7yft

Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268V/A82C/L181M in complex with N-imidazolyl-pentanoyl-L-phenylalanine, indane and hydroxylamine

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 99.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581

UniProt P14779

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–456 突变:A82C,F87A,L181M,T268V HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HOA HYDROXYAMINE × 1 16N 2,3-dihydro-1H-indene × 1 IRV (2~{S})-2-(5-imidazol-1-ylpentanoylamino)-3-phenyl-propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2 M Ammonium acetate, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH7.5, 25% PEG3350 分辨率 2.00 Å R-free 0.266
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–456 突变:A82C,F87A,L181M,T268V HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HOA HYDROXYAMINE × 1 16N 2,3-dihydro-1H-indene × 1 IRV (2~{S})-2-(5-imidazol-1-ylpentanoylamino)-3-phenyl-propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.2 M Ammonium acetate, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH7.5, 25% PEG3350 分辨率 2.00 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 168 个其他 PDB 条目、310 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXB_BACMB
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–458; UniProt 1–456 作者链 B; PDB构建体 3–458; UniProt 1–456

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7yft

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7yft
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7yft
沉积日期 deposition_date2022-07-09
结构标题 titleCrystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268V/A82C/L181M in complex with N-imidazolyl-pentanoyl-L-phenylalanine, indane and hydroxylamine
关键词 keywordsP450 BM3 heme domain, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.94
零角强度 I(0) i0167701000.00
分子量 molecular_weight105140.0 kDa
排除体积 excluded_volume132210 ų
包络体积 envelope_volume153270 ų
水化壳体积 shell_volume41611 ų
包络直径 envelope_diameter106.5
壳层 Rg shell_rg38.05
包络 Rg envelope_rg30.14
形状 Rg shape_rg29.95
总 Rg total_rg30.57
总原子数 total_atoms14611
残基数 n_residues903
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax99.0
Rg (实空间) rg_real30.93
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68
I(0) (实空间) i0_real1.6770e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal167700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8977
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.9
偏度 Skewness skewness0.302
峰度 Kurtosis kurtosis-0.416
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40970000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.949

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)