7dsb

Crystal structure of actin capping protein in complex with V-1 and twinfilin C-terminal tail

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

F-actin-capping protein subunit alpha-1

Gallus gallus

UniProt P13127

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–286 未记录 F-actin-capping protein subunit beta isoforms 1 × 1 (P14315) Myotrophin × 1 (P58546) Twinfilin-1 × 1 (Q91YR1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;10% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) isopropanol, 0.1M HEPES-NaOH (pH = 7.5) 分辨率 2.44 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAZA1_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–286; UniProt 1–286

F-actin-capping protein subunit beta isoforms 1

Gallus gallus

UniProt P14315

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–244 未记录 F-actin-capping protein subunit alpha-1 × 1 (P13127) Myotrophin × 1 (P58546) Twinfilin-1 × 1 (Q91YR1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;10% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) isopropanol, 0.1M HEPES-NaOH (pH = 7.5) 分辨率 2.44 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAPZB_CHICK
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–244; UniProt 1–244

Myotrophin

Homo sapiens

UniProt P58546

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–118 未记录 F-actin-capping protein subunit alpha-1 × 1 (P13127) F-actin-capping protein subunit beta isoforms 1 × 1 (P14315) Twinfilin-1 × 1 (Q91YR1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;10% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) isopropanol, 0.1M HEPES-NaOH (pH = 7.5) 分辨率 2.44 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTPN_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 6–123; UniProt 1–118

Twinfilin-1

物种未注明

UniProt Q91YR1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 315–344 未记录 F-actin-capping protein subunit alpha-1 × 1 (P13127) F-actin-capping protein subunit beta isoforms 1 × 1 (P14315) Myotrophin × 1 (P58546) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;10% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) isopropanol, 0.1M HEPES-NaOH (pH = 7.5) 分辨率 2.44 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TWF1_MOUSE
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–30; UniProt 315–344

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7dsb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7dsb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7dsb
沉积日期 deposition_date2020-12-30
结构标题 titleCrystal structure of actin capping protein in complex with V-1 and twinfilin C-terminal tail
关键词 keywordsactin dynamics, actin capping protein, twinfilin, CARMIL, V-1, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.39
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.55
零角强度 I(0) i086281200.00
分子量 molecular_weight71767.0 kDa
排除体积 excluded_volume89292 ų
包络体积 envelope_volume111270 ų
水化壳体积 shell_volume32786 ų
包络直径 envelope_diameter97.6
壳层 Rg shell_rg35.58
包络 Rg envelope_rg28.63
形状 Rg shape_rg28.55
总 Rg total_rg29.24
总原子数 total_atoms5057
残基数 n_residues642
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.8
Rg (实空间) rg_real29.37
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real8.6280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal86280000.0000
解质量估计 total_estimate0.9072
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.0
偏度 Skewness skewness0.280
峰度 Kurtosis kurtosis-0.517
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28490000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.916

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)