immunity, Inflammatory response, Innate immunity, Transcription, Transcription regulation Ligand, ATP binding, Nucleotide binding, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6npy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6npy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6npy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.17 Å
Rg（电子密度）	33.50 Å
总 Rg	34.13 Å
原子数	8017
残基数	1001
排除体积	143780 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6npy__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase,Serine/threonine-protein kinase Nek7
分子量 formula_weight	32015.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1,2.7.10.2,2.7.11.34
突变 mutation	L54R,V58K,P59T,K87A,A99V,S100C,E103T,D104G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	8017

GSTDKRFGMDFRIEKKIGRGQFSEVYRAACRLDGKTVALKKVQIFDLMDAKARADCIKEIDLLAQLNHPNVIKYYVCFITGNELNIVLELADAGDLSRMIKHFKKQKRLIPERTVWKYFVQLCSALEHMHSRRVMHRDIKPANVFITATGVVKLGDLGLGRFFSSKTTAAHSLVGTPYYMSPERIHENGYNFKSDIWSLGCLLYEMAALQSPFYGDKMNLYSLCKKIEQCDYPPLPSDHYSEELRQLVNMCINPDPEKRPDVTYVYDVAKRMHACTASS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Isoform 2 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
分子量 formula_weight	117891.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
突变 mutation	D133I, R135C, K136A, K140A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MASTRCKLARYLEDLEDVDLKKFKMHLEDYPPQKGCIPLPRGQTEKADHVDLATLMIDFNGEEKAWAMAVWIFAAINRRDLYEKAKRDEPKWGSDNARVSNPTVICQEDSIEEEWMGLLEYLSRISICKMKKIYCAKYRAYVRSRFQCIEDRNARLGESVSLNKRYTRLRLIKEHRSQQEREQELLAIGKTKTCESPVSPIKMELLFDPDDEHSEPVHTVVFQGAAGIGKTILARKMMLDWASGTLYQDRFDYLFYIHCREVSLVTQRSLGDLIMSCCPDPNPPIHKIVRKPSRILFLMDGFDELQGAFDEHIGPLCTDWQKAERGDILLSSLIRKKLLPEASLLITTRPVALEKLQHLLDHPRHVEILGFSEAKRKEYFFKYFSDEAQARAAFSLIQENEVLFTMCFIPLVCWIVCTGLKQQMESGKSLAQTSKTTTAVYVFFLSSLLQPRGGSQEHGLCAHLWGLCSLAADGIWNQKILFEESDLRNHGLQKADVSAFLRMNLFQKEVDCEKFYSFIHMTFQEFFAAMYYLLEEEKEGRTNVPGSRLKLPSRDVTVLLENYGKFEKGYLIFVVRFLFGLVNQERTSYLEKKLSCKISQQIRLELLKWIEVKAKAKKLQIQPSQLELFYCLYEMQEEDFVQRAMDYFPKIEINLSTRMDHMVSSFCIENCHRVESLSLGFLHNMPKEEEEEEKEGRHLDMVQCVLPSSSHAACSHGLVNSHLTSSFCRGLFSVLSTSQSLTELDLSDNSLGDPGMRVLCETLQHPGCNIRRLWLGRCGLSHECCFDISLVLSSNQKLVELDLSDNALGDFGIRLLCVGLKHLLCNLKKLWLVSCCLTSACCQDLASVLSTSHSLTRLYVGENALGDSGVAILCEKAKNPQCNLQKLGLVNSGLTSVCCSALSSVLSTNQNLTHLYLRGNTLGDKGIKLLCEGLLHPDCKLQVLELDNCNLTSHCCWDLSTLLTSSQSLRKLSLGNNDLGDLGVMMFCEVLKQQSCLLQNLGLSEMYFNYETKSALETLQEEKPELTVVFEPSW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6npyB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

▶

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	108771

Cryo-EM structure of NLRP3 bound to NEK7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase,Serine/threonine-protein kinase Nek7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase,Serine/threonine-protein kinase Nek7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Isoform 2 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6npy__assembly_1__model_1

6npy__assembly_1__model_1 | I(q)

6npy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of NLRP3 bound to NEK7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase,Serine/threonine-protein kinase Nek7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase,Serine/threonine-protein kinase Nek7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Isoform 2 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6npy__assembly_1__model_1

6npy__assembly_1__model_1 | I(q)

6npy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)