6uu8

E. coli mutant sigma-S transcription initiation complex with a 7-nt RNA ("Fresh" mutant crystal soaked with GTP, UTP, and CTP for 30 minutes)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 157.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Escherichia coli

UniProt P0A7Z4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物数一致 链 AAA; UniProt 1–235 链 BBB; UniProt 1–235 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A800) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (A0A377K1M2) Synthetic DNA 50-mer (promoter non-template strand) × 1 Synthetic DNA 50-mer (promoter template strand) × 1 RNA 7-mer (de novo synthesized) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;295 K;PEG3350, sodium chloride, HEPES 分辨率 4.40 Å R-free 0.380

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 276 个其他 PDB 条目、305 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOA_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AAA; PDB构建体 8–242; UniProt 1–235 作者链 BBB; PDB构建体 8–242; UniProt 1–235

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Escherichia coli

UniProt P0A8V4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物数一致 链 CCC; UniProt 1–1342 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (P0A7Z4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A800) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (A0A377K1M2) Synthetic DNA 50-mer (promoter non-template strand) × 1 Synthetic DNA 50-mer (promoter template strand) × 1 RNA 7-mer (de novo synthesized) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;295 K;PEG3350, sodium chloride, HEPES 分辨率 4.40 Å R-free 0.380

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RPOB_ECO57
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 CCC; PDB构建体 1–1342; UniProt 1–1342

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Escherichia coli

UniProt P0A8T7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物数一致 链 DDD; UniProt 1–1407 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (P0A7Z4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V4) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A800) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (A0A377K1M2) Synthetic DNA 50-mer (promoter non-template strand) × 1 Synthetic DNA 50-mer (promoter template strand) × 1 RNA 7-mer (de novo synthesized) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;295 K;PEG3350, sodium chloride, HEPES 分辨率 4.40 Å R-free 0.380

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 239 个其他 PDB 条目、275 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RPOC_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 DDD; PDB构建体 1–1407; UniProt 1–1407

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Escherichia coli

UniProt P0A800

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物数一致 链 EEE; UniProt 2–91 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (P0A7Z4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) RNA polymerase sigma factor RpoS × 1 (A0A377K1M2) Synthetic DNA 50-mer (promoter non-template strand) × 1 Synthetic DNA 50-mer (promoter template strand) × 1 RNA 7-mer (de novo synthesized) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;295 K;PEG3350, sodium chloride, HEPES 分辨率 4.40 Å R-free 0.380

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 258 个其他 PDB 条目、277 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RPOZ_ECOLI
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 EEE; PDB构建体 1–90; UniProt 2–91

RNA polymerase sigma factor RpoS

Escherichia coli

UniProt A0A377K1M2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物数一致 链 FFF; UniProt 1–328 突变:I219G, S221A DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (P0A7Z4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (P0A8T7) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A800) Synthetic DNA 50-mer (promoter non-template strand) × 1 Synthetic DNA 50-mer (promoter template strand) × 1 RNA 7-mer (de novo synthesized) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;295 K;PEG3350, sodium chloride, HEPES 分辨率 4.40 Å R-free 0.380

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A377K1M2_ECOLX
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 FFF; PDB构建体 1–328; UniProt 1–328

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6uu8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6uu8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6uu8
沉积日期 deposition_date2019-10-30
结构标题 titleE. coli mutant sigma-S transcription initiation complex with a 7-nt RNA ("Fresh" mutant crystal soaked with GTP, UTP, and CTP for 30 minutes)
关键词 keywords;Transcription initiation, RNA polymerase, DNA promoter, transcription bubble, de novo RNA synthesis, DNA scrunching, sigma-S factor, TRANSCRIPTION, TRANSFERASE-DNA-RNA complex ;; TRANSCRIPTION, TRANSFERASE/DNA/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.34
零角强度 I(0) i02669850000.00
分子量 molecular_weight413210.0 kDa
排除体积 excluded_volume510340 ų
包络体积 envelope_volume736980 ų
水化壳体积 shell_volume119170 ų
包络直径 envelope_diameter165.7
壳层 Rg shell_rg57.52
包络 Rg envelope_rg48.29
形状 Rg shape_rg48.35
总 Rg total_rg48.59
总原子数 total_atoms28931
残基数 n_residues3575
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax157.7
Rg (实空间) rg_real48.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.95
I(0) (实空间) i0_real2.6700e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.85
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2671000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6626
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary59.1
偏度 Skewness skewness0.230
峰度 Kurtosis kurtosis-0.318
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha586500000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.087; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.841

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)