7sj4

Human Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 79.1 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Triple functional domain protein

Homo sapiens

UniProt O75962

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1284–1959 未记录 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 × 1 (P63000) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot force 10 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRIO_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–679; UniProt 1284–1959

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–192 未记录 Triple functional domain protein × 1 (O75962) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot force 10 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–195; UniProt 1–192

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7sj4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7sj4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7sj4
沉积日期 deposition_date2021-10-15
结构标题 titleHuman Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1
关键词 keywordsguanine nucleotide exchange factor, GTPase, dbl homology, pleckstrin homology, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.59
零角强度 I(0) i048814500.00
分子量 molecular_weight55253.0 kDa
排除体积 excluded_volume69687 ų
包络体积 envelope_volume88755 ų
水化壳体积 shell_volume29754 ų
包络直径 envelope_diameter82.5
壳层 Rg shell_rg32.14
包络 Rg envelope_rg24.70
形状 Rg shape_rg24.58
总 Rg total_rg25.50
总原子数 total_atoms3885
残基数 n_residues481
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.1
Rg (实空间) rg_real25.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real4.8810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.8360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal48820000.0000
解质量估计 total_estimate0.9093
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.1
偏度 Skewness skewness0.134
峰度 Kurtosis kurtosis-0.510
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10100000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7sj4A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dbl homology (DH) domain
结构域编号 domain_id7sj4A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)