7mny

Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 3 in complex with Ran-GPPNHP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 150.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding nuclear protein Ran

Homo sapiens

UniProt P62826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–216 未记录 E3 SUMO-protein ligase RanBP2 × 1 (P49792) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;294 K;20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate 分辨率 2.70 Å R-free 0.262
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–216 未记录 E3 SUMO-protein ligase RanBP2 × 1 (P49792) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;294 K;20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate 分辨率 2.70 Å R-free 0.262
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–216 未记录 E3 SUMO-protein ligase RanBP2 × 1 (P49792) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;294 K;20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate 分辨率 2.70 Å R-free 0.262
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–216 未记录 E3 SUMO-protein ligase RanBP2 × 1 (P49792) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;294 K;20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate 分辨率 2.70 Å R-free 0.262
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–216 未记录 E3 SUMO-protein ligase RanBP2 × 1 (P49792) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;294 K;20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate 分辨率 2.70 Å R-free 0.262
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–216 未记录 E3 SUMO-protein ligase RanBP2 × 1 (P49792) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;294 K;20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate 分辨率 2.70 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、198 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAN_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–217; UniProt 1–216 作者链 C; PDB构建体 2–217; UniProt 1–216 作者链 E; PDB构建体 2–217; UniProt 1–216 作者链 G; PDB构建体 2–217; UniProt 1–216 作者链 I; PDB构建体 2–217; UniProt 1–216 作者链 K; PDB构建体 2–217; UniProt 1–216

E3 SUMO-protein ligase RanBP2

Homo sapiens

UniProt P49792

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2309–2443 片段:RAN-binding domain 3 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2309-2443) GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;294 K;20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate 分辨率 2.70 Å R-free 0.262
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2309–2443 片段:RAN-binding domain 3 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2309-2443) GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;294 K;20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate 分辨率 2.70 Å R-free 0.262
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 2309–2443 片段:RAN-binding domain 3 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2309-2443) GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;294 K;20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate 分辨率 2.70 Å R-free 0.262
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 2309–2443 片段:RAN-binding domain 3 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2309-2443) GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;294 K;20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate 分辨率 2.70 Å R-free 0.262
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 2309–2443 片段:RAN-binding domain 3 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2309-2443) GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;294 K;20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate 分辨率 2.70 Å R-free 0.262
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 2309–2443 片段:RAN-binding domain 3 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2309-2443) GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;294 K;20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate 分辨率 2.70 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、63 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 5–139; UniProt 2309–2443 作者链 D; PDB构建体 5–139; UniProt 2309–2443 作者链 F; PDB构建体 5–139; UniProt 2309–2443 作者链 H; PDB构建体 5–139; UniProt 2309–2443 作者链 J; PDB构建体 5–139; UniProt 2309–2443 作者链 L; PDB构建体 5–139; UniProt 2309–2443

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7mny

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7mny
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7mny
沉积日期 deposition_date2021-05-01
结构标题 titleCrystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 3 in complex with Ran-GPPNHP
关键词 keywordsnuclear pore complex component, nucleocytoplasmic transport, TRANSPORT PROTEIN, complex (small GTPase-nuclear protein); TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron45.31
零角强度 I(0) i0797067000.00
分子量 molecular_weight233270.0 kDa
排除体积 excluded_volume292120 ų
包络体积 envelope_volume398870 ų
水化壳体积 shell_volume74519 ų
包络直径 envelope_diameter151.9
壳层 Rg shell_rg48.95
包络 Rg envelope_rg44.56
形状 Rg shape_rg45.32
总 Rg total_rg45.45
总原子数 total_atoms32693
残基数 n_residues2004
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax150.4
Rg (实空间) rg_real45.44
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.26
I(0) (实空间) i0_real7.9710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal797100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8930
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary55.9
偏度 Skewness skewness0.237
峰度 Kurtosis kurtosis-0.491
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha59990000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.870

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)