7x0s

Human TRiC-tubulin-S3

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 163.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-complex protein 1 subunit zeta

Homo sapiens

UniProt P40227

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 17 PDB 声明:heptadecameric(17) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–531 链 z; UniProt 1–531 未记录 T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) Tubulin beta chain × 1 (P07437) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MG MAGNESIUM ION × 16 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 16 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TCPZ_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–531; UniProt 1–531 作者链 z; PDB构建体 1–531; UniProt 1–531

T-complex protein 1 subunit theta

Homo sapiens

UniProt P50990

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 17 PDB 声明:heptadecameric(17) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–548 链 P; UniProt 1–548 未记录 T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) Tubulin beta chain × 1 (P07437) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MG MAGNESIUM ION × 16 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 16 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TCPQ_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 P; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548

T-complex protein 1 subunit eta

Homo sapiens

UniProt Q99832

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 17 PDB 声明:heptadecameric(17) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–543 链 O; UniProt 1–543 突变:L290S T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) Tubulin beta chain × 1 (P07437) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MG MAGNESIUM ION × 16 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 16 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 63 个其他 PDB 条目、63 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TCPH_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–543; UniProt 1–543 作者链 O; PDB构建体 1–543; UniProt 1–543

T-complex protein 1 subunit gamma

Homo sapiens

UniProt P49368

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 17 PDB 声明:heptadecameric(17) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–545 链 N; UniProt 1–545 未记录 T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) Tubulin beta chain × 1 (P07437) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MG MAGNESIUM ION × 16 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 16 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 65 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TCPG_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–545; UniProt 1–545 作者链 N; PDB构建体 1–545; UniProt 1–545

T-complex protein 1 subunit epsilon

Homo sapiens

UniProt P48643

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 17 PDB 声明:heptadecameric(17) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 3–541 链 e; UniProt 3–541 未记录 T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) Tubulin beta chain × 1 (P07437) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MG MAGNESIUM ION × 16 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 16 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 68 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TCPE_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–539; UniProt 3–541 作者链 e; PDB构建体 1–539; UniProt 3–541

T-complex protein 1 subunit delta

Homo sapiens

UniProt P50991

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 17 PDB 声明:heptadecameric(17) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–539 链 M; UniProt 1–539 未记录 T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) Tubulin beta chain × 1 (P07437) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MG MAGNESIUM ION × 16 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 16 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 65 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TCPD_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–539; UniProt 1–539 作者链 M; PDB构建体 1–539; UniProt 1–539

T-complex protein 1 subunit beta

Homo sapiens

UniProt P78371

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 17 PDB 声明:heptadecameric(17) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–535 链 L; UniProt 1–535 未记录 T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) Tubulin beta chain × 1 (P07437) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MG MAGNESIUM ION × 16 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 16 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TCPB_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–535; UniProt 1–535 作者链 L; PDB构建体 1–535; UniProt 1–535

T-complex protein 1 subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P17987

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 17 PDB 声明:heptadecameric(17) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–556 链 a; UniProt 1–556 未记录 T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) Tubulin beta chain × 1 (P07437) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MG MAGNESIUM ION × 16 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 16 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TCPA_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–556; UniProt 1–556 作者链 a; PDB构建体 1–556; UniProt 1–556

Tubulin beta chain

Homo sapiens

UniProt P07437

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 17 PDB 声明:heptadecameric(17) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–444 未记录 T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MG MAGNESIUM ION × 16 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 16 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB5_HUMAN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–444; UniProt 1–444

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7x0s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7x0s
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7x0s
沉积日期 deposition_date2022-02-22
结构标题 titleHuman TRiC-tubulin-S3
关键词 keywordsSTRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier64.87
回转半径 Rg (电子) rg_electron63.81
零角强度 I(0) i013417500000.00
分子量 molecular_weight977540.0 kDa
排除体积 excluded_volume1223700 ų
包络体积 envelope_volume1897600 ų
水化壳体积 shell_volume229710 ų
包络直径 envelope_diameter181.5
壳层 Rg shell_rg79.07
包络 Rg envelope_rg60.38
形状 Rg shape_rg63.82
总 Rg total_rg64.00
总原子数 total_atoms68330
残基数 n_residues8866
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax163.7
Rg (实空间) rg_real64.05
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52
I(0) (实空间) i0_real1.3420e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3130e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal65.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13450000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8448
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary95.5
偏度 Skewness skewness-0.182
峰度 Kurtosis kurtosis-0.646
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4311000000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.993; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id7x0sA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7x0sB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7x0sH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7x0sJ01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7x0sL01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7x0sO01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7x0sP01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7x0sR01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7x0sR02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7x0sR03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id7x0sa01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)