6wgc

Atomic model of semi-attached mutant OCCM-DNA complex (ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 with Mcm6 WHD truncation)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 158.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 6

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P09119

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物数一致 链 9; UniProt 1–513 未记录 Origin recognition complex subunit 1 × 1 (P54784) Origin recognition complex subunit 2 × 1 (P32833) Origin recognition complex subunit 3 × 1 (P54790) Origin recognition complex subunit 5 × 1 (P50874) Origin recognition complex subunit 4 × 1 (P54791) Origin recognition complex subunit 6 × 1 (P38826) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (41-MER) × 1 DNA (41-MER) × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDC6_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 9; PDB构建体 1–513; UniProt 1–513

Origin recognition complex subunit 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P54784

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–913 未记录 Cell division control protein 6 × 1 (P09119) Origin recognition complex subunit 2 × 1 (P32833) Origin recognition complex subunit 3 × 1 (P54790) Origin recognition complex subunit 5 × 1 (P50874) Origin recognition complex subunit 4 × 1 (P54791) Origin recognition complex subunit 6 × 1 (P38826) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (41-MER) × 1 DNA (41-MER) × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ORC1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–913; UniProt 1–913

Origin recognition complex subunit 2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32833

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–620 未记录 Cell division control protein 6 × 1 (P09119) Origin recognition complex subunit 1 × 1 (P54784) Origin recognition complex subunit 3 × 1 (P54790) Origin recognition complex subunit 5 × 1 (P50874) Origin recognition complex subunit 4 × 1 (P54791) Origin recognition complex subunit 6 × 1 (P38826) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (41-MER) × 1 DNA (41-MER) × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ORC2_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–620; UniProt 1–620

Origin recognition complex subunit 3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P54790

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–616 未记录 Cell division control protein 6 × 1 (P09119) Origin recognition complex subunit 1 × 1 (P54784) Origin recognition complex subunit 2 × 1 (P32833) Origin recognition complex subunit 5 × 1 (P50874) Origin recognition complex subunit 4 × 1 (P54791) Origin recognition complex subunit 6 × 1 (P38826) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (41-MER) × 1 DNA (41-MER) × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ORC3_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–616; UniProt 1–616

Origin recognition complex subunit 5

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P50874

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物数一致 链 E; UniProt 1–479 未记录 Cell division control protein 6 × 1 (P09119) Origin recognition complex subunit 1 × 1 (P54784) Origin recognition complex subunit 2 × 1 (P32833) Origin recognition complex subunit 3 × 1 (P54790) Origin recognition complex subunit 4 × 1 (P54791) Origin recognition complex subunit 6 × 1 (P38826) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (41-MER) × 1 DNA (41-MER) × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ORC5_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–479; UniProt 1–479

Origin recognition complex subunit 4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P54791

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 1–529 未记录 Cell division control protein 6 × 1 (P09119) Origin recognition complex subunit 1 × 1 (P54784) Origin recognition complex subunit 2 × 1 (P32833) Origin recognition complex subunit 3 × 1 (P54790) Origin recognition complex subunit 5 × 1 (P50874) Origin recognition complex subunit 6 × 1 (P38826) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (41-MER) × 1 DNA (41-MER) × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ORC4_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–529; UniProt 1–529

Origin recognition complex subunit 6

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物数一致 链 F; UniProt 1–435 未记录 Cell division control protein 6 × 1 (P09119) Origin recognition complex subunit 1 × 1 (P54784) Origin recognition complex subunit 2 × 1 (P32833) Origin recognition complex subunit 3 × 1 (P54790) Origin recognition complex subunit 5 × 1 (P50874) Origin recognition complex subunit 4 × 1 (P54791) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (41-MER) × 1 DNA (41-MER) × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ORC6_YEAST
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–435; UniProt 1–435

DNA replication licensing factor MCM3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P24279

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物数一致 链 3; UniProt 1–971 未记录 Cell division control protein 6 × 1 (P09119) Origin recognition complex subunit 1 × 1 (P54784) Origin recognition complex subunit 2 × 1 (P32833) Origin recognition complex subunit 3 × 1 (P54790) Origin recognition complex subunit 5 × 1 (P50874) Origin recognition complex subunit 4 × 1 (P54791) Origin recognition complex subunit 6 × 1 (P38826) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (41-MER) × 1 DNA (41-MER) × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM3_YEAST
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 1–971; UniProt 1–971

DNA replication licensing factor MCM7

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38132

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物数一致 链 7; UniProt 1–845 未记录 Cell division control protein 6 × 1 (P09119) Origin recognition complex subunit 1 × 1 (P54784) Origin recognition complex subunit 2 × 1 (P32833) Origin recognition complex subunit 3 × 1 (P54790) Origin recognition complex subunit 5 × 1 (P50874) Origin recognition complex subunit 4 × 1 (P54791) Origin recognition complex subunit 6 × 1 (P38826) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA (41-MER) × 1 DNA (41-MER) × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM7_YEAST
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 7; PDB构建体 1–845; UniProt 1–845

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6wgc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6wgc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6wgc
沉积日期 deposition_date2020-04-05
结构标题 titleAtomic model of semi-attached mutant OCCM-DNA complex (ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 with Mcm6 WHD truncation)
关键词 keywordsDNA replication, Cryo-EM, OCCM-deltaC6, REPLICATION-DNA complex; REPLICATION/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.75
零角强度 I(0) i01837570000.00
分子量 molecular_weight351270.0 kDa
排除体积 excluded_volume437230 ų
包络体积 envelope_volume626390 ų
水化壳体积 shell_volume105230 ų
包络直径 envelope_diameter172.1
壳层 Rg shell_rg54.89
包络 Rg envelope_rg47.20
形状 Rg shape_rg47.77
总 Rg total_rg47.91
总原子数 total_atoms24605
残基数 n_residues2886
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax158.6
Rg (实空间) rg_real47.55
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.31
I(0) (实空间) i0_real1.8380e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9040e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1838000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8712
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary57.7
偏度 Skewness skewness0.283
峰度 Kurtosis kurtosis-0.262
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha344800000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.891

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)