6x2y

Crystal Structure of mDia2NES peptide bound to CRM1(E571K)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding nuclear protein Ran

Homo sapiens

UniProt P62826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–216 未记录 Ran-specific GTPase-activating protein 1 × 1 (P41920) Exportin-1 × 1 (P30822) Protein diaphanous homolog 3 × 1 (Q9NSV4) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;273 K;17% (weight/vol) PEG3350, 100 mM Bis-Tris (pH 6.4), 200 mM ammonium nitrate, and 10 mM Spermine HCl 分辨率 2.30 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、203 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAN_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–216; UniProt 1–216

Ran-specific GTPase-activating protein 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P41920

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 62–201 未记录 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) Exportin-1 × 1 (P30822) Protein diaphanous homolog 3 × 1 (Q9NSV4) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;273 K;17% (weight/vol) PEG3350, 100 mM Bis-Tris (pH 6.4), 200 mM ammonium nitrate, and 10 mM Spermine HCl 分辨率 2.30 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 65 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YRB1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–140; UniProt 62–201

Exportin-1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P30822

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–1058 突变:E582K GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) Ran-specific GTPase-activating protein 1 × 1 (P41920) Protein diaphanous homolog 3 × 1 (Q9NSV4) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;273 K;17% (weight/vol) PEG3350, 100 mM Bis-Tris (pH 6.4), 200 mM ammonium nitrate, and 10 mM Spermine HCl 分辨率 2.30 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 69 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XPO1_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–1024; UniProt 1–1058

Protein diaphanous homolog 3

Homo sapiens

UniProt Q9NSV4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1183–1193 片段:residues 1183-1193 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) Ran-specific GTPase-activating protein 1 × 1 (P41920) Exportin-1 × 1 (P30822) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;273 K;17% (weight/vol) PEG3350, 100 mM Bis-Tris (pH 6.4), 200 mM ammonium nitrate, and 10 mM Spermine HCl 分辨率 2.30 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DIAP3_HUMAN
Isoform Q9NSV4-3
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–11; UniProt 1183–1193

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6x2y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6x2y
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6x2y
沉积日期 deposition_date2020-05-21
结构标题 titleCrystal Structure of mDia2NES peptide bound to CRM1(E571K)
关键词 keywordsNuclear export, CRM1, XPO1, Exportin-1, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.42
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.58
零角强度 I(0) i0337884000.00
分子量 molecular_weight153630.0 kDa
排除体积 excluded_volume194400 ų
包络体积 envelope_volume253110 ų
水化壳体积 shell_volume57364 ų
包络直径 envelope_diameter112.0
壳层 Rg shell_rg43.88
包络 Rg envelope_rg34.75
形状 Rg shape_rg35.58
总 Rg total_rg36.15
总原子数 total_atoms10812
残基数 n_residues1333
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.1
Rg (实空间) rg_real36.16
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.66
I(0) (实空间) i0_real3.3790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.33
I(0) (倒空间) i0_reciprocal337900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8337
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.7
偏度 Skewness skewness0.025
峰度 Kurtosis kurtosis-0.613
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40060000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6x2ya_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd6x2yb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6x2yA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6x2yB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)