7k36

Cryo-EM structure of STRIPAK complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 196.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P30153

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–589 未记录 Striatin-3 × 5 (Q13033) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) MOB-like protein phocein × 1 (Q9Y3A3) Striatin-interacting protein 1 × 1 (Q5VSL9) MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2AAA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–589; UniProt 1–589

Striatin-3

Homo sapiens

UniProt Q13033

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–713 链 D; UniProt 1–713 链 E; UniProt 1–713 链 F; UniProt 1–713 链 G; UniProt 1–713 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) MOB-like protein phocein × 1 (Q9Y3A3) Striatin-interacting protein 1 × 1 (Q5VSL9) MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STRN3_HUMAN
Isoform Q13033-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–713; UniProt 1–713 作者链 D; PDB构建体 1–713; UniProt 1–713 作者链 E; PDB构建体 1–713; UniProt 1–713 作者链 F; PDB构建体 1–713; UniProt 1–713 作者链 G; PDB构建体 1–713; UniProt 1–713

Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–309 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Striatin-3 × 5 (Q13033) MOB-like protein phocein × 1 (Q9Y3A3) Striatin-interacting protein 1 × 1 (Q5VSL9) MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–309; UniProt 1–309

MOB-like protein phocein

Homo sapiens

UniProt Q9Y3A3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–225 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Striatin-3 × 5 (Q13033) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) Striatin-interacting protein 1 × 1 (Q5VSL9) MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHOCN_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–225; UniProt 1–225

Striatin-interacting protein 1

Homo sapiens

UniProt Q5VSL9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–837 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Striatin-3 × 5 (Q13033) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) MOB-like protein phocein × 1 (Q9Y3A3) MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STRP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–837; UniProt 1–837

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7k36

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7k36
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7k36
沉积日期 deposition_date2020-09-10
结构标题 titleCryo-EM structure of STRIPAK complex
关键词 keywordsphosphorylation, complex, PP2A, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier59.34
回转半径 Rg (电子) rg_electron59.81
零角强度 I(0) i0808352000.00
分子量 molecular_weight235930.0 kDa
排除体积 excluded_volume294520 ų
包络体积 envelope_volume448450 ų
水化壳体积 shell_volume67335 ų
包络直径 envelope_diameter209.5
壳层 Rg shell_rg53.08
包络 Rg envelope_rg60.33
形状 Rg shape_rg59.92
总 Rg total_rg59.25
总原子数 total_atoms16613
残基数 n_residues2183
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax196.8
Rg (实空间) rg_real60.22
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.45
I(0) (实空间) i0_real8.0830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8400e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.57
I(0) (倒空间) i0_reciprocal806200000.0000
解质量估计 total_estimate0.7974
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary
偏度 Skewness skewness0.609
峰度 Kurtosis kurtosis-0.267
角度范围 angular_range— – 0.1300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha25340000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.922; Smooth: 0.019

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id7k36A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id7k36C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id7k36H01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — MOB kinase activator

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)